조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 신축하여 취득한 부동산을 기업부설연구소용으로 인정받았으나 일부를 기업부석연구소용이 아닌 본점용으로 사용하고 있는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세 등을 과세한 처분의 당부

사건번호 조심 2014지0379 선고일 2015-01-02 조세심판원

[요지] 쟁점건물 5층과 6층에 있는 경영관리본부 및 사업개발본부, 해외사업본부가 사용하는 면적은 기업부설연구소용 부동산으로 보기 어려우나, 쟁점건물 지하1층 복도와 하역장의 경우, 지하1층의 설치된 연구시설의 복도와 쟁점건물에 설치된 연구소에서 필요한 물품들을 하역하는 장소로 사용하고 있어 기업부설연구소용 부동산으로 보는 것이 타당하고, 쟁점건물 5층과 6층에 있는 경영관리본부 및 사업개발본부, 해외사업본부는 청구법인의 본점 역할을 수행하는 부서라기보다는 기업부설연구소의 보조 및 지원기능을 수행하는 부서로 보는 것이 타당하므로 이들이 사용하는 면적에 대해 중과세율을 적용하여 취득세를 과세한 처분은 잘못이 있음

[참조결정] 조심2012지0408

[주 문]

1. OOO이 2013.8.14. 청구법인에게 한 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2011.9.2. 신축한 OOO 토지상의 건물 중 지하1층 복도와 하역장으로 사용하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 당해 건물 중 사업개발본부, 해외사업본부 및 경영개발본부의 구매팀이 사용하는 부동산에 대하여는 이를 취득세 중과세 대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2009.2.5. OOO 1필지 토지 11,038㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 쟁점토지는 기업부설연구소를 설치할 목적으로 취득한 토지에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았으며, 2009.8.31. 쟁점토지에 대하여 일부 과세표준이 누락되어 감면세액이 잘못 산정되었다는 사유로 기한 후 신고를 하여 추가로 취득세 등을 면제받았고, 2011.10.19. 다시 수정신고를 하면서 쟁점토지 중 77.35%에 해당되는 부분은 기업부설연구소로 22.65%에 해당되는 토지는 지점용 부동산에 해당된다는 사유로 지점용 부동산에 대하여 일반세율로 산정한 취득세와 중과세율로 산정한 등록세 등을 추가로 신고납부하였으며, 2011.11.1. 지점용 부동산 중 일부가 첨단기술업종에 사용되는 부동산으로서 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한다는 사유로 등록세 등의 감액경정청구를 하여 등록세 등을 환급받았다.
  • 나. 청구법인은 2011.9.2. 쟁점토지상에 지하 4층, 지상 6층의 기업부설연구소용 건물(연면적 51,578.34㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고 쟁점건물 중 77.35%에 해당되는 부분은 기업부설연구소용 부동산에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 취득세 등을 면제받고 나머지 부분에 해당되는 건축물에 대하여 취득세 등을 신고납부하였다가, 2012.3.9. 쟁점건물 중 기업부설연구소로 사용하는 부동산이 67.47%이므로 과소신고납부하였다는 사유로 추가로 취득세 등을 신고납부하였다(아래〈표1〉참조).
