실질적인 독립성 기준에 부적합하여 중소기업 유예기간을 적용하지 않고, 연구·인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 처분의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1985.9.5.부터 현재까지 OOO)를 본점 소재지로 하여 페인트 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2012사업연도 법인세 신고시 2012.1.1. 이후 시행된 관계기업 기준을 적용하여 최초로 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제3호 나목 2) 가)(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제율(15%)을 적용하여 OOO연구․인력개발비 세액공제를 받았다.
• 나. OOO지방국세청장은 2013년 10월 OOO세무서에 대한 업무감사결과, 관계기업(중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목의 해당기업) 기준에 따라 중소기업에 해당되지 아니한 경우에는 조세특례제한법 시행령(이하 “조특령”이라 한다) 제9조 제3항에 따라 일반법인의 공제율(3～6%)을 적용하여야 함에도 청구법인이 쟁점조항에 따른 세액공제율(15%)을 적용하여 연구․인력개발비에 대한 세액을 과다 공제한 사실을 확인하여 관련 법인세를 경정할 것을 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 3)에 따른 공제세율(3.5%)을 적용하여 2014.4.10. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO(가산세 OOO포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.30. 이의신청을 거쳐 2014.9.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)(주위적 청구) 청구법인에게 적용될 연구․인력개발비 세액공제율은 15%이다. (가) 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 2) 규정을 보면, 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우, 3년간 15%, 그 이후 2년 이내에는 10%가 적용된다고 명시되어 있고, 2011년 개정세법 해설을 보면, 중소기업 졸업시의 연구․인력개발비 세액공제율 축소에 따른 세부담 증가를 완화하여 중소기업에서 중견기업으로의 성장을 지원하고자 최초로 중소 기업에 해당하지 아니하게 된 경우에 혜택을 준다고 명시하고 있다. (나) 청구법인은 관계기업 규정에 따라 2012년부터 중소기업에서 일반기업(중견기업)으로 분류되었는바, 청구법인과 같이 중소기업에서 중견기업으로 성장함을 지원하기 위한 동 법령의 적용은 개정취지와 실질적 조세법률주의의 정신에 비추어 볼 때, 3년간 15%, 그 이후 2년간 10%의 연구․인력개발비 세액공제율을 적용하여야 할 것이다. (2)(예비적 청구) 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있으므로 가산세를 적용할 수 없다. (가) 법원 판례(의정부지방법원 2009.12.22. 선고 2008구합4430 판결)에 의하면, 국세청종합상담센터의 구두답변이나 국세청예규는 국세청의 공적인 견해표명에 해당하지 않는바 납세자가 이를 신뢰하고 세무상의 처리를 한 경우 신의성실의 원칙은 적용할 수 없으나, 이는 납세자가 납세의무를 이행하지 못한 것에 대한 정당한 사유에 해당한다고 판시하였다. (나) 청구법인은 연구․인력개발비 세액공제율 적용에 앞서 관계기업 규정에 대한 중소기업 유예적용 여부부터 질의하였다. 2012년 법인세법개정세법을 살펴보면 알 수 있듯이 최초 유관기관의 해설은 관계기업 규정에 유예기간을 적용하여 추가로 4년을 중소기업으로 볼 수 있게 하였으나(동 해설은 아직도 수정되지 않은 채 국세법령정보시스템 등에서 확인할 수 있음), 2012사업연도 법인세 신고납부를 하기 얼마 전 새로운 예규(기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26., 서면법규과-247, 2013.3.7.)로 유예기준을 적용할 수 없다고 의견을 번복된 바 있다. (다) 청구법인은 이를 확인한 후 다시 이 건 연구․인력개발비 세액공제율에 대하여 인터넷질의, 예규신청 및 청구법인의 관할 세무서(OOO) 담당자 및 국세청콜센터 직원과 수차례 통화하였고 그 결과 일관되게 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 2). 