[요지] 쟁점매립비용의 지출로 인하여 종전에 폐석회 투기장으로 사용하던 쟁점침전지 및 공업용수지로 사용하던 쟁점유수지의 사실상 지목이 공업나지 등으로 변경된 점, △△△의 의뢰로 행해진 감정평가에서 감정평가법인은 쟁점침전지를 공업나지를 전제로 평가하였고, 그 결과 침전지 상태일 때 보다 동 토지의 가치가 ○○○백만원 상승한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점매립비용은 토지의 취득 및 형질변경 등과 관련된 지출로서 토지의 자본적 지출로 보는 것이 타당함
[참조결정] 조심2013서4647 / 조심2012지0355
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2008.5.8.OOO주식회사(2009.4.1. OOO 주식회사에서 상호 변경, 이하 “OOO”라 한다)가 운영하던 10개의 공장 중 염화칼슘 및 시약제품의 제조·판매업과 도시개발사업 등을 영위하는OOO공장을물적분할(이하 “쟁점물적분할”이라 한다)하여 신설된 법인으로서,
(1) 2008년 제1기부터 2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 소다회 생산과정에서 발생한 폐석회 처리비용 합계 OOO에 관리형매립시설인 폐기물처리시설(시설규격 4,810,000㎥)을 설치하고, OOO에 적치되어 있는 폐석회를 탈수과정 등을 거쳐 단계별로 매립하는 과정에서 발생한 것으로서 이하 “쟁점매립비용”이라 한다]을 해당 과세기간 손금으로 계상하고, 관련 매입세액 합계 OOO원을 공제하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였으며,
(2) 쟁점물적분할이 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는 것으로 보아법인세법제116조 제2항에서 규정하는 지출증빙서류(세금계산서)를 수취하지 아니하였다. 나.OOO지방국세청장은 2013.4.29.～2013.6.28. 기간 중 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, (1)쟁점매립비용은 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는것으로 보아이를 손금불산입하고, 관련 매입세액을 불공제하여 2013.7.9., 2013.11.26. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기분 ～ 2012년 제2기분 합계 OOO원을 경정·고지하고 청구법인의 2008사업연도·2009사업연도 과세표준OOO원을 증액하였으며,
(2) 쟁점물적분할은 분할사업부문의 자산 및 부채가 포괄승계되지 않아 사업의 양도에 해당하지 않아 세금계산서 등 지출증빙서류 수취대상임에도 이를 수취하지 아니한 것으로 보아 증빙미수취가산세를 부과하여 2013.11.26. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 토지에 대한 자본적 지출은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용(대법원 2006.7.28. 선고 2004두13844 판결)을 말하는것인바, 쟁점매립비용은 청구법인이폐기물관리법에 의거 폐기물을반드시 처리해야 하는 상황에서 그 처리를 위하여 불가피하게 지출하였고, 그 과정에서 토지가 조성된 것이며, 특히 폐석회 처리에 따라 조성된 부지는 지방자치단체 및 시민단체와의 협약에 따라 시민들에게 영구히 개방되어 사실상 기부채납된 것과 동일하고, 실제 대체보트장은 기부채납이 예정되어 있었으므로, 지출한 사업연도에 비용으로 인정하고 관련 매입세액 또한 공제되어야 한다. (2)부가가치세법제6조 제6항 및 같은 법 시행령 제17조 제2항에 의하면 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하도록 규정하고 있는바, 쟁점물적분할 당시 청구법인은 OOO OOO공장 고유의 모든 영업자산과 부채를 승계받았으므로 위부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 않는 사업의 양도에 해당하며, 설령 쟁점물적분할이법인세법상 비적격분할에 해당한다(조심 2012지355, 2013.7.10.)고 하더라도 이는부가가치세법에서 별도로 규정하고 있는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도의 판단에까지 당연히 적용될 성질이 아니므로, 지출증빙서류 미수취에 따른 가산세를 부과한 것은 부당하다.
