법인으로 보는 단체 승인 이전의 양도소득은 양도소득세 부과처분 대상에 해당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재의 교회로, OOO 취득한 OOO 건물 47.79㎡(부속토지 215㎡ 포함, 이하 “쟁점①부동산”이라 한다) 및 OOO 취득한 같은 동 267-24 건물 136.50㎡(부속토지 502㎡ 포함, 이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①․②부동산을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO에게 공공용지 협의취득을 원인으로 양도한 후 그 양도차익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보아 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로, 쟁점부동산의 양도는 양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당된다고 보아 OOO 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 OOO를 부여받아 사용하다가 OOO 사업자등록을 신청하여 OOO 처분청으로부터 비영리종교법인(--)으로 승인을 받았고, 쟁점부동산은 청구인이 고유목적에 사용해온 것이므로, 쟁점부동산 양도차익은 양도소득세 과세대상이 아니라 법인세 비과세대상에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것이어서 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산과 같이 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보므로, 이 건 경우 쟁점부동산 양도일은 등기접수일인 OOO과 보상금지급일인 OOO 중 빠른 날인 OOO이라 할 것인데, 청구인은 쟁점부동산 양도일 이후인 OOO에 비영리법인으로 승인받았으므로, 청구인을 양도소득세 납세의무가 있는 거주자로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 법인으로 보는 단체 승인 이전의 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제3조(과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (2) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

(3) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제13조(법인으로 보는 단체)

① 법인격이 없는 사단․재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단․재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단․재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단․재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단․재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유․관리할 것

3. 사단․재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (4) 국세기본법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21937호로 개정되기 전의 것) 제8조(법인으로 보는 단체의 신청․승인등)

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. ～ 7. (생 략)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일 내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 국세기본법 시행규칙(2009.12.31. 기획재정부령 제116호로 개정되기 전의 것) 제5조의2(법인으로 보는 단체의 신청․승인등)

① 영 제8조 제1항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인신청은 별지 제6호서식의 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 의한다.

② 영 제8조 제2항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인여부통지는 별지 제6호의2서식의 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서에 의한다.

(6) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제1조(납세의무)

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 OOO 쟁점부동산을 OOO에게 협의 양도한 이후인 OOO처분청에 법인으로 보는 단체 승인을 신청하여 OOO 이에 대한 승인(--)을 받았고, 그 이전에는 납세번호(--)만을 부여받아 사용한 것으로 확인된다. (2) 법인세법 제3조 제3항 제5호 에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에서 생기는 소득으로 하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제13조 제2항 은 법인으로 보는 사단․재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 양도를 국세기본법 제13조 의 법인으로 보는 단체의 양도에 해당하므로 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점부동산 양도일 이전에 청구인이 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우에는 위 규정을 적용할 수 있다 할 것이나(조심 2012중2479, 2012.10.22. 같은 뜻임), 청구인은 쟁점부동산 양도일(2009.2.6.) 이후인 2009.3.3. 처분청에 법인으로 보는 단체 승인신청을 하고 OOO 이에 대한 승인을 받은 사실이 확인되므로, 쟁점부동산 양도를 법인으로 보는 단체의 양도로 볼 수 없다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산 양도에 대하여 청구인을 거주자로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.