가)에 따른 100분의 15를 적용하는 것이 타당하다는 의견을 수렴하였으며, 2012사업연도 법인세 신고․납부시까지 연구․인력개발비 공제세율에 대한 달라진 의견이 나오지 않았다. 이에 청구법인은 인터넷질의 및 유선상 통화내역을 신뢰하고 세무상 처리하였는바, 이는 국세기본법제48조에서 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유에 해당할 것이므로 이 건 처분 중 가산세 OOO취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 2)의 규정에 따라 최초로 중소기업에 해당되지 아니하게 된 경우에 해당되므로 연구․인력개발비 세액공제율 15%를 적용한 당초 신고내용은 정당하다고 주장하나, (가) 동 조항에서는 최초로 중소기업에 해당되지 아니하게 된 경우를 대통령령에 따라 판정하도록 규정하고 있고, 조특령 제9조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니 하게 된 경우”를 “조특령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우”를 말한다고 규정하고 있으므로 이는 조특령 제2조에 규정된 중소기업 판정 "유예기간"을 경과한 경우에 한정하여 적용되는 규정으로 봄이 타당하다. (나) 또한, 중소기업 판정시 유예기간을 적용하지 않는 경우를 조특령 제2조 제2항 각 호로 규정하고 있으며, 제3호로 “제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우”를 명시하고 있으므로 관계기업을 포함하여 실질적인 독립성 기준을 위반하는 경우 유예기간이 적용되지 아니한다. (다) 따라서 2012.1.1. 이후 관계기업 기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 중소기업기본법 시행령(이하 “중기령”이라 한다)의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니며, 실질적 독립성 기준 위반에 해당하여 유예기간이 적용되지 않는바(기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2. 26., 국세청 법규법인 2012-437, 2013.3.7. 외 다수, 같은 뜻임), 청구법인과 같이 관계기업 기준에 해당되어 중소기업에 해당되지 않는 경우 연구․인력개발비 세액공제시 일반법인에 대한 공제율을 적용하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 법인세 신고 전 관할 세무서(OOO) 담당자 및 국세청 콜센터 직원과 통화 및 인터넷질의를 한 결과 청구법인의 주장대로 15%의 감면율을 적용함이 타당하다는 의견이 수렴되었고 이를 신뢰하여 세무처리를 하였으므로 국세기본법제48조에 따른 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, (가) 이에 대한 입증책임은 청구법인에게 있음에도 심판청구시 관할 세무서 담당자 및 국세청 콜센터 직원과의 통화결과 15%의 감면율을 적용함이 타당하다는 의견이 수렴되었다는 주장과 관련하여 이를 확인할 수 있는 구체적인 증빙을 제출하지 않았으며, 청구법인이 제출한 인터넷질의 관련자료 또한 질의자가 누구인지, 청구법인과 어떤 관계에 있는 자인지가 불분명하므로 심판청구시 제출된 증빙만으로는 청구주장이 사실인지 여부를 확인할 수 없다. (나) 또한, 법적 효력을 갖는 유권해석이 아닌 인터넷 질의의 경우 회신일이 2013.2.8.이고, 주위적 청구의 판단근거가 된 예규(기획재정부 조세특례제도과-165)의 생산일은 2013.2.26.로서 인터넷 질의회신 이후(2012사업년도 법인세 신고기한 전) 생성되었고, 청구법인 또한 심판청구에서 기획재정부 예규 등을 알고 있었음을 인정하고 있다. (다) 따라서, 과세관청 및 관련 업무종사자들이 일관되게 청구법인의 주장대로 연구․인력개발비 세액공제시 15%를 적용하는 것이 타당하다는 의견을 제시하였다는 것은 사실과 다르다 할 것이다. (라) 설령, 국세기본법제48조에 따른 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유에 해당한다 하더라도 취소대상 가산세는 청구법인이 주장한 OOO아니라 OOO원인바, 청구법인은 이 건 부과처분과 관련하여 납세고지서에 가산세 산출근거로 기재된 금액(과소신고가산세 OOO납부불성실 가산세 OOO)을 모두 취소하여야 한다고 주장하나 동 가산세에는 이 건 처분 이전(2013.10.31. 납부기한)에 부과․고지된 가산세 OOO(과소신고가산세 OOO납부불성실가산세 OOO)이 포함되어 있으므로 이 건 처분시 추가로 부과된 납부불성실가산세 OOO이 국세기본법제48조에 따른 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유에 해당하는 경우 취소되어야 할 가산세액이라 할 것이다.

