쟁점금액의 공급시기를 2009년으로 보아 부가가치세를 과세

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO부터 토목엔지니어링/서비스업을 영위하는 사업자로서, OOO에게 OOO(이하 “쟁점설계용역”이라 한다)을 제공하면서 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서를 발급(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)하고 쟁점세금계산서의 공급시기를 OOO로 보아 2008년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점금액을 과세표준에 포함하여 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서의 공급시기는 OOO로 보아 OOO 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다(2014.7.9. 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 부가 가치세를 납부하였다 하여 납부불성실가산세 OOO원을 직권 감액경정하였음)
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.6. 이의신청을 거쳐 2014.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 쟁점금액에 대한 처분청의 부가가치세 과세결정 오류 (가) 처분청이 OOO 쟁점금액 상당의 쟁점설계용역의 신고누락에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 OOO원〔본세 OOO원, 가산세 OOO원(세금계산서불성실가산세 OOO원, 신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원)〕을 경정․고지하였다가,국세기본법제47조의4 제6항의 “국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고·납부한 경우에는 실제 신고․납부한 날에 신고․납부한 금액의 범위에서당초 신고·납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진 납부한 것으로 본다”라는 규정에 의거 당초 고지한 세액 중 납부불성실가산세 OOO원을 감액경정하여 환급하였으나, 쟁점금액에 대해 2008년 제2기분으로 납부한 부가가치세액은 기납부세액으로 이 건 2009년 제1기 부가가치세에서 차감하지 않아, 결과적으로 쟁점금액에 대한 부가가치세가 이중으로 납부되었다. (나) 또한, 청구법인은 쟁점금액에 대해 2008년 제2기분으로 부가가치세를 신고하였고, 처분청에서는 2009년 제1기분으로 결정하였으나, 동일 건에 대해 귀속시기를 달리보는 것일 뿐, 쟁점설계용역에 대한 총매출액은 OOO원(공급가액)임에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 즉, 쟁점세금계산서에 대해 청구법인이 귀속시기를 잘못 적용하여 부가가치세를 신고․납부했더라도 동일 건에 대하여 이중으로 신고․납부된 것이 확인되는 만큼 쟁점금액이 처분청이 결정한 2009년 제1기분이 맞다고 하더라도국세기본법제47조의4 제6항의 규정에 따라 2008년 제2기분으로 신고․납부한 세액을 2009년 제1기분 경정시 기 납부세액으로 공제하여야 한다. (2) 쟁점세금계산서의 공급시기 (가) 쟁점설계용역과 관련된 용역계약내용을 보면, 청구법인을 포함하여 3사가 OOO원(공급대가)을 OOO 계약하였고 청구법인의 지분은 OOO에 해당하는 OOO원(공급대가)였다가, 이후 두 번의 변경계약을 하여 OOO원(공급대가)으로 변경 되어 청구법인의 지분금액은 OOO로서 OOO원(공급대가)이며, 청구법인이 OOO으로부터 받은 세금계산서 총액 및 수금내역을 보면 OOO 총 다섯 번의 세금계산서를 발행(공급가액 OOO원, 세액 OOO원 합계 OOO원)하였고 수금액도 OOO 총 다섯 번에 걸쳐 OOO원을 받았다. (나) OOO과 거래금액 및 세금계산서 발행이 정당하게 이루어 졌으며 OOO에서 청구법인에게 발행한 2009년 제1기 세금계산서 OOO원(공급가액)은 OOO의 담당자가 착오로 2008.12.30. 발행한 것을 취소하지 않고 2009년 제1기에 이중으로 발행한 것이다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점금액에 대해 2009년 제1기분 부가가치세 경정시 국세부과의 제척기간 내에 고지하였고, 결정을 받은 날로부터 기한내에 불복청구를 하였으므로 국세부과의 제척기간이 지나지 않았으므로 납부불성실가산세만 환급하여 줄 것이 아니라, 2009년 제1기분 부가가치세 OOO원을 이중 과세된 처분으로 환급하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점설설계용역과 관련하여 OOO에 쟁점세금계산서를 발행하고도 관련 매출액을 2009년 제1기분 부가가치세 신고시 누락한 것에 대하여 처분청이 2009년 제1기 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없고, 또한, 부과제척기간이 만료하면 국세기본법 제26조의2 제1항 에 따라 과세관청은 과세표준과 세액의 증액 뿐 아니라 감액 경정도 할 수 없으므로 쟁점세금계산서 관련 매출액을 차감하여 2008년 제2기 부가가치세를 감액경정하지 않은 것도 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

