[요지] 청구법인은 ‘단체협약’과 ‘임상의사취업규칙’에 따라 규정된 별도의 임금계약에 따라 쟁점퇴직금을 지급 하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 단체협약서에는 지방자치단체에 신고하지 않은 내용이 포함되어 있는 등 노사합의에 의해 쟁점퇴직금을 지급하였는지 여부가 불분명하며, 불특정다수의 종업원이 퇴직시 적용되는 급여규정과 달리 의사들에게만 쟁점퇴직금을 대납한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 쟁점퇴직금은 퇴직소득이 아닌 근로소득에 해당함
[요지] 청구법인은 ‘단체협약’과 ‘임상의사취업규칙’에 따라 규정된 별도의 임금계약에 따라 쟁점퇴직금을 지급 하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 단체협약서에는 지방자치단체에 신고하지 않은 내용이 포함되어 있는 등 노사합의에 의해 쟁점퇴직금을 지급하였는지 여부가 불분명하며, 불특정다수의 종업원이 퇴직시 적용되는 급여규정과 달리 의사들에게만 쟁점퇴직금을 대납한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 쟁점퇴직금은 퇴직소득이 아닌 근로소득에 해당함
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 노사 간의 단체협약과 ‘연봉제급여규정’에 따라 전체 임직원을 대상으로 근로계약을 체결하고, ‘연봉제급여규정’ 제4조에 따라 의사 등 계약직, 일용직근로자에 대해서는 계산의 편의와 근무의욕 고취를 위해 근로기준법과 판례에서 인정된 “포괄임금계약”(기본급에 미리 일정한 제수당을 결정하여 계약)을 운용하고 있으며, 이는 노사 간의 합의로 제정된 “단체협약”과 “임상의사취업규칙”에 의거한 개별근로계약에 따라 당해 의사의 급여를 가불 처리하여 마련한 자금으로 매월 부담해야 하는 세금과 공과금을 청구법인에서 납부하고(선급금 처리), 사후 고용계약이 종료되거나 퇴직금 중간정산을 요구하는 경우에 퇴직금과 상계처리하고 있는바, 세금과 공과 등 납부액을 현실적인 퇴직일까지 업무무관 가지급금으로 보아법인세법상 부당행위계산부인 대상인지 여부는 별론으로 하더라도 이를 근로소득으로 보는 것은 타당하지 않다.
(2) 청구법인은 매월 의사가 부담해야할 세금과 공과금을 급여의 가불로 처리하여 대납하면서 선급금으로 계상하고, 사후 고용계약이 종료되거나 퇴직급중간정산 요구 시 선급금과 퇴직부채를 상계하고 있으며, 이러한 경우소득세법 기본통칙20-0--4(사용자가 부담한 소득세 등의 소득구분)에 의하면, “근로자가 부담하여야 할 급여에 대한 소득세 등을 사용자가 부담한 경우에는 이를 당해 근로자의 근로소득으로 본다”라고 규정하고 있으나, 이는 사용자가 종업원에게 급여나 퇴직금 이외에 소득세 등을 현실적으로 추가로 부담한 경우에 적용하는 규정으로, 청구법인과 같이 노사합의에 따라 가불금(선급금)을 퇴직부채와 상계한 것을 두고 적용할 수는 없는 것이고, 의사들의 퇴직 시 세금과 공과금 대납분 이외 어떠한 명목으로도 퇴직금을 별도로 지급한 사실이 없는 경우에 적용하는 것은 사실관계를 오인한 것이다.
