청구법인의 품의서 등 정황에 의하면 해외현지법인의 재고자산폐기처분손실은 실제폐기처분이 지연되었다 하더라도 회계처리한 날이 손금귀속시기로 보아야 하고, 재고자산의 장부가액을 감액할 사유가 발생한 것으로 보이므로 이에 대한 과세처분은 잘못이 있으나, 임원에 대한 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음
청구법인의 품의서 등 정황에 의하면 해외현지법인의 재고자산폐기처분손실은 실제폐기처분이 지연되었다 하더라도 회계처리한 날이 손금귀속시기로 보아야 하고, 재고자산의 장부가액을 감액할 사유가 발생한 것으로 보이므로 이에 대한 과세처분은 잘못이 있으나, 임원에 대한 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음
OOO장이 2013.7.15. 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도분 OOO원 의 각 부과처분은
1. 2011사업연도에 손금불산입한 재고자산폐기손실 OOO원을 손금산입하고, 2009사업연도 초과환급신고가산세 OOO원을 과세하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구법인은 2011.10.27. 불용재고를 청구법인에게 반품한 후 폐기하는 경우 물류비와 관세를 부담해야 하므로 현지(OOO)에서 폐기하는 것이 경제적이라는 판단을 하고, 2011.12.21. 청구법인과 OOO법인간 불용재고 현지폐기 및 채권채무상계를 합의한 것인바, 당사자간 재고자산 폐기에 대한 권리의무가 2011년에 확정되고, 청구법인은 재고자산의 처분가능시가가 0으로 보아 재고자산을 감액한 후 재고자산 폐기손실로 회계처리한 점, 법인세법 시행령제78조 제3항은 재고자산의 경우 당해 재고자산을 사업연도 종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하도록 규정하고 있어 2011년말 당해 재고자산을 사업연도 종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액으로 감액하고 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 뒤, 2012사업연도에 폐기처분한 점, 조세심판원도 재고자산폐기에 대한 의사결정이 있었고, 이에 대한 회계처리를 한 경우 실제 폐기처분이 지연되었다 하더라도 회계처리한 날을 손금귀속시기로 보았던 점(국심 2000중2626, 2001.5.12.) 등에 비추어 쟁점재고자산폐기손실은 2011사업연도에 귀속되는 비용이다.
(2) 1997년 8월 입사 당시부터 2001년 연봉제 전환시에도 청구법인 지배주주와 특수관계가 없는 전문경영인인 OOO은 직전에 임원으로 근무하던 OOO 주식회사에서 수령하던 월급에 맞춰 월급제에 의하여 급여를 받는 것으로 당시 지배주주 겸 회장인 OOO 회장과 구두계약을 한 뒤 12년간 계속하여 약정에 따른 급여와 상여금을 지급받았고, 이는 연봉제로 인하여 월급여가 일정한 OOO 부사장의 보수지급내역과 비교하면 확인되며, 또한 10여년간 국세청에 제출한 근로소득원천징수영수증에 의하여도확인되고, OOO은 2008년 OOO사건을 책임지고 타의에 의하여 퇴직하였으나, 지금까지 6년 동안 주주총회 등에서 퇴직금 중간정산 과다여부에 대하여 문제가 제기되지 아니하는 등 월급제로 보수를 받아온 OOO이 수령한 쟁점상여금은 성과급이 아닌 입사시부터 집행되어온 정기상여금에 해당하는 점, 연봉제를 적용받은 임원의 경우 연봉에 퇴직금을 포함하여 계약하기 때문에 연봉의 1/13이 퇴직금이 되나, 연봉제를 적용받지 않는 경우 임원퇴직금 지급규정에 따라 퇴직금을 지급하여야 하고, 임원퇴직금 지급규정은 임원의 퇴직금에 대하여 퇴직 당시 월평균보수액에 지급율을 곱하여 산출한 금액으로 규정하고 있으며, 월평균보수액은 1년간 지급한 총급여액을 12개월로 나눈 금액을 말하는데, 법인세법 시행령 제44조 제3항 제2호 에 따르면 임원퇴직금은 총급여액을 기준으로 산정하여야 하고, 총급여액에는 근로의 제공으로 받는 봉급․급료․보수․세비․임금․상여․수당과 이와 유사한 성질의 급여 모두를 말하는 것(법인46012-2549, 1996.9.11., 서면2팀-1885, 2007.10.18.)