쟁점세금계산서는 거래일이 속하는 과세기간에 발행된 것으로 볼 수 없다는 이유로 매입세액공제 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인(업종: OOO, 개업일: 2004.3.15.)은 2013.3.4. 주식회사 OOO라 한다)로부터 경기도 OOO 소재 토지 및 건물(조립식 판넬조 철판지붕 단층공장 및 일반철골조 철판지붕 단층공장, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 매입하고 매매대금 전액을 지급하였으나 2013년 제1기 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않았다.
• 나. 청구법인은 2013.9.16. 처분청에 쟁점부동산의 매매대금관련 매입세액 OOO원을 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2013.10.25. ‘과세기간 경과 후 발행한 세금계산서는 매입세액 공제가 불가능하다’는 사유로 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.8. 이의신청을 거쳐 2014.5.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 OOO는 쟁점부동산의 공급시기인 2013.3.4. 착오로 해당 세금계산서를 발급하지 않았고 청구법인 또한 이를 인지하지 못한 상태에서 관련 거래를 종료하였으나, 2013.6.4. OOO의 사내이사로 취임한 OOO이 세무신고가 잘못된 사실을 발견하고, 2013.6.22. 청구법인의 사무실에서 청구법인의 대표이사 OOO을 직접 만나 쟁점부동산 거래에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산”라 한다)를 발행․교부하였으며, 2013년 제1기 부가가치세 확정신고시 매출처별세금계산서합계표에 기재누락하여 2013.9.5. 과세표준수정신고서를 관할 OOO세무서에 제출하고 해당 세금 OOO원을 납부하였으며, 청구법인 또한 쟁점세금계산서를 2013년 제1기 부가가치세 확정신고시 신고누락하여 2013.9.16. 처분청에 경정청구를 하게 되었다. 쟁점세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간(2013년 제1기) 내에 발급받은 것임에도 불구하고, 처분청은 ‘법인이 종이세금계산서를 발행한 사실, 매출자와 매입자가 모두 확정신고시 신고 누락한 사실’에 근거하여 과세기간이 경과하여 발급받은 세금계산라고 보아 경정청구를 거부하였으나, 이는 정황증거만으로 과세요건 사실을 판단하여 청구법인을 선의의 피해자로 만든 위법한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 공급자인 OOO가 당초 착오(사업의 양도로 판단)를 인지하고 2013.6.22. 세금계산서를 발행하였다면, 전자세금계산서를 발행하였어야 함에도 종이세금계산서를 발행하였을 뿐만 아니라 쟁점세금계산서의 발행일자가 2013.6.22.이 아닌 2013.3.4.로 기재되어 있어, 실제발행일이 언제인지 객관적으로 확인하기 어려우며, 청구법인과 OOO가 모두 법인사업자임에도 2013년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서에 대하여 신고하지 아니하고 청구법인과 OOO가 모두 재화의 공급시기가 속한 과세기간 후에 경정청구(2013.9.16.) 및 수정신고(2013.9.5.)를 한 사실 등으로 보아 쟁점 부동산 거래 관련 세금계산서가 동 과세기간에 실제 발행된 것인지 여부가 불분명하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 거래일이 속하는 과세기간에 발행된 것으로 볼 수 없다는 이유로 매입세액공제 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.26. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제60조(매입세액의 범위) ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급하는 경우를 포함한다)

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조 제1항에 따라 발급하는 경우를 포함한다), 그 거래사실도 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정청구 검토 조사서에 의하면, 청구법인의 2013년 제1기 부가가치세 경정청구에 대하여, 쟁점세금계산서의 발행자가 전자세금계산서 발행의무자인 법인사업자임에도 종이세금계산서를 발행한 점, 쟁점세금계산서 작성일자가 2013.3.4.임에도 거래쌍방이 모두 2013년 제1기 예정신고시 신고한 사실이 없는 점을 들어 당초 공급시기에 세금계산서를 발행하지 않고 과세기간 경과 후에 세금계산서를 소급하여 발행한 것으로 보아 관련 매입세액의 공제가 불가능하다고 판단한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점세금계산서에는, 공급자: OOO, 공급받는자: 청구법인, 작성일자: 2013.3.4., 공급가액: OOO원, 세액: OOO원으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인과 OOO 간 2013.3.4. 체결된 쟁점부동산 매매계약서에는, 매매목적물을 쟁점부동산으로 하고, 매매대금은 OOO으로 하며, 잔금 OOO원을 2013.3.4. 지불하는 것으로 되어 있고, 쟁점부동산의 건물가액은 별도로 구분기재 되어 있지 아니하다.

(4) 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산은 2013.3.4. 매매를 원인으로 2013.3.4. 청구법인으로 소유권이전등기 되었다.

(5) 청구법인은 청구주장에 대한 증빙으로 쟁점부동산의 양도자 OOO가 2013.9.5. 관할 세무서에 제출한 2013년 제1기 부가가치세확정 수정신고서(쟁점부동산의 거래관련 매출세액을 포함) 사본 및 관련 세액 납부영수증 사본을 제출하였고, OOO의 사내이사 OOO이 2013.6.22. 청구법인을 방문한 증빙으로 같은 날짜 OOO영업소 및 서울영업소가 표기된 통행료 납부 확인증을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제17조 및 같은 법 시행령 제60조에 의하면, 거래시기에 발급하지 않은 세금계산서는 매입공제를 받을 수 없는 것이고, 예외적으로 재화의 공급시기와 동일한 과세기간에 발급한 세금계산서는 매입세액공제가 가능한데, 청구법인은 쟁점부동산을 2013.3.4. 취득하고 착오로 세금계산서를 교부받지 못하였다가 동일 과세기간인 2013.6.22. 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하나, 쟁점세금계산서 발행자가 전자세금계산서 발행의무자인 법인사업자임에도 종이세금계산서를 발행한 점, 착오를 시정하기 위하여 발행한 쟁점세금계산서를 공급자와 공급받는 자 모두 확정신고시 신고누락 하였다는 청구주장은 사회통념상 신뢰하기 어렵고, 이를 달리 볼 증빙의 제시가 없다는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서가 2013년 제1기 중에 발행된 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점세금계산서의 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.