[요지] 청구법인은 각 사업장(공장)별로 각각 다른 제품을 생산하면서 제조공정이 분리되어 있고, 회계적으로도 각 사업장(공장)별로 구분경리되어 있는 점, 청구법인의 그 밖의 사업장의 투자지출액에 대한 투자세액공제액은 그 밖의 사업장에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있는 것으로 봄이 타당하다고 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 (구)조세특례제한법제11조, 제24조 및 제26조에 따른 세액공제 및 같은 법 제63조의2에 따른 세액감면을 함께 적용하는 것을 같은 법 제127조 제4항의 중복지원 배제 규정에 위배된다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2014.3.18. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 전주, 정읍, 인동, 안양에 각각 사업장을 두고 아래 ＜표 2＞와 같이 제조공급사업을 하는 법인인바, 전주 사업장의 경우 경기도 군포공장에서 영위하던 트랙터, 사출, 공조, 특수사업(궤도)을 2005년부터 지방으로 이전한 것으로, 이에 따라 청구법인은 전주 사업장에서 발생한 소득에 대하여 (구)조세특례제한법 제63조의2에 따른 “법인의 공장을 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면” 규정을 적용받을 수 있게 된 점, 청구법인의 정읍, 인동, 안양 사업장의 경우 그 투자지출액이 각각 (구)조세특례제한법 제11조의 “연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제”, 같은 법 제24조의 “생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제” 및 같은 법 제26조의 “임시투자 세액공제” 대상에 해당된다는 점 등에 대하여 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.
(2) 청구법인의 전주사업장과 그 외 사업장(정읍, 인동, 안양사업장)이 각각 구분경리되어 각 사업장에서 발생한 소득이 구분될 수 있는지 여부와 관련하여 청구법인은 자신이 사업(공장)별로 각각 제조공정이 다른 제품을 생산하고 있고 내부회계적으로도 각각 구분경리되어 관리되고 있다고 하면서 “사업(공장)별 제품 생산공정 설명자료”, “사업 개요”, “사업별 구분손익계산서”, “감사보고서”, “사업보고서”, “공통비 배부기준” 등을 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 “청구법인이 사업장별로 제조공정이 다른 제품을 생산하고 있어 각 사업장별 제조공정이 분리되어 있고, 따라서, 제품군별로 물리적 구분이 되어 직접비는 구분경리가 분명할 것으로 판단되며, 본사 공통비 등 공통경비에 대해서는 내부적 통제를 통하여 부분별 배부기준에 따라 배분하고 있음이 확인되어 중복계산의 여지는 적어 보인다”라는 의견을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) (구)조세특례제한법 제127조의 각 규정은 하나의 투자행위 내지 부동산 취득행위가 수 개의 조세혜택의 요건을 동시에 충족하는 경우 하나의 혜택만을 지원받을 수 있음을 규정하고 있는 것이지 수 개의 투자행위가 각각 별도로 세액감면과 세액공제 요건을 충족하는 경우에도 하나의 혜택만 지원하는 것으로 규정하고 있는 것으로 볼 수는 없는바(대법원 2015.5.14. 선고 2014두47662 판결, 같은 뜻임), 제조공정이 서로 무관한 2개의 사업장을 영위하는 법인이 각각의 사업장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 (구)조세특례제한법 제127조 제4항을 적용함에 있어 1개의 사업장에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 다른 사업장에 투자함에 따른 투자세액공제액은 해당 사업장에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있다고 할 것이어서, 지방이전공장 세액감면을 받으면서 그 외 사업장에 관한 투자세액 공제를 받는 것은 중복지원에 해당하지 아니한다고 할 것이다(2013.1.1. 신설된 조세특례제한법 제127조 제10항이 사업장 구분경리 시 중복지원에 해당하지 아니한다고 규정한 것은 기존의 기획재정부 해석 내용을 확인한 것으로 보인다). (나) 이 건의 경우, 청구법인이 제출한 “사업(공장)별 제품 생산공정 설명자료”, “사업 개요”, “사업별 구분손익계산서”, “감사보고서”, “사업보고서”, “공통비 배부기준” 및 이에 대한 처분청 의견에 의하면 청구법인은 각 사업장(공장)별로 각각 다른 제품을 생산하면서 제조공정이 분리되어 있고, 회계적으로도 각 사업장(공장)별로 구분경리되어 있어 각 사업장에서 발생한 소득이 구분될 수 있는 것으로 보이고, 그에 따라 감면대상 사업과 그 밖의 사업을 서로 구분하여 경리함으로써 산출세액 중 사업별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있다 할 것인바, 청구법인의 전주사업장에 대하여 (구)조세특례제한법 제63조의2의 “법인의 공장을 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면”을 적용하고 있다 하더라도 그 밖의 사업장의 투자지출액에 대한 투자세액공제액은 그 밖의 사업장에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있는 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 (구)조세특례제한법 제11조, 제24조, 제26조에 따른 세액공제와 같은 법 제63조의2에 따른 세액감면을 함께 적용하는 것은 같은 법 제127조 제4항의 중복지원 배제 규정에 위배된다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것) 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 제1항에서 "연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
2. 직업훈련용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설
3. 대통령령으로 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산
③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.
④ 제3항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 제1항이나 제3항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) ① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설
2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비
3. 삭제＜2000.12.29.＞
4. 전자적 기업자원관리설비
5. 전자상거래설비
6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다)
7. 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다)
8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비
9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템
② 중소기업이 생산성향상을 도모하기 위하여 타인이 보유한 제1항제4호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 설비를 2012년 12월 31일까지 인터넷을 통하여 이용하는 경우에는 그 이용비용의 100분의 7에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
③ 제1항 또는 제2항에 따른 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항을 준용한다.
④ 제1항 및 제2항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제26조(임시투자 세액공제) ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. 제127조(중복지원의 배제) ① 삭제＜2006.12.30.＞
② 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제94조 및 제104조의18 제2항이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항을 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.
④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9 제2항 및 제121조의17 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제120조 제3항, 제121조, 제121조의2, 제121조의4, 제121조의9 제3항 또는 제121조의17 제3항에 따른 취득세 및 재산세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.
⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
(2) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정된 것) 제127조(중복지원의 배제) ⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.＜신설 2013.1.1.＞