(1) 쟁점매립비용은 쟁점침전지에 적치된 폐석회를 쟁점유수지에 매립함으로써 그 가치를 증가시켰으므로 토지에 대한 자본적 지출에 해당하다고 할 것인바, 당초 공유수면매립허가를 받아 바다에 공장 부산물인 폐석회를 투하하여 매립하던 쟁점침전지에 매립면허상 표고를 초과하여 폐석회가 적치되었고, 쟁점매립비용은 이 상부 폐석회를 처리하여 도시개발이 가능한 상태의 토지로 만드는 토지조성 작업 및 그에 따른 쟁점침전지의가치의 현실적 증가OOO에 사용된 것이므로 쟁점침전지에 대한 자본적지출에 해당하고, 위 폐석회를 매립 성토재로 하여 해수저수지(유수지)를 매립하여 유수지의 형질이 실질적으로 유지에서 잡종지로 변경되었고 그에따라 그 가치가 대폭적으로 증가되므로 쟁점유수지에 대한 자본적지출에도 해당하므로 이를 손금불산입하고, 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도에 해당하려면 그 사업에 관한 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여야 함에도, 청구법인은 분할계약서에서 폐석회처리협약서에 의거 이행하기로 결정된 채무 등 OOO공장 사업부문과 관련된 것이 명백한 채무를 승계하지 아니하였을 뿐아니라, 인력이 제조업 및 도시개발사업에서 핵심적 구성요소임에도 전체 직원 90명 중 제조업을 영위하기 위한 필수자격 소지자 8명만을 승계하였고, 분할된 사업부문도 OOO와 체결한 위탁계약에 따라 실제 OOO가 수행하였으며, OOO가 OOO공장 사업 중 화학제품 도매업을 OOO공장에서 계속 영위하는 등 쟁점물적분할이 사업의 양도에 해당하지 아니하므로 이로 인한 자산취득을 재화의 공급으로 보아 정규증빙을 수취하지 아니한 것에 대하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점매립비용이 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는지 여부
② 청구법인을 물적분할하여 설립된 것이 사업의 양도에 해당하지 아니한 것으로 보아 각 재화의 공급에 대한 지급증빙서류 미수취에 따른 가산세를 부과한 것이 타당한지 여부
(1) 법인세법 제76조 [가산세] ⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. 제116조 [지출증빙서류의 수취 및 보관] ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.
② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2.부가가치세법제16조의 규정에 의한 세금계산서
(2) 법인세법 시행령 제31조 [즉시상각의 의제] ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제158조 [지출증빙서류의 수취 및 보관] ② 법 제116조 제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이하인 경우
2. 농·어민(한국표준산업분류에 의한 농업중 작물재배업·축산업·복합농업, 임업 또는 어업에 종사하는 자를 말하며, 법인을 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받은 경우 3.소득세법제127조 제1항 제3호에 규정된 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받은 경우(원천징수한 것에 한한다)
4. 제164조 제7항 제1호의 규정에 의한 용역을 공급받는 경우
5. 기타 기획재정부령이 정하는 경우
(3) 법인세법 시행규칙 제79조 [지출증빙서류의 수취 특례] 영 제158조 제2항 제5호에서 "기타 기획재정부령이 정하는 경우"라 함은 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.부가가치세법제6조의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 의하여 재화를 공급받은 경우
(4) 부가가치세법(2013.6.7 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제6조 [재화의 공급] ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것 제17조 [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
(5) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제60조 [매입세액의 범위] ⑦ 법 제17조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제17조 [담보제공·사업양도 및 조세의 물납] ② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란사업장별(상법에 따라 분할 또는 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법제46조 제2항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법제37조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
1. 미수금에 관한 것
2. 미지급금에 관한 것
3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) OOO의 OOO공장 건설 및 쟁점매립비용 발생 등과 관련한 주요 사실관계(<별지1> 요약표 기재)는 심리자료에서 아래와 같이 나타난다.
