쟁점상장주식을 시가보다 고가로 평가한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 등을 과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2013중4757

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO의 100% 자회사인 OOO는 2008.8.3. 특수관계법인이자 비상장법인인 OOO를 흡수합병하면서, 평가기준일을 2008.5.31.로 하여 합병법인 및 피합병법인의 주식을 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)에 따라 1주당 OOO으로 각 평가하여 1:0.6995255로 합병비율을 산정하면서, 피합병법인이 보유한 상장법인 OOO 주식회사의 발행주식(이하 “쟁점상장주식”이라 한다)을 평가기준일 전후 2개월 동안 거래소 최종시세가액의 평균액OOO에 상증법 제63조 제3항에 의한 최대주주 등에 대한 할증평가 30%를 가산한 22,941원으로 평가하였다.
• 나. OOO국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 주식변동조사를 실시하여, 합병법인 OOO이 피합병법인 OOO를 합병하면서 피합병법인이 보유 중인 쟁점상장주식을 OOO의 고가로 평가함에 따라 피합병법인의 주주인 청구법인이 이익을 분여받은 것으로 조사하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라, 2014.3.28. 및 2014.5.7. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO, 2009사업연도 법인세 OOO 및 농어촌특별세 OOO, 2011사업연도 법인세 OOO을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호 후단은 ‘비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 OOO 최종시세가액으로 산정한다’는 규정을 두었는바, 같은 법 시행령이 개정되기 전에는 비상장법인이 보유한 상장주식의 가치를 상증법 제63조에 의해 평가하여야 하는 것이다. 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에서 2013.2.15. 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호가 개정되기 전에는 (비상장법인이 보유한 상장주식) 시가가 불분명한 경우 상속세 및 증여세법을 준용하여 평가기준일 전후 2개월동안 ‘거래소 최종시세가액의 평균’으로 산정하였고, 개정 후에는 ‘평가기준일 현재 거래소 최종 시세가액’으로 산정한다고 적시하였다. 같은 법 시행령 제89조 제1항의 규정은 쟁점상장주식의 평가에는 적용되지 아니하는 것인바, 이 건의 문제는 쟁점상장주식의 시가가 아니라 쟁점상장주식을 보유한 OOO 주식의 법인세법상 시가로 이를 산정하기 위한 비상장법인의 순자산가액은 모두 상증법상 평가방법에 따라 평가하여야 하는 것이고, 쟁점상장주식은 비상장법인인 OOO의 순자산의 하나이므로 상증법에 따라 평가되어야 하는 것이다. 국세청도 소득세법상 부당행위계산부인 규정에 대해서는 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가를 상증법에 의해 평가하여야 한다고 유권해석OOO한 바와 같이, 법인세법상으로도 비상장주식의 평가는 상증법을 준용하여 이루어지는 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호의 개정취지에 의해 시행령 개정 전의 비상장법인이 보유한 상장주식의 평가는 상증법에 따라 평가하는 것이라고 주장하나, 개정 이전에도 비상장법인의 주식을 상증법 제63조의 규정을 준용하여 평가함에 있어 당해 평가대상 비상장법인이 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 OOO의 최종시세라는 입장을 취하고 있고, 개정 전 법인세법 시행령제89조에서 상장주식의 시가를 한국거래소 최종 시세가액으로 규정하고 있으며, 비상장법인이 보유한 상장주식을 이와 별도로 규정하고 있지 않음에도 이를 상증법에 따라 평가하여야 한다는 청구법인의 주장은 개정세법의 취지를 자의적으로 해석한 것에 지나지 않는 것이다. OOO에서 거래되고 있는 상장주식의 경우 매일의 거래가격이 공시되고 있어 그 가격이 시가이고, 법인세법에서 거래소의 최종시세가액을 시가로 규정하고 있는 것으로 볼 때 청구법인이 주장하는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로 쟁점상장주식을 상증법에 따라 평가하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없고, 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 시가는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 하도록 하고 있어 비상장법인인 OOO가 보유한 쟁점상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 최종시세가액으로 하여야 하는 것으로, 비상장법인인 OOO의 주식을 상증법의 규정을 준용하여 평가하더라도 당해 법인이 자산으로 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 최종시세가액으로 평가하여야 하는 것이다. 국세청도 소득세법상 부당행위계산부인 규정에 대해서는 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가를 상증법에 의해 평가해야 한다는 태도를 취하고 있다고 주장하나, 청구법인이 제출한 해석사항OOO은 소득세법상 부당행위계산부인으로서 법인의 자본거래에 관한 부당행위계산부인 규정의 적용을 법인세법상 시가에 의해 처분한 이 건 거래와는 그 태양을 달리하고 있음에도 이를 근거로 청구법인의 의견대로 유권해석을 하였다고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 합병거래에 대해 법인세법상 부당행위계산 부인 여부를 판단함에 있어, 비상장법인이 보유한 쟁점상장주식을 상증법 제63조에 의하여 평가하여야 하는지, 아니면 한국거래소 최종시세가액으로 평가하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2008.8.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21063호로 개정되기 전의 것) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 한국증권선물거래소법에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 같은 법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관서는 2013.4.24.부터 2013.6.22.까지 OOO 및 OOO 주식회사에 대한 주식변동조사를 실시하였는바, 주요 조사내용은 다음과 같다. (가) 합병법인 OOO과 피합병법인 OOO의 합병내역을 검토한바, 피합병법인의 순자산가치를 평가함에 있어 피합병법인이 보유한 쟁점상장주식을 OOO의 최종시세가액이 아닌 평가기준일 전후 2개월의 최종시세가액의 평균액으로 하고 이에 최대주주 할증 30%를 가산함으로써 피합병법인의 자산을 과대평가하였다. (나) 특수관계인 합병법인과 피합병법인이 불공정합병(피합병법인의 자산 과대평가)으로 인하여 합병법인의 100% 주주인 주식회사 OOO은 피합병법인의 주주인 청구법인 외 2에게 OOO의 이익을 분여한 것이다. (다) 분여이익 OOO에 대하여 부당행위계산부인규정에 따라 익금산입(기타사외유출)하고, 피합병법인의 주주인 청구법인, OOO이 자본거래로 인하여 특수관계자에게 분여받은 이익 OOO에 대하여 익금산입하고자 한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법인세법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21063호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제2호에 의거 평가기준일 전후 2개월 동안 거래소 최종시세가액의 평균액에 최대주주 할증평가를 반영한 가액을 쟁점상장주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 같은 조 제1항에서 같은 법 제52조의 부당행위계산부인규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 OOO에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 OOO 최종시세가액)에 따른다고 규정하고 있어 OOO의 피합병법인으로 비상장법인인 OOO가 보유한 쟁점상장주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 동 상장주식의 시가는 법인세법 시행령제89조 제1항에 따라 평가기준일 현재의 OOO의 최종시세가액으로 평가하는 것이므로 쟁점상장주식을 시가보다 고가로 평가함에 따라 청구법인이 이익을 분여받은 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.