① 2009년 제1기분 매출을 2008년 제2기분 매출로 부가가치세 신고․납부하였다 하여 2009년 제1기분 부가가치세를 증액경정하면서 부과제척기간이 지난 2008년 제2기분 부가가치세를 감액경정하지 아니한데 대하여 2008년 제2기분 부가가치세를 2009년 제1기분 부가가치세 경정시 기납부세액공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점세금계산서의 공급시기를 2009년 제1기로 보아 과세한 데 대하여 2008년 제2기라는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 OOO 쟁점세금계산서의 공급시기를 OOO로 보아 청구법인에게 이 건 2009년 제1기 부가가치세를 경정․고지하였으나, 2008년 제2기 부가가가치세에 대하여는 부과제척기간이 도과되었다고 하여 감액경정하지 아니하지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점설계용역 중 쟁점금액과 관련하여 공급가액 OOO원의 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 나타나나, 청구법인이 제출한 쟁점세금계산서 사본에는 그 작성연월일이 OOO로 되어 있고 공급자인 청구법인의 업태/종목이 기재되어 있지 아니하고, 처분청이 제출한 쟁점세금계산서 사본에는 그 작성일자가 2009.1.8.로 되어 있고 공급자인 청구법인의 업태/종목이 써비스/기술용역으로 기재되어 있는 것으로 되어 있다.

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 쟁점설계용역과 관련하여 OOO과 계약자 대표자 OOO(지분율 0%), 계약자 OOO, 계약자 청구법인OOO 간에 맺은 기술용역표준계약서를 보면, 아래 〈표1〉과 같다. 〈표1〉 (나) 쟁점설계용역과 관련하여 청구법인이 OOO에게 OOO 교부한 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원)의 세금계산서 사본 및 OOO이 OOO원을 OOO 입금한 것으로 나타나는 금융증빙, 쟁점세금계산서 사본(작성연월일 2008.12.30., 공급대가 OOO원) 및 OOO원을 OOO 입금한 것으로 나타나는 금융증빙, 청구법인이 OOO에게 OOO 교부한 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원)의 세금계산서 사본 및 OOO이 OOO원을 2009.4.15. 입금한 것으로 나타나는 금융증빙, 청구법인이 OOO에게 2009.6.23. 교부한 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원)의 세금계산서 사본 및 OOO이 OOO원을 2009.6.29. 입금한 것으로 나타나는 금융증빙, 청구법인이 OOO에게 2009.12.16. 교부한 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원)의 세금계산서 사본 및 OOO원을 2009.12.21. 입금한 것으로 나타나는 금융증빙

(4) 처분청이 제출한 선금지급청구서를 보면, OOO 청구법인, OOO은 쟁점설계용역과 관련하여 각 OOO원, OOO원, OOO원의 선금급(선금급지급률 OOO)을 청구한 것으로 나타난다.

