청구법인이 계열사와 공동으로 기술개발시 발생한 외부구입비용 관련 매입세액을 전액 청구법인의 매입세액으로 공제받을 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1967.12.29. 설립되어 각종 차량과 동 부분품 제조․판 매업 등을 영위하는 법인으로서 1998년 12월 경 OOO 주식회사 (이하 OOO라 한다)의 지분을 인수한 후, 2004년 6월 OOO와 제품개발[ 특정 제품의 양산계획 확정 후 제품에 적용될 기술이나 설계도면, 개별 부품 등을 연구․개발하는 것을 지칭(다만, 엔진․변속기 등은 매출액비율로 안분하나 별도 기재 생략하며, 이하 같다)] 비용은 제품 소유주체가 부담하고, 기술개발(특정 제품의 양산계획 확정 전 단계에서 차량의 기초기술 및 미래기술을 연구 ․개발하는 것을 지칭) 비용은 직전 사업연도 매출액비율에 의해 안분․ 부담한다는 취지의 공동 연구개발 약정서를 체결하고 연구개발활동을 수행하였으며, 2012.1.1. 청구법인OOO으로 OOO의 연구소를 통합하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2013.9.3.～2013.12.31. 청구법인에 대한 법인제세 정기조사를 실시하여, 청구법인이 OOO와 공동으로 기술개발을 하는 과정에서 발생한 외부구입비용을 선지급한 후 직 전사업연도 매출액 비율에 따라 안분한 금액(공급가액 상당액인 OOO원)을 OOO로부터 정산받았음에도 관련 매입세액 전액을 청구법인이 공제받은 사실을 확인하고, OOO로부터 정산받은 매입세액 상당액을 불공제하라는 취지의 과세자료를 통보 하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인에게 2014.1.14. 2008년 제2기 부가가치세 OOO원, 2014.7.4. 부가가치세 2009년 제1기분부터 2011년 제2기분까지 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 2008년 제2기 부가가치세 부과처분에 대하여 2014.4.10. 이의신청을 거쳐, 위 모든 부과처분에 불복하여 2014.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 영위하는 업종의 특성상 기술개발 등 연구개발업무가 필수적이며, 실제 청구법인은 그러한 기술개발의 결과 OOO 자동차 양산 등을 하였던바, 청구법인은 OOO를 인수하기 이전부터 연구소를 설치하고 연구개발업무를 수행하면서 재료비, 연구용역비 등 외부비용을 지출하였고, 그러한 비용은 모두 청 구법인의 연구소에 사용된 재화나 용역을 공급받으면서 지출한 것으로서 청구법인의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 에 대한 대가이므로 관련 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제되어야 하며, 비록 청구법인이 OOO로부터 정산금을 지급받기는 하였으나 이는 기술개발의 결과를 양 법인이 공동으로 사용하게 된다는 점 등을 고려하여 사후적으로 비용을 정산한 것에 불과하고, 실제 청구법인이 OOO에게 재화 또는 용역을 공급하거나 세금계산서를 발행한 바 없어서 OOO는 매입세액공제를 받지 못하는 상황이므로 청구법인의 매입세액을 불공제할 경우 결과적으로 국가는 매입세액 상당의 부당이익을 얻게 되는 결과를 초래하게 된다.
• 나. 처분청 의견 2004.12.31. 개정된 부가가치세법 시행령제60조 제3항 및 법인세법 시행령제43조 제1항에서 공동경비의 분담비율은 초과하는 금액을 사업과 직접 관련이 없는 지출로 규정하고 있어서, 청구법인과 OOO가 2004년 6월 체결한 공동 연구개발 약정서에서 정한 비용분담비율을 초과한 지출에 대한 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 없는 것인바, 청구법인이 외부매입비용을 전부 지급하고 세금계산서를 수취하였다고 하더라도 부가가치세법 시행규칙제18조에서 규정한 바와 같이 OOO 분담분에 대하여는 세금계산서를 발급하여야 함에도 이를 하지 아니하고 자신의 매입세액으로 공제하여 이 건 과세를 한 것이며, 실제 청구법인은 2012년 이후에는 OOO 분담분에 대해서는 세금계산서를 발행하여 OOO로 하여금 매입세액공제를 받을 수 있도록 하고 있다.

