기부채납재산에 대해 관리운영권을 부여하여 사용.수익하도록 한 경우 그 기간에 상응하는 기부채납가액은 부가가치세 과세대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 부가가치세법 시행령제38조가 2006.2.9. 개정(대통령 령 제19330호)되면서 지방자치단체가 제공하는 OOO 용역이 2007.1.1. 이후 과세사업으로 전환됨에 따라 2007.1.18. 과세사업으로 부동산임대업을 추가하였다.
• 나. 국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 청구법인이 2008.5.15. OOO주식회사(이하 “기부채납법인”이라 한다)로부터 도로시설물인 OOO(이하 “쟁점시설물”이라 한다)를 기부채납 받고 2008.5.16.부터 2038.5.15.까지 30년간 관리운영권을 설정해 주고 임대용역을 제공(이하 “쟁점용역”이라 한다)하기로 한 경우의 임대기간에 상응하는 기부채납가액은 부가가치세 과세대상이라 하여 처분청에 부가가치세를 추징하도록 시정 조치하였고, 처분청은 이에 따라 2014.7.9. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제1기～제2기분 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 당해 민자사업은 사용대차로서 부동산임대업에 해당되지 아니하므로 쟁점용역은 면세 대상이다. (가) 쟁점시설물은 사회기반시설에 대한 민간투자법제4조 제1호에 의한 방식(BTO)으로 추진된 민간투자사업으로, 기부채납법인은 OOO를 기부채납한 후 무상으로 사용․수익권을 설정받은 것이므로 법적으로 임대차가 아닌 사용대차이다. (나) 부가가치세법 시행령제38조 제3호 개정(대통령령 제19330호, 2006.

2. 9.) 취지는 유사한 성격의 사업을 공급주체에 따라 과세 또는 면세대상으로 차별하는 것은 합리적이지 아니하고 형평성에도 어긋나므로 이를 개선할 필요가 있어, 민간기업과 경쟁관계에 있는 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합의 OOO 등 일부 수익사업을 과세 대상으로 전환하였는바, 민간기업과의 경쟁시설이 아닌 쟁점시설물에 대한 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 전환할 필요가 없었다. (다) 국민권익위원회에서 2012.12.17. 의결된 “지방자치단체의 부가 가치세 납부제도 실효성 강화방안”에서도 OOO 중 도로․하천 점용료 등은 사업 성격상 민간기업과 유사성이 없고, 경쟁관계에 있다고 보기 어려우므로 면세 대상으로 전환토록 기획재정부장관에게 권고한바 있다. (2) 청구법인의 쟁점시설물 관리운영권 부여가 OOO에 해당 한다 하더라도 지방자치단체의 OOO을 과세로 전환한 부가가치세법 개정 전에 계약된 사업에 대하여 과세하는 것은 소급과세 금지원칙에 위배된다. (가)

2.

부가가치세법 시행령부칙 제2조의 단서 조항은 “제38조 제3호의 개정규정 중 부동산임대업에 관한 개정규정은 동 규정의 시행(2007.1.1.)후 계약을 체결하는 분”부터 적용하도록 되어 있고, 쟁점시설물 관리운영권 부여는 2002.6.17. 체결된 OOO이라는 계약관계에 기인한 것으로 관리운영권 부여를 위한 계약을 별도로 체결하지 않았다. (나) 2003년 1차 변경 실시협약을 체결한 후 2차 및 3차 변경은 기존협약서에 예측하여 반영했던 내용에 대한 정산개념일 뿐 사업구조에 대한 변경사항은 아니다. (다) 민간투자사업 중 2007년 이전 계약되어 준공된 사업인 OOO 등도 2007년 이후 자금 재조달 등으로 협약 변경이 있으나 현재 관리운영권에 대한 부가가치세를 납부하지 아니한다. (3) 처분청이 쟁점시설물 임대용역에 대하여 경정하는 경우에 법률의 오해나 무지를 넘어서 세법해석상 의의(疑意)가 있는 경우에 해당하므로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당된다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 기부채납법인으로부터 쟁점시설물을 기부채납 받고 30년간 기부채납법인에 사용․수익하도록 하는 것은 부동산 임대용역의 제공으로 대가관계가 있는 유상공급에 해당하여 부가가치세 과세대상이다. (가) 민법제99조 제1항에 의하면 부동산이란 “토지 및 그 정착물” 을 말한다고 규정되어 있으며 토지정착물인 쟁점시설물은 부동산에 해당한다. (나) 청구법인이 부동산인 쟁점시설물을 기부채납 받고 기부채납법인에게 30년간의 관리운영권을 부여한 것은 부동산 임대용역을 제공한 것이다. (2) 청구법인이 최초 실시협약을 체결한 뒤 2007.1.1. 이후 변경계약을 하였으므로 쟁점용역을 OOO으로 보아 과세하는 것은 소급과세 금지원칙에 위배되지 아니한다. (가) 사회기반시설에 대한 민간투자사업은 민자유치기본계획고시, 우선협상대상자 지정, 실시협약 체결 및 사업시행자 지정, 사업실시계획승인, 공사착공, 준공허가, 기부채납 및 관리운영권 부여까지의 기간이 장기간 소요되어 공사기간, 공사비용, 공사규모 변경, 준공 후 정산 문제 등이 발생하므로 최초 실시협약 후 준공 이전 및 이후에 변경협약을 하는 경우가 일반적이다. (나) 청구법인의 주장과 같이 2002.6.17. 실시협약을 체결하였으나, 이후 2007.12. 31., 2009.11.26. 변경실시협약을 체결하여 사업비․운영개시일․통행료를 확정하고 기부채납 절차가 종료된 2008.5.16.부터 쟁점용역을 제공한 것이므로 2007.1.1. 이후 개시되는 쟁점용역 대하여 2007.1.1. 이후 계약(변경계약 포함)에 따라 청구법인은 부가가치세 과세표준 신고의무가 있다. (다) 청구법인이 면세라고 주장하는 OOO는 2007년도 부가가치세법이 개정되기 이전인 2001년과 2002년도부터 각 관리운영권을 부여받아 사용 중인 도로에 해당하여 부가가치세가 면제된 것이다. (3) 기부채납법인은 쟁점시설물을 기부채납과 관련하여 국세청의 회신을 받아 청구법인에게 세금계산서를 발급해 줄 것을 요청하였으나, 청구법인은 임대사업자가 아니므로 세금계산서를 발급해 줄 수 없다고 하여 거부하다가 2010년부터 세금계산서를 발급하는 등 납세의무를 회피한바 있고, 세법의 무지 또는 해석상 의의(疑意) 등의 사유는 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점시설물 기부채납에 따라 제공된 쟁점용역이 OOO에 해당되지 않아 면세사업으로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점시설물 민자사업은 OOO이 과세사업으로 전환되기 전에 체결된 사업으로 면세에 해당되는지 여부

