신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택 취득시부터 신축주택 취득 전까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2013서5005

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1999.1.13. OOO 토지 지분 및 지상건물 OOO 25호(이하 “이 건 종전주택”이라 한다)를 취득하여 소유하던 중 OOO에 조합원의 지위를 취득하여 재건축조합으로부터OOO(이하 “이 건 신축주택”이라 한다)를 분양(청산금 납부금 OOO)받아 2006.4.28. 사용승인을 받았고 2010.1.15. 김OOO 등에게 OOO에 양도한 후, 2010.3.31. 조세특례제한법제99조의3에서 규정한 신축주택 취득에 대한 양도소득세 과세특례규정을 적용하면서 산출세액을 OOO으로 하여 양도소득 과세표준예정신고·납부를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 이 건 종전주택의 취득일로부터 이 건 신축주택 취득일(사용승인일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 않는 것으로 보고 감면소득금액을 OOO으로 재계산하여 2014.1.10. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.3.20. 이의신청을 거쳐 2014.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정인 조세특례제한법 제99조의3과 관련하여 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 한 것은 “신축주택을 취득일부터 5년이 경과하여 양도하는 경우”에 적용하는 것이므로, 이 건 신축주택과 같이 “신축주택 취득일부터 5년 이내 양도하는 경우”에는 이를 준용할 여지가 없다. 또한, 처분청은 이 건 신축주택에 대한 감면소득금액을 계산하면서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 산정방법을 규정한 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식[양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)]을 [양도소득금액 × (양도당시의 기준시가 - 이 건 신축주택 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 이 건 종전주택 취득당시의 기준시가)]로 변경함으로써 분자의 양도나 취득시 기준시가와 분모의 양도당시의 기준시가는 종전주택의 가치 및 추가부담금이 반영된 주택의 기준시가인 반면, 분모의 종전주택의 취득당시의 기준시가는 추가부담금이 반영되기 전의 종전주택의 평가액이므로 분모와 분자의 등가의 계산요소를 반영하지 못하게 되는 등의 문제점이 있어 동 산식은 추가부담금이 발생하는 경우 등에는 적용하기 어렵다. 더구나, 재건축아파트를 취득한 자가 조합으로부터 분양계약시 종전주택의 평가액과 추가부담금을 취득가로 하여 5년 이내의 양도소득금액을 감면받지 아니한다면 분양가를 취득가로 하여 5년 이내의 양도소득금액을 감면받는 일분 수분양자들과 감면소득이 다르게 계산되어 조세형평에 어긋난다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조의3 제1항은 거주자가 자기가 건설한 신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서, 제4항에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 청구인이 제시한 판례(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결)에도 종전주택의 양도소득에 대하여 과세는 정당하다고 판시한 바, 조세특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택에 대한 감면소득을 계산함에 있어 같은 법 시행령 제99조의3 제2항과 제40조 제1항을 적용해 이 건 종전주택 취득일부터 이 건 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 감면대상소득금액에서 배제한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정인 조세특례제한법제99조의3 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 과세표준신고서 등에 의하면 청구인은 이 건 신축주택을 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조에 따라 산정한 청산금 납부분 양도소득금액으로 하고, 양도차익을 ① 이 건 종전주택의 관리처분계획인가일까지의 양도차익 상당액OOO, ② 이 건 종전주택의 관리처분계획인가 이후 양도일까지의 양도차익 상당액OOO, ③ 청산금납부분의 양도일까지의 양도차익 상당액OOO으로 구분한 후 ②와 ③의 양도차익에서 장기보유특별공제를 차감한 OOO을 감면대상 양도소득금액으로 계산하여 양도소득세를 산출하여 양도소득세 OOO을 신고·납부함으로써, 감면대상 양도소득금액 산정시 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하는 계산식은 적용하지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이에 대하여 처분청은 감면대상 양도소득금액 산정시 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하는 계산식[양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)]을 적용하면서 분자의 ‘취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가’ 및 ‘취득당시의 기준시가’는 ‘양도당시의 기준시가’ 및 ‘이 건 신축주택 취득당시의 기준시가’로 하고, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 ‘이 건 종전주택 취득당시의 기준시가’로 하여 감면대상 양도소득금액 OOO을 계산하여 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다(농어촌특별세 과다신고납부 기납부세액 OOO은 환급함).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 신축주택을 양도하는 경우에는 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용할 수 없고 처분청의 방식대로 동 계산식 적용시 추가부담금으로 인하여 분모와 분자가 등가의 계산요소를 반영하지 못하게 되며 일반 수분양자들과 감면소득이 다르게 계산되는 등의 이유를 들어 이 건 과세처분이 잘못이라고 주장하나, 청산금 납부분이 있는 경우의 감면대상 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조에 따라 산출한 전체 양도소득금액에 조세특례제한법 시행령 제40조 산식을 적용하되, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 기준시가로, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 신축주택의 기준시가로 하여 산정하는 것인 점(조심 2013서5005, 2014.5.14., 같은 뜻임), 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 양도시까지 발생한 양도소득금액으로서 감면대상이 되는 양도소득금액을 계산한 것은 청산금이 공제된 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법에 해당하는 점,원시조합원은 종전주택을 소유하고 있었다는 점에서 일반분양자나 승계조합원과 동일하게 취급할 이유가 없는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

④ 법 제99조 3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 [양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익" 이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 "관리처분계획인가일 전후" 로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간:관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간