[요지] 청구법인의 수입금액 누락에 따른 허위 기장률이 높아 장부에 의한 소득금액 결정이 어려워 소득금액을 추계경정한 점,법인세법제66조 제2항에 따라 경정하는 경우에 부당과소신고금액에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하도록 조특법 제128조 제3항에 규정하고 있는 점 등에 비추어 부당과소신고가산세를 부과하고, 중소기업특별세액감면을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없으나, 추계소득금액 결정시 거주자인 복식부기의무자에 적용되는 조항을 적용하여 과세한 처분은 잘못임
[주 문] OOO이 2014.2.14. 청구법인에게 한 법인세2008사업연도분OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 각 사업연도분 법인세 신고시 신고한 수입금액 상당분에 대하여는 조세특례제한법제7조의 중소기업특별세액감면을 적용하고, 각 사업연도별 추계소득금액은 법인세법 시행령제104조 제2항 제1호에 따라 산정하되 소득세법 시행령제145조에 따른 기준경비율은 같은 법 시행령 제143조 제3항 제1호 다목의 단서 규정을 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 추계경정하는 경우 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제128조 제1항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하였어야 함에도 같은 법 제128조 제3항을 적용하여 청구법인에 대하여 중소기업특별세액감면을 부인함은 부당하고, 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다. (가) 청구법인은 소기업으로 조특법 제7조 제1항 제2호 나목에 따라 감면율 OOO%에 해당하는 중소기업특별세액감면이 적용되어야 함에도, 처분청은 같은 법 제128조 제3항을 적용하여 청구법인에 대한 중소기업특별세액감면을 배제하였으나, 같은 법 제128조 제3항은 법인세법제66조 제2항에 따라 처분청이 경정하거나 납세의무자가 처분청이 경정할 것을 미리알고 수정신고 하는 경우에 감면배제 되는 항목을 열거하고 있고, 제128조 제1항은 법인세법제66조 제3항의 단서 조항에 따라 추계하는 경우에 감면배제 되는 항목을 열거하고 있는바, 청구법인은 법인세법제66조 제3항의 단서 조항에 따라 추계하는 경우에 해당하므로 조특법 제128조 제3항이 아닌 같은 법 제128조 제1항을 적용하여야 하고, 같은 법 제128조 제1항은 중소기업에 대한 특별세액감면 적용 배제를 담고 있지 않으므로 청구법인에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용함이 타당하다. (나) 처분청은 국세청 질의회신OOO을 들어 청구인에 대한 중소기업특별세액감면을 배제하고 있으나, 위 질의회신은 납세자가 추계하였다 하여 감면배제한 것이 아니라 과세표준과 세액이 경정될 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우에 해당하여 감면배제 한 것으로서 청구법인의 경우와는 그 사실관계가 전혀 다름에도, 처분청은 청구법인이 조특법 제128조 제3항 후단 조항(수정신고)에도 해당한다며 중소기업특별세액감면을 배제하고 있는바, 청구법인은 처분청에 의해 추계경정을 받은 경우로서 과세표준과 세액이 경정될 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우가 아니므로 조특법 제128조 제3항 후단은 적용될 여지가 없으며, 청구법인의 경우 수정신고 한 것이 아니라 추계경정 된 경우에 해당하므로 상기 질의회신을 적용하여 중소기업특별세액감면을 배제함은 부당하다. (다) 청구법인은 동종업체들과 함께 개별 회사별로 판매를 따로 하는 경우보다 각종 비용이 절약되기 때문에 판매대행회사인 쟁점법인을 설립하였고, 쟁점법인은 전국 18개 매장에서 예상지를 판매하고 매주 청구법인의 대표이사 개인통장으로 판매대금을 송금받았으며, 대표이사는 판매대금을 받은 통장에서 급여, 임차료 등 사무실 경비를 지출하였는바, 처분청이 적출한 매출누락액은 대표이사 개인통장으로 입금된 금액으로 청구법인이 수입금액을 누락하기는 했지만 ‘부당한 방법’을 사용한 것은 아니므로 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(2) 추계소득금액의 결정은 법인세법 시행령제104조 제2항 제1호, 즉 수입금액에서 매입비용, 급여와 임금 및 퇴직급여, 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으나,처분청은 추계소득금액을 결정하면서 소득세법 시행령제145조의규정에 의한 기준경비율OOO에 다시 OOO%를 곱한OOO금액만을 공제하는 오류를 범하였다.