(3) 처분청은 임상의사 등 계약직에게는 적용하지 않는 일반상용직 연봉제지급규정을 근거하고,근로자퇴직급여보장법제8조 제1항에 의하면, “퇴직금제도를 설정하려는 사용자는 계속 근로기간 1년에 대하여 30일분 이상의 평균임금을 퇴직금으로 퇴직하는 근로자에게 지급하여야 한다”고 규정되어 있어 그 하한은 있으나 상한에 대한 특별한 한도가 없고, 또한소득세법제22조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 것처럼 “퇴직함으로써 받는 소득 중 일시금”은 전액 퇴직소득으로 보는 것이 원칙이며, 같은 법 같은 조 제3항 단서에서 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다고 규정할 뿐이어서 2011.12.31. 이전까지는 적정한 지급규정만 있으면 퇴직금으로 용인되며 2012.1.1. 이후부터는 근로기간 1년에 대하여 평균급여의 3배까지는 퇴직소득으로 인정하고 있는바, 이와 같이 임원이 아닌 계약직 근로자에게 근로기간 1년에 대하여 월평균 급여의 2내지 3배 또는 이를 초과하여 퇴직금을 지급하였다 하더라도근로자퇴직급여보장법의 입법취지 등으로 보아 청구법인이 퇴직급여와 상계한 근로소득세 등은 사회통념상 퇴직소득임에도 퇴직금 지급액이 과다하다 하여 30일간의 평균임금 초과분을 근로소득으로 간주하여 퇴직소득이 아닌 근로소득으로 본 것은 부당하다.
(1) 첫째, 의사의 월정급여에 대한 세금과 공과금을 대신 납부한 주된 원인은 사전 약정된 노사간의 합의에 따른 고용계약 조건을 이행하기 위한 것이었다는 청구인의 주장에 대해 청구법인의 “임상의사직 근로계약서”를 보면,
① “퇴직금은 갑(청구법인)이 대납한 월정급여 관련 세금과 공과금은 전액 퇴직금으로 본다. 따라서 을은 퇴직시 갑에게 별도의 금원을 요구할 수 없다”라고 되어 있어 결과적으로 퇴직금 계산의 기초가 되는 금액은 매월 정액지급하는 급여에 대한 세금과공과금이며 이를 청구법인이 대신 납부하고 익년에 을이 제출하는 근로소득 연말정산에 의하여 정산을 마친 금액이 최종적인 퇴직금이 되며, 이러한 계산으로 인해 결정된 퇴직금에 대해 청구법인은 원천징수의무자로서 쟁점퇴직금이 퇴직소득인지 근로소득인지를 검토하여 원천징수의무를 이행할 책임이 있는 것으로 판단되므로 불특정다수 직원과 비교하여 퇴직금을 초과하여 지급한 금액은 근로소득으로 봄이 타당하고,
② 또한, 노사 간의 합의로 제정되었다는 “2009년 단체협약”(2009.8.14체결)에는 안산시청에 기 신고한 2009년 단체협약(2009.6.26. 체결 2011.6.25. 2년 유효)에 없는 내용 즉, “제65조(퇴직금) 제3항인 “노사합의를 통하여 사업장별, 직종별로 세분하여 운영할 수 있으며”가 발견되었으며, 청구법인이 제시한임상의사취업규칙(2008.1.1.제정)은 고용노동부 안산지청에 신고(2007.2.26. 제정 2008.4.17. 변경신고)된 ‘취업규칙 변경내용’에는 전혀 보이지 않고 있으며, 그 내용도 당초 세무조사 시 제출된 임상의사취업규칙(2012.1.1. 제정)에는 없는 내용 즉, “제25조(퇴직) ‘3.근로계약이 종료된 때’ 및 제27조(퇴직금) ‘다만, 병원과 포괄임금계약을 체결한 임상의사의 경우에는 병원이 일시 대납하여 확정된 근로관계 세금과 공과금을 전액 퇴직금으로 본다’”라는 내용이 포함되어 있어, 청구법인이 제출한 2009년 단체협약(2009.8.14. 체결) 및임상의사취업규칙(2008.1.1. 제정)은 관련 기관에 신고한 문서와 그 내용과 실체가 상이하며, 조사대상자에게 유리할 수 있는 문서를 세무조사 및 전심단계에서 제시하지 않다가 새롭게 제출하였고, 사실과 다르게 새로이 작성된 것으로 제출한 자료도 관계기관에 기 신고한 내용과 다르게 나타난다. 〈관계기관 제출 서류와의 비교〉
(2) 법인세 집행기준 26-44--4 (연봉액에 포함된 퇴직급여의 처리)에 따르면, “요건(1. 불특정다수인에게 적용되는 퇴직급여지급규정에 사회통념상 타당하다고 인정되는 퇴직급여가 확정되어 있을 것, 2. 연봉액에 포함된 퇴직급여의 액수가 명확히 구분되어 있을 것, 3. 계약기간이 만료되는 시점에 퇴직급여를 중간정산 받고자 하는 사용인의 서면요구가 있을 것)에 해당하는 경우에 한하여 이를 업무와 관련없이 지급한 가지급금으로 본다”라고 규정하고 있으나, 청구법인의 경우 의사들에게 지급한 퇴직급여는 일반직원들보다 과다하게 지급되어 불특정다수인에게 적용되는 퇴직급여지급규정에 따른 금액으로 볼 수 없고, 또한 매월 지급되는 급여총액을 보면 급여와 퇴직급여의 액수가 명확히 구분되어 있지 않는 점에서 세금 등 대납액을 현실적인 퇴직일까지 업무무관 가지급금으로 보아법인세법상 부당행위계산의 부인규정 적용대상인지 여부는 별론으로 하더라도 이를 근로소득으로 보는 것은 타당하지 않다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 보인다.