  • 다. 처분청은 OOO와 합동으로 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점토지와 건물 중 청구법인이 기업부설연구소로 사용하는 부동산은 73.07%이고, 본점으로 사용하는 부동산이 25.62%이며, 종업원 후생복지시설로 사용되는 면적이 1.31%에 해당된다고 보아 기업부설연구소에 대하여는 취득세 등을 면제하고, 나머지 부동산 중 본점으로 사용하는 부동산에 대하여는 중과세율을 적용하고, 후생복지시설면적에 대하여는 일반세율을 적용하여 산정한 세액에서 청구법인이 이미 납부한 세액을 차감한 OOO원을 2013.8.14. 청구법인에게 부과하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 전자기계기구 종목의 개발 및 제조를 주업태로 하고 있는 OOO 전문기업(단일업종 영위)으로 이 건 부과처분 당시 본점은 OOO에 위치하고 있다가 현재는 OOO로 이전하였고, 제조 사업장으로 OOO 등 3곳에 공장을 두고 있고, 연구개발 사업장으로 OOO(쟁점건물 소재), OOO 등 3곳에 연구소를 두고 있으며, 청구법인은 쟁점건물을 신축한 후 청구법인의 사업별, 기능별로 여러 지역에 분산되어 있던 연구개발시설OOO을 OOO(쟁점건물)에 통합하였으며, OOO에 소재하고 있었던 경영기획팀 등 본점 역할 수행 부서는 OOO에 소재한 사업장(이하 "본점사업장"이라 한다)과 OOO로 나누어 이전ㆍ배치하였다가 현재는 쟁점건물에 소재한 본점사업부서는 OOO에 소재한 본점으로 통합ㆍ이전한 상태인바, 처분청은 쟁점토지와 건물에 대하여 취득신고를 하면서 쟁점건물 내에 소재한 부서 중 일부는 본점(청구법인은 지점으로 신고)에 해당되고, 본점과 기업부설연구소용 부동산의 면적 산정에 잘못이 있는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것으로서 이는 다음과 같은 사유로 부당하다.

(1) 쟁점건물의 6층에 소재하고 있는 사업개발본부OOO의 경우 처분청은 이를 본점의 일부로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인이 영위하고 있는 주업종은 OOO 단일업종으로서, 청구법인의 경우 본점으로서의 중추적 역할을 수행하는 부서는 등기부상 본점인 본점사업장과 OOO에 이전배치된 경영관리본부 및 경영지원본부의 일부 부서(인사, 총무, 회계, 자금, 기획팀)에 국한되며 사업개발본부는 연구개발본부와 함께 연구개발활동을 전담하는 연구부서에 해당되며, 사업개발본부의 조직 및 인원은 모두 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소와 연구지원 인원으로 등록되어 있으며, 사업개발본부는 각 부서별로 관련 연구개발부서와 직접적으로 연계하여 연구개발활동을 수행하고 있는 조직이고, 연구개발 전단계에서 대외적으로는 OOO와 개발과제에 대하여 협의하고 대내적으로는 연구개발본부와 지속적으로 개발과제를 관리하는 체제로서 OOO은 일반 민간회사처럼 시장분석, 트랜드 코드 파악, 비즈니스 기회창출, 상품 전략 수립, 마케팅 활동 등이 필요하지 않은 분야이므로 청구법인은 연구개발단계와 생산단계의 두 단계로 사업을 영위하고 있으며, OOO은 그 특성상 연구개발활동이 매우 중요한 산업이므로 연구개발 활동을 전문적으로 수행하기 위한 연구개발본부는 연구개발활동에만 전념할 수 있도록 하고, 사업개발본부는 연구기획, OOO의 개발협의, 개발진도 및 비용관리, 개발결과물의 평가 및 생산이관업무 등 연구개발이전에 사전 마케팅(Pre-Marketing)활동을 수행하는 선행개발부서로서의 역할을 수행하고 있고 프로젝트 개발업무는 그 다음 단계로 진행되는 것으로서, 조세심판원 선결정례(조심 2012지408)에서도 이러한 OOO의 프리 마케팅활동을 수행하는 것은 연구개발(지원)활동에 해당하는 것으로 