으로 특별상여금은 임원보수지급기준에 의하여 지급하는 상여금이므로 퇴직금 산정시 총급여액에 포함되는 등 연봉제를 적용받는 임원과 적용받지 않는 임원은 퇴직금 지급기준이 다르게 적용되는 점, OOO은 다른 임원들과 달리 2001년 이후에도 연봉제를 적용받지 아니하여 퇴직금 산정기준이 다르고, 연봉제를 적용받지 않는 OOO의 경우 임원퇴직금 지급규정에 따라 퇴직금을 산정하여 지급했으므로 법인세법 시행령제44조 제3항에 따른 손금불산입 대상이 아니며, 상여금 등 임원보수에 대하여 법인세법 시행령 제43조 는 퇴직금에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하고, 동 조항은 임원보수의 경우에도 지배주주 등인 임원에 대하여만 초과보수 지급에 대하여 손금불산입하는 규정으로 지배주주가 아닌 임원에 대하여는 적용하지 아니하는 점, 청구법인이나 조사청은 OOO에게 세무조사 관련 어떠한 내용도 알려주지 아니하였고, OOO에게 쟁점상여금의 적법여부에 대한 소명기회도 주지 아니하였으며, 당시 세무조사업무를 담당했던 청구법인 인사담당자 및 대표이사 등은 OOO 퇴직후 입사한 사람들로 OOO과 대주주가 구두약정한 보수계약을 모르는 상태에서 확인서를 작성한 것이고, OOO이 제출한 2007년 및 2008년 월별급여자료에 의하면 OOO의 경우 입사시 계약에 따른 세후월정액을 지급함으로써 월급제임이 확인되는 점, 2008.3.1.～2009.11.2.까지의 퇴직금은 연봉제 전환에 따른 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 인해 지급받지 아니한 것이 아니라 2008년말 발생한 OOO(환손실) 관련하여 현 회장(OOO)과의 의견불일치로 동 사건에 대한 책임을 지고 사퇴하면서 퇴직급 지급을 요청하였으나 아직까지 받지 못하고 있고, 처분청은 임원의 연봉체결내용만 있고 연봉제 전환 관련 내용이 없는 임원퇴직금 중간정산 품의서나 퇴직금 중간정산 이후 입사한 인사담당직원 및 임원, 대표이사의 업무착오로 인한 확인서를 근거로 과세한 점 등에 비추어 OOO에게 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(3) 처분청은 2009사업연도 법인세 경정시 과소신고가산세 및 초과환급신고가산세를 과세하였는바, 초과환급신고가산세는 산출세액이 환급세액인 경우 과소신고가산세가 과세되지 아니하여 이를 보완하기 위한 규정으로서 산출세액이 있는 경우에는 과소신고가산세가 적용되는 것이므로 산출세액이 중간예납세액에 미달하여 환급세액이 발생한 경우 과소신고가산세가 과세되므로 중복하여 과세할 수 없는 점, 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 아래 <표1>과 같이 산출세액에서 공제감면세액을 차감한 금액이 기납부세액(중간예납세액+원천납부세액)에 미달하여 환급세액이 발생한 것으로서 초과환급가산세 대상에 해당하지 아니하는 점, <표1> 2009사업연도 청구법인 신고내역 만일, 초과환급가산세를 처분청과 같이 산정하는 경우 신고소득 및 과소신고소득이 동일한 경우에도 중간예납세액 등이 산출세액을 초과하여 환급세액으로 신고한 경우 초과환급가산세가 과세되고, 중간예납세액 등이 산출세액 등에 미달하여 납부세액으로 신고한 경우에는 초과환급가산세가 과세되지 않는 결과가 되어 과소신고소득금액과 상관없이 성실하게 중간예납세액을 납부한 법인만 초과환급신고가산세가 과세되는 불합리한 점 등에 비추어 초과환급신고가산세를 과세한 처분은 부당하다.
