쟁점법인이 쟁점토지와 관련된 설계계약체결, 대금지급 및 도급계약체결 등을 추진한 점 등에 비추어 쟁점법인은 도관에 해당하지 아니하고, 주식양도대금의 실질 귀속자가 쟁점법인이 아니라고 보기 어렵고, 쟁점법인의 주식 전부를 소유한 과점주주인 청구법인은 제2차 납세의무자에 해당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점법인이 쟁점토지와 관련된 설계계약체결, 대금지급 및 도급계약체결 등을 추진한 점 등에 비추어 쟁점법인은 도관에 해당하지 아니하고, 주식양도대금의 실질 귀속자가 쟁점법인이 아니라고 보기 어렵고, 쟁점법인의 주식 전부를 소유한 과점주주인 청구법인은 제2차 납세의무자에 해당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 쟁점법인은 매매대금의 수수 없이 쟁점분양권을 취득하고, 쟁점분양권 취득 후 20일 만에 매도하였던바, 분양권의 처분권한은 OOO 등에게 있었고, 쟁점분양권 매매대금이 쟁점법인을 통하여 수수되었으나 실질은 OOO 등에게 직접 지급된 것으로서 쟁점법인은 실체가 없는 도관회사(導管會社: 실질적인 소득이나 자산에 대한 지배 및 관리권 없이 조세회피 목적만을 위해 설립된 회사. 1～2명이 상주하며 서류전달 등 간단한 업무를 수행하는 점에서 서류상에서만 존재하는 페이퍼컴퍼니와 다름)의 역할을 한 것에 불과하므로 명의자에 불과한 쟁점법인에게 법인세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.
(2) 쟁점법인이 정당한 분양권의 소유자이고 도관회사가 아니라고 한다면, OOO 등이 청구법인에게 양도한 OOO원의 주식거래대금은 분양권의 가치가 반영된 정상적인 거래가액으로 인정되어야 하고, 그럼에도 불구하고 주식거래대금의 실질이 분양권 프리미엄이라면 거래내용만이 아닌 납세의무자도 실질귀속자가 되어야 할 것인바, 거래대금이 귀속되고 납부세액 측면에서 혜택을 본 OOO 등이 실질귀속자로서 납세의무자가 되어야 하므로 주식의 양도차익을 쟁점법인의 자산처분이익으로 보아 쟁점법인에게 법인세를 과세한 처분은 실질과세에 위배되므로 취소하여야 한다.
(3) 청구법인이 주식거래방식을 통하여 실제로 취득한 것은 쟁점분양권이고, 쟁점법인은 쟁점분양권을 양도한 후 이름만 남아있는 명목상 회사(paper company)에 불과하므로 청구법인을 쟁점법인의 외관상 과점주주라 하여 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 실질과 부합하지 않으므로 취소되어야 한다.
(2) 판결서OOO에 쟁점분양권의 양도로 프리미엄을 수령할 경우 OOO와의 계약해제와 양도소득세 과세 등 위험으로 인하여 주식양수도 거래방식으로 거래하였다고 되어 있어 주주와 쟁점법인을 별도로 볼 수 없고, 쟁점법인이 자산가치가 높은 법인이면 시행사가 되었어야 하나 2010.9.17. OOO로부터 쟁점토지의 소유권을 이전한 후 쟁점법인을 폐업한 것으로 보아 쟁점분양권만을 필요로 하였으며, 당초 주식이 아닌 토지 분양권을 취득하였으므로 쟁점법인에 지급한 OOO원은 쟁점분양권에 대한 프리미엄이지 주식가치를 반영한 가액은 아니다.
(3) 제2차 납세의무는 국세기본법에 따라 지정되는 것으로 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점분양권을 취득하였고, 쟁점법인의 주식 전부(자본금 OOO원)를 인수하였음에도 청구법인이 쟁점법인의 형식상 주주라는 청구법인의 주장은 인정할 수 없다.