해석한 점에 비추어 사업개발본부는 기업부설연구소의 일부로 보아야 할 것인데도, 처분청이 쟁점건물 중 청구법인의 사업개발본부 사용부분을 본점으로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점건물의 5층에 소재하고 있는 개발구매팀, 개발원가팀 및 원가관리팀(사용면적 281.05㎡, 이하 “개발구매팀 등”이라 한다)의 경우 처분청에서는 개발구매팀 등이 경영관리본부에 소속되어 있고, OOO의 원가산정 및 구매는 경영상 핵심 의사결정에 해당하므로 본점의 역할을 수행하는 것으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점건물 내에 설치된 개발구매팀 등은 연구개발 사업의 기획단계에서부터 개발 사업비 추정 및 제안원가를 산정하고 연구개발 단계에서는 목표개발원가 관리 및 개발자재의 확보를 하고 있으며, 연구개발 종료단계에서는 개발원가의 정산 업무를 수행하고 있는 부서로서, 당초 OOO에서 연구개발활동을 지원하고 있던 부서이었다가 쟁점건물을 신축하면서 연구개발활동을 보다 집중적 효율적으로 지원하기 위하여 OOO으로부터 이전ㆍ배치한 것으로서 당초부터 연구소 내에서 연구활동의 지원을 전담하기 위하여 조직된 연구지원부서에 해당되고, 청구법인은 구매 및 원가관리 업무를 수행하는 조직을 연구지원 부문, 본점 부문, 생산지원 부문으로 나누어 각각 운영하고 있으며, 각각의 부문은 상호 호환되지 않고 별도 조직으로서 연구개발본부, 경영지원본부, 생산본부의 원가 및 구매업무를 나누어 담당하고 있으므로 개발구매팀 등은 모두 연구지원부서로서 기업부설연구소의 일부에 해당됨에도 처분청이 이를 본점의 일부 부서로 본 것은 잘못이라 하겠다.

(3) 쟁점건물 6층에 소재하고 있는 해외사업본부의 해외사업팀, 해외사업기술팀 및 해외사업기획팀(총 면적 415.80㎡, 이하 "해외사업본부"라고 한다)의 경우 처분청은 해외사업본부가 청구법인이 생산하는 제품의 수출을 담당하는 부서라 본점으로 보아야 한다는 의견이나, 해외사업본부는 해외시장의 동향 및 해외 고객의 니즈(Needs)를 파악하여 국제공동개발사업 등 신규개발사업을 추진하고 해외 선진기술을 도입하기 위한 기술협력체체의 구축, OOO 개발요구 분석 및 개발지원, 개발사양에 대한 기술협의 및 조언 등의 업무를 수행하는 업무 조직으로 연구개발본부와 연계하여 연구개발활동을 수행하고 있는 부서로서 사업개발본부와 유사한 부서이므로 연구부서로 보는 것이 타당하며, 설령, 해외사업본부가 일부 연구개발활동 이외에 다른 활동(영업, 기획)을 수행하고 있기 때문에 해외사업본부의 전체 활동을 연구개발활동으로 볼 수 없다고 하더라도, 당해 조직 전체를 본점으로 보아 취득세를 중과세할 것이 아니라 지점과 같이 일반세율을 적용하거나, 연구소ㆍ본점 비율로 안분하여 연구소 해당분에 대하여는 취득세를 면제하는 것이 보다 타당하다 할 것이므로 처분청이 해외사업본부를 모두 본점으로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다.

(4) 쟁점건물 5층에 소재하고 있는 해외구매팀 및 기술협력구매팀(총 면적 147.40㎡, 이하 “해외구매팀 등”이라 한다)은 각각 연구부문과 생산부문의 해외구매 활동을 담당하고 있으며, 청구법인의 경우 국내구매업무는 개발구매팀과 양산구매팀으로 구분되어 있는 반면 해외구매업무에 대하여는 해외구매팀과 기술협력구매팀이 개발구매와 양산구매를 구분하지 아니하고 동일 부서에서 같이 업무를 수행하고 있고, 해외구매팀과 기술협력구매팀은 본점역할을 하는 구매기획팀과 명백하게 업무상ㆍ조직상으로 구분되어 있으므로, 이를 부서가 사용하는 부분은 연구부문과 생산부문의 공용시설에 해당하는 것으로 보아야 할 것이므로 이를 본점으로 보아 취득세를 중과세 한 것는 부당하고 연구부문 해당분에 대하여는 취득세를 면제하여야 할 것이다.

