청구법인이 쟁점부동산을 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래에 따라 취득한 것으로 보아, 쟁점부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO이 2013.8.19. 청구법인에게 한OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2013.6.28. 매매를 원인으로 OOO(이하 “쟁점조합”이라 한다)으로부터 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후 법인장부상 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 OOO원을 신고 납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점조합이 영리법인에 해당되고, 쟁점조합의 OOO이 청구법인의 주주와 그 친족으로서 청구법인과 쟁점조합은 특수관계에 있는 법인에 해당되며, 이와 같이 특수관계인 간의 거래로 인한 경우에는 법인장부가액을 사실상의 취득가액으로 볼 수 없다고 보아 쟁점부동산의 시가표준액OOO을 과세표준으로 하여 산정한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 OOO원을 2013.8.19. 청구법인에게 부과하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점조합이 건축한 공동주택의 시공사로서 건축 후 조합원 이외의 일반분양분 아파트가 정상적으로 분양되지 아니하여 공사비를 지급받지 못하던 상태에서 쟁점조합이 쟁점부동산에 대한 매수청구를 함에 따라 미수공사비 OOO원과 쟁점부동산의 매매대금을 상계하는 방식으로 쟁점부동산을 취득한 것으로서, 처분청은 청구법인의 주주가 친족으로 구성되어 있고, 쟁점조합이 비영리법인이며 조합장 등이 청구법인의 주주 등과 친족인 사실을 근거로 특수관계인간의 거래로 보았으나, 일반 재건축조합은 설립근거가 주택건설촉진법이고, 법인등기를 하지 아니하며, 비영리법인으로 사업자등록을 하지만, 쟁점조합과 같은 재건축정비조합은 설립근거가 도시 및 주거환경정비법이고, 법인등기를 하며, 영리법인으로 사업자등록을 하는 점에서 서로 상이하며, 국세청 해석사례(서이 46012-11269, 2003.7.5.)에서도 재건축정비조합이 영리법인에 해당된다고 해석하고 있고, 쟁점조합과 같은 재건축정비조합은 정관상 자금의 차입, 비용의 징수, 임원의 선임 및 해임 등의 주요 의사결정을 조합원 총회에서 의결하도록 법률에서 명시하고 있으며, 이에 따라 사업추진 절차상 주요 의사결정은 조합원의 동의를 받아야 하므로 임원이 조합의 주요 의사결정에 지배적인 영향력을 행사할 수도 없음에도 처분청에서 쟁점조합을 비영리법인으로 보고 조합장 등이 지배적인 영향력을 행사하는 것으로 보아 쟁점조합과 청구법인간 쟁점부동산의 매매거래를 특수관계인간의 거래에 해당된다고 판단한 것은 잘못이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점조합의 조합원이고, 쟁점조합의 정관 제30조에서 “조합의 운영 및 사업시행을 위한 자금은 다음 각 호에 의하여 조달한다”고 규정하면서, 그 제1호에서 “조합원이 현물로 출자한 대지 및 건축물”이라고 규정하고 있음을 볼 때 조합원인 청구법인은 쟁점조합의 출자자의 지위를 가진다고 보아야 할 것이고, 조합정관 제20조 제1항 및 제22조 제1항에서 “조합원 전원으로 구성하는 총회는 조합원 과반수 출석으로 개의하고 출석조합원의 과반수 찬성으로 의결한다”고 규정하고 있음을 볼 때, 의결권은 조합원이 현물출자액 비율로 행사하는 것이 아닌 ‘조합원 1인1표제’라 할 것이므로 청구법인의 출자지분은 총조합원수에 대한 해당 조합원수 비율인 OOO이라 할 것(이에 대하여 청구법인은 2013.7.30. 작성한 답변서에서 그 출자지분을 인정하고 있다)이어서 출자지분이 1/100 이상이므로, 청구법인은 법인세법 시행령에서 규정하고 있는 쟁점조합의 소액주주 등이 아닌 “주주 등”에 해당한다고 할 것이다. 그러므로, 청구법인은 쟁점조합의 “주주 등”으로서 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호에 따라 쟁점조합의 특수관계인에 해당한다 할 것이고, 쟁점부동산의 거래가액이 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상이므로 청구법인의 쟁점부동산 취득은 「법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득에 해당한다 할 것인 바, 청구법인의 법인장부상 취득가액이 아닌 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인과 쟁점조합을 특수관계에 있는 법인간의 거래로 보아 매매계약서상의 매매대금을 부인하고 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세등을 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령: 〈별지〉에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 쟁점조합은 2003.7.31. 설립등기를 하였고, 현재 조합장은 OOO, 이사 OOO, 감사 OOO가 임원으로 각각 법인등기부상 등재되어 있다. (나)쟁점조합의 정관상 조합원의 자격 등에 관한 사항은 다음과 같다. (다) 쟁점조합의 조합원은 OOO이 있으며, 그 중에는 청구법인과 청구법인의 주주 및 그 친족 OOO이 포함되어 있는 것으로 조합원 명부에 나타난다. (라) 청구법인은 1992.1.30. 토목, 건축 및 포장공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 임원으로 대표이사 1인OOO, 사내이사 3인OOO, 감사 OOO이 법인등기부상 각각 등재되어 있다. (마) 청구법인은 대표이사인 OOO과 그의 친족이 주식 OOO를 소유하고 있는 것으로 주식등 변동상황명세서에 확인된다. (바) 가족관계증명서상 OOO은 자매간이고 그들의 배우자가 각각 OOO이며, OOO의 자녀로 OOO가 있고, OOO의 배우자가 OOO인 것으로 확인된다. (사) 청구법인은 2013.6.28. 쟁점조합과 쟁점부동산 중 OOO에 대하여 매매대금을 OOO원으로, OOO에 대하여 매매대금을 OOO원으로 하여 매매계약을 각각 체결한 것으로 2건의 매매계약서에서 나타난다.