1. 소다회 공장을 건설하기 위하여 OOO는 1963년 6월경부터 1967년 2월경까지 건설교통부장관으로부터 수 차례에 걸쳐 받은 공유수면 매립면허OOO의 면허조건에는 매립목적이 공장부지 및 저수지 등 조성, 공장폐물(폐석회) 투기장이고, 공장용지의 매립표고는 해수면 위 10미터까지, 폐물투기장의 매립표고는 해수면 위 6.5미터까지로 되어 있으며, OOO는 1968년부터 1971년까지 위 OOO에 대하여 공유수면매립 준공인가를 받으면서 준공면적 중 도로, 구거, 제방 등 OOO평은 국유지로 귀속되었으며, 나머지 OOO평 중에서 공장용지 OOO평은 매립표고까지 매립이 완료된 상태에서, 폐물투기장은 뚝과 제방만 쌓아 그 안에 소다회 공장에서 배출되는 폐석회를 투석하여 매립할 수 있는 상태로 준공되었다.
2. 1968년경부터 OOO공장 가동으로 소다회가 생산되면서 부산물인 폐석회를 쟁점침전지에 매립하기 시작하였으며, 2003.12.31. OOO, OOO장 및 폐석회적정처리방안 모색을 위한 시민위원회(4자간) 간에 폐석회처리협약(이하 “쟁점협약”이라 한다)을 체결되어 ① 폐석회를 해수 Pond 전체 부지(쟁점유수지)에 전량 매립하고, ② 대체보트장 시설을 조성하여 이를 OOO시에 기부채납하며, ③ 폐석회 매립부지(쟁점유수지)는 녹지 및 운동시설을 조성하여 시민에게 개방하고, 이행 담보를 위하여 OOO장에게 지상권을 설정하며, ④ 주민복지 및 공공용지시설 용도로 7,700평의 토지를 OOO장에게 기부채납하는 의무를 OOO가 부담하게 되었고, 2004년 3월경 OOO장에서 소다회 생산을 중단하였으나, 이때 매립면허 표고(해수면+6.5미터)를 초과하여 쟁점침전지에 적치된 폐석회에 대한 처리의무가 발생하였다.
3. 쟁점협약을 이행하기 위하여 OOO는 2006.9.19. OOO주식회사와 폐석회매립공사 도급계약을 체결(도급금액 OOO원)하였고, 2007.12.27. 1단계 폐기물처리시설 사용개시 신고 수리, 2009.1.29. 매립시설 용량 증설(481만㎥ → 527만㎥), 2009년 3월～2009년 5월 2단계 폐기물처리시설 사용개시 신고 수리, 2010.6.21. 1단계시설 사용종료 신고수리를 거쳐, 2010.10.27. OOO장은 청구법인의 1단계 폐기물처리시설 토지이용계획서 제출에 대하여 쟁점유수지 중 1단계로 매립된 129,650㎡를 유원지 시설로 이용할 수 있도록 결정하여 그 결과를 청구법인에 통보하였으며, 2010.11.10. 청구법인은 쟁점유수지 위에 도시계획시설[유원지 조성공사] 착공신고를 하였다. (나) OOO공장 부지 도시개발사업 추진 경과(<별지2> 요약표에 기재)는 제출된 심리자료에서 아래와 같이 나타난다.
1. OOO는 1994년 11월경 도시재개발프로젝트로 “OOO공장 이전(예정) 부지 활용방안 수립” 보고서 작성용역을 주식회사 환경그룹에 위탁하여 수행하게 하였고, 1998년 6월경 OOO공장부지 개발계획서를 작성하였으며, 2002.9.16. OOO시장이 OOO에 “OOO 개발계획(안)”을 통지하였고, 2007.4.16. OOO가 OOO에 주택OOO세대를 건립하는 도시개발구역지정을 제안하였으며, 2009.6.15. OOO도시개발구역지정 및 개발계획수립 결정 및 지형도면 고시”가 있었는데, 동 고시에 첨부된 용도지역 결정조서에서 기존의 공업지역 1.408,053㎡는 모두 주거지역이나 녹지지역 등으로 변경되는 것으로 되어 있고, 2009.12.7. 청구법인이 도시개발사업시행자로 지정되어 현재 도시개발사업 실시계획 인가를 위한 협의 중이다.
