수용에 의해 양도 대토보상 대신 현금보상 받은 경우 양도소득세 감면 적용여부

OOO세무서장이 2014.8.26. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처 분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2009.1.30. 및 2009.2.25. OOO 209-6, 397-10, 397-8, 397-9, 397-4(이상 5필지의 토지를 이하 “수용토지”라 한다)를 OOO에 수용을 원인으로 양도 하고, 수용토지 중 OOO 209-6, 397-10(이상 2필지의 토지를 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 현금보상이 아닌 대토보상을 신청한 다음 2009.3.31. 양도소득세 신고를 하 면서 쟁점토지에 대하여는 조세특례제한법 제77조의2 에 따라 과세이연을 신청하였다가, 2013.1.15. 쟁점토지에 대한 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령 한 다음 2013.2.28. 양도소득세를 신고하였으나, 신고 당시 조세특례제한법 제77조 에 따른 감면을 적용받지 못하였음을 이유로 2014.7.30. 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 수용토지에 대하여 현금보상이 아닌 대토보상으로 양도소득세 과세이연 을 신청하였다가 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 과세이연금액에 상당하는 세 액을 신고‧납부하는 경우는 조세특례제한법 제77조 에 의한 감면대상이 아니라고 보아 2014.8.26. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.9.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지에 대하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없기 때문에 조 세특례제한법 제77조에 따라 현금보상에 준하는 20% 감면을 적용하여야 한다. 조세심판원 결정인 조심 2013서3111(2014.1.15.) 역시 청구인의 경우와 같이 OOO신 도시 내 편입된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하였다가 현금보상으로 전환한 경우의 사 례로, 동 결정에 의하면 조세심판원은 동 사건의 청구인이 매매계약서상 OOO가 조성한 대 토로 보상받기로 하였을 뿐 대토보상 신청 당시에는 대토 예정지의 위치나 면적이 구체적으 로 확정되지 않았을 뿐만 아니라 그에 대한 공급계약도 체결되지 아니하였기 때문에 실제 로 대토보상을 받았다고 볼 수 없으므로 조세특레제한법 제77조의 양도소득세 감면 규정이 적용되어야 한다고 판단하였다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 OOO와의 대토보상계약에 따라 2009.3.31 쟁점토지에 대하여 양도소득세 신 고를 하면서 과세이연을 신청하였고, 이후 쟁점토지에 대하여 2013.1.15. 현금보상으로 전환 하여 과세이연 금액에 상당하는 세액을 2013.3.31. 신고‧납부하였다가 조세특례제한법 제77조 에 따른 감면을 주장하면서 이 건 경정청구를 제기하였다. 그러나, 청구인은 당초 대토보상으로 양도소득세를 신고함으로써 그렇지 않은 양도자 와는 달리 조세특례제한법 제77조의2 에 따른 과세이연의 혜택을 보았으며, 같은 조 제1 항에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제15조의3 에 따라 대토보상을 현금보상으로 전환하고 과세이연금액에 상당하는 세액을 현금을 받은 달의 말일부터 2개월 이내에 납부하는 경우에는 조세특례제한법 제77조 의 감면 규정은 적용되지 아니하 므로 [상속증여세과-17(2013.3.28.), 부동산거래관리과-69(2012.2.1.) 등] 이 건 경정청구 를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 공익사업용 토지를 수용에 의하여 양도하고 그 보상금을 대토로 받기로 하였다가 현금보상으로 전환한 경우 조세특례제한법 제77조 제1항 에 따른 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세 감면이 적용되는지 여부
• 나. 관련법령 <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 수용토지는 국토해양부 고시 제2008-393호(2008.8.5.)로 개발계획이 승인된 OOO지구택지개발사업의 사업부지에 포함된 토지로서, 청구인은 수용토지 중 OOO는 2002.9.9., 나머지 토지는 2002.9.5. 각 취득하여 이를 소유하다가, 2009.1.30.과 2009.2.25. OOO의 수용에 의해 이를 양도하면서 수용토지 중 쟁점토지에 대하여는 현금보상이 아닌 대토보상을 신청하였는바, 구체적인 보상액 등은 다음과 같다.

(2) 쟁점토지는 2009.2.3.과 2009.2.26. 수용을 원인으로 하여 OOO 명의로 소유권 이 전등기가 되었고, 청구인은 대토보상을 신청한 쟁점토지에 대하여 2009.3.31. 양도소 득세 신고를 하면서 조세특례제한법 제77조의2 에 따라 과세이연을 신청하였다.

(3) 한편, 청구인이 OOO와 작성한 “대토보상신청토지 협의취득용 매매계약서”에 의하 면 OOO는 대토보상약정을 하면서 청구인에게 대토로 공급할 토지의 필지를 특정하지는 아니하였던 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 2013.1.15. 쟁점토지에 대한 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령하였는바, 청구인은 현금보상으로 변경한 이유로 청구인이 대토보상신청 에 따라 확정적으로 토지를 취득하기 위해서는 조합결성 등을 통하여 청구인과 같은 대토 보상신청자들이 여럿이 모여 그 보상금액이 일정 수준 이상의 금액이 되어야 하나 조건이 충족하기가 어려워 어쩔 수 없이 대토보상을 철회한 것이라고 설명하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 공익사업용 토지를 공익사업의 시행자에게 양도함에 따라 발생하는 양도소득과 관련하여 조세특례제한법 제77조 제1항 은 양도소득세의 감면을, 같은 법 제77조의2 제1항은 대토보상을 받은 부분에 대하여 양도소득세 과세이연을 각각 규정하고 있어 공익사업을 위한 토지의 양도라는 동일한 과세대상에 대하여 그 양도대금의 지급방법에 따라 감면 등을 달리 적용하고 있는바, 공익사업의 시행에 따라 수용된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하고 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토에 대한 공급계약이 체결되지 아니하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없는 상황에서 사정변경으로 대토보상을 현금보상으로 전환하여 양도소득세를 신고·납부하는 경우 납세의무자로서는 같은 항에 따른 과세이연의 혜택을 포기하고 조세특례제한법 제77조 제1항 에 따른 양도소득세 감면의 혜택을 선택할 수 있다고 할 것이다. (나) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지에 대하여 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토보상 신청에 따른 토지를 확정적으로 취득하지 못한 상태에서 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령하였는바, 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 실제로 대토보상을 받았다고 볼 수 없고 현금보상 전환 당시에 현금보상만 받은 것으로 볼 수 있으므로, 비록 청구인이 대토보상을 신청하고 양도소득세 신고를 하면서 과세이연을 신청한 바 있다 하더라도 대토보상 신청을 철회하고 현금보상을 받은 다음 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연금액에 상당하는 양도소득세액을 신고·납부하는 경우에는 조세특례제한법 제77조 제1항 에 따른 양도소득세 감면을 적용받을 수 있다고 할 것이며, 이러한 경우는 이미 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따른 과세이연의 효과가 사라지는 것이므로 조세특례제한법 제77조 제1항 에 따른 양도소득세 감면과 같은 법 제77조의2 제1항에 따른 과세특례가 중복 적용되는 것은 아니라고 하겠다. (다) 따라서, 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 적용받은 자가 대토보상을 현금보상으로 전환하는 경우는 조세특례제한법 제77조 제1항 에 따른 양도소득세 감면이 적용되지 아니한다 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65 조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.