(1) 조사청과 청구법인 간에 2012년 재고자산을 폐기한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인은 청구법인과 OOO법인 간 불용재고 현지폐기 및 채권채무상계 합의한 2011.12.21.이 재고자산 폐기에 대한 권리의무가 확정되어 2011년 확정된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 채권의 회수불능 여부는 구체적인 거래내용과 그 후의 정황 등을 따져서 채무자의 자산상황, 지급능력 등을 종합하여 사회통념에 의하여 객관적으로평가하는 방법으로 판정하여야 하는 것(대법원 2003.12.26. 선고 2001두7176 판결 등 참조)인바, 재고자산 폐기손실을 폐기한 사업연도의 손금으로 규정하는 것은 사회통념상 객관적으로 폐기사실이 확인되는 경우에 그 손실을 인정하겠다는 취지로 권리의무 확정주의에 부합하는 것이며 법인이 실제 폐기도 하지 않고 비용을 임의계상하는 것을 방지하기 위한 것이고, 따라서, 재고자산의 폐기손실은 폐기사실이 객관적으로 입증 될 수 있는 증거를 갖추어 처리하는 경우에 폐기처리가 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 것(OOO, 2004.7.30. 외 다수)이므로 쟁점재고자산폐기손실을 실제 폐기한 사업연도의 손금으로 산입한 당초 처분은 정당하다.
(2) 청구법인의 2008년 급여대장 및 퇴직금 계산서를 보면 아래 <표2>와 같이 OOO을 포함한 임원 11명에 대한 귀향여비(정기상여) 및 특별상여금의 액수는 다르나 지급횟수 및 지급일은 모두 동일한 것을 알 수 있고, OOO외 다른 임원 퇴직금에는 귀향여비(정기상여)평균액만을, 대표이사인 OOO에게는 귀향여비(정기상여)에 특별상여금을 포함하여 지급한 점, <표2> 2008년 귀향여비 등 지급내역 청구법인 주장대로 “퇴직금 산정시 상여액이 총급여액에 포함되어야 한다”는 것은 조사청도 이견이 없으나, 청구법인이 조사당시 작성한 확인서에서도 알 수 있듯이 다른 임원들에게는 급여대장상의 귀향여비(정기상여)만을 적용하고 대표이사인 OOO에게만 특별상여금을 추가하여 퇴직금을 지급한 것은 불특정 다수의 임원퇴직자에게 일률적으로 적용되는 기준에 의하여 퇴직금을 지급한 것으로 볼 수 없으므로 다른 임원들과 비교하여 쟁점퇴직금을 차등․과다 지급한 것에 해당하는 점, 퇴직금 지급규정을 의결하여 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 일반적으로 적용될 것으로 인정되지 아니하고, 차등 과다지급한 것은 손금에 산입하지 않는 것이며, 비록 퇴직금이 퇴직급여지급규정에 의하여 지급되었다 하더라도, 이를 불특정다수의 퇴직자가 퇴직금지급규정에 의하여 일률적으로 지급받는 퇴직금으로 보기는 어려운 경우 초과액에 대하여 상여처분 하는 것(조심 2008서346, 2009.9.29.)인 점, 청구법인은 심판청구시 OOO만 월급제를 유지한다는 어떠한 근거서류를 제시하지 못하고, 조사시에도 월급제를 시행하였다는 주장을 한 바 없으며, OOO도 월급제를 OOO만 유지한다는 계약서 등의 제시를 못하는 점, OOO은 입사연도인 1998년말 청구법인 발행주식 OOO를 보유한 최대주주였고, 퇴직금 지급연도인 2008년도 OOO로 OOO, OOO에 이어 세 번째로 주식이 많은 대표이사 겸 대주주였으므로 충분히 퇴직금 과다지급을 의결할 수 있는 위치에 있었으며, 실제로 OOO과 전무이사인 OOO와의 급여차이는 2.4배로서 성과급 지급율도 2.3배 이상 차이날 수 있는 점, 청구법인 회계처리를 보면 2008.3.25. 퇴직금 지급 품의서를 작성하고, 2008.3.28. OOO 등에게 퇴직금을 송금한 내역이 확인되므로 OOO 주장은 추측에 불과하고, 설령 OOO 주장대로 사후에 퇴직금계산서를 만든 것이라면 지급기준 없이 대표이사 등 임원에게 퇴직금을 지급한 것으로 볼 수밖에 없는 점 등에 비추어 객관적인 지급기준에 의해 지급된 상여금으로 볼 수 없는 금액과 대표이사에게 퇴직금을 과다하게 지급한 금액을 손금불산입한 처분은 정당하다(조심 2008구860,2008.10.2.).
