사업 관련 토지를 매입한 후 관광휴양지 등을 건설하기 위하여 도시기본계획, 각종 영향평가 수행과 관련한 쟁점용역계약의 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 사업시행자 지정 및 실시계획 승인과 개발행위 허가를 득함으로써 형질변경과 같은 효과를 얻게 되어 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 해당하는 것임
사업 관련 토지를 매입한 후 관광휴양지 등을 건설하기 위하여 도시기본계획, 각종 영향평가 수행과 관련한 쟁점용역계약의 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 사업시행자 지정 및 실시계획 승인과 개발행위 허가를 득함으로써 형질변경과 같은 효과를 얻게 되어 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 해당하는 것임
심판청구를 기각한다.
(1) 주위적 청구 (가) 쟁점용역은 쟁점사업의 인·허가를 받기 위해서 반드시 필요한 용역으로서 토지 관련 매입세액으로 보는 것은 부당하다. 청구법인이 추진하고 있는 쟁점사업은 입장료 수입, 호텔운영 수입, 콘도․팬션 분양수입 및 놀이시설 이용수입 등으로 100% 과세사업을 목적으로 하고 있고, 지역균형 개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률(이하 “지역균형법”이라 한다) 제16조의 규정에 의하면 민간사업자 지정을 받은 자만이 실시계획승인신청을 하도록 규정하고 있으며, 청구법인이 추진하는 쟁점사업의 인·허가를 받기 위해서는 지역균 형법 시행령 제22조 소정의 실시계획의 승인을 받아야 하고, 동 승인을 받기 위해서는 청구법인이 OOO와 용역계약을 체결한 지형현황측량, 환경영향평가, 자연경관영향심의, 교통영향분석 및 개선대책, 사전재해영향성 검토, 문화재지표조사, 지구단위계획 등이 필요한바, 동 용역 등은 토지의 가치를 직접적으로 증가시키는 것이 아니라 청구법인이 쟁점사업의 인허가를 받기 위해 필수적으로 필요한 용역으로서 동 용역의 대가는 사업계획의 승인을 받게 되면 영업권의 가치를 형성하여 인·허가권의 유상양도가 가능하게 되므로 토지와 관련된 용역으로 봄은 부당하다. (나) 부가가치세법 시행령제80조에서 “토지 관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액이라고 명확히 규정하고 있고, 쟁점토지에 대한 취득가액을 환산가액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부 조세법률주의원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한바, 청구법인이 OOO와 용역계약을 체결하고 제공받은 용역은 지형현황측량, 환경영향평가, 자연경관영향심의, 교통영향분석 및 개선대책, 사전재해영향성 검토, 문화재지표조사, 지구단위계획 등으로서 개발사업자 지정 및 사업계획승인을 얻기 위해 필요한 것으로서 부가가치세법 시행령제80조의 문언상 토지의 취득 및 형질변경, 택지의 조성 등에 관련되거나 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된다고 인정할 여지가 없고, 개별공시지가의 변동추이를 보면 개발사업자 지정이나 개발사업 승인 후에 오히려 개별공시지가가 하락한 사실이 확인되므로, 쟁점용역이 토지의 가치를 증가시키고 토지의 취득원가를 구성한다고 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 동 조항을 확장해석하여 한 처분으로서 위법․부당하다.