(2) 이에 대하여, 청구법인은 쟁점조합이 영리법인이고 주요 의사결정은 조합원 총회를 통하여 이루어지므로 청구법인이 쟁점조합에 지배적인 영향력을 행사하는 법인에 해당되지 아니하기 때문에 특수관계인간의 거래에 해당되지 아니한다고 주장하며, 처분청은 청구법인이 쟁점조합의 주주에 해당될 뿐만 아니라, 쟁점조합이 비영리법인이고 그 임원이 모두 청구법인의 주주와 친족관계에 있는 자들이므로 청구법인과 쟁점조합간의 거래는 특수관계에 있는 자들간의 거래에 해당된다는 의견이므로 이를 살펴본다. (가) 지방세법 제10조 제5항에서 본문과 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하되, 증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법제101조 제1항 또는 법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득의 경우에는 이를 제외한다고 규정하고 있고, (나) 법인세법제52조 제1항에서 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 87조 제1항 본문 및 각 호에서 특수관계인의 범위를 정하면서 그 제2호에서는 ‘주주등(소액주주등을 제외한다)과 그 친족’, 제4호에서는 ‘해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 특수관계인으로 규정하고 있고, 국세기본법 시행령제1조의2 제4항 제1호에서 영리법인인 경우 ‘법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우’나‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우’를, 제2호에서 비영리법인인 경우 ‘법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우’나 ‘법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우’에 지배적인 영향력을 행사하는 것으로 본다고 규정하고 있다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점조합의 조합원이므로법인세법 시행령제87조 제1항 제2호의 규정에 의하여 쟁점조합과 특수관계에 있는 것으로 보아야 한다는 의견이나, 법인세법 시행령제87조 제1항 제1호 내지 제3호의 경우 임원의 임명 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자, 주주등, 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인과 그 친족으로서 이는 주로 개인의 경우에 있어서 법인과 특수관계에 있는 자를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로, 이 건의 경우는 법인인 쟁점조합과 청구법인이 특수관계에 있는지 여부를 판단함에 있어서 이를 적용하기에는 부적합하다고 보인다. (라) 다음으로, 이 건의 경우에 있어서 법인세법 시행령제87조 제1항 제4호 및 제5호를 해당되기 위해서는 같은 항 제1호 내지 제3호에 해당하는 자를 통하여 당해 법인에 지배적인 영향력을 행사할 수 있어야 하고, 국세기본법 시행령제1조의2 제4항에서 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 보는 경우를 영리법인과 비영리법인의 경우로 구분하고 있으며, 영리법인의 경우‘발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우’이거나‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우’로 규정하고 있는바, (마) 쟁점조합은 도시 및 주거환경정비법에 의하여 설립된 법인으로서 법인세법제1조 제2호에서 “비영리내국법인”이란 내국법인 중 민법 제32조에 따라 설립된 법인, 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다), 국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)를 말한다고 규정하고 있는데, 쟁점조합은 이러한 법인에 해당된다고 볼 수 없고, 사업자등록도 영리법인으로 사업자등록을 한 점 등에 비추어 쟁점조합은 영리법인에 해당된다고 보인다. (바) 위와 같이 쟁점조합을 영리법인으로 볼 경우국세기본법 시행령제1조의2 제4항 제1호의 규정에 의하여 지배적인 영향력이 있는지 여부는‘발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우’이거나‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우’에 해당되어야 할 것으로서,청구법인이 쟁점조합의 조합원이긴 하나 조합원의 경우 그 의결권이 평등하다고 정관상 규정하고 있으므로 OOO의 조합원 중 청구법인과 그 주주 및 친족이 쟁점조합의 조합원 중 OOO에 불과하므로 청구법인이 발행주식 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우로 볼 수는 없다 하겠고, 쟁점조합의 경우 임원의 선임 등 주요 의사결정 사항은 관련법령 및 정관에 의하여 조합원 총회의 의결로 결정하도록 하고 있으므로 청구법인의 주주와 쟁점조합의 임원이 친족관계에 해당된다고 하여 청구법인이 주주 등을 통하여 쟁점조합에 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 볼 수 없다 하겠다. (사) 따라서,청구법인이 쟁점조합과 특수관계에 있는 것으로 보아 처분청이 쟁점부동산에 대하여 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.