(5) 쟁점건물 지하 1층에 소재하고 있는 연구소 복도 및 하역장(총 면적 394.72㎡)의 경우 처분청은 연구소 복도가 물리적 제약이 없어 비연구원의 통행이 가능하고, 하역장은 연구용 비품 외의 물건을 반입할 수 있으며, 실제 입주당시 연구용 비품 외의 물품이 반입되었던 점 등을 고려하여 연구소 전용시설이 아닌 공용시설에 해당된다는 의견이나, 지하 1층의 연구소 복도 주변 연구시설은 이를 인정하고 있는 상황에서 이와 연관된 복도와 하역장만 본점과 공용시설이라고 보는 것은 논리에 맞지 아니하며, 쟁점건물의 지하 1층은 대부분이 실험실로 사용되고 있고, 하역장은 실험실에서 사용하는 연구용 비품을 반출입하기 위한 목적으로 설치된 것이므로 연구전용시설로 보아야 할 것으로서 처분청이 이를 본점과 기업부설연구소의 공용시설로 보아 안분하여 본점에 대하여 취득세를 중과세한 처분은 부당하다. 따라서, 처분청이 쟁점토지와 건물에 대하여 한 이 건 부과처분은 취소되어야 할 뿐만 아니라 기 납부한 취득세 등의 일부는 환급되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제46조 제1항의 규정에서 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이라 함은 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 소정의 기간 내에 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 후, 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다 할 것이며, 청구법인은 당초 쟁점건물 을 신축한 후 2011.10.21. 최초 연구소 인증 시 6층에 소재하는 사업개발본부와 해외사업본부의 경우 연구소 인증대상에서 제외하였고 동 부분에 대한 취득세 등을 신고납부하였으나, 이후 처분청과 OOO의 세무조사 이후 2차례에 걸쳐 추가인증을 받은 것으로 보아 당초 쟁점 건물 전체를 기업부설연구소로 사용할 목적은 아니었던 것으로 보이는 바, 청구법인이 주장하는 사업개발본부 등이 기업부설연구소로서 취득세 등 면제대상에 해당하는 지 여부는 개별적으로 판단하여야 할 것으로서 각 쟁점별로 살펴본다.

(1) 쟁점건물 중 6층에 소재한 사업개발본부와 해외사업본부의 경우 청구법인은 2011.10.21. 당초 쟁점건물을 신축하여 기업부설연구소 인증을 받으면서 사업개발본부와 해외사업본부를 연구소 인증대상에서 제외하였던 점, 청구법인이 쟁점건물을 신축한 후 OOO에 있던 조직인 연구개발본부와 OOO에 소재한 본점에 있던 조직인 사업개발본부를 쟁점건물로 이전하였고, 해외사업본부의 경우 기존에 없던 조직을 신설하였던 점, 사업개발본부의 경우 신규사업 수주활동을 비롯하여 소요제기 활동 및 사업화 등 신규사업을 발굴하는 업무를 수행하고, 개발/양산사업의 추진 일정 및 이슈 관리, 수주, 매출, 수금업무와 해외수출에 대한 지원업무를 수행하고 있으며, 해외사업본부는 청구법인이 생산하는 완성품 중심의 수출을 담당하며 국가별 제품/마케팅 사업전략수립, 사업발굴/수주, 고객관리(Customer relation)업무를 담당하고, 해외사업기술부문은 국내외의 대형고객과 기술협력을 통해 청구법인의 OOO 수출업무를 수행하고 아울러 해외사업 기술지원 업무를 담당하며, 해외사업기획부문은 해외사업 전반의 제품/마케팅 전략 및 기획업무를 담당하고 있으므로, 이를 연구개발본부의 업무로 보는 것은 무리가 있는 점 등을 종합하여 볼 때 사업개발본부와 해외사업본부가 기업부설연구소의 지원시설에 해당된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(2) 개발구매팀 등과 해외구매팀 등의 경우, 청구법인의 홈페이지 및 전사 조직도(2012.4.1. 