(2) 예비적 청구 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종의무를 위반한 경우에 법에 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는 것인바, 쟁점용역이 토지 관련 매입인지 여부에 대하여 납세자와 처분청 간에 첨예하게 의견대립이 있고 세법에 대한 전문가일지라도 토지 관련 매입인지 여부를 명확히 구분하기 어려운 경우에 해당되어 청구법인이 이를 토지 관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하는 것을 기대하기가 무리라는 점에서 그 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 처분청이 청구법인에 대하여 부가가치세를 과세하면서 초과환급불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 위법․부당하다
(1) 주위적 청구 (가) 부가가치세법은 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하고, 토지의 임대용역에 대하여만 부가가치세 부과대상으로 삼고 있으며, 사업자가 토지를 면세사업에 사용하다가 처분하는 경우는 물론, 과세사업에 사용하다가 처분하는 경우에도 부가가치세의 면세대상으로 하고 있고, 부가가치세법제39조 제1항 제7호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있으며, 같은 법 시행령 제80조에는 토지 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(제3호)으로 규정하고 있는바, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로 그 가치를 증가시킨 다음 공급하는 경우 그 가치증가분에 대하여도 부가가치세가 면제된다고 보아야 하며, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여도 거기에 관련된 매입세액은 토지에 관한 면세제도의 기본원리상 매출세액에서 공제되어서는 아니되고, 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차액을 산정하는 과정에서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되어야 할 것이므로 토지 관련 매입세액을 불공제하는 것이 면세사업의 경우로 한정되지 아니하는 것(대법원 2008.11.27. 선고, 2008두15671 판결, 같은 뜻임)이다. (나) 청구법인은 관광휴양시설인 OOO 조성을 위하여 쟁점용역을 제공받아 사업계획 제안, 개발계획 제출, 시행자신청서 제출, 실시계획 승인신청서 제출, 산지․초지․농지전용협의(허가)와 각종 영향평가 등 일련의 절차를 이행하여 사업시행자 지정 및 실시계획 승인과 개발행위 허가를 득하게 됨으로써, OOO 일원의 토지가 탄광지구개발촉진지구에 지정되고 토지의 용도가 보전관리지역 및 농림지역에서 계획관리지역으로 변경되었는데, 이는 당초 임야․초지․농지 등의 토지가 건축물이나 시설물 등을 설치할 수 있는 토지로 용도가 변경되어 형질변경과 같은 효과를 얻게 되어 토지의 가치를 현실적으로 증가시킬 수 있는 요인이 발생되었다고 볼 수 있으며, 쟁점용역의 계약서를 보면 용역의 범위에서 건축설계 및 건축시설의 조경설계 등이 제외된 점, 행정기관의 장과 협의된 내용에서 호텔․콘도미니엄 사업계획은 별도로 승인받아야 하는 점, 건축물이나 시설물의 설치 등은 별도의 허가를 득하여야 하는 점 등으로 볼 때, 쟁점용역의 대가는 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조의 규정에 의한 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당되는 것으로서 영업권 또는 건물신축비에 포함될 수 있는 비용이 아니라 토지의 취득가액에 산입되어야 하는 것이므로, 쟁점용역의 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세를 매출세액에서 공제하지 아니하는 토지 관련 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 예비적 청구 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조에서 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있음에도, 쟁점용역이 토지 관련 매입인지 여부에 대해 청구법인과 처분청이 다투고 있는 것만으로는 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 과세하면서 초과환급불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.
(1) 부가가치세법 (2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 (2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것) 제80조 (토지에 관련된 매입세액) 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(3) 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 (2014.11.19. 법률 제12844호로 개정되기 전의 것) 제16조 (시행자) ① 개발촉진지구에서 시행되는 지역개발사업(이하 "지구개발사업"이라 한다)은 다른 법률의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 자가 시행할 수 있다.
4. 제1호부터 제3호까지의 자 외의 자로서 지구개발사업의 시행자로 지정받은 자
④ 광역시장․도지사 또는 시장․군수․구청장(이하 "지정권자"라 한다)이 제2항에 따라 시행자를 지정하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다. 제17조 (실시계획의 승인) ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 실시계획을 작성하여 지정권자의 승인을 받아야 한다. 다만, 국가나 지방자치단체의 장이 직접 실시계획을 작성한 경우에는 시장․군수 또는 구청장과 협의하여야 하며, 이를 실시계획에 대한 승인으로 본다.
② 지정권자가 제1항에 따라 실시계획을 승인할 때에는 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. 국가나 지방자치단체의 장이 직접 실시계획을 작성한 경우에도 같다.