(3) 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전 국세기본법 제47조의4 제1항 은 세법에 따라 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 초과환급신고한 세액의 100분의10에 상당하는 금액의 초과환급신고가산세를 적용하고, 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 같은 법 제47조의3의 규정을 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 2009 사업연도의 경우 국세기본법 개정 전으로서 청구법인은 확정신고시 환급신고를 하였고, 세무조사에 따라 추가로 적출소득이 발생하여, 환급신고를 하였으나 납부할 세액이 있는 경우에 해당하므로 추가로 납부할 세액을 과소신고한 것으로 보아 과소신고가산세를 부과하고 초과로 환급신고한 세액에 대해 초과환급가산세를 적용한 당초 처분은 적법하다. 다만, 2011.12.31. 법률 제11124호 개정으로 초과환급신고가산세의 “납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다”는 규정이 삭제되어 2012.1.1. 이후 과세분부터 초과환급가산세 중복적용은 불가한 것이고, 청구법인이 지적한 대로 신고소득이 동일하고 과소신고소득이 동일한 경우에도 중간예납세액 등이 산출세액을 초과하여 환급세액으로 신고한 경우 초과환급가산세가 과세되며, 중간예납세액 등이 산출세액에 미달하여 납부세액으로 신고한 경우 초과환급가산세가 과세되지 않는 결과를 보완하기 위하여 국세기본법 개정시 기납부세액이 있는 경우 가산세 계산시 기납부세액을 차감하도록 개정된 것이다.
① 해외 현지법인에서 폐기한 쟁점재고자산폐기손실의 손금귀속시기
② 지배주주가 아닌 임원에 대한 퇴직금 지급 시 쟁점상여금을 총 급여액에 포함하여 산정·지급한 것에 대하여 과다지급한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
③ 과소신고소득금액에 대하여 과소신고가산세와 초과환급신고가산세를 중복적용하여 과세한 처분의 당부
(1) 법인세법 제19조 [손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. 제26조 [과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 제40조 [손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조 [자산·부채의 평가] ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가
② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.
1. 재고자산으로서 파손·부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것 (2) 법인세법 시행령 제19조 [손비의 범위] 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
제44조 [퇴직급여의 손금불산입] ③ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여중 다음 각 호의 1에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액
2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년동안 당해 임원에게 지급한 총급여액(소득세법 제20조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 금액으로 하되, 제43조의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니하는 금액을 제외한다)의 10분의 1에 상당하는 금액에 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액
④ 제3항 제1호의 규정은 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 당해 규정에 의한 금액에 의한다. 제78조 [재고자산 등의 평가차손] ③ 법 제42조 제3항 본문에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 동항 각호의 규정에 의한 자산의 장부가액을 당해 감액사유가 발생한 사업연도에 다음 각 호의 규정에 의한 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법을 말한다.
1. 법 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액
(3) 국세기본법 제47조의3(2008.12.26. 법률 제9263호로 개정된 것) [과소신고가산세] ① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조의4(2008.12.26. 대통령령 제9263호로 개정된 것) [초과환급신고가산세] ① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조의3(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것] [과소신고ㆍ초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제18조 제1항, 같은 조 제2항 단서, 제19조 제1항 및 제27조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 소득세, 법인세, 상속세ㆍ증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 종합부동산세법 제9조 제1항 또는 제14조 제1항ㆍ제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조 제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조 제3항ㆍ제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다. 산출세액 × 과소신고분 과세표준 과세표준
⑤ 기납부세액이 있는 경우에는 다음 각 호와 같이 계산한다.
1. 제1항을 적용할 때에는 같은 항 각 호에 따른 금액에서 기납부세액을 뺀다.