③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조(면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정된 것) 제38조(국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위) 법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 용역을 제외한 것을 말한다.

3. 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. (단서 생략) 부칙<대통령령 제19330호, 2006.2.9.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조 제1항 제5호 및 제5호의2의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제38조 제3호 및 제64조 제3항 제1호의3의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다. 다만, 제38조 제3호의 개정규정 중 부동산임대업에 관한 개정규정은 동 규정의 시행후 계약을 체결하는 분부터 적용한다.<개정 2007.2.28.> (3) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제48조(가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (4) 사회기반시설에 대한 민간투자법(2011.8.4. 법률 제10983호로 개정되기 전의 것) 제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다) 제25조(시설사용내용) ① 사업시행자는 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 추진되는 사회기반시설을 실시협약에 명시된 공개경쟁과정을 거쳐 결정된 총민간사업비의 범위내에서 당해시설의 준공후 일정기간 이를 무상사용·수익할 수 있다. 제26조(사회기반시설의 관리운영권) ① 주무관청은 제4조 제1호 또는 제2호에 규정한 방식에 의하여 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조의 규정에 의하여 준공확인을 받은 경우에는 제25조 제1항의 규정에 의하여 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간동안 동 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 당해 사업시행자에게 설정할 수 있다. 제27조(관리운영권의 성질등) ① 관리운영권은 이를 물권으로 보며, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법 중 부동산에 관한 규정을 준용한다. 제28조(권리의 변경등) ① 관리운영권 또는 관리운영권을 목적으로 하는 저당권의 설정·변경·소멸 및 처분의 제한은 주무관청에 비치하는 관리운영권 등록원부에 등록함으로써 그 효력이 발생한다. (5) 국유재산법(2011.8.4. 법률 제10983호로 개정되기 전의 것) 제9조(기부채납) ① 총괄청 및 관리청은 제3조 제1항 각 호의 재산을 국가에 기부하고자 하는 자가 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 채납할 수 있다.

② 총괄청 및 관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가에 기부하고자 하는 재산이 국가가 관리하기 곤란하거나 필요로 하지 아니하는 것인 경우 또는 기부에 조건이 수반된 것인 경우에는 이를 채납하여서는 아니된다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우는 기부에 조건이 수반된 것으로 보지 아니한다.

1. 행정재산 또는 보존재산으로 기부하는 재산에 대하여 기부자, 그 상속인 그 밖의 포괄승계자가 무상으로 사용·수익할 수 있도록 허가하여 줄 것을 조건으로 당해 재산을 기부하는 경우 제26조(사용료의 면제) ① 행정재산 등의 사용·수익을 허가함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 사용료를 면제할 수 있다.