기준)에 게재된 업무소개 등의 자료에 따르면 청구법인은 최고경영자(CEO) 밑에 6개 사업본부OOO가 있고, 그 중 연구개발본부에서는 기술개발 등의 연구업무를 수행하고, 생산본부는 연구결과에 따라 제품을 양산하며, 사업개발본부는 양산사업관리 및 국내영업과 해외영업의 지원업무를 주로 담당하고, 해외사업본부는 해외 기술도입 및 해외영업업무를 주로 담당하며, 경영관리본부는 인사 및 재무업무를 주로 담당하고 있다고 되어 있으며, 원가 및 구매팀은 청구법인의 경영관리본부에 소속되어 있는 것으로 확인되는 바, 막대한 개발비가 투입되는 OOO의 특성상 OOO의 원가산정 및 구매 등에 관한 판단은 OOO 경영상 핵심 의사결정 사항으로서 이는 마땅히 경영에 속하는 업무라 할 것이고, 청구법인도 이를 경영관리본부에서 담당하도록 하고 있으며, 경영은 본점 업무라 할 것이므로 처분청에서 당해 업무에 사용되는 부분을 본점 사업용 부동산으로 구분한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

(3) 쟁점건물 중 지하 1층 하역장과 복도의 경우 하역장은 부피가 큰 물건의 반입 또는 반출을 위한 장소로서 그 자체가 연구시설이라 할 수는 없는 점, 입주당시 캐비닛, 복사기 등의 반입이 이루어졌다고 조사된 점, 별도의 보안장치가 없어 언제라도 연구용 비품외의 물건을 반입 또는 반출할 수 있는 상태인 점 등으로 볼 때 연구소 전용이 아닌 공용시설로 판단되고, 지하 1층 복도는 연구전용시설 외에 문서실, 전산실, 제본실 등 여러 용도의 사무실이 존재하고 그 통로인 지하 1층 복도는 공용시설에 해당할 뿐 이를 연구소 전용으로 볼 수는 없다고 할 것이므로, 연구소 시설을 사용하기 위하여 존재하는 필수적인 공간에 해당하므로 지하 1층 하역장과 복도가 기업부설연구소의 일부로서 취득세 면제대상이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(4) 끝으로, 청구법인은 이 건 부과처분은 취소하고, 추가적으로 기납부세액의 일부를 환급하여야 한다고 주장하나, 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정처분에 대하여 불복을 하는 경우 당초 확정된 세액과 결정된 세액의 모든 과세요건 사유를 대상으로 다툴 수 있으나, 국세기본법 제22조의2 제1항에 따라 취소가능한 세액의 범위는 증액결정으로 인하여 증가된 세액을 한도로 해야 한다고 보는 것이 타당하다 할 것으로, 청구법인의 심판청구 금액은 취소 가능한 세액의 범위를 벗어난 청구라 할 것이므로 추가적으로 일부를 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 청구법인이 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 기업부설연구소로 인정을 받았으나 일부를 연구시설이 아닌 사무실로 사용하고, 당해 사무실이 본점의 일부에 해당된다고 보아 감면한 취득세를 추징하면서 중과세율을 적용하여 취득세를 과세한 처분의 적법 여부
  • 나. 관련 법령 등: 〈별지〉기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로 법인등기부상 목적사업은 전자·전기·통신·정보통신·광학·음향과 기타 기계기구 관련 부품의 제조·가공 등인 것으로 법인등기부상 확인된다. (나) 청구법인은 2009.2.5. 쟁점토지에 대하여 잔금을 지급하고 취득한 후 2009.4.30. 기업부설연구소용 부동산으로 취득세 등 감면신청을 하여 처분청으로 취득세 등을 면제받은 사실에는 당사자간 다툼이 없다. (다) 청구법인은 2011.9.2. 쟁점토지 상에 쟁점건물을 신축하였으며, 쟁점건물은 지하 4층, 지 상6층의 건물로서 지하 1층부터 지상 6층까지의 용도는 교육연구시설(연구소, 연구지원시설)인 사실이 건축물대장에서 확인된다. (라) 청구법인의 사업자등록증에 따르면, 쟁점건물을 사업장 소재지로, 개설일은 2011.9.2.