① 쟁점법인이 분양권의 명목상 소유자(도관회사)에 불과하여 법인세 납세의무자에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부(주위적 청구)
② 주식거래의 실질이 분양권 프리미엄이라면 납세의무자도 소득의 귀속자가 되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구1)
③ 청구법인은 형식상 주주이므로 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부(예비적 청구2)
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)
(1) 심리자료에 의하여 과세경위 등을 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구법인이 쟁점분양권을 취득하게 된 경위는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2006.12.5. 자본금 OOO원으로 설립된 법인으로서 오피스텔을 신축·분양하기 위하여 2009.9.21. OOO로부터 쟁점토지 입찰에 응하였으나 낙찰되지 못하였고, OOO 등에게 OOO원에 낙찰되어 OOO 등이 OOO원의 계약금을 납부하고 토지매수계약을 체결하였다.
2. OOO 등은 2009.12.17. 주택 및 상가 신축판매업을 목적사업으로 하는 자본금 OOO원의 쟁점법인을 설립하고, 2009.12.18. 쟁점분양권을 계약금 납부액인 OOO원에 쟁점법인(2010.5.31. 주식회사 OOO로 변경되었음)에 양도하는 계약을 체결한 후 쟁점토지의 매수인의 지위를 OOO 등에서 쟁점법인으로 변경한 사실이 토지분양권매매계약서 및 권리의무승계계약서 등에 나타난다.
3. 2010.1.8. 청구법인은 쟁점분양권을 OOO원에 취득하고, OOO 등이 보유한 쟁점법인의 주식 전부OOO를 OOO원에 취득하는 계약을 OOO 등과 체결한 사실이 토지분양권 및 주식양도･양수계약서에서 확인되며, 2010.4.7. 청구법인은 쟁점분양권을 OOO원에 취득하고, OOO 등이 보유한 쟁점법인의 주식 전부OOO를 OOO원에 취득하는 내용의 새로운 주식양도･양수계약을 OOO 등과 체결한 사실이 주식양도･양수계약서에 의하여 확인된다.
4. 청구법인은 2010.9.17.까지 OOO에 쟁점토지 매수대금 OOO원을 지급하고 소유권이전등기하였고, 쟁점법인은 2011.12.5. 자진 폐업한 후 2012.3.2. 청산이 종결되었으며, 주식회사 OOO은 청구법인에게 프리미엄 없이 쟁점토지를 취득할 수 있게 알선하였다며 청구법인을 상대로 토지매수 용역대금 OOO원의 청구소송을 제기하였으나 2012.6.21. 원고 패소하였던바OOO, 결국 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 위하여 쟁점분양권 OOO원, 쟁점법인 주식 OOO원, 쟁점토지 잔금 OOO원을 지출하였다. (나) 쟁점법인의 법인세 신고 및 세적변경 내용은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다. (다) 쟁점분양권 매매계약서 및 판결서의 내용은 다음과 같다.
1. 토지분양권 매매계약서(2009.12.18.)는 매도자가 OOO, OOO(갑)이고, 매수자가 쟁점법인(을)으로서 제4조에 매매대금은 갑이 OOO에 납부한 계약금 OOO원으로 하고, 계약체결시 전액을 지급하기로 한다고 되어 있으며, 제6조에 갑이 계약 위반시 계약금의 2배를 을에게 주고, 을이 계약 위반시에는 계약금은 갑에게 귀속된다고 기재되어 있다.
2. 권리의무승계계약서(2009.12.18.)에는 쟁점토지에 대한 매매계약상의 권리의무승계에 관하여 양도인인 OOO 외 2인과 양수인인 쟁점법인 및 OOO는 2009.9.21.자로 매매계약을 체결한 쟁점토지에 관한 매매계약상의 일체의 권리의무를 그대로 승계한다고 기재되어 있다.
3. 주식양도･양수계약서(2010.4.7.)는 양도인이 OOO·OOO, 양수인이 청구법인이며, 제3조(주식양도양수 완료 선행조건)에 OOO 외 3명과 청구법인은 주식양도양수계약과 관련하여 다음의 선행조건이 충족되는 경우 명의개서 등의 주식양수도 절차를 이행한다고 기재되었고, 선행조건에 청구법인이 OOO 외 3명에게 주식 매매대금을 지급하는 것과 동시에 쟁점법인이 OOO 외 3명으로부터 쟁점분양권을 구입하고 지급하지 아니한 OOO원을 잔금 지급일(2010.5.28.)까지 청구법인이 OOO 외 3명에게 변제한 후 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점분양권을 취득한다고 기재되었다.