2. 2013년 3월경 청구법인이 작성한 “DCRE 도시개발 추진 및 계획서”에 기재된 주요 내용을 보면, 구역명은 OOO, 사업내용은 총 OOO의 복합단지를 건립할 계획으로 되어 있고, 토지는 총 개발예정면적 OOO를 OOO 및 청구법인이 소유하고 있으며, 사업은 2007년 4월경부터 2013년 4월경까지 개발계획 수립 및 인허가를 추진하고, 2013년 4월경부터 2016년 12월경까지 부지공사 및 주거분양, 상업시설개발, 잔여토지 매각을 추진하는 것으로 되어 있다. (다) 처분청이 제시한 자료에 의하면 쟁점침전지 및 쟁점유수지의 현황은 아래와 같다.
1. 쟁점침전지는 OOO가 도시개발계획에 편입되어 있고, 이 건 공사 전에는 폐석회가 언덕처럼 쌓여있던 상태로 감정평가액은 OOO원(침전지로 평가)을 평가되었으나, 이 건 공사 후 폐석회 정지작업이 이루어져 도시개발이 가능한 나대지 상태로 감정평가액은 OOO원(공업나지로 평가)으로 평가되는 것으로 나타난다.
2. 쟁점유수지는 OOO로서 13,006㎡가 도시개발계획에 편입되어 있고, 이 건 공사 전에는 바닷물로 채워진 저수지 상태로 감정평가액은 ㎡당 OOO원이나, 이 건 공사 후 1단계 매립지는 매립이 완료되어 나대지 상태이며, 2단계 매립지는 현재 매립이 진행중이며 감정평가액은 ㎡당 OOO원으로 상승한 것으로 나타난다. (라) 쟁점협약상 의무이행을 위하여 2006.9.19. OOO가 OOO 주식회사와 체결한 폐석회매립공사(이 건 공사) 도급계약의 주요내용을 보면, 쟁점유수지 내에 폐기물처리시설을 설치하여 OOO공장 부지에 적치되어 있는 부산석회 583만㎥를 탈수 및 건조한 후 매립하는 것을 목적으로, 공사기간은 2006.9.19.부터 2010.1.31.까지로 하여 도급금액 OOO원, 부지면적 346,596㎡에 총 매립용량은 583㎥, 1단계 매립은 2010.6.21.에 마치는 것으로 계약되어 있으며 세부 공사금액 명세는 아래 <표1>과 같다. <표1> 이 건 공사 관련 공사금액(공급가액) 명세 (마) OOO의 의뢰로 2008.1.9.～2008.2.1. 기간 동안 OOO감정평가법인이 가격시점을 2008.2.1.로 하여 OOO공장 토지에 대하여 감정평가를 실시한바, 그 감정평가서의 주요 내용은 아래와 같다.
1. 위 감정평가서에 따르면 평가목적은 ‘OOO공장에 대한 일반거래(물적분할용) 목적’이고, 평가조건은 ‘평가대상 토지 중 쟁점침전지(18필지)는 폐석회가 적치되어 있으나 폐석회 처리에 대하여는 2003.12.31.자 쟁점협약상 이행사항이 수반되어야 하는바, OOO의 요청에 의거 조건이행이 완료되어 공업나지로 조성된 상태를 전제로 하여 평가하였음’으로 되어 있으며, 평가대상 토지인 ‘OOO원으로 감정평가된 것으로 나타난다.
2. 위 감정평가서서 비교표준지 선정과 관련하여 OOO평가법인은 인근 지역 비교표준지(2007.1.1. 기준, 아래 <표2> 참조) 중 번호 9·10 표준지의 경우 쟁점침전지 부지이나 위 감정평가는 OOO의 요청에 의거 토지에 적치된 폐석회를 제거한 공업나지를 기준으로 한 조건부 평가로서 비교가능성이 떨어지므로 표준지 선정시 제외하였고, 비교 가능한 번호(1～8) 표준지를 선정한 것으로 나타나고, 이에 대하여 처분청은 실제 침전지 상태의 비교표준지(번호 9·10)를 기준으로 이 건 침전지를 평가한 가액과 공업나지 상태를 조건으로 평가한 가액간 OOO원의 차이 발생한다는 의견이다. <표2> 인근 지역 비교표준지 (단위: 원) (바) 쟁점유수지 지상에 조성하려는 유원지 조성사업과 관련한 주요 사실관계는 아래와 같다.