(1) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인과 OOO법인간 거래계약서(2007.1.1.) 제7조(불합격품의 처리 및 불용재고의 처리)를 보면, ① OOO법인aaaaaaaaaaaaaaa의 검사결과 불합격품에 대하여 청구법인은 즉시 OOO법인의 지시에 따라 청구법인의 비용으로 즉시 인수하고, OOO법인이 요구하는 지정납기일까지 이의 대체품을 납품하거나 보수 등의 조치를 최우선적으로 진행하는 것을 원칙으로 하며, ② 청구법인은 OOO법인의 검사결과 불합격된 제품을 OOO법인이 지정하는 기간내에 인수하여야 하고, 이를 위반한 경우 OOO법인은 청구법인에게 반송조치를 취할 수 있으며, 반송에 필요한 일체의 책임과 비용은 청구법인의 부담으로 하고, ③ OOO법인이 불합격품을 보관하는 동안 OOO법인의 귀책사유 이외의 사유로 불합격품의 전부 또는 일부가 멸실, 훼손 또는 변질한 경우 그 손실은 청구법인이 부담하며, ④ 청구법인이 OOO법인에게 납품한 물품이 장기간 판매 혹은 OOO법인의 고객사에 납품되지 않을시 OOO법인은 청구법인에게 불용재고(납품 혹은 판매되지 않은 재고)에 대한 회수요청을 할 수 있고, 청구법인은 정당한 이유없이 이를 거절하지 못한다는 내용이 나타난다. (나) 품의서 중 OOO법인 출장의 건(2011.4.27.)을 보면, 재무팀 OOO부장 등은 장기 불용재고 자산정리 등을 위해 OOO에 출장을 갔고, OOO법인 출장보고(2011.5.16.)를 보면, OOO 재고 OOO유로를 재고정리(청구법인과 OOO 채권채무 상계 대상금액)하는 것으로 나타나며, VOD판가 보상분 OOO 채권정리의 건(2011.10.27.)을 보면, OOO 재고를 OOO법인이 자체적으로 폐기하는 것이 본사이동후 폐기비용보다 경제적이나 OOO법인이 자체폐기시 세무상 문제예방에 필요한 증빙확보를 위해 폐기에 대한 회계처리는 본사 채권에서 상계하는 등의 방식으로 업무진행한다는 내용 등이 기재되어 있고, OOO법인 재 고자산 정리의 건 (2011.12.21.)을 보면, 채권정리내용은 OOO유로(원화 약 OOO원), 현지폐기사유는 OOO법인 재고를 현지법인 자체폐기하는 것이 본사로 이동하여 폐기시 발생하는 물류비 최소 OOO원 및 청구법인 과세납부예상액 OOO원 등 총비용 약 OOO원보다 경제적이고, 물류이동에 따른 기간을 단축하며, 처리순서는 ① OOO 신고 및 승인, ② 2011년도 청구법인 회계 및 OOO법인 회계정리, ③ OOO법인 현지폐기진행, ④ 폐기증빙 등 본사송부(폐기확인증, 폐기사진) 등으로 나타난다. (다) 회수대상채권제외신고서(2012.5.8.)를 보면, 청구법인은 OOO법인에게 납품한 수출채권 중 OOO유로를 회수대상 채권에서 제외(OOO법인의 채무에서 상계)하는 것으로 OOO에 신고한 것으로 나타난다. (라) OOO법인이 청구법인에게 보낸 폐기공문(제품폐기 진행 확인의 건, 2012.3.20.) 및 재고자산 폐기진행 현황 등을 보면, 청구법인과 OOO법인이 합의한 채권제외합의서와 관련하여 현재 폐기진행되지 않은 일부 사항은 유럽지역 각국마다 폐기할 수 있는 품목이 국가별로 상이하여 지연되고 있고, 폐기가 가능한 국가와 폐기업체 선정후 폐기가 진행되면 자료공유를 하겠다는 내용(총 폐기예정수량 OOO 폐기완료 등) 등이 나타난다. (마) 임원퇴직금 지급규정을 보면, 임원의 퇴직금은 퇴직당시의 월평균보수액에 최종직위에 대한 임원퇴직금 지급율표에 의한 지급율로 곱하여 산출한 금액으로 하고, 재임중 특별한 공로가 있는 임원에 대하여는 상기 퇴직금 이외에 주주총회의 의결을 얻어 특별공로금을 지급할 수 있으며, 2005.3.25.