[요지] 청구법인이 쟁점부동산을경기도 도세 감면조례제21조 제1항 제2호의 규정에 따라 취득세 등을 면제받은 후 추징되었다 하더라도, 처분청이 청구법인은 쟁점부동산 취득 당시에 창업중소기업 감면요건을 충족하고 있다고 인정하고 있는 이상, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못임
[요지] 청구법인이 쟁점부동산을경기도 도세 감면조례제21조 제1항 제2호의 규정에 따라 취득세 등을 면제받은 후 추징되었다 하더라도, 처분청이 청구법인은 쟁점부동산 취득 당시에 창업중소기업 감면요건을 충족하고 있다고 인정하고 있는 이상, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못임
[참조결정] 조심2011지0370
[주 문] OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
(1) 청구법인의 업종은 협동화사업 감면대상이 될 뿐만 아니라OOO상의 감면이 인정되지 않더라도조세특례제한법제119조 및 제120조의 규정에 따라 창업중소기업에 해당되므로,지방세법제294조(중복감면의 배제)의 규정에 따라 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것을 적용하도록 되어있으므로 창업중소기업에 따른 취득세 등을 감면하여야 한다. (2)청구법인은 2005.11.4. 설립된 법인으로 OOO로부터 2007.8.13. 협동화사업실천계획승인을 받은 추진주체이고, 참가업체는 상기 협동화사업을 위해 출자하였으며, 청구법인은 협동화사업을 추진하기 위하여 2008년 11월부터 2009년 6월까지 쟁점토지를 취득하고 그 지상에 건축물을 신축하여 물류창고를 관리 운영하고 있으며,OOO제21조 제1항 제2호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 감면 받은 바 있다. 처분청은OOO제21조 제1항 제2호의 규정에 따른지방세법 시행규칙별표 3(공장의 종류)의 규정에서 정한 제조시설 등을 갖추어 직접적으로 공장을 운영하지 않는다고 하나, 참가업체들이 물류사업을 영위하기 위하여 내부규약에 따라 공동으로 출판물의 보관창고로 사용하고 있고OOO제21조 제1항 제2호에서 규정한 “직접 사용”의 의미에 따라 지방세법 시행규칙 별표 3(공장의 종류)의 규정에서 정한 “서적출판업”의 협동화 사업의 창고, 물류공동화라는 “물적시설”을 협동화사업의 목적대로 직접 사용하는 것으로 보는 한 처분청의 이 건 쟁점부동산의 취득세 등의 부과처분은 부당하다. 나.처분청 의견 (1)지방세법에서 지방세를 감면받고자 하는 자에게 지방세 감면신청을 하도록 한 취지는 납세의무자로 하여금 지방세 감면에 필요한 증빙서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로(대법원 1993.5.25.선고 92누17273 판결, 같은 뜻) 납세의무자가 신청한 감면규정보다 납세의무자에게 더 유리한 감면규정이 있는 경우에는 처분청은 직권으로 더 납세의무자에게 유리한 규정을 적용하여지방세를 감면을 하여야 할 것이나(조심 2011지370, 2011.11.9., 같은 뜻임) 청구법인이 쟁점부동산을OOO제21조 제1항제2호에서중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률의 규정에 의한 협동화사업실천계획승인을 얻어지방세법 시행규칙별표 3에 의한 업종의 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 또는 참가업체가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제받은 이상, 청구법인은 당초 창업중소기업에 대한 감면신청을 취소하고 협동화사업에 대한 감면 신청을 한 것으로 보아야 하는 점,지방세법에서 동일한 과세대상에 대하여 2이상의 감면규정이 적용되는 경우 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있으므로 추후 처분청이 감면한 지방세를 추징하는 경우에도 당초 지방세 감면의 근거가 된 조항의 추징 규정을 따르는 것이 조세공평에 부합된다고 보이는 점(조심2011지370, 2011.11.9. 참조) 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산이지방세법 시행규칙 별표 3(공장의 종류)의 규정에서 정한 업종에 해당하는 협동화사업에 직접 사용하기 위한 공장이 아닌 생산품 등을 보관하는 창고에 해당한다고 보아 쟁점부동산의 취득가액 등을 부과고지한 것을 정당하다. 다만, 청구법인이조세특례제한법제6조 및 같은 법 시행령 제5조에 따른 창업중소기업 감면대상 해당 여부에 대하여는 ① 청구법인은 (구)조세특례제한법제6조 제3항 제18호 및 (구)조세특례제한법 시행령제5조 제8항의 규정에 따라 대통령령으로 정하는 물류산업 중 창고업에 해당되며,조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제1호에 따라 상시 사용하는 종업원이 30여명, 매출액이OOO으로 대상 업종 및 규모기준이 창업중소기업에 해당되고, ②조세특례제한법제6조 제4항에 따른 감면요건을 살펴보면 청구법인은 종전의 사업을 승계하거나 사업용 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 것이 아닌 신규로 사업을 개시하였고, 청구법인의 주주, 대표이사 및 임원들이 본 사업 이전에 동종사업인 창고업을 영위하지 않았으며, 기존에 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립한 경우에도 해당되지 않는다. 아울러 기존 사업자 또는 법인이 동종 사업을 확장하거나 업종을 추가한 것으로 볼 수 없으므로 창업에 해당되며, ③ 청구법인은조세특례제한법제119조 제3항 제1호 및 같은 법 제120조 제3항의 규정에 따라 2005.11.4. 창업하여 4년 이내인 2008.11.20. 과세대상 물건을 취득하였고, OOO은조세특례제한법제6조 제1항에 따른 수도권과밀억제권역 외의 지역이므로 창업중소기업의 감면 요건에 부합하므로 청구법인은조세특례제한법제6조 및 같은 법 시행령 제5조에 따른 창업중소기업 세액감면 대상에는 해당되는 것으로 판단된다. 3.심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 제6조(창업중소기업등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다), 영화산업(영화 및 비디오제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업·대통령령이 정하는 관광객이용시설업·국제회의업·유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업, 무역거래기반조성에관한 법률에 의한 무역전시산업, 학원의설립·운영 및 과외교습에 관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다. 제119조(등록세의 면제등) ③ 다음 각 호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기
2. 창업중소기업의 법인설립의 등기 제120조(취득세의 면제 등) ③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑧ 제6조 제3항 제18호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 운수업 중 화물운송업, 화물취급업,보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 형량 서비스업 및항만법에 따른 예선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업(이하 “물류산업”이라 한다)을 말한다.