1. 2006.5.30. 고시된 유원지에 대한 도시계획시설(유원지 및 도로)사업 실시계획인가(제2006-94호)의 주요내용을 보면, 위치는 쟁점유수지 등 13필지, 사업종류는 유원지OOO, 사업기간은 2006년 9월～2012년 12월(2013년 12월 연장 고시)이며, 사업시행면적은 아래 <표3>과 같다. <표3> 이 건 유원지 사업의 시설시행면적 (단위: ㎡)
2. 청구법인이 2010.10.6. OOO장에게 제출한 1단계 토지이용계획서에 의하면, 폐기물처리시설 사용종료면적과 쟁점유수지 매립지상의 유원지 시설 조성면적을 비교한 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 폐기물처리시설과 유원지 시설의 이용면적 비교 (면적 단위: ㎡) (사) OOO장이 2005.12.30. OOO에 발급한 폐기물처리시설설치승인서 등에 의하면, 이 건 폐기물처리시설(관리형매립시설)의 전체 면적은 295,670㎡(1단계: 115,670㎡, 2단계 180,000㎡), 시설규격(능력) 4,810,000㎥, 방지시설명은 침출수처리장이며, 착공일 등은 아래 <표5>와 같다. <표5> 이 건 폐기물처리시설 설치 승인내용 (아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 1)법인세법제19조 제2항에서 손비는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것을 말하는 것으로 규정하고 있는 반면, 같은 법 제31조 제2항에서 “자본적 지출”이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하는 것으로 규정하고 있으며,부가가치세법 시행령제60조 제6항에서 부가가치세 면제대상 토지 관련 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등의 어느 하나에 해당하는 매입세액으로 규정하고 있는바,
2. 청구법인은 쟁점매립비용을 지출한 주된 목적은 폐기물 처리이고 부차적인 결과로 토지가 조성된 것이므로 동 금액은 토지의 자본적 지출이 아니라 당기 비용으로 처리하여야 한다고 주장하나, 쟁점매립비용의 지출로 인하여 종전에 폐석회 투기장으로 사용하던 쟁점침전지 및 공업용수지로 사용하던 쟁점유수지의 사실상 지목이 공업나지 등으로 변경된 점, OOO의 의뢰로 행해진 감정평가에서 감정평가법인은 쟁점침전지를 공업나지를 전제로 평가하였고, 그 결과 침전지 상태일 때 보다 동 토지의 가치가 OOO원 상승한 것으로 나타나는 점, 쟁점유수지의 경우에도 매립 후 유원지를 개발하여 인천시민에게 개방하고 OOO청에 지상권을 설정하여 주기로 하였으나, 쟁점유수지의 매립으로 인하여 그 지목이 잡종지 등으로 변경되고, 감정평가액이 상승한 것으로 나타날 뿐만 아니라 향후 유원지 조성으로 인하여 인근 토지에 대한 도시개발이 가능해지며 결과적으로 인근 토지에 대한 가치가 상승할 것으로 예상되는 점, 쟁점침전지는 당초 폐석회 투기장으로 사용하기 위하여 뚝과 제방만 쌓아 둔 상태에서 공유수면 매립면허를 받은 것이어서 공유수면매립 준공검사 당시 토지로서의 가치가 완성되었다는 보기 어려운 점, 폐석회 처리로 인하여 조성된 토지 면적(쟁점침전지 736,471㎡, 쟁점유수지 325,183㎡) 및 평가액 OOO이 상당하여 쟁점매립비용을 일반적으로 인정되는 통상적인 비용으로 보기 어려운 점, OOO가 1994년 11월경부터 도시개발프로젝트로서 OOO공장 이전 부지 활용방안을 수립하고, 2007년 4월경 OOO장에게 도시개발구역지정 제안을 하여 2009년 6월경 OOO공장 일대가 도시개발구역으로 지정되는 등 OOO공장 일대 개발이 OOO 등의 계획 하에 이루어진 것으로서 쟁점매립비용의 지출이 당초부터 쟁점침전지와 쟁점유수지의 활용을 전제로 하여 이루어진 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점매립비용은 토지의 취득 및 형질변경 등과 관련된 지출로서 토지의 자본적 지출로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013서3158, 2014.9.18., 같은 뜻임).