(1) 청구법인은 경륜·경정 관련 예상지 제조·판매업체로 수도권의 동종 11개 업체와 협의후 지분투자하여 예상지 판매를 통합관리 할 목적으로 쟁점법인을 설립하였고, 쟁점법인은 예상지 판매대행으로 인한 수수료에 대하여만 수입금액으로 계상하고 나머지 판매대금은 지분투자한 주주들의 통장으로 송금하는 방법으로 각 업체에 배분하여, 청구법인이 대표이사 OOO의 통장을 통하여 쟁점법인으로부터 배분받은 판매대금에 대하여 수입금액 신고 적정 여부를 조사한 결과, 2008.1.1.∼2011.12.31. 기간동안 수입금액 누락액이 쟁점금액OOO으로 확인되었고, 수입금액 누락에 따른 허위 기장률이 연도별 평균 OOO%에 달하여 장부에 의한 소득금액 결정이 어려워 소득금액을 추계경정한 것이다. (가) 청구법인은 법인세법제66조 제3항 단서에 따라 소득금액을 추계하는 경우에는 조특법 제128조 제1항 추계과세시 등의 감면배제 규정을 적용하여야 하고, 동 조항에 열거된 감면에 대하여만 감면적용을 배제하여야 하는 것이므로, 동 조항에 열거되어 있지 않은 ‘중소기업특별세액감면’에 대하여는 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 같은 법 제128조 제3항을 보면, 법인세법제66조 제2항의 규정에 의하여 신고내용 누락시 경정하는 경우와 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 부당과소신고금액에 대하여 중소기업특별세액감면 적용을 배제한다고 명시되어 있는 바, 이는 조특법 제128조 제1항 단서 조항 성격의 내용으로 여기서 경정과 수정신고의 의미는 추계로 인한 경정 및 수정신고를 포함하는 것으로 봄이 타당하다. (나) 또한 국세청 질의회신OOO에 의하면 “경정(추계경정 포함)하는 경우 부당과소신고금액에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하지 않는 것임”을 분명히 하고 있고, 청구법인의 경우 신고누락한 수입금액의 대부분이 현금거래이고 이를 신고하지 않은 이상 소득금액이 은폐될 가능성이 많으므로 신고를 누락한 사실만으로 과세표준 또는 세액계산의 기초가 되는사실을 은폐한 적극적인 행위가 있었던 것으로 보아 부당과소신고금액에 해당하는바, 경정(추계경정)하는 경우 부당과소신고금액에 대하여는 중소기업특별세액감면을 적용하지 않는 것이므로, 청구법인에 대하여 조특법 제128조 제3항에 따라 당초 중소기업특별세액감면을 적용을 배제하고, 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) 당초 추계소득금액 결정시 소득세법 시행령제143조 제3항 제1호 다목의 단서조항(소득세법제160조 제3항에 따른 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액)을 적용하였으나, 이는 거주자인 복식부기의무자에 적용되는 조항으로 청구법인에게 적용할 법적 근거가 없으므로 법인세법 시행령제104조 제2항 제1호에에 따라 소득세법 시행령제145조에 따른 기준경비율을 적용하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 부당과소신고가산세 적용 및 중소기업특별세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
② 청구법인의 추계소득금액 계산시 소득세법 시행령제143조 제3항 제1호 다목의 단서규정을 적용할 수 있는지 여부
(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제7조【중소기업특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
2. 감면비율
② 소득세법제80조 제1항 또는 법인세법제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 국세기본법제45조의3에 따라 기한후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다.
③ 소득세법제80조 제2항 또는 법인세법제66조 제2항에 따라 경정을 하는 경우(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)와 국세기본법제81조의7에 따른 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제122조【과소신고소득금액의 범위】①법 제128조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 과소신고금액"이란 법인의 경우에는 국세기본법제47조의3 제2항 제1호에 따른 부정과소신고과세표준을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.
(3) 국세기본법 제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세 및 종합부동산세(이하 이 항에서 "소득세등"이라 한다)의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
(4) 국세기본법 시행령 제27조【무신고가산세】② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록
2. 거짓 증명 또는 거짓 문서(이하 이 조에서 "거짓증명등"이라 한다)의 작성
3. 거짓증명등의 수취(거짓임을 알고 수취한 경우만 해당한다)
4. 장부와 기록의 파기
5. 재산의 은닉이나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐
6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위
(5) 조세범처벌법 제3조【조세 포탈 등】① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급·공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급·공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐 5.고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위
(6) 법인세법 제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.
(7) 법인세법 시행령 제103조【결정 및 경정】② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. 제104조【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
(8) 소득세법 시행령 제143조(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정된 것)【추계결정 및 경정】③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.
1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2012년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.
2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.
3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법 제145조【기준경비율 및 단순경비율】① 제143조 제3항에 따른 기준경비율 또는 단순경비율은 국세청장이 규모와 업황에 있어서 평균적인 기업에 대하여 업종과 기업의 특성에 따라 조사한 평균적인 경비비율을 참작하여 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 결정한 경비율로 한다.
② 제1항에 따른 기준경비율심의회는 국세청에 두되, 그 위원장은 국세청차장이 되고, 위원은 경상계대학ㆍ학술연구단체ㆍ경제단체ㆍ금융회사 등으로부터 추천을 받아 국세청장이 위촉하는 자 11인과 기획재정부령으로 정하는 공무원으로 구성한다.