4. 주식회사 OOO이 청구법인을 상대로 제기한 용역대금청구소송의 판결서OOO에는 “앞서 본 바와 같은 매매 및 전매계약의 체결행위나 매매대금의 액수 등에 비추어 볼 때 양도소득세 부과나 뒤에서 보는 바와 같은 계약해제의 위험을 회피하기 위하여 위와 같이 주식양도양수 등의 절차가 이용된 것으로 보이는 점, OOO로부터 낙찰받은 토지를 당초 낙찰가에 전매하는 것에 대하여는 위 공사로부터 승인을 얻을 수 있지만, 낙찰가에 추가적으로 프리미엄을 받고 전매하는 경우에는 계약이 해제될 위험을 감수하여야 하는 점, 쟁점법인은 OOO 등이 이 사건 토지상에 신축분양사업을 추진하는 과정에서 설립한 회사로서 PF(Project Financing) 등 절차상 편의를 위하여 설립된 이른바 페이퍼 컴퍼니에 불과한 것으로 보이는 점, 쟁점법인은 자본금이 OOO원에 불과하고, 별다른 인적 조직이 존재하지 않으며, 이 사건 토지에 관한 사업권이나 인허가를 취득한 바도 없는 점, 쟁점법인의 위와 같은 인적･물적 조직에 비추어 (생략) 주식양수대금 명목으로 지급된 위 OOO원은 실질적으로 이 사건 토지에 관한 매수인 지위 이전의 대가 즉, 프리미엄으로서의 성격을 가지는 것으로 봄이 상당하고, 이에 반하는 듯한 OOO의 일부 증언은 이를 믿지 아니하며, 달리 반증이 없다”고 기재되었다
5. 위 판결에 대한 항소심 판결서OOO에는 “앞서 본 전제사실과 위 인정사실 및 피고가 이 사건 토지를 매수하여 소유하고 있는 OOO 토지와 연계하여 공동으로 개발하여 수익률을 높이기 위해서 원고와 토지매입 위탁계약을 체결하였고, 쟁점법인은 이 사건 토지를 개발하기 위한 목적에서 설립한 특수목적법인으로 보이고 그 주식가치는 대부분 이 사건 토지를 개발하여 얻을 수 있는 수익이 반영된 것이며, (생략) 피고가 이 사건 토지의 매수인으로서의 계약상의 지위를 양수하는 양수대금은 그 명목이 비록 쟁점법인의 주식양도대금으로 되어 있다고 하더라도 그 실질은 피고가 OOO 등으로부터 토지 매수인의 계약상 지위를 양수하기 위하여 지급하는 매수인의 지위에 대한 프리미엄으로 보아야 하므로 피고의 매수인 지위에 대한 실질적인 양수대금은 주식양도대금 명목의 프리미엄 OOO원을 포함한 OOO원이고, 피고의 이 사건 토지 매수대금은 여기에 OOO에 납부한 잔대금 OOO원으로 봄이 타당하다”고 기재되었다. (라) 처분청은 2010년에 청구법인이 OOO 등에게 주식매매대금으로 지급한 OOO원의 실질이 분양권 프리미엄이라는 판결에 따라 주주들의 주식 양도소득의 실질은 쟁점법인의 자산 양도소득이라고 보아 양도대금 중 주식액면가액 OOO원을 제외한 OOO에 대하여 법인세를 부과하였으며, 쟁점법인은 이미 폐업 및 청산이 종결되어 납부능력이 없다고 보아 납세의무성립일 현재 쟁점법인의 주주인 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정하고, 소득의 귀속자인 OOO 등에게 상여 및 배당으로 소득처분하여 종합소득세를 부과하였다.
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점법인에 대하여 과세한 처분이 부당하다고 주장하며 그 이유를 다음과 같이 제시한다.