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점물적분할과 관련하여 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 2008.5.1. OOO의 인천사업부 제조사업 부문과 도시개발사업 부문을 물적분할하여 청구법인이 설립되었는바, 청구법인은 분할 승계자산은 시가로 평가하여 승계하였으나, 직원 90명 중 8명만이 승계되었으며, 정규 증빙 수취대상인 재화(아래 <표6> 참조)에 대해서는부가가치세법재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도로 보아 세금계산서를 수취하지 아니하였고, 처분청은 이에 대하여 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 수취하지 아니한 것에 대하여 법인세(가산세)를 부과하였다. <표6> 분할자산 명세 (나) 쟁점협약의 체결 및 관련 회계처리 등을 보면 다음과 같다.
1. 2003.12.31. OOO, OOO장 및 폐석회적정처리방안 모색을 위한 시민위원회(4자간)가 협약당사자로서 OOO공장 부지 내 폐석회처리를 위해 쟁점협약을 체결(주요 내용 위 (1)-(가)-2) 참조)하였으며, OOO는 2004.3.29. 쟁점협약상의 의무이행을 위하여 OOO장을 근저당권자로 OOO공장 내 잡종지 2필지 53,422㎡에 대한 근저당권 설정등기OOO를 하였으며, 2010.10.28. 근저당권 설정등기말소 후 당해 토지는 청구법인에게 이전등기하였다.
2. OOO가 OOO에 제출한 2007～2009사업연도 사업보고서의 주요내용은 다음과 같다. 3)2003년부터 쟁점물적분할시점까지 OOO의 복구손실충당부채 변동 현황은 아래 <표7>과 같다. <표7> OOO의 복구손실충당부채의 변동현황 (다) OOO가 쟁점물적분할을 목적으로 작성한 분할계획서의 주요 내용은 다음과 같은바, 이에 따르면 쟁점협약상 채무는 청구법인에 승계되지 아니한다.
1. 분할의 목적
• OOO공장 사업부문을 독립법인으로 분리 경영함으로써 경영효율화 및 전문성을 제고하고 책임경영체제의 토대 마련
• OOO공장 사업부문을 단순·물적 분할 방식으로 분할하여 차후 실행될 도시개발 사업부문의 전문화 및 투자자 유치를 용이하게 하는 데 있음
2. 분할의 방법 1)상법제530조의2 내지 530조의12의 규정이 정하는 바에 따라 아래 표와 같이 분할되는 회사가 영위하는 사업 중 향후 부동산개발이 예정되어 있는 OOO공장 사업부문을 분할하여 신설회사를 설립하고, 그 방법은 분할되는 회사(존속회사)가 신설회사의 발행주식 총수를 취득하는 단순·물적분할의 방식을 취하기로 한다. 구분 회사명 사업부문 분할되는 회사 (존속회사) OOO 주식회사 화학제품제조판매업 신재생에너지사업 신설회사 청구법인 각종화학제품제조및 판매업,임대업등 < 회사분할 내용 >
2. 분할기일은 2008.5.1.로 한다.
