[요지] 청구인은 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었다고 볼 수 있는 증빙을 제출하지 못하였고, 소유재산이 재단법인 명의가 아닌 개별교회 명의로 등기되어 재단 법인과 별도로 독립 운영되고 있는 점에 비추어 청구인은 비영리법인이 아닌 거주자로 양도소득세 납세의무자이며, 청구인이 제출한 쟁점부동산의 매매계약서가 취득시 작성했는지 여부가 불명확하고, 청구인 등의 계좌에서 인출된 자금이 양도자에게 지급되었는지 확인할 수 없는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득가액이 확인되지 않는다고 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산은 등기부상 취득원인이 증여로 되었을 뿐 OOO(대표자 OOO)로부터 OOO원에 취득한 사실이 부동산매매계약서, 계좌입출금내역, 임대보증금 반환내역 등에 의하여 확인되므로 실지취득가액을 필요경비로 인정하여야 한다.
(2) 청구인은 2012.8.18. OOO로 고유번호를 취득하였으므로 법인세법상 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당하고, 쟁점부동산은 교회용도로 취득 및 사용하였으므로 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용된 재산으로서 그 처분수입은 수익사업소득에서 제외되므로 청구인을 소득세 납부대상자인 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 취소하여야 한다.
(1) 쟁점부동산의 취득원인은 등기부상 증여이고, 2000년에 작성된 부동산매매계약서 및 매매대금 지급증빙은 실제 수수한 금액인지 여부가 확인되지 아니하므로 기준시가로 환산한 취득가액을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) 청구인은 주무관청의 허가를 받아 설립한 종교단체에 해당하지 않고, 재단법인 OOO에 소속되어 있으나 소유재산은 재단법인 명의가 아닌 개별교회의 명의로 되어 있어 청구인을 소득세법 제2조 제3항의 거주자로 보아 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점부동산의 취득원인이 매매이고 취득금액이 OOO원이라는 청구주장의 당부
② 청구인은 법인세법상 비영리법인이고 쟁점부동산은 법인세가 부과되지 않으므로 양도소득세 대상이 아니라는 청구주장의 당부
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하여 과세경위 등에 대하여 살펴본다.
1. 쟁점부동산은 청구인이 2000.10.4. OOO로부터 증여를 원인으로 취득하였다가 2012.3.12. OOO에 매매로 소유권이전한 사실이 등기사항전부증명서에 의하여 확인된다.
2. 처분청이 2013.11.28. 청구인에게 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 하여 제1차 과세예고통지를 하자 청구인은 부동산매매가액이 OOO원이라고 주장하며 부동산매매계약서, 대금수취 증빙, 거래사실확인서, 매매대금 OOO원의 부동산매매계약서 작성경위 등을 제출함에 따라 처분청은 집행공사금액내역서, 금융증빙 등을 검토하여 양도가액을 OOO원, 공사비 등 필요경비를 OOO원, 양도소득세를 OOO원으로 하여 제2차 과세예고통지를 하였다.
3. 청구인은 2014.3.12. 과세전적부심사를 청구하여 등기부상의 취득원인인 증여를 부인하고, 매매취득이라고 주장하며 2000.7.14. 작성된 부동산(전, 월세)계약서, 새성전 건축헌금 출납장부(2000～2008년), 2007년도 주일회계 보고서, 청구인 명의의 금융계좌 3개 및 배우자 OOO의 금융계좌 사본을 제출하였다.