③ 국세청장은 당해 과세기간에 적용할 경비율 및 추계방법(2 이상의 추계방법을 정하는 경우에는 그 적용에 관한 사항을 포함한다)을 당해 과세기간에 대한 과세표준확정신고기간 개시 1개월 전까지 기준경비율심의회의 심의를 거쳐 확정하고 이를 고시하여야 한다.
④ 기준경비율심의회의 조직ㆍ운영에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다.
(1) 청구법인은 당초 2008.1.1.∼2011.12.31.사업연도에 대한 법인세 신고시 과세표준 및 산출세액이 없어 중소기업특별세액감면을 신청 및 공제받은 사실이 없는 것으로 나타난다.
(2) 처분청은 동 사업연도에 대한 법인세 부분조사에서 청구법인이 쟁점금액OOO을 신고누락한 것을 적출하여, 소득금액을 추계로 경정하고 부당과소신고가산세 적용 및 중소기업특별세액감면을 배제하여 법인세를 아래의 〈표〉와 같이 경정·고지하였다. 〈표〉사업연도별 경정 내역
(3) 청구법인은 중소기업특별세액감면을 적용하여야 하고 가산세는 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여야 하며, 2011사업연도 추계소득금액은 기준경비율OOO을 적용하여야 한다는 주장으로 주요 논거는 다음과 같다. (가) 조특법 제128조 제1항에서는 법인세법제66조 제3항 단서에 따라 추계경정을 하는 경우 배제되는 감면 공제조문이 나열되어 있으나, 제7조는 열거되어 있지 않으므로 감면 적용을 배제한 처분은 부당하다.
1. 법인세법제66조 제3항 단서는 “대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다”는 것이고, 청구법인은 추계경정받았기 때문에 조특법 제128조 제1항에 따라 같은 법 제7조를 적용하여야 한다.
2. 법인세법제66조 제2항은 과세표준과 세액을 신고한 법인이 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 처분청이 경정을 하는 경우를 말하는 것으로 추계경정을 받은 청구법인에게는 적용할 수 없는 조문이다. 즉, 법인세법제66조 제2항과 법인세법제66조 제3항은 근거에 따른 경정이냐 추계에 따른 경정이냐로 나눠지는 게 그 구분실익이다. (나) 법인세법 시행령제104조에서 준용하는 소득세법 시행령은 제145조의 규정에 따라 정해지는 기준경비율 그 자체를 말하는 것이지 소득세법 시행령제143조의 추계경정하는 경우의 그 경정방법을 적용하라는 것이 아니다.
(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 처분청이 적출한 쟁점금액이 대표이사의 개인통장으로 입금된 금액으로 ‘부당한 방법’을 사용한 것은 아니므로 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 수입금액 누락에 따른 허위 기장률이 사업연도별 OOO에 달하고, 장부에 의한 소득금액 결정이 어려워 소득금액을 추계경정한 점 등에 비추어 쟁점금액의 신고누락분에 대하여 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 보이고, 청구법인은 쟁점금액을 포함하여 각 사업연도별 소득금액을 산정함에 있어 추계경정을 받았으므로 조특법 제128조 제1항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나,소득세법제80조 제1항 또는 법인세법제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 국세기본법제45조의3에 따라 기한후 신고를 하는 경우에는 중소기업특별세액 감면을 배제하도록 조특법 제128조 제2항에서 규정하고 있고,소득세법제80조 제2항 또는 법인세법제66조 제2항에 따라 경정하는 경우와 국세기본법제81조의7에 따른 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 부당과소신고금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하도록 조특법 제128조 제3항 및 같은 법 시행령 제122조 제1항에서 규정하고 있는바, 같은 법 제128조 제1항은 추계를 하는 경우 세액공제를 배제하는 규정으로 중소기업특별세액감면과 관련된 규정이 아닌 점, 같은 조 제3항에서 규정하는 경정은 추계경정을 포함하는 것으로 해석되는 점, 쟁점금액은 부당과소신고금액에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액의 누락분에 대하여 창업중소기업특별세액감면을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 다만, 청구법인이 각 사업연도별 법인세 신고시 산출세액이 발생하지 아니하여 중소기업특별세액감면을 공제받지 못하였으나 이후 처분청이 쟁점금액을 포함하여 경정하면서 산출세액이 발생하는 이 건의 경우, 청구법인이 당초 신고한 수입금액에 상당하는 산출세액에 대해서 조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 추계로 소득금액을 산정하는 경우 수입금액에서 매입비용, 급여와 임금 및 퇴직급여, 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조에 따른 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하도록 법인세법제66조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제104조에서 규정하고 있는바, 처분청이 관련 법령에 근거하지 아니하고 소득세법 시행령제143조 제3항 제1호 다목의 단서규정을 적용하여 추계소득금액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.