(3) 청구법인은 근로자가 부담하여야 할 소득세 등을 청구법인이 일시 대납하였다고 이를 당해 근로자의 근로소득으로 간주하는 것은 사실관계를 오인한 것이라고 주장하나, 조사청은 청구법인이 쟁점퇴직금을 일시 대납하였다고 근로소득으로 간주하여 과세한 경우가 아니며, 청구법인의 퇴직금지급규정을 초과하여 지급된 금액을 퇴직소득이 아닌 근로소득으로 보아 과세한 것으로서 청구법인의 주장은 이유 없다.
(4) 청구법인은 퇴직금 지급액이 재단의 연봉제 지급규정 또는 사회통념상 과다하다 하여 근로소득으로 간주하는 처분은 부당하다고 주장하나 청구법인의 연봉제 지급규정 제30조 제1항에 의하면, “병원은 1년 이상 근무한 직원에게 퇴직금을 중간정산 할 수 있다. 단, 근속연수 1년에 대하여 퇴직정산 전 3개월간 월평균 급여를 퇴직금으로 지급한다”라고 되어 있고, 이러한 규정에 의해 모든 직원에게 동일한 수준의 퇴직금이 지급되어야 함에도 청구법인은 의사들에게만 ‘근로소득세 등’을 대납하고, 대납한 금액 또한 퇴직 정산 전 3개월 간 월평균 급여를 초과하여 지급하고 있고, 동일한 연봉을 지급받는 의사의 퇴직금도 부양가족 유무 등 근로소득 연말정산 시 제출하는 소득공제내역 차이에 따라 다른 금액이 지급되고 있으며, 이는 의사들의 월 급여로 일정금액(실 수령액)을 지급하려는 방법인 것으로 판단되며, 이렇게 의사들에 대한 세금과공과 등의 대납액을 퇴직금으로 정산처리한 것을 모두 퇴직금으로 인정하여 준다면, 이른바 의사들의 “네트연봉제”를 국가가 용인해 주는 결과가 될 것이다. 소득세법 시행령제38조 제1항 제13호는 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 퇴직위로금·퇴직공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여는 근로소득이라고 규정하고, 같은 법 시행령 제42조의2 제1항 제4호는 불특정 다수의 퇴직자에게 적용되는 퇴직급여지급규정·취업규칙 또는 노사합의에 의하여 지급받는 퇴직수당·퇴직 위로금 기타 이와 유사한 성질의 급여는 퇴직소득이라고 규정하고 있으므로 청구법인이 의사들에게 불특정 다수의 퇴직자보다 초과 지급한 쟁점금액을 근로소득으로 본 것은 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제20조【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여
2. 법인의 주주총회·사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득 3.법인세법에 따라 상여로 처분된 금액
4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 제22조(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)【퇴직소득】① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금
2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득
② 제1항 제1호에 따른 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다.
③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외한다)으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(제1항제1호의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.
④ 제3항 단서의 계산식을 적용할 때 근무기간은 개월 수로 계산하며, 1개월 미만의 기간이 있는 경우에는 이를 1개월로 본다.
