종합부동산세액 산출시 공제되는 재산세액을 산정은 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용함은 부당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 처분청은 2013년도 종합부동산세 과세기준일OOO 현재 청구법인이 보유하고 있는 OOO 외 33필지 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세 상당액으로 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 OOO 청구법인에게 2013년 귀속 종합부동산세 OOO과 농어촌특별세 OOO을 결정?고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세에서 공제할 재산세 상당액을 계산함에 있어 납부한 재산세에서 공시가액 총액에서 공제금액 OOO을 차감한 금액이 차지하는 비율을 곱한 금액을 공제금액으로 계산하여야 하므로, 처분청이 납부한 재산세액에서 공시가액 총액에서 공제금액 OOO을 차감한 금액의 80% 금액이 차지하는 비율을 곱한 금액을 공제금액으로 산출한 것은 20% 해당액을 적게 공제하게 된 것이므로 부당하다. 즉, 2013년 귀속 종합부동산세 세액계산과정에서 재산세액 공제가 일부 누락되어 초과 과세되었으므로 해당 세액은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지 관련 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 2009년도에 개정된 종합부동산세법 시행령 제5조의3 규정에 따라 산정된 것이며, 동 시행령은 공제대상 재산세액을 부당하게 축소한 것이 아니라 종전 세법에 따른 재산세액 과다공제의 불합리를 개선한 것으로 실질과세의 원칙과 조세형평을 관철하기 위한 규정으로, 제도의 취지에 부합한다 하겠으므로, 종합부동산세법 시행규칙 [별지 제3호 서식 부표(2)] 등에 따라 공제할 재산세액을 산정한 후 이를 종합부동산세액에서 공제하여 청구법인에게 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액 산출시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: [별지] 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 쟁점토지의 감면후 공시가격에 공제금액을 공제하고, 여기에 공정시장가액비율(80%)을 적용하여 산출한 종합부동산세 과세표준에 종합부동산세 세율을 곱하여 종합부동산세액을 산출한 후 다시 공제할 재산세액 등을 공제하여 종합부동산세 결정세액을 산정한 것으로 나타난다. (2) 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항 에 의하면, 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 아래 산식에 따라 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 [별지 제3호 서식 부표(2)] 작성요령 7은 ⑨ 과세표준 표준세율 재산세액의 산정방법에 대하여 종합합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - OOO) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - OOO) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%]의 금액을 적는다고 규정하고 있다. 지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세 대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 위의 관련법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에 대한 2013년 귀속 종합부동산세 세액산정 과정에서 재산세액 공제가 일부 누락되어 초과과세되었으므로, 이에 해당하는 세액은 취소되어야 한다고 주장하나, 종합부동산세법상 재산세액의 공제규정은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 과세대상 종합?별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는 점, 문리적으로도 종합부동산세 과세표준(과세기준금액을 초과하는 공시가격 × 공정시장가액비율)에 대한 “재산세액”을 계산하여야 한다는 것으로 해석되고, 지방세법 제110조 제1항 및 제111조 제1항에서 “재산세액”은 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 과세표준에 표준세율을 적용하여 산정하도록 규정한 점, 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법 7.⑨에 종합합산토지는 “과세표준 표준세율 재산세액: [(감면후 공시가격-OOO)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×0.5%)]”이라고 설명한 점 등에 비추어 볼 때, 종합부동산세법 시행령 제5조의3 제1항 의 산식 중 분자에 해당하는 “종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다 할 것이므로(조심 2014부1656, 2014.5.15., 조심 2013서3463, 2013.11.21. 외 다수, 같은 뜻임), 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대한 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제13조(과세표준)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4(공정시장가액비율)

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제)

① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법 제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세 대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 (3) 종합부동산세법 시행규칙 [별지 제3호서식 부표(2)] 작성방법

7. ⑨ 과세표준 표준세율 재산세액: 주택은 [(③ 감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%], 종합합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 80억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%]의 금액을 적습니다.

(4) 지방세법 제110조(과세표준)

① 토지?건축물?주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 (5) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70