(5) 처분청이 제출한 OOO 작성한 “OOO 세금계산서 발급 관련 내용확인(2014.5.30. 작성)”은 아래 〈표2〉와 같다. 〈표2〉

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제26조의2 제1항 에서 국세부과의 제척기간을 부가가치세의 경우 원칙적으로 5년으로 정하고 있어 그 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없으므로(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결, 같은 뜻임) 처분청으로서도 쟁점세금계산서의 공급시기를 2009년 제1기 부가가치세 과세기간으로 하여 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 부과처분을 할 당시(2014.6.3.)는 2008년 제2기 부가가치세는 2014.1.25.에 그 부과제척기간이 도과한 이후였으므로 쟁점세금계산서 관련 과세표준을 차감하여 2008년 제2기 부가가치세 감액경정을 할 수 없었다고 할 것(조심2014중3430, 2014.11.24., 같은 뜻임)이다. 따라서, 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급시기를 2008년 제2기 부가가치세 과세기간으로 오인하여 신고·납부한 2008년 제2기 부가가치세 과세표준과 세액은 그 신고·납부가 당연무효에 해당하지 아니할 뿐 아니라, 그 이후의 경정 등으로써 그 세액이 감액된 사실도 없어 과오납액에 해당하지 아니하므로 그 세액을 이 건 고지세액에 충당하기는 어렵고, 청구법인이 쟁점금액에 대한 부가가치세를 2009년 제1기 부가가치세로 납부한 것도 아니어서 이 건 고지세액을 위한 증액경정결의시 기납부세액으로 공제할 수도 없다고 할 것이어서 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 쟁점설계용역에 대한 계약서상 총 계약금액 중 연도별 이행금액이 나타나고, 청구법인이 OOO년도 이행선금을 OOO에 청구하여 수령한 것으로 나타나며, 2009년에도 청구법인이 쟁점설계용역과 관련하여 수차례에 걸쳐 세금계산서를 교부하고 대가를 지급받은 것으로 보아 쟁점설계용역은 그 진행도 또는 완성도를 확인하여 그 비율만큼 대가를 지급하는 완성도 기준지급 조건부 공급이라고 할 것이어서 쟁점설계용역의 공급시기는 부가가치세법 시행령제22조 제2호에 의해 “그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”라고 할 것인바, 청구법인 등으로부터 쟁점설계용역을 공급받는 OOO 담당자의 확인내용에서 쟁점금액 상당의 쟁점설계용역은 당초 2008.12.30. 쟁점설계용역의 공동수급업체의 대표사인 OOO에서 쟁점금액 상당액이 포함된 선금청구서를 조달시스템에서 전자문서로 처리하였으나, OOO 계약담당자가 선금청구서 수정을 위해 반려하여 2009.1.8. 청구법인을 포함한 공동수급업체 3사가 청구서를 재작성한 후 공인인증서 서명을 완료한 후 이에 대한 대가가 지급되었고, 세금계산서는 공동수급업체와 OOO 모두가 인증서로 서명(전자결재 완료)하여야 발급가능한 것으로 되어 있는 점, 청구법인이 제출한 쟁점세금계산서 사본에는 청구법인의 업태/종목 및 품목이 구체적으로 기재되어 있지 아니한 반면, 처분청이 제출한 쟁점세금계산서 사본에는 위 내역이 구체적으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점금액을 받기로 한 때는 2008.12.30.이라기보다는 2009.1.8.로 보이므로 처분청이 쟁점세금계산서의 공급시기를 2009.1.8.로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

• 가. 소득세법 제81조 제3항 제4호
• 나. 법인세법 제76조 제9항 제4호
• 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제51조(국세환급금의 충당과 환급)

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(국세징수법 제14조 에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

(2) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제9조(거래 시기)

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다. (3) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다(단서 생략).

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제53조(세금계산서) ④ 사업자가 다음 각호에 정한 방법에 따라 계산서를 전송하고 그 자료를 보관하는 경우에는 법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

1. 법 제16조 제1항 각 호의 기재사항을 정보통신망에 의하여 전송(제2호의 방식에 의한 전송을 제외한다)하고 이를 정보처리장치·전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보관하는 경우

2. 법 제16조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 인증시스템을 거쳐 인터넷에 의하여 전송하고 이를 정보처리장치·전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보관하는 경우