청구법인이 쟁점토지를 다른 토지와 교환을 목적으로 취득한 경우 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지로 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2011지0827

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은 2012.6.27. 공유수면매립토지인 OOO(이하 “쟁점1토지”라 한다)를 원시취득한 후 총 공사비 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 OOO원을 신고납부하였고, 2013.1.18. OOO(이하 “쟁점2토지”라 하며, 쟁점1토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 OOO으로부터 매매를 원인으로 취득하고 매매가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 OOO원을 신고납부하였다. 나.청구법인은 2012.10.15. 쟁점1토지를 국유지인OOO 1필지 토지 379.4㎡와 교환하고, 2013.3.12. 쟁점2토지를 국유지인OOO 1필지 토지 182.6㎡와 교환하였으며, 교환에 따라 취득한 토지는지방세특례제한법제14조에서의수산업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.

• 다. 청구법인은 2013.4.23. 쟁점토지에 대하여 당해 토지를 고유업무에 사용하지 아니하고 교환한 것에는 정당한 사유가 있으므로 취득세 등의 면제대상에 해당된다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2013.5.15. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인 외 2개 조합OOO은 공동으로 위판장 부지 조성을 위하여 OOO를 시행하였던 것으로서, 공유수면매립공사가 준공되면 매립지에 새로이 조성되는 물양장(소형부두)은 국가에 귀속되므로 용도폐지되는 기존의 물양장 등에 대하여는 무상양여를 요청하였으나, OOO의 협의결과 기존 물양장의 무상양여는 불가하다고 회신함에 따라 OOO은 위판장 등의 건립사업을 지원하기 위하여 매립공사 총사업비 범위내에서 기존 물양장 부지를 청구법인 등이 취득하고 신규매립지에 조성되는 물양장은 무상대부를 받는 것으로 OOO 준공계획을 수립하였다가 매립공사의 준공시점에서 OOO에서 신규매립지의 소유권을 취득한 후 기존 물양장과 등가교환을 하도록 방침을 변경하였으며, 이에 따라 기존 물양장을 취득하여 위판장 용도로 사용할 경우 취득세를 전액 감면 받을 수 있음에도 불구하고 OOO의 방침 변경으로 부득이 신규매립지 취득한 후 기존 물양장과 등가교환을 추진함으로써 쟁점토지에 대하여 취득세를 신고납부하였던 것으로서, 이는 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 교환을 할 수 밖에 없었던 불가피한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 국유지와 교환을 하게 된 것은 공유수면매립 면허권자인 OOO의 매립공사 준공 방침의 변경에 기인한 것이므로 부득이하게 이를 취득하였다가 교환한 정당한 사유가 있기 때문에 쟁점토지에 대하여 취득세를 면제하여야 한다고 주장하나, OOO 준공에 따른 토지소유권 취득과 관련하여 OOO에서는 신규 매립지의 물양장을 국가로 귀속함에 따라, 용도 폐지되는 기존 물양장을 청구법인과 OOO 등에 무상양여해 줄 것을 요구한 바 있고, 2012년 3월 OOO은 청구법인 등의 위판장 건립 지원을 위해 총사업비 범위내에서 기존 물양장 부지를 취득하고 신규 매립지에 대해서는 무상대부 방안 등을 검토한 바 있으나, 이후 OOO와의 협의과정에서 매립면허취득자가 총사업비에 상당하는 소유권을 취득할 수 있는 토지는 그 매립으로 인한 신규매립지에 대해서만 적용된다는 유권해석을 함에 따라 청구법인 등 2개조합의 OOO 준공검사 요청에 대하여 행정절차상 신규 매립지인 쟁점토지에 대하여 소유권을 취득한 이후 기존 물양장 부지와의 양여 절차가 이행되어야 한다고 보완 의견을 제시하여, 그 결과에 따라 쟁점토지를 취득한 후 이를 국유지와 등가교환을 추진하게 되었음을 알 수 있다. 지방세특례제한법제14조 제3항에서 규정하고 있는“고유업무에 직접 사용하기 위하여취득하는 부동산”이라 함은그 부동산의 취득자가 그 토지의 사용주체로서 자신의목적사업에 직접 사용하기위하여 취득하는 것을 의미하고, 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 고유업무에 직접사용하기위하여 취득한 것이 아니라 위판장 건립 등을 위해국유지인 기존 물양장 부지와 교환하기 위하여 취득한 것이므로취득세 등 면제대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이다(조심 2011지827, 2012.2.29., 같은 뜻임) 또한, 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 