로, 사업장명은 OOO로 하여 사업자단위과세 적용 종된사업장으로 등록한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2007.5.17. OOO을 소재지로 한 OOO와 2007.6.21. OOO을 소재지로 한 OOO를 각각 기업부설연구소로 인정받은 사실이 제출된 인정서 2매에서 확인된다. (바) 청구법인은 OOO 쟁점건물 면적의 67.47%인 34,799.54㎡에 대하여 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인증받았으며, 세무조사 이후에 쟁점건물에 대해 2차례에 걸쳐 기업부설연구소로 추가인증을 받아 OOO 쟁점건물 전체를 기업부설연구소로 인증받은 사실이 한국산업기술진흥협회장이 발행한 문서OOO에서 확인된다. (사) 처분청은 OOO와 합동으로 2012.5.21.부터 2012.5.22.까지 청구법인에 대해 세무조사를 실시하고, 쟁점건물의 사용현황에 따라 재산정한 과세구분 내역은 아래 〈표2〉와 같다. (아) OOO에서 청구법인의 요청에 따라 2012.11.1.과 2011.11.28. 2차에 걸쳐 쟁점건물 및 청구법인의 본점이 소재한 OOO 소재 본점 빌딩에 현지 확인을 한 후 작성한 출장복명서상 조사내용은 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 청구법인이 쟁점건물과 그 부속토지가 모두 기업부설연구소에 해당되므로 취득세 감면대상으로 보아야 한다는 주장에 대하여 살피건대, 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항과 같은 법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24425호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제1항의 규정을 종합하면, 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다)에 대하여는 취득세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2012.9.28. 대통령령 제24123호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제16조 제1항, 같은 법 시행규칙 제2조 제1항 각 호의 규정을 종합하면, 기업부설연구소는 해당 연구소에 근무하는 연구전담요원, 독립적인 연구공간, 연구기자재와 부대시설을 각각 갖추고 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정받은 기관을 기업부설연구소로 보도록 규정하고 있는바, 지방세특례제한법제46조 제1항에서 규정하는 취득세 면제대상이 되는 기업부설연구소용 부동산이 되기 위해서는 당해 부동산을 취득한 후 4년 이내에 독립적인 연구공간을 갖추고 연구인력 및 연구기자재 등을 기업부설연구소에 적합한 시설을 갖추어 이러한 연구인력 등이 실제 연구개발활동을 수행하면서 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소 인정을 받은 부동산에 한하여 취득세 면제대상에 해당된다고 보는 것이 타당하다 할 것으로서 청구법인의 경우를 보면, 쟁점건물 전체를 기업부설연구소용 부동산으로 하여 기업부설연구소로 인정을 받았지만, 쟁점건물에 설치된 사업개발본부와 해외사업본부의 경우 직접적으로 연구활동에 종사하는 부서로 볼 수는 없다 할 것이고, 당해 조직이 수행하는 역할이 연구개발본부의 연구와 관련하여 사전에 개발계획에 대한 협의 등을 통하여 구체적으로 OOO의 개발계획을 수립하는 업무로서 이러한 업무가 연구개발본부의 연구개발활동과 밀접한 관련이 있는 활동이라고 하더라도 이를 직접적으로 기업부설연구소 중추적인 구성요소인 연구인력, 연구기자재 등이 설치된 연구공간에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이므로 사업개발본부 등이 사용하는 부동산이 기업부설연구소에 해당된다는 청구주장은 인정할 수 없다 하겠으며, 쟁점건물의 5층에 설치된 경영관리본부의 구매기획팀 등과 해외구매팀 등의 경우에도 직접적으로 연구개발업무에 관련된 부서라기 보다는 외부적인 구매활동을 하는 부서로서 사업개발본부 등과 달리 취급할 아무런 이유가 없다고 보아야 할 것이다. 