⑥ 퇴직소득의 범위 및 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제22조【퇴직소득】① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 퇴직함으로써 받는 소득 중 일시금
2. 각종 공무원 및 사립학교 교직원에게 지급되는 명예퇴직수당
3. 퇴직함으로써 받는 대통령령으로 정하는 퇴직보험금 중 일시금 4.국민연금법에 따라 받는 반환일시금 또는 사망일시금 5.공무원연금법,군인연금법,사립학교교직원연금법또는 별정우체국법에 따라 받는 일시금
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 일시금
(2) 소득세법 시행령 제42조의2【퇴직소득의 범의】① 법 제22조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 일시금”이란 다음 각 호에 따른 금액을 말한다.
4. 불특정다수의 퇴직자에게 적용되는 퇴직급여지급규정·취업규칙 또는 노사합의에 의하여 지급받는 퇴직수당·퇴직위로금 기타 이와 유사한 성질의 급여(1999.12.31. 신설) 제38조【근로소득의 범의】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.
13. 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 퇴직위로금·퇴직공로금 기타 이와 유사한 성질의 급여
(1) 청구법인의 임상의사들에 대한 취업규칙 및 근로계약서와 쟁점금액의 회계처리 내역을 보면, 통상 평균 재직연수가 2년 6개월 내외인 임상의사직의 근로계약은 연봉제 계약을 운용하는 일반직 근로자와는 달리 “1년 단위의 월정급여기준 포괄임금계약”을 체결하여 운용하면서, 임상의사직(계약직) 근로계약서 및 퇴직급여 정산요청서, 연봉제급여규정에 따라 의사들의 월정급여에서 원천징수되는 갑종근로소득세 등 근로소득세 등을 대리납부하고 선급금으로 계상한 후 이를 퇴직급여(퇴직금)과 상계한 것으로 나타나고 있는 반면, 처분청은 이에 대하여 청구법인이 근로소득세 등을 선급금으로 지출하고 추후 해당 의사들의 퇴직시 퇴직금으로 처리한 금액 중 아래〈표〉에서와 같이 “1년 단위 월평균 급여”를 초과하여 의사에게 지급한 쟁점금액을 퇴직소득이 아닌 근로소득에 해당하는 것으로 보아 과세한 것으로 나타난다. 〈표〉2009년～2012년 재계산 총괄표 (단위: 천원)
(2) 청구법인은 노사 간의 단체협약과 ‘연봉제급여규정’에 따라 전체 임직원을 대상으로 근로계약을 체결하고, ‘연봉제급여규정’ 제4조에 따라 의사 등 계약직, 일용직근로자에 대해서는 계산의 편의와 근무의욕 고취를 위해 근로기준법과 판례에서 인정된 “포괄임금계약”(기본급에 미리 일정한 제수당을 결정하여 계약)을 운용하고 있으며, 이는 노사간의 합의로 제정된 “단체협약”과 “임상의사취업규칙”에 의거한 개별근로계약에 따라 당해 의사의 급여를 가불 처리하여 마련한 자금으로 매월 부담해야 하는 세금과 공과금을 청구법인에서 납부하고(선급금 처리), 사후 고용계약이 종료되거나 퇴직금 중간정산을 요구하는 경우에 퇴직금과 상계처리하고 있다는 주장이나, 처분청의 조사내용에 의하면, 노사 간의 합의로 제정되었다는 “2009년 단체협약”(2009.8.14. 체결)에는 안산시청에 기 신고한 “2009년 단체협약”(2009.6.26. 체결하여 2011.6.25.까지 2년간 유효)에 없는 내용[제65조의 퇴직금 규정의 “노사합의를 통하여 사업장별, 직종별로 세분하여 운영할 수 있으며”]이 발견되었으며, 청구법인이 제시한 “임상의사취업규칙”(2008.1.1. 제정)은 고용노동부 안산지청에 신고(2007.2.26. 제정되어 2008.4.17. 변경신고)된 “취업규칙 변경내용”에 없는 것이며, 그 내용도 당초 세무조사 시 제출된 “임상의사취업규칙”(2012.1.1. 제정)에 없는 내용[제25조 퇴직 규정의 ‘3. 근로계약이 종료된 때’ 및 제27조 퇴직금 규정의 ‘다만, 병원과 포괄임금계약을 체결한 임상의사의 경우에는 병원이 일시 대납하여 확정된 근로관계 세금과 공과금을 전액 퇴직금으로 본다’]이 포함되어 있어 청구법인이 제출한 “2009년 단체협약”(2009.8.14체결) 및 “임상의사취업규칙”(2008.1.1.