1. 쟁점법인은 매매대금 지급 없이 OOO 등으로부터 쟁점분양권을 취득하였던바, OOO 등은 쟁점분양권 매매계약에도 불구하고 자금수수 없이 쟁점법인에게 쟁점분양권을 이전하였고, 쟁점법인은 권리의무승계계약에 의하여 매수인의 지위만 승계한 것으로서 쟁점분양권의 거래는 매매대금의 지급을 이행하지 않은 상태이므로 민법(제568조)상 매매의 효력이 발생하지 않았고, 매수인의 지위 또는 명의만 변경된 것에 불과하며, 실질적으로 분양권에 대한 지배권은 OOO 등에게 귀속된 것이고, 또한 OOO 등이 쟁점분양권을 임의처분하였으므로 OOO 등을 분양권의 실질소유자라 할 것인바, 2010.4.7. 주식양도양수계약서상 분양권 소유자인 쟁점법인이 매도인 또는 계약의 당사자로 표시되어 있지 않고, OOO 등이 쟁점법인의 자산인 분양권을 처분하였으므로 OOO 등이 분양권을 실질 지배하였다고 보아야 하며, 주식양도양수계약서에는 쟁점법인의 분양권 처분권한을 무시하고 주주들이 청구법인에게 쟁점법인이 OOO 등에 대한 채무(쟁점분양권 매매대금 전액)를 직접 변제할 것을 요구하고, 변제하는 경우 청구법인이 쟁점법인의 분양권을 취득하게 하고 있어 결국, 매수인 지위의 명의가 차명으로 쟁점법인으로 되어 있고, 실질적인 처분권한도 OOO 등에게 있으므로 쟁점분양권 소유자는 OOO 등으로 보아야 한다.
2. 쟁점법인은 분양권 전매를 위한 도관회사로서, 법원도 분양권 매매거래에 주식양도절차가 이용된 것으로 보아 사실상 쟁점법인을 도관회사로 인정하였던바, 주식회사 OOO이 청구법인을 상대로 제기한 용역대금 청구소송에서 수원지방법원은 “매매 및 전매계약 체결경위나 매매대금의 액수 등에 비추어 볼 때 양도소득세 부과나 뒤에서 보는 바와 같은 계약해제의 위험을 회피하기 위하여 위와 같이 주식양도양수 등의 절차가 이용된 것으로 보인다”고 하면서, “쟁점법인이 PF(Project Financing) 등 절차상 편의를 위하여 설립된 페이퍼 컴퍼니에 불과한 것으로 보이는 점, 쟁점법인이 자본금 OOO원에 불과하고 인적 조직이 존재하지 않으며, 이 사건 토지에 관한 사업권이나 인허가를 취득한 바가 없는 점”이라고 판시하였다.
3. 법인의 실질관계는 거래행위, 동기, 자금흐름, 이행과정, 계약내용 등을 종합 판단하여야 하는바, 쟁점법인은 임차료 등을 지출하였으나 계약해제 위험 및 양도소득세 부과 회피를 위해서 분양권과 주식이 동시에 양도되는 특이한 주식양수도 거래방식을 이용하였고, 쟁점법인이 매매대금의 지급 없이 OOO에 매수인 지위로만 등재되었으며, 분양권의 매매대금이 쟁점법인을 통하였으나 실질내용은 쟁점법인의 분양권 양수시(2009.12.18.)부터 ‘토지분양권 및 주식양도양수계약서’ 작성시(2010.1.18.)까지의 기간이 20일에 불과하고, 부동산개발사업의 등록요건이 자본금 OOO원 이상이나 쟁점법인의 자본금은 OOO원이며, 인적 조직도 없어 쟁점법인은 분양권 전매를 위한 도관회사이다.
4. 법인의 실체가 법적 또는 실질적으로 부인되어야 실질귀속자에게 과세할 수 있는 것은 아닌바, 거래행위 자체가 실질과 괴리가 심하여 부당하거나 세법의 부당한 혜택을 받은 것이라고 인정된다면 해당 법인의 법인격 부인이나 명목회사 여부를 판단할 필요 없이 배후의 실제 귀속주체에게 실질과세를 적용하거나 경제적 실질에 따라 매도자가 직접 거래한 것으로 보아 세법을 적용할 수 있다. (나) 이에 대해 처분청이 제시한 과세근거는 다음과 같다.
1. 주식양도･양수계약서에 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점토지의 분양권을 취득한다고 명시되어 있어 계약당사자들(OOO 등, 청구법인, 쟁점법인)은 쟁점분양권 소유권자는 쟁점법인임을 인지하고 매매계약을 체결한 것이며, 분양권 소유권자인 쟁점법인이 매도인으로 표시되어 있지 않은 것은 OOO와의 계약해제와 양도소득세 과세의 위험을 회피하기 위하여 주식양도･양수방식으로 계약을 체결하였기 때문에 계약의 당사자로 나타나지 않은 것이고, 쟁점법인이 OOO 등에게 분양권 취득대금을 지급하지 않아 미지급금을 OOO 등이 청구법인에게 직접 변제할 것을 요구한 사실만으로 쟁점법인을 도관회사로 확정할 수 없다.