3. 신설회사의 자산, 부채, 자본의 결정방법은 사업부문별 고유의 영업자산, 영업부채를 분할되는 회사와 신설회사로 각각 목적에 부합하게 배분하는 것을 원칙으로 한다. 4)상법제530조의3 제1항 및 제2항에 의거 주주총회의 특별결의에 의해 분할하며, 동법 제530조의9 제1항 및 제2항에 의거 신설회사는 분할되는 회사의 채무 중에서 이 분할계획서 및 분할대차대조표에서 정한 바에 따라 분할로 인해 이전되는 재산에 관한 채무(책임을 포함한다)만을 부담하며, 분할되는 회사의 채무 중 신설회사로 이전되지 아니하는 재산에 관한 채무에 대해서는 분할되는 회사와 연대하여 변제할 책임을 부담하지 아니한다. 또한, 분할되는 회사도 분할되는 회사의 채무 중 위와 같이 신설회사로 이전되지 아니한 재산에 관한 채무만을 부담하고, 분할되는 회사의 채무 중 신설회사로 이전된 재산에 관한 채무에 대해서는 신설회사와 연대하여 변제할 책임을 지지 아니한다. 5)분할되는 회사의 사업과 관련하여 분할기일 이전의 행위 또는 사실로 인하여 분할기일 이후에 발생/확정되는 채무 또는 분할기일 이전에 이미 발생/확정되었으나 이를 인지하지 못하는 등의 여하한 사정에 의하여 이 분할계획서 및 분할대차대조표에 반영되지 못한 채무(공ㆍ사법상의 우발채무 기타 일체의 채무를 포함하며 이하 ‘우발채무’라 한다)에 관하여 OOO공장 사업부문과 관련한 채무 중 아래 기재의 채무는 분할되는 회사(존속회사)에, 그 이외의 것은 모두 분할신설법인인 청구법인에 귀속한다. 가.2003.12.31. OOO장, 분할되는 회사 및 폐석회적정처리방안 모색을 위한 시민위원회 간에 체결된 폐석회처리협약서에 의거 이행하기로 결정된 채무 나.분할기일 현재 진행중인 폐석회매립공사와 관련하여 추가로 발생되는 채무로서 분할기일 현재 분할대차대조표에 반영된 복구손실충당금을 초과하여 지출하게 되는 채무 다.신설회사 OOO가 도시개발사업 실시계획에 따른 건축행위 등으로 인하여 지하에 적치된 폐석회를 폐기물관리법에 의한 방법에 따라 적정하게 처리함으로써 추가로 부담하게 된 비용 중 분할기일로부터 10년 이내 지급하기로 하거나 집행한 채무
4. 분할되는 회사에 관한 사항 이전대상 재산의 가액은 2008.4.30. 현재 감정평가를 받은 공정가액으로 하되, 공인회계사의 검토를 받아 확정한다.
5. 신설회사(OOO)에 관한 사항
7. 신설회사에 이전될 분할회사의 재산과 그 가액 분할계획서가 정하는 바에 따라 신설회사에 속할 일체의 적극, 소극재산 및 기타의 권리, 의무와 재산적 가치 있는 사실관계를 신설회사에 이전하는 것으로 한다. (라) 쟁점물적분할 당시 청구법인의 개시대차대조표에 대한 외부감사인 검토보고서를 보면, “기업인수·합병 등에 관한 회계처리 준칙” 및 기업회계기준 등에 관한 해석 49-55 “분할합병에 관한 회계처리”에 따라 자산 및 부채를 공정가액으로 평가하여 작성하였다고 되어 있는바, 관련 내용을 보면 다음과 같다.
• 분할 전후 OOO공장 토지의 장부가액 관련사항
• 복구손실충당금은 이 건 폐기물처리협약서의 의무 이행에 따라 2006년부터 매립공사중이므로 부산석회처리 비용추정액을 승계받아 복구손실충당부채OOO로 계상하였다. (마) 쟁점물적분할 전에 OOO가 OOO 및 OOO 주식회사 등에게 발송한 회사분할에 따른 협약관계 승계 안내 문서 등을 보면, 2008.4.25. OOO에게 발송한 문서(인천-431-200)에는 2008.5.1. OOO공장 사업부문의 부동산 등 분할대상자산 뿐만 아니라 폐석회처리협약서상 당사의 협약당사자 지위도 상법 및 분할계획서가 정한 바에 따라 분할신설법인(청구법인)에게 당연 포괄승계된다는 점을 알린다고 기재되어 있으며, 2008.4.22. OOO 주식회사 등에게 발송한 문서를 보면, OOO공장 사업부문의 부동산 등 분할대상자산 뿐만 아니라 현대건설 주식회사 등과 계약한 매립공사 공사도급계약상 당사의 계약당사자 지위도 상법및 분할계획서가 정한 바에 따라 분할신설법인(청구법인)에게 당연 포괄승계된다는 점을 알린다고 기재되어 있다. (바) 2004.12.24.OOO시장이 2005.2.5. OOO공장 내 적법하게 매립된 폐석회의 처리책무가 누구에게 있는지 여부 등과 관련으로 환경부장관에게 서면으로 질의하여 회신(산업폐기물과-317)받은 내용은 아래와 같은바, 이에 의하면 폐석회 처리책무는 청구법인에게 있는 것으로 보인다. < 주요 질의내용 > 1)1971년 당시 토지 소유자가 사업장을 운영하면서 발생한 폐석회를 건설부로부터 공유수면매립면허를 받아 매립한 토지로서 동 토지를 현 토지소유자가 매수하여 지하터파기 공사를 실시하던 중 발생한 폐석회를 사업장배출시설계폐기물로 분류하여야 하는지?