③ 지정권자가 제1항의 실시계획을 승인한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다. 국가나 지방자치단체의 장이 직접 실시계획을 작성한 경우에도 같다. 제18조 (인․허가등의 의제) ① 지정권자, 국가 또는 지방자치단체의 장이 제17조에 따라 실시계획을 승인하거나 작성할 때 그 실시계획에 대한 다음 각 호의 결정․허가․신고․인가․지정․승인․협의 등(이하 "인․허가등"이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인․허가등을 받은 것으로 보며, 제17조제3항에 따라 실시계획이 고시되었을 때에는 관계 법률에 따른 인․허가등의 고시․공고가 된 것으로 본다. <개정 2011.4.14>
1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 에 따른 도시․군관리계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위의 허가, 같은 법 제86조에 따른 시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가, 같은 법 제118조에 따른 토지거래계약의 허가
2. 문화재보호법 제35조제1항제1호, 제2호, 제4호에 따른 허가, 같은 법 제66조 단서에 따른 국유지의 사용 허가
3. 산지관리법 제14조 및 제15조에 따른 산지전용허가 및 산지전용신고, 같은 법 제15조의2에 따른 산지일시사용허가․신고, 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률 제36조제1항 ․제4항에 따른 입목벌채등의 허가․신고
4. 사방사업법 제14조 에 따른 벌채 등의 허가, 같은 법 제20조에 따른 사방지 지정의 해제
5. 농지법 제34조 에 따른 농지전용의 허가 또는 협의
6. 수도법 제17조 ․제49조 및 제50조에 따른 수도사업의 인가
7. 하수도법 제16조 에 따른 공공하수도공사의 시행허가
11. 도로법 제34조 에 따른 도로공사 시행허가, 같은 법 제38조에 따른 도로의 점용허가
12. 도시개발법 제11조 에 따른 시행자의 지정, 같은 법 제13조에 따른 조합 설립의 인가, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가 및 같은 법 제29조에 따른 환지 계획의 인가
16. 초지법 제23조 에 따른 초지전용의 허가
17. 측량․수로조사 및 지적에 관한 법률 제15조제3항에 따른 지도등의 간행 심사
18. 국유재산법 제30조 에 따른 사용허가
19. 소하천정비법 제10조 에 따른 소하천공사의 시행허가 및 같은 법 제14조에 따른 소하천의 점용허가
21. 관광진흥법 제52조 에 따른 관광지 및 관광단지의 지정, 같은 법 제54조에 따른 조성계획의 승인 및 같은 법 제55조에 따른 조성사업시행의 허가
22. 건축법 제20조 에 따른 가설건축물의 건축 허가․신고
23. 체육시설의 설치․이용에 관한 법률 제12조에 따른 사업계획의 승인
② 제1항에 따른 인․허가등의 의제를 받으려는 시행자는 실시계획의 승인을 신청할 때 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다. (3) 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률 시행령 (2013.12.11. 대통령령 제24955호로 개정되기 전의 것) 제20조 (사업시행자) ① 법 제16조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 공공기관"이란 다음 각 호의 기관을 말한다.
5. 한국관광공사법에 따른 한국관광공사
② 지구개발사업의 시행자로 지정받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 시행자 지정신청서를 관할 광역시장․도지사 또는 시장․군수․구청장(이하 "지정권자"라 한다)에게 제출하여야 한다.
1. 사업을 시행하려는 자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명․주소
2. 사업의 명칭․위치 및 목적
③ 제2항에 따른 시행자 지정신청서에는 다음 각 호의 서류 및 도면을 첨부하여야 한다.
3. 자금조달계획 및 연차별 투자계획
⑤ 지정권자는 법 제16조제2항에 따라 시행자를 지정할 때 원활한 사업 추진을 위하여 필요하면 해당 사업의 소관 행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다. 제21조 (시행자 지정의 고시) 지정권자는 법 제16조제4항에 따라 시행자를 지정하였을 때에는 다음 각 호의 사항을 관보나 해당 광역시․도 또는 시․군․구에서 발행하는 공보에 고시하여야 한다.
1. 시행자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명)․주소
제22조 (실시계획의 승인) ① 시행자는 법 제17조제1항에 따라 실시계획의 승인을 받으려는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 실시계획 승인신청서를 지정권자에게 제출하여야 한다.
1. 시행자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명)․주소
5. 사업시행지의 토지이용현황 및 토지이용계획
② 제1항에 따른 실시계획 승인신청서에는 다음 각 호의 서류 및 도면을 첨부하여야 한다.
3. 사업비 및 자금 조달계획(연차별 투자계획을 포함한다)
4. 개발되는 토지 또는 시설물의 관리․처분에 관한 계획서
5. 토지․건물 또는 토지에 정착한 물건이나 이에 관한 소유권 외의 권리, 광업권, 어업권, 물의 사용에 관한 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용하거나 사용하려는 경우에는 수용하거나 사용할 토지등의 소재지․지번․지목․면적․소유권 및 소유권 외의 권리의 명세와 그 소유자 및 권리자의 성명․주소를 적은 서류
6. 주민의 이주대책이 필요한 경우 그에 관한 서류
7. 공공시설(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조제13호 에 따른 공공시설을 말한다. 이하 같다) 및 토지등의 무상귀속과 대체에 관한 계획서
8. 도시․군관리계획의 결정 또는 변경이 필요한 경우 관계 서류 및 도면
9. 환경영향평가법에 따른 환경영향평가 대상사업인 경우에는 환경영향평가서
10. 공구(工區) 분할계획(분할계획이 있는 경우만 해당한다)
(1) 처분청이 제출한 과세심리자료 등에서 쟁점세금계산서 및 부가가치세 경정내역은 아래 <표1>·<표2>와 같이 나타난다.