2. OOO의 판결서에 “피고(청구법인)가 주식양수대금 명목으로 지급한 위 OOO원은 쟁점법인의 주식 자체의 경제적 가치에 대한 평가만을 기초로 정하여졌다고 보기는 어려운 점 등을 종합적으로 고려하면 주식양수대금 명목으로 지급된 위 OOO원은 실질적으로 이 사건 토지에 관한 매수인 지위 이전의 대가 즉, 프리미엄으로서의 성격을 가지는 것으로 봄이 상당하고”라고 결정한 것을 보면 법원은 분양권 프리미엄이 존재한다는 뜻을 표현한 것일 뿐, 쟁점법인을 도관회사로 인정했다고 할 수 없다.
3. 쟁점법인의 사업자등록 변경 이력, 필아트건축사사무소와 설계계약을 체결하고 대금을 지급한 점, 대표자 OOO 등의 사업이력을 볼 때 쟁점법인을 통하여 실제로 사업을 영위하려 했다고 보이는 점, OOO 판결서에 “OOO 등은 이 사건 토지를 피고(청구법인)가 소유한 OOO 토지와 연계하지 않고 단독으로 개발하기 위하여 (주)OOO과 이 사건 토지에 건물을 신축하기로 하는 건축공사도급계약을 체결하려고 하였고, (주)OOO은 2009.12.11. 내부적으로 건축공사도급계약을 체결하기로 승인하였다”라고 판시된 점, OOO 2심 판결문에서 “한편 OOO, OOO은 2009.12.17. 쟁점법인을 설립하여 2009.12.18. 이사건 토지에 관한 매수인 지위를 쟁점법인에게 양도하고, 주식회사 OOO과 사이에 이 사건 토지상 건물신축 공사에 관한 도급계약 체결을 위한 협상을 진행하였던 사실”이라고 판시한 점, 법인등기부등본상 발행가능 주식수를 감안할 때 최대 자본금은 OOO원까지 가능했던 점, 사업시행 초기단계에서 토지 분양권을 청구법인에게 양도하여 인적조직이 갖추어질 수 없었던 사정 등을 볼 때 쟁점법인이 단순히 분양권 전매를 위해 사용된 도관회사라고 단정할 수 없다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인이 도관회사에 불과하므로 쟁점법인에 대한 과세는 부당하다고 주장하나, 쟁점법인은 쟁점분양권의 소유권자이고, 계약당사자들이 쟁점분양권의 소유권자를 쟁점법인으로 인지하여 매매계약이 체결된 점, 법원은 주식매매대금을 분양권 프리미엄이라고 판단하였을 뿐 쟁점법인을 도관회사로 인정했다고 할 수 없는 점, 명백한 사유 없이 쟁점법인의 설립행위를 가장행위로 단정하기 어려운 점, 쟁점법인은 쟁점토지의 설계계약체결, 대금지급 및 도급계약 등을 추진한 점, OOO 등이 쟁점분양권의 매매대금을 청구법인으로부터 직접 변제받을 것을 요구하였다고 하여 쟁점법인을 도관회사라고 확정할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 분양권 처분소득의 귀속자를 쟁점법인으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점법인에 대한 과세는 실질과세에 부합하지 않는다고 주장하여 다음과 같은 이유를 제시한다.
