[요지] 쟁점토지 등의 취득시 매매계약서상 매수인이 ‘＊＊＊ 외 1인’으로 기재되어 있어 청구인이 매수인에 포함되는지 여부가 불분명한 점, 거래대금 지급에 관한 객관적인 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액으로 함이 타당하나, 중앙토지수용위원회의 재결서의 보상금 내역과 한국토지주택공사의 지장물 조사대장 및 보상금 내역서 등에 의하면, 쟁점건물 중 23.10㎡ 부분에 대하여는 주거공간으로 인정하여 보상금을 지급한 사실이 확인되므로 이에 대하여는 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함이 타당함
[참조결정] 조심2008서3149
[주 문] OOO이 2013.11.18. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 해당 부분은 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산의 취득가액은 실지거래가액으로 결정하여야 한다. (가) 청구인은 2004.7.28. OOO으로부터 쟁점토지와 쟁점멸실건물을 OOO원에 취득하였는바, 이 중 쟁점멸실건물은 처음부터 멸실할 목적으로 취득한 것이므로 쟁점토지의 취득가액은 OOO원이며, 청구인이 부담한 쟁점토지의 취득세 OOO원, 쟁점멸실건물의 취득세 OOO원, 쟁점토지의 등록세 OOO원, 법무사 비용 OOO원, 쟁점멸실건물의 등록세 OOO원, 지목변경 관련 취득세 OOO원, 농지조성비 OOO원, 추가보상을 위한 변호사 비용 OOO원 합계 OOO원은 필요경비로 인정되어야 한다. (나) 쟁점허가건물의 취득가액이 OOO원으로 확인되고, 그 취득세 OOO원, 그 등록세 OOO원, 그 취득과 관련한 법무사 비용 OOO원은 필요경비로 인정되어야 한다.
(2) 쟁점부동산 중 주거용으로 사용된 부분에 대하여는 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세가 적용되어야 한다. (가) OOO의 지장물 조사대장에 의하면, 수용당시 쟁점건물 중 23.1㎡는 주거용(방)으로, 53.36㎡는 식당으로, 나머지 56.19㎡는 주거와 식당으로 공동 사용된 것으로 확인하고 있을 뿐 아니라 양도일 현재 공부상 근린생활시설로 등재되어 있다 하더라도 2005.10.28.부터 주민등록상 주소를 두고 거주하였으므로 실질적인 주택에 해당한다 할 것이며, 양도일 현재 세대주와 세대원이 국내에 다른 주택을 보유한 사실이 없으므로 1세대 1주택을 보유한 것으로 보아야 할 것이다. (나) 청구인은 2005.12.3.부터 2009.2.19.까지 쟁점부동산 소재지에서 ‘OOO’이라는 상호로 일반음식점(간이과세자)을 운영하였으며, OOO의 일일 평균 수입금액은 2007년 OOO원, 2008년 OOO원에 불과하였던바, 그 정도의 수입금액은 쟁점건물 중 식당전용 사용면적 53.36㎡와 공용부분 정도면 충분히 올릴 수 있는 수준의 금액이다. (다) 청구인은 쟁점건물을 2006.1.9. 취득하여 2009.1.15. 양도하였는바, 3년 이상 보유하였으므로 쟁점부동산 중 주택 부분과 그 부수토지에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여야 하는바, 쟁점건물 중 주거전용으로 사용된 면적은 23.1㎡, 식당 전용으로 사용된 면적은 53.36㎡, 공용 면적은 56.19㎡이므로 주거 전용면적 23.1㎡와 공용면적 56.19㎡을 전체 전용면적에 대한 주거 전용면적 비율로 안분한 면적만큼은 주택으로 인정되어야 하고, 쟁점토지 중 전체 전용면적에 대한 주거 전용면적 비율로 안분한 부분은 주택의 부수토지로 인정되어야 한다.