(2) 청구법인은 쟁점사업을 위해 2008년 4월 OOO 외 33필지 426,714㎡를 매입하였으며, 쟁점사업을 위해 탄광지역개발촉진지구(폐광지역진흥지구) 개발사업 시행자로 지정받고자 OOO와 쟁점용역을 체결하였는바, 2008.6.16. 체결한 용역계약서상 용역의 범위[계약금액 OOO원(공급가액)]는 아래 <표3>과 같고, 2012년 2월 체결한 용역계약서상 용역의 범위[계약금액OOO원(공급가액)]는 아래 <표4>와 같이 나타난다.
(3) OOO시장은 2012.2.10. 청구법인을 쟁점사업의 시행자로 지정하면서 아래 <표5>와 같이 고시(OOO시 고시 제2012-11호)하였고, 2013.4.26. 쟁점사업 실시계획을 아래 <표6>과 같이 승인고시(OOO시 고시 제2013-31호)하였다.
(4) 지역균 형법 제17조 에 의한 실시계획의 승인이 고시되면 같은 법 제18조 인․허가 등의 의제 규정에 따라 결정․허가․신고․인가․지정․승인․협의 등(이하 “인․허가 등”이라 한다)에 관하여 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 인․허가 등을 받은 것으로 보며, OOO시청 투자사업과로부터 2014.3.7. 수보한 공문에서 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 OOO시청과 아래와 같이 협의한 것으로 나타난다.
(5) 청구법인은 2013.7.11. OOO 개발사업 개발행위 허가를 받고, 2013.7.16. OOO 개발사업 공사를 착공한 것으로 나타난다.
(6) 청구법인은 OOO 개발사업의 부지 중 전체 토지면적의 82%인 9개 토지 364,727㎡의 개별공시지가 변동추이를 비교해 보면 아래 <표7>과 같이 나타나는바, 취득 당시에 비하여 청구법인을 개발사업자로 지정고시한 날(2012.2.10.)과 사업인정고시(2013.4.26.) 후의 가격이 각 83%와 84%에 불과하므로 쟁점용역으로 인하여 토지의 가치가 상승한 것으로 보기 어렵다고 주장한다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업 관련 토지를 매입한 후 OOO와 쟁점용역 계약을 체결한 점, 사업자가 관광휴양지 등을 건설하기 위하여 도시기본계획, 각종 영향평가 수행과 관련한 용역계약을 체결하고 그 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조의 규정에 의한 토지 관련 매입세액에 해당하는 것인 바, 쟁점용역은 청구법인이 개발사업 시행자로 지정 및 개발사업 실시계획을 승인받기 위한 것이므로 이는 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 것으로 봄이 타당한 점, 쟁점용역의 계약서를 보면 용역의 범위에서 건축설계 및 건축시설의 조경설계 등이 제외되고, 건축물이나 시설물의 설치 등은 별도의 허가를 득하여야 하는 점, 청구법인이 쟁점용역을 제공받아 사업시행자 지정 및 실시계획 승인과 개발행위 허가를 득하게 됨으로써 당초 임야․초지․농지 등의 토지가 건축물이나 시설물 등을 설치할 수 있는 토지로 용도가 변경되어 형질변경과 같은 효과를 얻게 되었다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점용역 관련 비용은 토지의 취득 및 형질변경, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 쟁점용역과 관련된 매입세액을 토지 과련 매입세액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분을 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(8) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실을 고려하지 아니하고, 법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원 2011.5.13. 선고 2008두12986 판결, 같은 뜻임)인바, 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조에서 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 청구법인은 쟁점사업 부지를 매입한 후 쟁점용역을 체결하였으며, 용역계약서상 건축물 관련 설계용역 등이 제외된 내용에 비추어 청구법인에게 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 과세하면서 초과환급불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.