1. 쟁점법인이 분양권의 정당한 소유자라면 OOO원의 주식거래대금은 분양권 프리미엄이 반영되어 당사자 간 합의된 주식거래대금이므로 이를 부인할 이유가 없으며, OOO 등의 OOO원의 주식양도소득은 정당한 것으로 인정되어야 하고, 실질과세를 적용한다 하더라도 명의자인 쟁점법인을 납세의무자로 하는 것은 실질과세원칙에 위배되므로 쟁점법인에 대한 자산양도소득 가산에 따른 법인세 부과는 취소되어야 하는바, OOO은 “주식양수대금 명목으로 지급된 OOO원은 실질적으로 이 사건 매수인 지위 이전의 대가 즉, 프리미엄으로서의 성격을 가지는 것으로 봄이 상당”하다고 하여 OOO원의 실질을 분양권 프리미엄으로 판시하였고, OOO은 “그 주식가치는 대부분 이 사건 토지를 개발하여 얻을 수 있는 수익이 반영된 것”이고, “매수인 지위에 대한 실질적인 양수대금은 주식양도금 명목의 프리미엄 OOO원을 포함한 OOO원이며, 피고의 이 사건 토지 매수대금은 여기에 토지주택공사에 납부한 잔대금 OOO원을 합한 OOO원으로 봄이 타당하다”라고 판시하여 법원은 명목상 주식거래대금 OOO원의 실질에 대해 판단하였을 뿐, 주식양수도거래계약을 부인하거나 매도자와 매수자가 통정하였다거나 실질에 따라 명목도 분양권거래로 변경하여야 한다고 판단한 것이 아니라 실질적으로 토지대금으로 본 것이므로 처분청이 주식거래를 분양권거래로 변경하여 과세하는 것은 법원 판결에 근거한 것이 아니다.
2. 주식거래대금 OOO원은 분양권 프리미엄을 반영하여 이루어진 정상가액이므로 매도자의 주식양도차익 신고는 정당한 것인바, 주식의 가치는 자산가치, 수익가치, 특허권 보유 등 기술력, 인적조직, 능력 등 다양한 요인에 의하여 산정되는바, 쟁점법인은 주식양수도 시 분양권의 향후 자산가치나 개발가치를 높게 평가하여 주식가액을 책정하였고, 서울고등법원은 “그 주식가치는 대부분 이 사건 토지를 개발하여 얻을 수 있는 수익이 반영된 것”이라고 판시하였으며, 쟁점법인이 정당한 분양권 소유자이면 쟁점법인의 주식가치가 반영되는 것이 당연하고, 주식거래에 따른 주식양도차익이 발생한다면 실질이 프리미엄이라 하더라도 이는 정상적인 주식양도차익이며, 쟁점법인이 쟁점분양권을 OOO원에 매도하는 조건으로 주식거래가 이루어졌으므로 분양권 프리미엄이 주식거래에 반영되었다고 할 것이다.
3. 주식거래대금 OOO원을 분양권 가액으로 보는 것은 쟁점법인이 분양권 소유자임을 부인하는 것이고, 주주와 법인이 별도 행위주체임을 부인하는 것으로서 부당한바, 쟁점법인은 쟁점분양권 양도후 실질자산이 없고 누적결손금이 OOO원을 초과하여 자본잠식 상태이므로 처분청이 자본금 OOO원을 주식가치로 산정하는 것은 부당하고, 주식양도금액 OOO원을 주식가액 OOO원과 분양권프리미엄 OOO원으로 나누는 것은 합리적 기준 없이 당사자간 법률적 거래형식과 내용(양도주체, 거래금액 등)까지도 임의적으로 재구성한 것으로 부당하며(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결, 참조), 주식가치 OOO원, 분양권프리미엄 OOO원으로 보는 것은 쟁점법인을 쟁점분양권의 소유자로 보면서 한편으로는 쟁점법인이 보유한 분양권 프리미엄이 주식가치로 반영되는 것을 부인하는 것으로서 일관성이 결여된 것이고, 보유한 자산의 가치가 주식가치로 반영된 주식거래가액을 인정하지 않는 것은 세법상 주식양도소득 과세요건을 부인하는 것이며, 주식양도차익을 부인하고 회사의 자산양도차익으로 과세하는 것은 양도주체를 바꾸는 것으로서 주주와 법인이 별도의 독립된 주체임을 무시하는 것이다.