제정)은 관련 기관에 신고한 문서 및 그 내용과 실체가 상이한 것으로 답변하고 있는 반면 청구법인은 2006.5.9.의료법을 설립준거법으로 법인 설립하여 의료기관을 운영하던 중 당시 오일성이 운영하고 있던 개인병원(OOO)을 2007.6.22. 출연받아 청구법인의 분원으로 운영하게 되었으나, 그 이전인 2007.2.12. 청구법인 내에 OOO 소속 직장단위노조가 결성되어 있었고, 분원출연으로 인하여 민주노총 산하 노동조합을 인수하게 됨에 따라 단일사업장에 복수노조가 존재하게 된 상태에서 2개의 노조와 사측 간에 협상이 거의 불가능한 상태에서 과격한 노사분규가 지속되어 지역사회에 큰 이슈가 되자 상급기관의 감사를 대비하고 관리상 위기를 느낀 주무관청(안산시)이 긴급하게 제출을 요청하여 2009.6.26. 작성된 단체협약을 형식적으로 작성한 것이라는 의견이나 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙제시는 없다. (3)근로자퇴직급여보장법제8조 제1항에서 “퇴직금제도를 설정하고자 하는 사용자는 계속 근로기간 1년에 대하여 30일분 이상의 평균임금을 퇴직금으로 퇴직하는 근로자에게 지급할 수 있는 제도를 설정하여야 한다”로 규정하고 있고,소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 제1호에서 “퇴직함으로써 받는 소득 중 일시금은 전액 퇴직소득으로 보는 것”을 원칙으로 하면서 같은 법 같은 조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 임원의 퇴직소득금액(2011.12.31.에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말한다)이 일정금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다”고 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인이 의사들의 월정급여에서 원천징수되는 근로소득세 등을 대리납부하고 퇴직금과 상계한 것은 노사합의로 제정한 단체협약과 취업규칙에 따르고 노사간에 체결된 근로계약을 이행한 것이므로 퇴직소득으로 보는 것이 타당하다고 주장하고 있고 청구법인과 의사들 간의 개별근로계약서 상 지급한 근로소득세 등에 대한 퇴직금 상계규정은 존재하나, 청구법인이 제출한 2009년 단체협약(2009.8.14. 체결)에는 당초 안산시청에 신고한 2009년 단체협약(2009.6.26. 체결)에 없는 내용이 포함되어 있고, 청구법인이 증거자료로 제출한 임상의사취업규칙(2008.1.1. 제정)도 세무조사과정에서 청구법인이 임의 제시한 임상의사취업규칙(2012.1.1. 작성)과 작성일자와 그 내용이 상당히 달라 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점금액을 노사합의에 의한 퇴직금으로 의사들에게 지급하였는지 여부가 불분명한 점, 청구법인이 대납한 ‘근로소득세 등’은 불특정다수의 종업원이 퇴직 시 퇴직금 산정의 기준이 되는 연봉제급여규정(제30조 제1항)과 달리 의사들에게만 ‘근로소득세 등’을 대납하였고, 대납한 금액도 퇴직금 정산전 3개월 간 월평균 급여를 초과한 것으로 나타나고 있고, “퇴직금은 ‘갑(청구법인)’이 대납한 월정급여 관련 세금과 공과금은 전액 퇴직금으로 본다. 따라서 ‘을’은 퇴직 시 ‘갑’에게 별도의 금원을 요구할 수 없다”라고 되어 있어 결과적으로 퇴직금 계산의 기초가 되는 금액은 매월 정액지급하는 급여이고, 불특정다수의 직원과 비교하여 퇴직금을 초과하여 지급한 금액은 근로소득으로 봄이 타당한 점에서 볼 때 청구법인이 월 급여와 함께 청구법인이 대납한 ‘근로소득세 등’도 의사들과의 사이에 월 급여로서 실 수령액을 지급하기로 한 약정의 이행에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 근로소득에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.