반면, 쟁점건물의 지하 1층 복도와 하역장의 경우 지하 1층에 주로 연구시설이 설치된 부분의 공용면적인 복도로 사용되는 부분과 쟁점건물에 설치된 연구소와 관련된 물품의 하역을 위한 장소로 사용되고 있는 것으로 보여지므로 이러한 복도와 하역장의 주된 설치 목적 및 이용상태가 기업부설연구소와 주로 관련이 있다고 보여지므로 이러한 면적을 공용면적으로 보아 안분하여 일부를 기업부설연구소에서 제외한 것은 잘못이라 하겠다. (나) 다음으로, 쟁점건물에 설치된 부서인 사업개발본부 등이 사용하는 부동산이 본점용 부동산에 해당하는지 여부를 살피건대, 지방세법제13조 제1항과 같은 법 시행령 제25조 및 구 지방세법제112조 제2항과 같은 법 시행령 제85조의2 제3항의 규정을 종합하면,수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역에서 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 건축물(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 증축하는 경우 당해 건축물과 그 부속토지에 대하여는 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으며, 위의 규정에서 중과세 대상을 본점 및 주소무소의 사무소로 사용하는 부동산으로 규정하고 있을 뿐, 본점 또는 주사무소의 범위에 대하여는 구체적으로 규정하고 있지 아니하므로 대도시내 본점용 부동산에 대한 중과세의 입법취지와 본점이라는 용어의 문언적 의미에 비추어 본점에 해당되는지 여부를 판단하여야 할 것으로서, 일반적으로 본점이라 함은 여러 개의 사업장을 운영하면서 사업활동을 하는 법인에 있어서 법인의 주된 업무를 지휘·통제를 하는 활동이 이루어지는 사업장을 의미한다 할 것이고, 이러한 본점은 상법상 등기하여야 할 사항인 점을 고려하면 지방세법상 취득세 중과세대상이 되는 본점용 부동산에 해당되는지 여부를 판단함에 있어서 본점이란 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사․기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정, 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 본점에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 바, 청구법인은 OOO로서 국내거래처가 OOO으로 특정되어 있기 때문에 일반적인 법인과 같이 다양한 대외적인 영업활동이 필요하지 아니한 형태의 법인으로서 영업활동보다는 연구개발과 생산이 주된 업무에 해당된다는 특수성이 있고, 이러한 특수성을 감안하여 연구개발과 생산활동에 종업원의 대부분이 종사하고 있으며, 청구법인은 당초 OOO에 소재한 OOO에 본점을 두고 있을 당시 본점 조직으로서 OOO 등을 두고 있었으나, 쟁점건물을 신축한 후 조직을 재편하는 과정에서 OOO에서 수행하던 업무 중 주요 의사결정을 하는 최고경영자 등과 이들을 보좌하는 조직인 전략기획팀 등은 등기부상 본점인 OOO으로 이전하고 사업개발본부 와 경영개발본부 등은 쟁점건물로 이전하였다가 OOO 등은 다시 본점으로 이전하였는 바, 이와 같이 청구법인의 경영환경에 따라 기존의 본점을 재편하면서 기존의 본점조직 중 일부가 쟁점건물로 이전하였던 것으로서, 청구법인의 주된 의사결정권자는 등기부상 본점에 근무하면서 청구법인의 총괄적인 업무를 수행하고 있으며, 쟁점건물에 설치된 사업개발본부 등이 다른 청구법인의 업무를 총괄 지휘․감독하는 역할을 수행하고 있다고 볼 수 있는 아무런 근거가 없고, 실제 사업개발본부 등이 수행하는 역할도 연구개발본부의 지원을 위한 부서로서의 역할에 그치고 있으며, 사업개발본부 등이 경영에 필수 불가결한 조직으로서 본점과 불가분의 관계에 있다고 보여지지도 아니함에도, 처분청이 이러한 사업개발본부 등이 기존에 본점에 속하였던 조직이라고 하여 본점의 재편성이 이루어진 이후에도 계속하여 본점조직에 해당된다고 보아 그 사용 부동산을 본점용 부동산에 대한 중과세율을 적용하여 취득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)