4. 실질과세를 적용하여 과세한다면 청구법인과 OOO 등의 분양권 거래는 주식거래 형식을 빌렸지만 실질은 OOO원의 분양권 거래로서 실질내용인 분양권거래로 과세한다면 납세의무자도 명의자가 아닌 소득의 귀속자가 되어야 하고, 거래명의자인 쟁점법인의 법인격을 부인하지 않더라도 주식거래방식의 배후에 있는 실질귀속자를 납세의무자로 하여야 함에도 거래내용은 실질을 적용하고 납세의무자는 귀속자가 아닌 명의자를 적용하는 것은 부당하며, 실질과세를 명분으로 명의자인 쟁점법인을 납세의무자로 하는 것은 부당한 것으로서 주식거래행위를 가장행위로 본다면 배후에 은닉된 실제거래행위를 기준으로 과세요건을 판단하여야 하는바, 은닉된 실제거래행위는 쟁점법인의 분양권거래가 아닌 OOO 등의 분양권거래이므로 주식거래가 가장행위라고 하더라도 쟁점법인은 가장행위에 이용되었을 뿐 소득의 실질 귀속자는 별도로 존재한다. (나) 이에 대해 처분청은 쟁점법인에 대한 과세처분은 실질과세라는 의견으로서 다음과 같이 근거를 제시한다.
1. 실제는 분양권의 양도이지만 분양권의 양도로 프리미엄을 수령할 경우 OOO와의 계약해제와 양도소득세 과세 등의 위험으로 인하여 주식양수도 방식으로 거래한 것이므로 주주와 법인의 재산이 구분되어 주주와 법인이 별도의 행위주체라는 청구법인의 주장은 타당하지 않고, 실제로 쟁점법인의 주식을 거래한 것이고 분양권 거래와 무관하다면 청구법인이 쟁점법인의 주식을 인수한 이후 쟁점법인을 시행사로 하여 쟁점토지의 개발사업이 시행되었어야 하나 2010.9.17. OOO로부터 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 받고 얼마 지나지 않아 쟁점법인을 폐업한 점에 비추어 청구법인은 쟁점법인이 소유한 분양권만을 필요로 한 것이므로 쟁점법인에게 과세소득을 귀속시키는 것이 판결내용에 반하지 않는다.
2. 청구법인의 2010년과 2011년 대차대조표는 아래 <표4>와 같은바, 청구법인의 주장과 같이 실제 주식양수라면 2010년 대차대조표상 계상된 유가증권 OOO원이 2011년에도 계상되어야 하나 청구법인은 2011년 쟁점법인 폐업 후 유가증권 처분에 따른 손익을 전혀 계상하지 않은 채 유가증권을 OOO원으로 처리하였고, 2010.1.8. 작성된 주식양수도 계약서 제4조 7)에 “갑(쟁점법인)과 을(OOO 등) 및 병(청구법인)은 본 계약 완료 후 병의 사업청산시 주식 양수비용을 사업경비로 인정받지 못할 경우 이에 따른 법인세 추가세액은 갑, 을이 OOO%, 병이 OOO%씩 부담키로 한다”라고 명시하여 당초 청구법인은 주식이 아닌 토지 분양권을 취득하였고, 청구법인이 쟁점법인에게 지급한 OOO원은 토지 분양권에 대한 프리미엄으로 보인다.
3. 쟁점법인의 자산은 쟁점분양권이 전부이고, 청구법인이 분양권을 가지고 있다면 OOO원의 매매대금을 지급할 이유가 없었으며, 쟁점법인이 자산가치나 개발가치가 높은 법인이라면 쟁점법인을 시행사로 하여 부동산개발사업을 시행하여야 하나 OOO로부터 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 받은 후 얼마 지나지 않아 쟁점법인을 폐업한 점으로 보아 청구법인은 분양권만을 필요로 했음이 입증되고 청구법인이 지급한 OOO원은 분양권에 대한 프리미엄이지 쟁점법인의 주식가치를 반영하여 지급한 것으로 볼 수 없다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 주식거래의 실질을 분양권 프리미엄으로 본다면 주식거래대금의 실질귀속자인 OOO 등을 납세의무자로 하여야 한다고 주장하나, 판결서 등에 의하면 쟁점분양권을 매매하면서 프리미엄을 수수할 경우 OOO로부터 분양계약의 해제와 양도소득세 과세 등의 위험이 있어 주식매매거래방식을 이용한 것이므로 쟁점법인과 주주를 별개로 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점토지의 소유권이전등기를 한 후 쟁점법인을 폐업한 것은 토지분양권만을 필요로 하였던 것이지 쟁점법인의 가치를 반영하여 주식을 취득한 것으로 볼 수 없는 점, 유가증권을 OOO원으로 계상하고 주식인수 관련 법인세를 분담하는 조건으로 계약한 것은 청구법인이 주식이 아닌 토지분양권을 취득한 것을 입증하는 점, 청구법인은 분양권만 필요하였으므로 청구법인이 지급한 주식거래대금은 분양권 프리미엄이지 주식가치를 반영한 가액으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점분양권 프리미엄의 귀속자를 쟁점법인으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(4) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 제2차 납세의무 지정이 부당하다는 이유를 다음과 같이 제시한다.