부터 시행한다는 내용 등이 나타나고, 퇴직금 계산내역을 보면, 정산일자는 2008.2.29., 2007년 상반기 OOO원으로 나타나며, OOO과 다른 임원 OOO에게 지급한 퇴직금 계산내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> OOO과 OOO의 퇴직금 계산내역 (바) OOO과 OOO의 2008년 월별 급여 지급내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 2008년 월별 급여 지급내역 (사) 임원보수지급기준(2004.7.1.)을 보면, 임원보수는 매년 4월 1일을 기준으로 상근 대표이사가 지급액을 조정하고, 이사회 이사(등기이사)의 경우는 주주총회에서 승인된 보수한도 내에서 월정지급액을 정하며, 상․하반기 각 월정지급액의 OOO%의 상여금을 지급하되 실적에 따라 가감할 수 있고, 임원에 대한 상여금은 매년 상하반기 경영실적을 평가하여 그 다음달에 대표이사가 정하여 지급하되 지급한도는 연간보수의 2배까지로 한다는 내용 등이 나타난다. (아) OOO에 대한 연도별 급여지급내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 연도별 급여지급내역 (자) OOO이 청구법인 부사장 OOO에게 2010.1.6. 보낸 퇴직금 지급요구 이메일을 보면, 퇴직 2개월이 지났는데 임원퇴직금규정에 의한 OOO의 퇴직금과 2009년도 하반기 상여에 대한 지급이 어떻게 진행되고 있는지 문의하였고, 회장님께 말씀드리고 1월중으로 지급되도록 해달라는 내용 등이 나타난다. (차) 퇴직소득 지급명세서, 임원퇴직금 계산내역, 퇴직금 계산서, 퇴직금 정산관련 이메일 등을 보면, OOO이 재직중 받은 퇴직금 중간정산(2회)에 대한 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> OOO의 퇴직금 정산내역
(2) 처분청이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) 폐기손실 결의전표(2011.12.31.)를 보면, 계정명은 재고자산 폐기손실 OOO, 적요란은 OOO법인 보상으로 기재되어 있다. (나) 임원퇴직금 관련 확인서(2013년 6월)를 보면, 청구법인은 2008년 연봉제 임원 퇴직금을 중간정산하여 지급하면서 OOO의 퇴직금 산정의 기초가 되는 귀향여비를 실제 지급한 급여대장상의 금액 OOO원으로 과다하게 책정하였고, 그에 따라 월평균 임금액이 OOO원이 과다하게 산정됨으로써 아래 <표7>과 같이 퇴직금 OOO원을 청구법인의 지급규정보다 초과하여 지급한 사실이 있음을 확인한다는 내용 등이 나타난다. <표7> 퇴직금 초과지급내역 (다) 임원퇴직금 중간정산 지급품의서(2008.3.25.)를 보면, 청구법인 연봉체결에 따른 퇴직금 중간정산 희망자에 대하여 지급기준일을 2008.2.29.로 하여 퇴직금을 지급하려는 내용 등이 나타난다. (라) 기타 폐기진행 품의서, OOO법인과 채권채무상계 합의서, 임원퇴직금 지급규정, 퇴직금 계산서, 2008년 급여대장 전산출력물, 2008.3.28. 퇴직금 지급전표, 1998년, 2008년 청구법인 주식변동내역 등이 제시되었다.
(3) 청구법인의 손익계산서를 보면, OOO이 대표이사로 취임(1997년 8월)한 이후 퇴임(2009년 11월)시 까지 매출액 및 당기순이익 증감내역은 아래 <표8>과 같다. <표8> 연도별 매출액 및 당기순이익 증감내역
(4) 이의신청결정서 및 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 등을 보면, 조사청은 2009사업연도 법인세 경정시 OOO로 하여 과소신고 소득금액 OOO원에 대하여 과소신고가산세 OOO원을, OOO로 계산하여 초과환급신고가산세 OOO원을 과세한 것으로 나타나는바, 산출세액은 OOO원, 중간예납세액 및 원천납부세액은 OOO원의 환급세액이 발생한 것으로 나타난다.