• 가. 쟁점 청구법인이 계열사와 공동으로 기술개발시 발생한 외부 구입비용 관련 매입세액을 전액 청구법인의 매입세액으로 공제하여야 한다는 청구주장의 당 부
• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제17조 [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 [매입세액의 범위] ③ 법 제17조 제2항 제3호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따른다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조 [공동매입등에 대한 세금계산서 발급] ①전기사업법에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 당해명의자는 그 발급받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 때(제17조 제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 발급이 면제된 경우에 이를 발급한 때를 포함한다)에는 당해전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 의한 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및도시가스사업법에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다. (4) 법인세법 시행령 제48조 [공동경비의 손금불산입] ① 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직·사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

• 가. 비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우: 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수·구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.
• 나. 가목 외의 경우: 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 OOO는 2004년 6월 양사의 연구개발활동과 관련하여서 개별 차량프로젝트투자는 프로젝트 소유주체가 전액을, 연구개발투자는 발생비용을 양사가 직전 사업연도 매출액에 의해 안분한 금액을 각자 부담하되, 청구법인이 전체 비용을 우선 부담한 후 사후 정산하는 것을 주요한 내용으로 하는 공동 연구개발 약정서를 체결하였고 이 건 과세는 동 약정 내용 중 연구개발투자와 관련된 외부구입비용에 대한 것인바, 공동 연구개발 약정서의 주요한 내용은 아래와 같다.

• 아 래- 제1조(목적) 청구법인(이하 갑이라 함)과 OOO(이하 을이라 함)는 공동연구개발약정을 함에 있어 필요한 사항을 정한다. 제4조(용어의 정의)

1. 프로젝트투자란 신제품 개발을 위해 프로젝트화된 투자로 차량프로젝트 투자와 파워트레인프로젝트 투자로 구분한다.

2. 연구개발투자란 프로젝트화 이전 미래의 경제적 효과를 기대할 수 있는 선행개발투자로 순수 선행부분 연구개발투자와 차량부문 연구개발투자로 구분한다. 5조(지적재산권) 1. 갑 또는 을이 단독으로 비용을 부담한 프로젝트투자의 경우 지적재산권(특허, 의장, 실용신안 등)은 비용을 부담한 자에게 귀속하며, 상대방은 적절한 대가를 지급하고 그 지적재산권을 사용할 수 있다.

2. 갑 또는 을이 공동으로 비용을 부담하는 프로젝트투자 및 연구개발투자의 경우 지적재산권은 출원한자에게 귀속하며, 갑과 을은 그 지적재산권을 공동 사용한다. 제7조(비용의 선급지출) 공동연구개발과 관련하여 필요한 비용은 갑(또는 을)이 선지출한다. 단, 인건비 및 인건비 관련 복리후생비는 각 연구소 인원의 소속회사에서 지급한다. 8조(소요비용의 정산) <1. 차량프로젝트투자> 1-1. 차량프로젝트개발 관련 발생비용은 프로젝트 소유주체가 전액 부담하며, 소유주체 연구소가 아닌 타사 연구소에서 연구개발활동 추진시 그에 따른 발생비용은 적정마진을 부과하여 정산한다. 1-2. 갑(또는 을)의 선행차량프로젝트 활동 결과를 을(또는 갑)의 후행차량개발시 사용하는 경우, 공용투자비용의 정산 기준은 다음과 같다.

① 개발비 분담차종은 동일 플랫폼 적용차종 중 갑과 을의 최초 적용 차종에 한하여 1회만 분담함을 원칙으로 한다.

② 공용투자비용은 후행차량양산 시점에 선행차량과 후행차량의 중장기 판매계획비율에 의거 안분 후 적정마진을 포함하여 일시불로 정산한다.