2. 매립당시 적법하게 매립된 동 폐석회의 처리책무가 당시 토지소유자에게 있는지, 현 토지소유자에게 있는지? < 주요 회신내용 > 1)현 토지소유자가 매수하여 지하터파기 공사를 실시하던 중 발생한 폐석회는 폐기물관리법 시행규칙별표 4 제4호 가목(1)의 규정에 의거 사업장배출시설계폐기물에 해당될 것으로 판단된다.
2. 매립당시 적법하게 매립된 폐기물이라면 당시 토지소유자(청구법인)에게 처리책무가 있다고 보기는 어려우며,폐기물관리법제24조 제1항 제1호의 규정에 의거 사업장폐기물배출자는 사업장 안에서 발생하는 모든 폐기물을 적정하게 처리하도록 규정하고 있으므로,사업장폐기물배출자인 현 토지소유자가 동 폐기물을 처리하여야 할 것이다. (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점물적분할에 따른 청구법인의 설립이부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 아니하는 사업의 양수도라는 이유로 관련 자산 등의 공급시 세금계산서를 수취하지 아니한 것이 정당하다고 주장하나, 1)법인세법제76조 제5항, 같은 법 제116조 제116조 제2항, 같은 법 시행령 제158조 제2항 제5호 등에 따르면 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고부가가치세법제16조의 규정에 의한 세금계산서 등 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 가산세를 부과하나,부가가치세법제6조의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 의하여 재화를 공급받는 경우 등에는 동 증빙서류를 수취하지 아니한 것에 가산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있는바, 같은 법 제6조 제6항 제2호 및 같은 법 시행령 제17조 제2항은 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도는 원칙적으로 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말하다고 규정하고 있다.
2. 쟁점물적분할 당시쟁점협약상 채무는 청구법인에게 승계되지 아니하였으나,쟁점물적분할 이후에도 화학제품제조 등의 과정에서 폐석회 등 부산물이 계속 배출되고 있어서 쟁점협약상 채무가 청구법인이 승계한 화학제품 제조활동과 관계 없다고 보기 어려운 점, 쟁점물적분할 당시 시행 중인 구폐기물관리법제17조는 폐기물배출자가 사업을 양도 또는 합병한 경우 그 양수인이나 합병에 의하여 설립되는 법인이 폐기물관련 권리·의무를 승계하도록 규정하고 있고, 쟁점물적분할 전에 OOO장이 OOO공장 내 폐석회처리 문제에 대하여 환경부장관에게 서면 질의를 통하여 회신받은 내용(2005.2.5. 산업폐기물과-317)에서 OOO공장 중 일부 토지를 양수한 자가 당해 토지를 시공하면서 폐석회가 배출되는 경우 폐석회사업장폐기물 배출자인 현 토지소유자(양수자)에게 동 폐기물 처리의무가 있다고 되어 있는 점, 만일, 폐석회처리가 승계한 사업과 관련이 없는 것이라면 쟁점물적분할 당시에 폐석회 처리와 관련된 복구손실충당금 자체도 승계할 필요가 없는 것이라 하겠으나, 복구손실충당금 OOO원을 청구법인이 승계한 점 등에 비추어 동 채무는 OOO의 OOO사업장의 사업과 관련이 있는 것으로 보아야 할 것(조심 2013서4647, 2014.11.10. 같은 뜻임)인바, 이와 같이 쟁점물적분할시 그 사업에 관한 권리와 의무가 포괄적으로 승계되지 아니한 이상, 이를 사업의 양도로 볼 수 없다 하겠다. 따라서, 청구법인이 개별 재화를 공급받고도 이에 대한 지출증빙서류(세금계산서)를 수취하지 아니한 것에 대하여 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.