(3) 지방세법 제294조(중복감면의 배제) 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다.
(4) 농어촌특별세법 제4조 (비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
2. 조세특례제한법 제6조, 제119조 제3항 또는 제120조 제3항의 규정에 의한 세액감면 및 동 법 제7조의 규정에 의한 중소기업에 대한 특별세액 감면
(5) OOO 감면조례(2007.12.10. 시행, 조례 제3687호) 제21조(농어촌특산품생산단지등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호 내지 제2호의 경우에 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서는 그러하지 아니하다. 2.중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률의 규정에 의한 협동화사업실천계획승인을 얻어지방세법 시행규칙별표 3에 의한 업종의 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 또는 참가업체
② 제1항의 규정에 의한 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우와 공장을 분양·임대하기 위하여 부동산을 취득한 자가 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일부터 5년 이내에 당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양·임대한 경우 그 해당 부분에 대하여는 제1항의 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
1. 공장을 가동하거나 사업을 개시하기 전에 타인에게 양도하는 경우
2. 공장 또는 사업에 필요한 시설의 사용승인서 교부일 이후 정당한 사유없이 6월이내에 지정된 제품의 생산 또는 사업을 하지 아니하는 경우
3. 부동산을 취득한 후에 정당한 사유없이 취득한 날부터 1년이내에 지정한 공장 또는 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우
(6) 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “협동화”란 여러 중소기업자가 공동으로 행하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
② 협동화기준에 따라 협동화실천계획을 세워 시행하려는 자는 그 협동화실천계획에 형질변경이나 기반시설공사를 수반하고 대통령령으로 정하는 면적 이상인 단지조성사업(이하 "단지조성사업"이라 한다)이 포함되는 경우에는 제1항에도 불구하고 시·도지사의 승인을 받아야 한다. 승인을 받은 계획 중 지식경제부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
(7) 지방세법 시행규칙 [별표 3] 공장의 종류
8. 출판, 인쇄 및 기록매체 복제업 221 출판업 2211 서적 출판업 22110 서적 출판업 다.사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2007.8.13. OOO로부터 협동화사업 실천계획을 승인통보 받았다. (나) 처분청은 청구법인이 2008.11.20., 2009.6.16. 쟁점부동산을취득(매매)한 후 취득세 등을 신고한 데 대하여,OOO제21조 제1항 제2호의 규정에 따라 협동화사업 실천계획 승인에 따른 협동화 사업에직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였다. (다) 처분청은 2013.8.12. 쟁점부동산에 대하여 2013년 연천군 종합감사 결과(2013.6.17.～2013.6.25.) 처분요구사항이 통보되어,쟁점부동산은지방세법 시행규칙별표 3(공장의 종류)의 규정에서 정한 업종에 해당하는 협동화사업에 직접 사용하기 위한 공장이 아닌 생산품 등을 보관하는 창고에 불과함에 따라 쟁점부동산의 취득가액OOO을2013.9.13.부과고지하였다. (라) 처분청은 청구법인의 2013.11.13. 창업중소기업 감면신청에 대하여, 2013.11.25.“지방세특례제한법제96조(중복감면의 배제)[(구)지방세법 제294조] 등의 사안으로 검토 중이며, 더불어 지방세관계법에 따른 필요한 처분을 받지 못함으로써의 권리는지방세기본법제119조에 따라 불복청구를 할 수 있음”이라고 1차 회신하였고, 2014.11.3. “협동화사업 감면신청 후 협동화 공장용 부동산 및 협동화 사업용도에 해당되지 않아 취득세 등을 부과처분한 것은 정당하며, 협동화사업 감면의 추징으로 인하여 조세감면 변경신청을 한 것에 대하여는 지방세법제294조(중복감면의 배제)의 규정에 따라 받아들일 수 없다”고 2차 회신하였다.
(2) 처분청과 OOO를 제출하였으며 그 내용은 아래와 같다. (3)지방세법제294조는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,지방세법제294조는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점부동산을경기도 도세 감면조례제21조 제1항 제2호의 규정에 따라 취득세 등을 면제받은 후 추징되었다 하더라도, 청구법인이 2013.11.13. 창업중소기업 감면신청을 하였고, 처분청이 청구법인은 창업중소기업 감면요건을 충족하고 있다고 인정하고 있으므로, 처분청이지방세법제294조를 들어 청구법인의 창업중소기업 감면 적용은 중복감면에 해당한다고 보아 감면을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단되고, 나머지 청구주장은 심리 실익이 없어 그 판단을 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.