③ 선행차량과 후행차량의 종료 후 판매계획과 실적물량 차이 20%이상 발생시 갑과 을은 별도 협의하여 업무처리한다. 1-3. 소유주체가 변경되는 경우 누적 발생비용은 적정마진(이자는 국세청 고시 인정이자율을 적용한 적수이자율로 계산)을 포함하여 변경시점에서 일시정산하고, 추후 발생비용은 갑과 을이 매월 정산한다. <2. 파워트레인프로젝트투자> 2-1. 파워트레인프로젝트 개발관련 비용은 생산주체기준에 의거 갑(또는 을)이 부담한다. 2-2. 생산주체가 양사 또는 제3자 생산인 경우에는 발생비용을 직전년도 양사 매출액비율에 의거 안분 후 적정마진을 포함하여 갑과 을이 매월 정산한다. 2-3. 생산지가 변경되는 경우 누적 발생비용에 적정마진(이자는 국세청고시 인정이자율을 적용한 적수이자율로 계산)을 포함하여 변경시점에서 일시정산하고, 추후 발생비용은 갑(또는 을) 단독생산시 변경된 생산지 회사에서 부담하고, 공동생산시 갑과 을이 매월 정산한다. <3. 연구개발투자> 공동연구개발활동에 대한 발생비용은 직전년도 양사 매출액비율에 의거 안분 후 이자금을 포함하여 갑과 을이 매월 정산한다. 제9조(비용의 정산시점)

1. 일시 정산하는 경우를 제외한 모든 비용의 정산시점은 당월에 발생한 비용에 대하여 익월 말일까지 정산한다.

2. 본 계약에서 정한 지불일정의 지연이 발생하는 경우에는 국세청장이 고시하는 인정이자율을 계산한 금액을 가산하여 수수한다.

3. 정산대금은 양사 공히 현금으로 수수한다.

(2) 청구법인의 매월별 연구개발비 청구내역, 청구법인의 연구소통합관련 검토 보고서(2011년 12월) 등 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 연구개발비용을 선지출한 후 제품개발과 기술개발로 구분하여, 제품개발은 OOO 프로젝트에 지출된 것으로 집계된 직접비용과 인력투입시간을 기준으로 배분된 간접비용(인건비, 감가상각비 등)을 청구하면서 세금계산서를 교부하였으며, 기술개발의 경우 전년도 양사의 매출액 비율OOO에 따라 안분한 직접비와 인력투입시간을 기준으로 배분한 간접비용을 청구하면서 세금계산서를 교부하지 아니하였다. (나) 처분청은 기술개발 관련 비용 중 외부구입분(직접비 중 재료비, 연구용역비 등임)에 대하여는 OOO에 그 부담분에 대한 세금계산서를 발행하여 매입세액을 공제받도록 하여야 함에도 청구법인이 세금계산서를 교부하지 아니하고 매입세액을 전액 공제받은 것으로 보아 이를 부인하고 이 건 부가가치세를 과세하였다. (다) 한편, 청구법인은 연구소 통합과 관련하여 내부검토를 거쳐 기술 개발시 발생한 외부구입비용 중 OOO 청구분에 대하여 세금계산서를 발행키로 하였는바, 연구소통합을 전․후한 청구법인의 세금계산서 발행 내역은 아래 <표>와 같다.

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 기술개발을 위하여 지출이 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 지출이므로 그 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나, (가)부가가치세법제17조 제2항 제3호 및 같은 법 시행령 제60조 제3항은 법인세법 시행령제48조 등에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 법인세법 시행령제48조 제1항은 법인이 당해 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 분담금액을 초과하는 금액은 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있으므로, 법인이 재화나 용역을 공급받으면서 발생한 공동 매입세액 중 비용분담비율을 초과하는 부분은 그 법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없는 것이다. (나) 청구법인이 선지출한 OOO와 청구법인 공동의 기술개발 비용 중 실제 청구법인이 분담하는 부분에 대한 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 있을 것이나, 이를 초과하는 부분에 대한 매입세액은 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 매출세액에서 공제할 수 없는 것이므로, 동 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 외부로부터 공급받은 재화나 용역 등의 외부구입 관련 매입세액 중 청구법인의 비용분담비율을 초과하는 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.