(1) 청구인은 쟁점부동산의 매매계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)가 취득계약서이므로 매매대금을 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장이나, 쟁점계약서상 매수인은 청구인의 아버지와 그 외 1인으로 명시되어 있으나 청구인의 이름, 주민등록번호 등 인적사항을 확인할 수 없으므로 청구인의 매매계약서로 볼 수 없으며, 취득가액에 대한 객관적인 입증책임은 청구인에게 있는바 쟁점계약서상 금액을 쟁점부동산의 취득가액으로 볼 수 없다.
(2) 1주택 판단시 “주택”은 건물공부상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하며, 그 용도가 불분명한 경우에는 공부상 용도에 의하여 판단한다고 규정하고 있으며 ‘1세대 1주택과 이에 부수되는 토지’에 해당되어 양도소득세의 비과세요건을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 입증책임은 납세의무자에게 있으며(대법원 2005.12.23. 선고 2005두8443 판결), (가) 청구인은 쟁점부동산의 주택에서 청구인의 어머니가 거주하면서 식당을 운영하였다고 주장하나, 당초 불복청구시 청구인이 거주하면서 식당을 운영하였다고 주장하는 등 진술을 번복하고 있어 그 신빙성이 없고, 청구인이 제출한 OOO의 확인서는 쟁점건물의 양수인으로서 사인 간에 작성되어 객관적인 증빙이라 볼 수 없으므로 청구주장을 인정하기 어렵다. (나) 또한, “주택”이란 세대의 세대원이 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물로서 주거용으로 상시 장기간 사용하는 경우를 의미하는 것이므로 비상시 또는 일시적으로 사용하거나, 세대의 세대원이 독립된 주거생활을 사실상 영위하지 아니하고 점포 등에 부수하여 방으로 사용하는 경우에는 주택에 해당하지 않는 것이므로 쟁점건물 중 방 1개(23.10㎡) 부분은 쟁점건물의 나머지 부분과 구조적·기능적으로 전혀 분리되지 아니할 뿐 아니라 영업용 밥솥 및 기타 음식점 집기들이 있어 음식점과 별도로 주거 용도에 공하여진 “주택”에 해당한다고 볼 수 없어 쟁점건물 전체를 음식점으로 보아야 함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점건물 중 일부(23.10㎡) 및 쟁점토지 중 일부(108.72㎡)를 주택과 그 부수토지로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제97조(양도소득의 필요경비계산) ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것
4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것
③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액(제2항에 해당하는 때에는 같은 항에 따른 금액)에 제1항 제2호 및 제4호의 금액을 가산한 금액으로 한다.
2. 제1호 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 가산한 금액
⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.
④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
(2) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령이정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 토지 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3/100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3/1000)
2. 건물
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 제89조(자산의 취득가액 등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제5항 본문에서 "대통령령이 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
② 법 제114조 제7항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(제164조제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
4. 기준시가 < 쟁점② 관련 >
(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
(2) 소득세법 시행령 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.
② 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 배우자가 없는 때에도 이를 제1항의 규정에 의한 1세대로 본다.
1. 당해 거주자의 연령이 30세 이상인 경우
③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.
④ 제3항 단서의 경우에 주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.
⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.
⑥ 제1항에서 "가족"이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다.
(1) 쟁점계약서(2003.11.28.)에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있고, 청구인은 쟁점토지와 쟁점멸실건물의 매매 중개인 중 1명인 OOO의 확인서(작성일 2014년 8월, 인감증명서 첨부, 매매계약서를 작성한 사실과 거래금액이 사실임을 확인함)를 제출하였다. (2)쟁점토지의 개별공시지가(㎡당)는 2004년OOO원으로 확인된다(기준일: 매년 1월 1일, 공시일: 2004년 6월 30일, 2005년 이후 5월 31일).
