귀속시기 오류를 바로 잡아 증액경정하면서 부과제척기간이 지나 감액경정하지 못한 과세기간의 기납부세액으로 충당하고 남은 세액만 고지할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO에게 공급가액 OOO원 상당의 OOO 노반실시설계용역을 제공하고 2009.1.8. 전자세금계산서를 발급(청구법인이 제출한 전자세금계산서 출력물의 공급일자는 2008.12.30.로 되어 있으며, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)한 후, 그 공급일을 2008.12.30.로 보고 그 공급가액 및 공급대가를 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액에 각 산입하여 2008년 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서의 공급일을 2009.1.9.로 보고 2014.6.10. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다가, 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 매출에 대하여 부가가치세 및 법인세를 이미 납부하였으므로 납부불성실가산세는 부과하지 아니하는 것으로 하여 2009년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원을 각 감액경정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO 전자조달시스템에서 출력한 세금계산서에 공급일이 2008.12.30.로 되어 있었기 때문에 쟁점세금계산서 관련 거래를 2008년 귀속으로 신고하였는데, OOO은 이를 2009년 귀속으로 신고하여 거래처간 부가가치세 신고내용이 일치하지 아니하게 되었고, 이에 OOO세무서장(당시 청구법인의 사업장 소재지 관할관서)이 2010년 4월경 청구법인에게 쟁점세금계산서 관련 거래에 대한 소명요구를 하여 청구법인은 세금계산서와 계약서 등 관련 자료를 제출하면서 이에 대하여 소명하였다. 그런데 처분청은 그로부터 4년이 지나고 2008년 제2기분 부가가치세 및 2008사업연도 법인세 부과제척기간이 도과하거나 임박한 2014.3.20.에야 쟁점세금계산서의 공급시기가 2009.1.8.이라는 통보를 한 후, 2014년 6월경 이 건 납세고지서를 발부하였는바, 처분청이 2008년 귀속분에 대한 부과제척기간이 도과하기 전에 이 건 처분을 할 수 있었음에도 이를 하지 아니하다가 2008년 귀속분에 대한 부과제척기간이 도과한 이후에야 이 건 부과처분을 하면서 2008년 귀속 국세의 부과제척기간이 도과하였다는 이유로 2008년 귀속 납부세액은 환급하지 아니하고 이를 다시 2009년 귀속으로 납부하라고 함은 부당하고, 2008년 제1기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세는 잘못 납부하거나 초과하여 납부된 세액이므로 이를 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세에 충당하고 청구법인에게는 가산세만 부과함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 OOO에게 OOO 노반실시설계용역과 관련하여 2009.1.8. 쟁점세금계산서를 발행하고도 관련 매출액을 2009년 제1기분 부가가치세 및 2009사업연도 법인세 신고시 누락한 것에 대하여 처분청이 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다. 또한 부과제척기간이 만료하면 국세기본법 제26조의2 제1항에 따라 과세관청은 과세표준과 세액의 증액 뿐 아니라 감액 경정도 할 수 없으므로 쟁점세금계산서 관련 매출액을 차감하여 2008년 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세를 감액경정하지 않은 것도 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 귀속시기 오류를 바로잡아 증액경정하면서 부과제척기간이 지나 감액경정하지 못한 과세기간의 기납부세액으로 충당하고 남은 세액만 고지할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

• 가. 소득세법 제81조 제3항 제4호
• 나. 법인세법 제76조 제9항 제4호
• 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(국세징수법 제14조에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO이 소명한 쟁점세금계산서 발급 경위 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO은 ㈜OOO와 2008.11.28. OOO 노반실시설계용역 계약을 체결한 후, 2008.12.29. 선급금 OOO을 지급하였고, 다음날 ㈜OOO은 공동 도급사를 대표하여 OOO 전자조달시스템에서 선급금 청구서 및 전자세금계산서를 작성하고 전자서명하였다. (나) 그러나 OOO은 2009.1.6. 선급금 청구서와 전자세금계산서를 반려하였고, 2009.1.8. 공동 도급사들은 위 전자조달시스템에서 선급금 청구서와 전자세금계산서를 재작성하고 전자서명하였으며, 2009.1.13. OOO은 선급금 OOO을 지급하고 그 무렵 전자세금계산서에 전자서명을 하였다. (다) 청구법인은 2009.1.25. 