1. 행정재산 등으로 할 목적으로 기부를 채납한 재산에 대하여 기부자 또는 그 상속인 기타의 포괄승계자에게 사용·수익을 허가하는 때

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점시설물의 기부채납 관련 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 “OOO 민간투자사업 개요”에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (나) 기부채납법인이 청구법인으로부터 OOO을 취득하기 위해 2008.4.18. 작성 기부서를 청구법인에게 제출하였는바, 쟁점시설물의 기부재산가액은 OOO원(2008.3.31. 기준)으로 나타난다. (다) 청구법인은 2008.5.16. 기부채납법인에게 “OOO 민간투자 시설사업 시설물 기부채납 확정” 및 “사회기반시설(OOO)에 대한 관리운영권 등록사항 알림”을 통보하였고, 기부채납법인의 쟁점시설물에 대한 관리운영권 존속기간은 2008.5.16.부터 2038.5.15.까지로 30년 동안 무상으로 사용․수익할 수 있는 것으로 확인된다. (2) 처분청이 제시한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 국세청장은 처분청에 대한 감사기간 중 청구법인에게 변경협약서 제출을 공문으로 요청하였으나, 비밀유지 조항 등을 이유로 변경협약서 대신 2002.6.17. 실시협약에서 변경된 내역을 편집한 “실시협약 주요내용 요약”표를 제출하였고 주요내용은 아래 <표1>과 같다. (나) 처분청은 부동산인 쟁점시설물을 30년간 기부 채납법인이 사용․수익하도록 하는 것은 OOO에 해당된다며 기획재정부 예규를 제출하였다. (다) 기부채납법인은 2008년 7월경 OOO이 질의한 국세청 예규를 근거로 청구법인에게 세금계산서의 발급을 요청하였으나, 청구법인은 OOO가 아니라는 이유로 발급하지 않다가 2010년 제1기부터 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다. (3) 청구법인이 제시한 2012.12.17. 국민권익위원회에서 의결한 “지방 자치단체의 부가가치세 납부제도 실효성 강화방안” 권고안에는 부동산 임대업 중 도로․하천점용료는 사업 성격상 민간기업과 유사성이 없고, 경쟁관계에 있다고 보기 어려우므로 이들 점용료는 부가가치세 면제 대상으로 전환하여야 한다는 개선방안이 나타난다. (4) 청구법인은 국세청 예규(부가-565, 2012.5.18.)에서 지방자치단체의 정보통신망 관리운영권 부여가 OOO에 해당하지 아니한다고 해석하였으므로 쟁점시설물 관리운영권 부여도 부가가치세를 면제할 것을 주장하나, 정보통신망은 부동산에 해당한다고 볼 수 없다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점시설물 민자사업이 사용대차로서 부가가치세 면제 대상이라고 주장하나, 쟁점시설물은 토지의 정착물로 부동산에 해당되고 청구법인이 기부채납법인의 자금으로 건설한 쟁점시설물의 기부채납절차를 완료하고 그에 대한 반대급부로 일정기간 동안 기부채납 법인에게 해당 시설물을 무상으로 사용․수익할 수 있는 권리를 부여한 것은 사실상 쟁점시설물을 유상으로 사용․수익하게 한 OOO로 볼 수 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 2007.2.28. 개정된 부가가치세법 시행령부칙 제2조에서 부동산임대업에 관한 개정 규정은 2007.1.1. 이후 계약을 체결한 분부터 적용하도록 되어 있으므로 그 이전인 2002년에 쟁점시설물 민자사업 실시협약이 체결되어 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라고 주장하나, 쟁점시설물을 기부채납 받아 임대사업을 하기 위해서는 기부채납 절차가 완료되어 기부채납가액이 확정되고, 임대 기간에 상응하는 쟁점 시설물에 대한 관리운영권 존속기간이 확정되어야 그때부터 쟁점시설물을 사용․수익할 수 있다고 할 것인바, 당초에 체결한 계약내용 이외에 운영개시일, 기부채납가액 등과 관련한 변경계약이 필요한데, 청구법인과 기부채납법인은 실제 위 부가가치세법 시행령제38조 제3호의 부칙 시행 이후인 2007.12.31., 2009.11.26. 2회에 걸친 운영개시일 등 변경 실시협약을 체결한 사실이 있고, 이는 부동산임대 변경 계약에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 쟁점③에 대하여 본다. 청구법인은 법률의 오해나 무지를 넘어서 세법 해석상 의의(疑意)가 있는 경우에 해당하므로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당된다고 주장하나, 기부채납법인이 2008년 7월경 국세청 예규에 따라 청구법인 에게 세금계산서를 발급해 줄 것을 요청하였으나, 청구법인은 세금계산서 발급을 하지 않다가 2010년 제1기분부터 세금계산서를 발행한 점, 청구법인은 부가가치세법 시행령제38조 제3호의 개정에 따라 지방자치 단체의 부동산임대업이 과세대상으로 전환되어 2007.1.18. 부동산임대업을 추가하였고 위 시행령 부칙 제2조에서 2007.1.1.부터 시행된다고 규정되어 있음에도 쟁점용역에 대한 대가에 대하여 부동산임대업 수입금액으로 부가가치세를 신고․납부한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.