(3) 2008.12.18. OOO의 재결서와 2013.9.12. OOO가 처분청에 회신한 보상내역 등에는 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 보상내역 (나) 소유자별 보상금 내역서
(4) 등기사항전부증명서상 쟁점허가건물은 2005.9.29. OOO 명의로 소유권보존등기 되었다가 2005.12.6. 매매를 원인으로 2006.1.9. 청구인 명의로 소유권이전등기된 것으로 나타나고, 쟁점허가건물의 일반건축물대장에는 대지 360㎡, 건축면적 67.15㎡, 2005.9.22. 사용승인(허가일 2004.11.20., 착공일 2005.8.26.)되었고, 2005.10.26. 그 용도가 ‘1층 단독주택’에서 ‘제2종 근린생활시설(일반음식점)’로 변경승인된 것으로 나타난다.
(5) 국세통합전산망에는 청구인이 2005.12.3.부터 2009.2.19.까지 쟁점부동산 소재지에서 ‘OOO’이라는 상호로 음식점업을 영위하였고, 이와 관련하여 청구인이 납부한 부가가치세 내역은 다음과 같이 나타난다.
(6) 국세통합전상망의 세대별 주택보유현황 조회자료에 의하면, 쟁점부동산 양도당시(2009.1.15.) 세대주인 청구인의 아버지와 그 세대원(배우자, 청구인을 포함한 자녀 2명)은 모두 주택을 보유하고 있지 아니한 것으로 나타난다.
(7) 청구인은 청구주장에 대한 증빙으로 쟁점토지 보상금 증액소송 판결서OOO, 쟁점부동산의 취득세 및 등록세, 법무사비용 내역서, 농지보전부담금 납입확인서(2014.2.3. OOO), 쟁점허가건물의 매매계약서(2005.12.6.), 지방세 및 부가가치세 과세(납세)증명서 등을 제시하였다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액으로 결정하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산 중 쟁점토지와 쟁점멸실건물의 매매계약서에는 매수인이 ‘OOO(청구인의 아버지) 외 1인’으로만 기재되어 있을 뿐 청구인이 매수인에 포함되는지가 불분명하고, 거래대금 지급에 관한 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점, 쟁점토지의 취득당시(2004.7.28.) 기준시가는 OOO원(개별공시지가 OOO)이고, 쟁점멸실건물은 쟁점토지 취득 후 즉시 멸실하였으므로 그 가치가 거의 없는 점으로 보아 쟁점계약서상의 매매가액OOO이 과도해 보이는 점, 쟁점계약서나 중개인의 확인서 등은 사인간 사후 임의작성이 가능하여 그 신빙성이 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액으로, 필요경비를 개산공제액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(9) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 양도소득세 과세대상인 건물이 비과세대상인 주택에 해당하는지 여부를 판정함에 있어서 당해 건물이 주택인지 그러하지 아니하는지 여부는 공부상의 용도에 불구하고 사실상의 용도에 따라 이를 판정함이 타당하다 할 것(조심 2008서3149, 2008.12.5. 같은 뜻임)인바, 쟁점허가건물은 2005.10.26. 단독주택에서 제2종 근린생활시설(일반음식점, 대지 360㎡ 건축면적 67.15㎡)로 변경된 점, OOO의 지장물 조사대장(도면, 사진)에 의하면 주차장, 계사(鷄舍), 평상, 원두막, 야외테이블 등 음식점 영업에 필요한 각종 집기와 시설이 설치된 점, 청구인은 쟁점부동산 소재지에서 2005.12.3.부터 2009.2.19.까지 음식점업을 영위한 점 등에 비추어 쟁점부동산은 음식점업을 영위하기 위하여 공여된 부동산인 것으로 판단된다. 다만, OOO의 재결서의 보상금 내역과 OOO의 지장물 조사대장 및 보상금 내역서 등에 의하면, 쟁점건물 면적 132.65㎡ 중 23.10㎡에 대하여는 식당(영업용) 공간과는 별도로 구분되는 ‘주거공간(방, 철근콘크리트조)’으로 인정하여 OOO원의 보상금을 지급한 점, 청구인과 처분청이 제시한 해당 면적의 사진에는 서랍장, 옷걸이, 매트리스 등 주거를 위한 집기들이 설치되어 있음이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점건물 면적 중 23.10㎡에 해당하는 부분에 대하여는 주거용으로 사용하였다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점건물 전체를 음식점용 건물로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.