교환한 것에 정당한사유를 인정할 수 있는지 여부를 보면, “정당한 사유”의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 할 것인바, 청구인이 쟁점토지를 취득한 것은 단지행정절차상 기존 물양장과 교환을목적으로 취득한 것에 불과하고 그 사유가청구법인의 요구에 의한 것이므로 쟁점토지를 고유업무에 사용하지 아니하고 매각한 데에는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유없이 매각한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에대한 감면)③농업협동조합법에따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다),산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 어업을 경영하는 조합원의 생산성을 높이고 수산물의 판로확대 및 유통의 원활화 등을 위해 수산업협동조합법에 의하여 설립된 법인이다. (나) OOO에서 작성한 OOO의 주요 관련내용은 다음과 같다. (다) OOO은 2012.6.21. 청구법인 등 사업시행자가 제출한 공유수면 매립공사 준공검사 신청에 대하여 아래와 같이 보완을 요청한 사실이 관련 공문OOO에서 확인된다. 유관기관 협의결과, 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 의하여 기존 용도폐지되는 물양장 및 신규 매립지에 대하여 총사업비 범위내에서 소유권 취득은 가능하나, 행정절차상 신규매립지에 대하여 소유권을 취득한 이후 국유재산법에 의하여 기존 물양장 부지와 양여 절차가 이행되어야 할 것으로 판단되므로, 금회 매립공사로 인한 소유권 취득 부지는 신규 매립된 위판장 부지에 대하여 관련서류를 보완하여 주시기 바람」 (라) OOO에서 2012.6.27. 청구법인을 포함한 OOO에게 OOO 매립공사 준공검사 확인증을 교부하면서 첨부된 신규 매립지 현황은 아래〈표1〉과 같다. (마) 청구법인은 아래〈표2〉와 같이 교환계약을 체결하여 쟁점토지와 국유지를 교환한 사실이 교환계약서 및 부동산등기부등본에서 확인된다. (바) 쟁점토지는 기존의 물양장으로 사용되던 부지의 전면에 위치한 공유수면을 매립하여 조성된 토지인 것으로 지적도, 인터넷 지도 등에서 나타난다. (사) OOO은 2012.8.14. 신고조성된 물양장 등의 관리와 관련하여 청구법인 등에게 신규매립지인 쟁점토지와 국유지인 기존 물양장부지의 교환에 대한 의견조회를 하였고, 청구법인은 같은 날 이러한 교환계획에 응하는 의사표시를 한 사실이 청구법인이 OOO에 보낸 문서OOO에서 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 공유수면매립과 매매로 취득한 쟁점토지를 국유지와 교환한 것은 OOO이 당초 공유수면매립허가를 하면서 기존의 위판장으로 사용하던 국유지를 무상양여하기로 하였으나 관련 법령의 제약으로 무상양여가 불가하므로 이를 교환하도록 함에 따라 교환한 것이기 때문에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 지방세특례제한법제14조 제3항과 같은 법 제94조 본문 및 제1호의 규정을 종합하면, 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다)이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 청구법인 등 공유수면매립사업 시행자들은 당초 위판장, 물양장 등을 조성할 목적으로 공유수면매립공사를 시행하면서 기존의 물양장을 무상양여받기로 하였다가 OOO의 무상양여 불가의견에 따라 청구법인 등이 기존의 물양장부지를 취득하면서 새로이 조성되는 신규매립지의 물양장 등은 무상대부받은 것으로 OOO와 협의하고 사업을 추진하다가, OOO에서 공유수면매립지의 경우 우선 사업시행자가 이를 취득한 후 기존의 물양장부지와의 교환을 하여야 한다는 의견에 따라 쟁점토지를 우선 취득한 후 이를 기존의 물양장부지와 교환하는 것으로 하여 공유수면매립공사 준공검사를 받았던 점에서 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 이미 위판장 등 고유업무에 사용하지 아니하고 교환하기로 계획되어 있는 토지를 취득하였으므로 취득 당시부터 쟁점토지가 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당된다고 보기 어렵다고 보이며, 설령, 쟁점토지의 취득 당시 취득목적이 고유업무에 사용하기 위한 것이라 하더라도 취득 이전에 이미 교환하기로 OOO와 협의가 된 상태에서 취득 이후에 이를 교환한 것은 취득 이전에 존재하던 사유로 인하여 고유업무에 사용하지 아니하고 교환한 것으로서 이를 정당한 사유로 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 취득세 면제대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.