(5) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 재고자산의 폐기손실은 폐기처리가 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이 권리의무 확정주의에 부합하는 등 쟁점재고자산폐기손실을 실제 폐기한 사업연도의 손금으로 산입하여야 한다는 의견이다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제42조 제3항 제1호 및 법인세법 시행령 제78조 제3항 제1호 에서 재고자산으로서 파손․부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것의 경우에는 당해 자산의 장부가액을 감액사유가 발생한 사업연도에 사업연도 종료일 현재 처분가능한 시가로 평가하여 장부가액을 감액할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인의 품의서 등에 의하면 2011사업연도 당시 OOO법인이 보유한 재고자산에 파손․부패 등의 사유로 인하여 청구법인과 OOO법인 간 불용재고 현지폐기 및 채권채무상계를 합의한 것으로 나타나는 점, 재고자산폐기에 대한 의사결정이 있었고, 이에 대한 회계처리를 한 경우 실제 폐기처분이 지연되었다 하더라도 회계처리한 날이 손금귀속시기로 보이는바, 청구법인과 OOO법인간 거래계약서(2007.1.1.), 폐기공문(제품폐기 진행 확인의 건, 2012.3.20.) 및 재고자산 폐기진행 현황 등에 의하면, 청구법인이 재고자산을 운송하여 폐기하는 것보다 OOO법인이 자체폐기하는 것이 물류비 및 기간단축에 유리하여 현지에서 폐기하는 과정에서 유럽지역 각국의 사정 등에 의하여 폐기처분이 지연된 것으로 보이는 점 등에 비추어 2011사업연도에 재고자산의 장부가액을 감액할 사유가 발생한 것으로 보이므로 처분청의 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO이 연봉제를 적용받지 아니하여 임원퇴직금 지급규정에 따라 쟁점상여금을 지급한 것으로서 처분청의 과세처분은 부당하다고 주장한다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법 시행령 제44조 는 정관 및 정관에서 위임된 퇴직급여 지급규정이 따로 있는 경우에는 당해 규정에 의한 퇴직급여는 손금에 산입토록 규정하고 있으므로 법인이 주주총회 등의 결의에 의하여 결정된 퇴직급여 지급기준에 따라 그 지급기준의 한도를 초과하지 않는 범위 내에서 퇴직급여를 지급한 경우, 이는 원칙적으로 손금에 산입함이 타당한 측면이 있으나, 이때 그 기준이 되는 퇴직급여 지급규정은 누구라도 적용할 수 있어야 하고, 누가 적용하더라도 같은 결론이 도출될 수 있어야 하는 일반성과 구체성을 지녀야 할 것(조심 2009구3691, 2010.12.27., 같은 뜻임)인바, 청구법인은 2008년 연봉제 임원 퇴직금을 중간정산하여 지급하면서 OOO의 퇴직금 산정의 기초가 되는 귀향여비를 실제 지급한 급여대장상의 금액 OOO원이 아닌 OOO원으로 과다하게 책정하여 퇴직금 OOO원을 청구법인의 지급규정보다 초과하여 지급하였다고 확인한 점, OOO만 연봉제가 아닌 월급제에 의하여 월급을 수령하고 있다는 계약서 등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있어, 다른 임원들에게는 급여대장상의 귀향여비(정기상여)만을 적용하고 대표이사인 OOO에게만 특별상여금을 추가하여 퇴직금을 지급한 것은 불특정 다수의 임원퇴직자에게 일률적으로 적용되는 기준에 의하여 퇴직금을 지급한 것으로 보기 어려운 점, OOO은 입사 당시 청구법인의 지분 OOO%를 보유한 최대주주였고, 퇴직금 지급연도인 2008년도에는 지분 OOO%를 보유하는 등 OOO, OOO에 이어 세 번째로 주식이 많은 대표이사 겸 대주주로서 퇴직금 과다지급을 결정할 수 있는 지위에 있었던 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(7) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전 국세기본법에 따르면, 청구법인은 확정신고시 환급신고를 하였고, 세무조사에 따라 적출소득이 발생하여 납부할 세액이 있는 경우에 해당하므로 과소신고가산세 및 초과환급가산세를 적용한 처분은 적법하다는 의견이다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 산출세액에서 공제감면세액을 차감한 세액이 기납부세액(중간예납세액+원천납부세액)에 미달하여 환급세액이 발생한 것으로서, 당초 환급신고를 하였으나 경정으로 인하여 과세표준이 증가하여 과소신고한 과세표준 상당액에 대하여 쟁점과소신고가산세를 부과하면서 초과환급신고한 세액에 대하여 쟁점초과환급신고가산세를 부과하는 경우 동일한 각 사업연도소득에 대하여 실질적으로 가산세를 중복과세하는 결과가 되는 것으로 보이는 점, 청구법인과 같이 중간예납세액이 산출세액을 초과하여 환급세액으로 신고한 경우에도 초과환급신고가산세를 적용하는 경우 중간예납세액 등이 산출세액에 미달하여 납부할 세액이 있는 경우에 비하여 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점초과환급신고가산세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다
결정 내용은 붙임과 같습니다.