4. 청구인이 제출한 금융계좌에는 아래 <표2>와 같이 2000.5.29.부터 2000.9.23.까지 청구인 및 OOO의 통장에서 OOO원이 인출되었고, 새성전 건축헌금 장부상 2000.10.5. OOO에서 OOO원을 대출받아 OOO원이 지급한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 2000.10.4. 쟁점부동산을 OOO원에 매매하는 계약을 체결하고 매매대금은 아래 <표3>과 같이 OOO 목사에게 OOO원을 지급하였고, 매매대금에 포함되어 승계한 전세보증금 채무 OOO원은 아래 <표4>와 같이 2000.8.24.부터 2007.7.1.까지 OOO 외 3명의 세입자에게 반환하여 대금지급액이 부동산매매계약금액과 일치할 뿐만 아니라 매매계약서상의 상세계약내용을 이행하였으며, 지급일자 및 금액은 OOO 재정장부 원장의 기록이고, 지출통장 사본과 일치하는 내용이므로 매매대금 OOO원은 쟁점부동산의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다. (다) 처분청은 청구인이 제출한 증빙 중 2000.7.14. 작성된 계약서는 양식은 전세계약서이나 내용은 매매계약이며, 앞면 기재 칸별 작성 필체와 여백, 임대차기간 및 작성일자 등의 부분에 사후에 추가하여 기재된 흔적이 있고, 뒷면 필기구의 눌린 자국의 선명도 등으로 볼 때 양도인과 양수인의 작성시기가 일치하지 않으며, 청구인과 배우자 OOO가 고액의 작정헌금을 받아 OOO원을 조성하였다고 주장하나 자금원천에 대한 증빙이 없고, 실제 OOO에 지급되었는지 여부가 불분명하며(다만, 샘플링으로 추출한 2007년도 임의날짜의 건축헌금 출납장부와 주일회계보고서의 기재내용은 일부 일치하는 것으로 확인됨), 쟁점부동산을 양수한 OOO 목사는 전화통화에서 뇌경색으로 계약서 작성과 매매대금 수령을 기억하지 못한다고 답변하였고, 청구인은 쟁점부동산 취득시 승계한 임차인 3명의 임대차계약서와 인적사항을 분실하였다는 이유로 제출할 수 없다고 답변하였으며, 국세통합전산망상 쟁점부동산 소재지에 대한 사업자등록을 확인한바, OOO 외 타 세입자의 흔적이 없고, OOO도 1999.4.25. 개업후 2001.4.4. 폐업하여 신뢰성을 인정하기 어렵다는 의견이다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 부동산매매계약서상의 매매대금 OOO원을 실지취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제출한 부동산매매계약서는 잉크의 퍼짐 정도, 글자의 여백, 필기구 압력 정도 등을 고려할 때 쟁점부동산 취득시 작성된 것인지 명확하지 않고, 청구인 및 배우자의 계좌에서 인출된 금액이 양도자에게 지급되었는지 확인할 수 있는 금융자료 등 객관적 증빙이 없으며, 세입자의 인적사항 등이 없어 전세보증금 채무를 반환한 사실이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 않으므로 청구인이 주장하는 계약서상의 매매대금인 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하기 어렵고, 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 취득가액이 명백하지 아니하다고 보아 기준시가 비율로 환산하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 법인세법상 비영리법인인 종교단체가 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득에서 제외되는 것인바, 청구인은 2012.8.8. OOO로 고유번호등록을 하였으므로 법인세법상 비영리내국법인에 해당하고, 쟁점부동산은 2000.10.4. 교회용도로 취득하여 2012.3.12. 양도 시까지 12년간 고유목적사업에 사용되었으므로 처분수입은 양도소득세 과세대상이 아니라는 주장이다. (나) 이에 대해 처분청은 청구인이 2013.9.23. 과세자료 소명안내, 2013.11.21. 비영리법인 여부 질의, 2013.11.28. 과세예고 통지 및 과세전적부심사 시까지 종교단체의 경우도 주무관청의 허가를 받은 비영리단체에 한해 양도소득세가 비과세될 수 있다는 설명에 불구하고 ‘재단법인 OOO 총회 유지재단의 법인설립허가증’과 ‘소속증명서’만 제출하였을 뿐, 주무관청의 허가를 받은 증빙을 제출하지 못하였고, 국세공무원교육원 교수실에 전화 연결하여 청구인에게 설명하도록 하였으나 청구인은 세무서의 고유번호를 취득하여 비과세대상이라고 주장하면서 억울하다고 호소하고 있는바, OOO는 주무관청의 허가를 받아 설립되지 아니하였음이 확인되고, 재단법인 OOO에 소속되어 있으나 그 소유재산은 재단법인의 명의가 아닌 개별교회 명의로 되어 재단법인과 별도로 독립 운영되고 있으며, 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻지 아니하였으므로 청구인을 국세기본법 제13조 및 소득세법 제2조 제3항의 거주자로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 법인세법상의 비영리내국법인이고, 쟁점부동산의 처분수입은 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하나, 청구인은 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었다고 볼 증빙을 제출하지 못하였고, 법령에 따라 주무관청에 등록되지도 아니하였으므로 국세기본법 제13조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니하는 점, 청구인은 재단법인 OOO에 소속되어 있으나 그 소유재산은 재단법인 명의가 아닌 개별교회 명의로 등기되어 재단법인과 별도로 독립 운영되고 있어 국세기본법 제13조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것”에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구인은 법인세법 제1조 제2호의 비영리내국법인에 해당하지 아니하므로 처분청이 청구인을 소득세법 제2조 제3항의 거주자에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(출연)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것 3.사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 국세기본법 시행령 제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 단체의 명칭
2. 주사무소의 소재지
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
4. 고유사업
5. 재산상황
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
7. 그 밖에 필요한 사항
(3) 소득세법 제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
1. 거주자
③ 국세기본법 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 거주자 또는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
(4) 법인세법 제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “내국법인”(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.
2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
(5) 법인세법 시행령 제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
(6) 민법 제32조(비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.