연구전담업무만을 하지 않는 연구부서 임원의 인건비는 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 전자제품 및 부품을 제조하는 법인으로서 2011 사업연도 법인세 신고시 연구인력개발비 ○○○원에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한
• 다) 제10조 제1항 제3호에 의한 연구인력개발비 세액공제를 적용하여 해당 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사결과 청구법인의 상무이사 ○○○과 이사 ○○○가 법인카드를 이용하여 청구법인의 영업업무를 한 사실을 확인하여 위 임원들이 연구전담직원이 아닌 것으로 보아 관련 인건비 ○○○원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대한 연구․인력개발비 세액공제를 부인하여 2014.3.14. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 ○○○원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 연구개발업무를 전담하는 연구개발부서인 기업부설연구소(2009.1.22. 설립하여 현재까지 운영), 관리․재무팀, 구매․생산팀, 영업팀 총 4개 부서를 구성하여 운영하고 있다. (2) 연구소장인 ○○○ 상무이사(주식회사 ○○○의 선임연구원으로 11년, 주식회사

○○○의 책임연구원으로 4년, 주식회사 ○○○근무한 정통 연구원 출신임)는 2011.7.11. 현재 연구관리직원이 아닌 연구전담요원이고, 연구개발업무를 맡을 수 있는 전문학위를 소지하고 있으며, 연구원들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 업무를 수행하고 있다. 중소기업의 상무라고 하면 임원에 해당하고 경영전반에 관여하는 것이 일반적이나, ○○○은 다른 부서(관리 재무팀, 구매생산팀, 영업팀)의 업무와 관련하여 결재한 사실이 없고 연구개발과 관련하여 개발진행서 등에만 결재한 사실을 볼 때 연구요원들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 업무만을 수행한 사실을 알 수 있다. (3) ○○○이 ○○○ 주식회사 ○○○에서 연구원으로 5년간 근무하다가 청구법인이 동 법인을 인수하면서 입사하게 된 자로 청구법인에서 원천기술 확보나 신제품개발을 지원하는 업무를 담당하였다[2011.7.11. 현재 ○○○는 연구전담요원이고, 관련 학위를 소지하였을 뿐만 아니라 ○○○와 산학협력을 통해 ○○○신기술개발과제 선 정사업에 참여하기도 하였으며, 다른 부서(관리재무팀, 구매생산팀, 영업팀)의 업무와 관련하여 결재한 사실이 없고 연구개발과 관련하여 개발진행서 등에만 결재한 사실이 없고 연구개발과 관련하여 개발진행서 등에만 결재한 사실을 볼 때 연구요원들의 연구업무를 직접적ㅇ로 지원하는 업무만을 수행한 사실을 알 수 있다.]

(4) 신제품개발을 위한 원천기술 확보, 경쟁회사와 생산제품 비교관리, 납품처의 신제품 개발의뢰에 따른 연구·협의·승인·조율 등을 위해서는 필연적으로 외부 전문가, 납품처의 담당직원 또는 경쟁회사의 관련 직원들과 접촉할 수 밖에 없으므로 청구법인의 입장에서 보면 ○○○ 상무이사와 ○○○이사가 법인카드를 사용한 것은 불가피한 일이다(중소기업에 불과한 청구법인이 청구법인보다 월등한 지위에 있는

○○○ 등이 필요한 신제품을 개발·생산·납품하기 위해서는 일정한 접대가 불가피한 상황이다. 또한 ○○○상무이사와 ○○○ 이사를 제외한 연구개발부서의 연구원들도 역시 거래상대방과의 개발업무혐의 목적으로 법인카드를 사용하였다.) (5) 위와 같이 ○○○ 상무이사와 ○○○이사는 청구법인 경영에 전혀 관여하지 아니하고 연구개발에만 전념하고 있었으므로 쟁점금액에 대한 연구․인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장하는 상무이사 ○○○과 이사 ○○○의 조직도상 연구전담요원 여부와 과거 연구개발한 이력은 논할 대상이 아니고, 회사에서 연구전담요원으로 배치하더라도 다른 부서 겸직직원 및 연구개발에 직접 종사하지 아니하는 관리직원 또는 영업직원 등에 대한 인건비는 세액공제 대상에 해당하지 않는 것인바, 상무이사 ○○○과 이사 ○○○는 법인카드로 접대비를 계속적·반복적으로 사용한 이력이 있어 순수한 연구개발전담업무 외에 타 업무(접대 및 영업업무)를 수행한 것으로 볼 수 있으므로 이에 대한 연구인력개발비 세액공제를 부인하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액을 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

② 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비 (이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25 (2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(자체기술개발비용만 해당한다. 이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 별표7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력산업연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2011.4.7. 기획재정부령 제204호로 개정된 것) 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구개발 전담부서"라 한다)를 말한다.

1. 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

2. 문화산업진흥기본법 시행규칙제11조의6에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서"란 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 연구소 및 전담부서로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 연구소 및 전담부서(이하 이 조에서 "신성장동력산업ㆍ원천기술연구개발 전담부서"라 한다)를 말한다. 다만, 일반연구개발 전담부서가 있는 경우로서 그 전담부서 내에 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 이를 신성장동력산업ㆍ원천기술연구개발 전담부서로 본다.

③ 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 "기획재정부령이 정하는 자"란 일반연구개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

법인세법 시행령제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법 시행령제98조 제1항 또는 법인세법 시행령제87조 제1항에 따른 특수관계에 있는 자. 이 경우 법인세법 시행령제87조 제1항 제6호를 적용함에 있어서 같은 호 중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, 법인세법 시행령제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

④ 영 제9조 제1항 제1호 및 제2항 제1호에서"기획재정부령으로 정하는 사람"이란 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2011사업연도 법인세 신고시 신청한 연구·이력개발비 세액공제 내역은 다음과 같다. (2) 청구법인의 대표이사인 ○○○가 처분청에 제출한 확인서에는 상무이사 ○○○과 이사 ○○○가 법인카드로 거래처에 접대한 사실이 있음을 확인하고 있고, 첨부된 법인카드 접대비 사용내역에는 ○○○가 다수 거래처에게 접대한 내역이 나타나고 있다.

(3) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) ○○○ 발행한 기업부설연구소인정서에는 청구법인이기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조, 같은 법 시행령 제16조 제1항 및 제27조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정한 내용이 나타난다. (나) 청구법인의 조직도에는 관리·재무(이사1명, 대리1명), 구매·생산(과장2명, 대리1명), 영업(과장2명, 대리1명), 연구·개발(상무이사 1명, 이사 1명, 부장 1명, 과장 1명, 대리 2명)로 구성된 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 기업부설연구소 연구개발 인력현황자료에는 연구전담요원이 7명 ○○○인 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 ○○○ 개발진행 건의문서에는 ○○○이 최종 결재한 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것(조심 2012서523, 2012.8.6., 대법원 2011.6.24. 선고2011두6844 판결, 같은 뜻임)인 바, 이 건의 경우 청구법인의 조직도상 다른 팀보다 연구·개발팀에 상무이사 1명, 이사 1명이 배치되어 있는 점, 청구법인의 대표이사는 상무이사 ○○○가 법인카드로 거래처에 접대한 사실이 있음을 확인하고 있고 법인카드 접대비 사용내역에 ○○○가 다수의 거래처에 접대한 내역이 나타나고 있는 점 등에 비추어 쟁점금액에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.