위 전자조달시스템에서 출력한 쟁점세금계산서(공급일 2008.12.30., 공급가액 OOO원)를 토대로 그 매출액을 2008년 귀속으로 하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였으나, OOO은 2009.4.25. 쟁점세금계산서 관련 거래의 공급시기를 2009.1.9.로 보고 그 매입액을 2009년 귀속으로 하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. (라) 청구법인은 OOO세무서장이 2010년 4월경 청구법인에게 2009년 제1기 세금계산서합계표 대사자료를 토대로 쟁점세금계산서 관련 거래에 대한 소명요구를 한 사실이 있고 청구법인이 이에 대한 해명을 한 사실이 있다며 청구법인이 작성한 ‘부가가치세 과세자료 해명(2010.4.28.)’을 제출하였다. (마) 처분청은 2014.6.10. 쟁점세금계산서 관련 거래의 귀속시기를 2009.1.9.로 보고 청구법인에게 이 건 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세를 증액경정하여 고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 매출을 2008년 귀속으로 하여 2008년 제1기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세를 이미 신고·납부하였으므로 그 납부세액으로 2009년 제1기분 부가가치세 및 2009사업연도 법인세에 충당하고 가산세만 고지하여야 한다고 주장하나, 납세의무자가 국세 등으로 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정한 다음 그 환급금을 납세고지에 의하여 납부하는 국세 등에 충당하여야 하는 것이지만(국세기본법 제51조 제1항, 제2항), 위에서 말하는 오납액이라 함은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고(신고납세의 경우) 또는 부과처분(부과과세의 경우)이 부존재하거나 당연무효임에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액을 말하고, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하며, 환급세액은 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별세법에서 환부하기로 정한 세액을 말하는바(대법원 1989.6.15. 선고 88누6436 판결), 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 매출액의 귀속시기를 2008년으로 오인하여 신고·납부한 2008년 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세 과세표준과 세액은 그 신고납부가 당연무효에 해당하지 아니할 뿐 아니라 그 이후의 경정 등으로써 그 세액이 감액된 사실도 없어 과오납액에 해당하지 아니하므로 그 세액을 이 건 고지세액에 충당하기는 어려울 뿐 아니라, 2008년 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세가 과오납액에 해당한다 하더라도 이로 인하여 공급시기가 2009.1.9.인 쟁점세금계산서의 매출액을 가산하여 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세 과세표준과 세액을 증액경정·고지한 이 건 처분이 위법하게 되는 것이 아니라 이 건 처분은 적법·유효하나 환급금으로서 고지세액을 충당할 수 있게 되는 것뿐이다. 또한, 청구법인은 납세자의 법적안정성을 보장하기 위해 도입된 국세부과제척기간이 도과하였음을 이유로 명백한 오류가 있는 2008년 제1기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하지 못한다고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 국세기본법 제26조의2 제1항이 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있어 그 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이므로(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결, 같은 뜻임) 처분청으로서도 쟁점세금계산서 관련 매출액의 귀속시기를 2009년으로 하여 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세 부과처분을 할 당시(2014.6.10.)는 2008년 제2기 부가가치세는 2014.1.25.에, 2008사업연도 법인세는 2014.3.31.에 각 그 부과제척기간이 도과한 이후였으므로 쟁점세금계산서 관련 매출액을 차감하여 2008년 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세 감액경정을 할 수도 없었을 뿐 아니라, 2008년 제1기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세 과세표준과 세액은 청구법인의 신고로 확정된 이후 과세관청이 어떠한 처분도 하지 아니하였으므로 그에 관한 불복대상 처분도 존재하지 아니한다하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매출액에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 및 2009사업연도 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.