• 가. 쟁 점

① (주위적 청구) 청구법인의 연구․인력개발비에 대한 세액공제율을 15%(중소기업 유예기간 경과 후 3년 이내)로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (중략) 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29.>

중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. [시행일: 2012.1.1.] 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ③ 법 제10조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.

④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 중소기업기본법(2013.8.6. 법률 제12007호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

• 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
• 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 중소기업기본법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령제2조 제2항을 준용한다.

1. 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 [별표 1] <개정 2011.12.28.> 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준 (제3조 제1항 제1호 관련) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하

(5) 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1985.9.5.부터 현재까지 페인트 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로 조특령 제2조 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하는 업종을 영위하고 있다. (나) 청구법인의 2012사업연도 주식등변동상황명세서를 보면, 2012사업연도말 현재 OOO소유한 청구법인의 주식수는 총발행주식수(2,136,008주)의 90.26%에 해당하는 1,927,955주로 나타난다. (다) OOO지방국세청장이 제시한 관련 검토서, 2012사업연도의 표준재무제표(청구법인․(주)OOO) 및 주식등변동상황명세서(청구법인) 등에 따르면, 2012사업연도말 현재 청구법인과 OOO상시 종업원수 등의 현황은 아래 [표]와 같은바, 2012사업연도의 경우 청구법인은 90% 지분을 소유하여 실질적 지배관계에 있는 OOO과 합산하는 경우 자기자본과 매출액이 각 OOO억원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2012사업연도 연구․인력개발비 세액공제율이 중소기업 유예기간 규정을 적용한 15%이며, 가산세 감면사유에 해당한다는 청구주장에 대한 증빙으로 인터넷 질의답변자료(2013.2.8., 2013.2.25.), 2011년 및 2012년 개정세법 해설자료(국세청 발간), 청구법인의 중소기업 유예기간 적용관련 서면질의 신청자료(2013.1.30., 2013.12.3.) 등을 제시하였다.

(2) 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 조특령 제2조 제1항 제3호에서 실질적인 독립성이 중기령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중기령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “조특령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다고 규정되어 있고, 그 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단(중기령 제3조 제2호 다목의 부분) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행하는 것으로 되어 있으며, 같은 조 제2항 제3호에서 “제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우”로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인과 OOO중기령 제2조 제3호에 의한 ‘관계기업’에 해당되고, 청구법인과 OOO2012사업연도 매출액의 합계액이 OOO천억원 이상[청구법인 OOO백만원, OOO백만원]으로서, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정(2012.1.1. 시행)된 조특령 제2조 제1항 제3호에 따른 실질적 독립성 규정에 적합하지 아니하여 중소기업에 해당되지 아니하게 된 경우에 해당하는 점, 조특령 제2조 제1항 제3호에 따라 실질적 독립성 기준을 위배한 청구법인의 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하는 점, 조특령 제2조 제5항에 따라 중소기업 유예기간을 적용하는 경우라 함은 중기령 제3조 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우를 의미하는바, 청구법인은 중기령 제3조 제2호 다목에 의한 관계기업 기준의 변경으로 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니라 조특령의 개정으로 2012.1.1.부터 관계기업의 실질적 독립성 기준이 연구․인력개발비 세액공제 대상인 중소기업 요건으로 추가(적용)되면서 중소기업에서 제외된 경우에 해당되는 점 등에 비추어 청구법인이 주장하는 중소기업 유예기간을 전제로 하여 이를 경과한 후 3년 이내인 기업에 적용되는 연구․인력개발비 세액공제율 15%를 그대로 적용할 수 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고 전 관할 세무서의 담당자 및 국세청 콜센터 직원과의 통화 및 인터넷질의를 한 결과 청구 주장대로 15%의 감면율을 적용함이 타당하다는 의견이 수렴되었고 이를 신뢰하여 세무처리를 하였으므로 국세기본법제48조에 따른 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, (나) 청구법인이 제시한 인터넷 질의내용(2013.2.8., 2013.2.25.)은 당해 법인이 질의한 내용이 아닐 뿐만 아니라 2013.2.25. 인터넷 질의답변내용에 의하면 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 3)에 따른 3～6%(일반기업)를 적용하여야 한다고 명시하고 있으며, 기획재정부 관련 예규(조세특례제도과-165, 2013.2.26.)도 2012사업연도 법인세 신고기한(2013.3.31.) 이전에 이미 생성되어 청구법인이 법인세 신고 이전에 이를 충분히 인지할 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.