1. 청구법인이 주식거래를 통하여 취득한 것은 쟁점법인의 회사가 아니라 쟁점분양권 뿐이며, 법원 판결에서도 이를 인정하고 있으므로 청구법인이 쟁점법인의 주주임을 전제로 한 제2차 납세의무자 지정은 실질과 부합하지 않는바, 판결서에서 주식거래대금의 실질을 분양권 프리미엄으로 판단하고 있고, 토지매수대금을 분양권 프리미엄을 포함한 OOO원이라고 판단하고 있으므로 이러한 실질을 부인하고 형식적인 쟁점법인의 주주임을 내세워 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정한 것은 실질과 맞지 않고, 실질과세를 적용하여 쟁점법인과 OOO 등과의 주식거래를 부인하고 쟁점법인의 분양권거래로 인정하여 과세하면서 다른 한편으로 청구법인의 형식상 주식취득을 인정하여 청구법인을 쟁점법인의 주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정한 것은 논리적 일관성이 결여된 것이다.
2. 주식거래대금 OOO원 중 OOO만을 주식가치로 보고 주식거래대금으로 인정하였으나, 자본금 규모로 주식가치를 결정하는 것은 비합리적이고, 판결도 주식거래대금을 분양권매입대금이라고 명시하였음에도 일부를 주식가치로 인정한 것은 근거가 없는 것이며, 주식거래대금으로 인정한 OOO원은 총 주식거래대금 OOO원 중 OOO% 비중에 불과하고, OOO%는 분양권 거래대금으로 인정하였음에도 OOO%를 주식거래로 인정하여 청구법인을 쟁점법인의 주주로 보고 제2차 납세의무자로 지정한 것은 실질과세로 볼 수 없다.
3. 주식양도차익의 실질을 분양권 양도차익으로 보아 과세하면서 청구법인을 분양권 양도차익이 귀속된 쟁점법인의 형식상 주주로 인정하여 제2차 납세의무를 지정하는 것은 실질과 형식이 혼재된 것이고, 분양권만 취득하는 경우와 분양권과 주식을 함께 취득하는 경우의 세금부담은 동일하여야 함에도 주식을 취득한 법인에게 제2차 납세의무가 부과되는 등 거래형식에 따라 법인세 부담이 달라지는 것은 실질과세원칙에 맞지 아니한다.
4. 분양권 양도 후의 쟁점법인은 이름만 남은 명목회사이고 주주권을 행사할 정도의 회사가 아닌바, 청구법인은 분양권 취득만을 목적으로 주식을 양수하였고, 주주권 행사의 대상이 되는 쟁점법인이 법인의 요건만 형식적으로 갖추어 법인격만 유지되는 상태로 사실상 주주권(배당청구권, 의결권 등)을 행사할 정도의 회사로 보기 어려움에도 청구법인을 쟁점법인의 형식상 과점주주라는 이유로 제2차 납세의무를 부담하게 하는 것은 실질에 부합하지 아니한다. (나) 이에 대해 처분청은 제2차 납세의무자 지정은 국세기본법 제39조 의 출자자의 제2차 납세의무 규정에 따라 지정되며, 쟁점법인의 쟁점토지의 분양권과 주식 OOO%를 인수하였음에도 청구법인이 쟁점법인의 형식상 주주라는 주장은 타당하지 않다는 의견이다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인이 쟁점분양권을 양도한 후 이름만 남아 있는 명목상 회사에 불과하므로 외관상으로만 과점주주인 청구법인을 쟁점법인의 제2차 납세의무를 지정하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점분양권을 취득하였고, 쟁점법인의 주식 전부를 보유하고 있으므로 쟁점법인의 형식상 주주가 아닌 쟁점법인의 과점주주에 해당하며, 제2차 납세의무는 국세기본법에 따라 지정되는 것으로서 청구법인은 그 지정요건에 적합하므로 처분청이 청구법인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.