분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 것으로 봄이 타당함

OOO세무서장이 2013.7.10. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2003.2.20. 개업하여 인천광역시 OOO에 본점을 두고 부동산 임대·개발업을 영위하는 법인으로, 2003.11.26. 본점 소재지의 토지 20,969.25㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하는 매매계약을 체결하였으나, 소유권을 이전받지 못하자 2005.10.18. 소송을 제기하여 2008.2.28. 대법원으로부터 승소판결을 받고, 2008.4.16. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기(등기원인일 2003.11.26.)를 하였다.
• 나. 청구법인은 2008.12.18. 부동산 임대·매매업 부문을 물적분할(등기)하여 OOO 주식회사(이하 “분할신설법인”이라 한다)를 설립하면서 2008.12.29. 쟁점토지를 분할신설법인에게 승계하였고, 물적분할로 인하여 발생한 자산양도차익 OOO원을 분할등기일이 속한 2008사업연도에 손금산입하여 2009.3.31. 법인세를 신고하였다.
• 다. OOO은 청구법인의 이 건 자산양도차익에 대한 손금산입 적정성 여부를 검토한 결과, 청구법인이 소송진행중이었던 2006년부터 계속하여 2011년까지 매출이 없는 것으로 신고한 것에 대해, 청구법인이 분할등기일(2008.12.18.) 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위하지 아니한 것으로 보아 이 건 물적분할이 법인세법상 과세특례요건을 충족하지 못한 것으로 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인이 손금산입한 자산양도차익 OOO원을 손금불산입하여 2013.7.10. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.7. 이의신청을 거쳐 2014.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 2006년부터 분할등기일이 속한 2008년까지의 기간 동안 매출 실적이 없었고, 소송을 통해 부동산 임대료 상당액을 손해배상금으로 수령한 것은 실지 임대용역 제공으로 인해 수취한 임대료는 아니므로 사실상 소송기간 동안 청구법인이 휴업상태였다고 보았는바, 위 기간은 청구법인이 쟁점토지의 소유권 확보와 손해(부동산 임대료 수익 상당액)배상을 위해 소송을 진행하였던 기간으로, 소송이 장기간 지속되면서 불가피하게 매출이 발생하지는 않았으나, 청구법인은 소송기간 동안의 임대료 수익에 상응하는 손해배상금 OOO원을 수령하여 이를 2008사업연도 법인세 신고시 반영하였으며, 쟁점토지의 소유권 확보 관련 소송비용은 물론 인건비 등을 지급하면서 이에 대해서도 신고하였으므로 청구법인은 사업실적이 있는 계속기업에 해당하며, 청구법인이 제기한 소송은 사업목적상 해당 부동산의 권리확보를 위한 가장 중요하고 본질적인 활동이었으므로, 이에 소요된 기간은 사업의 준비기간 성격으로 사업을 영위하는 기간에 포함시켜야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제46조 제1항 제1호에서 규정하는 “분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인”이라 함은 분할등기일로부터 소급하여 5년 동안 사실상 휴업이나 폐업 등 사업을 중단하지 아니하고 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것으로, 청구법인이 목적사업에 사용될 쟁점토지에 대한 소유권을 이전받지 못해 전소유자에게 쟁점토지 소유권 확보 및 손해배상 청구 등의 소송을 제기하여 쟁점토지의 소유권을 확보하고 임대료 수익에 상응하는 손해배상액을 수령하였는바, 해당 손해배상액은 소유권이전 및 명도 불이행의 행위에 따른 손해에 대한 배상액으로서 손해배상의 대상이 된 관련기간 동안에는 쟁점토지에 대한 임대용역이 제공되지 아니한 것이어서 실질적인 휴업상태로 보아야 할 것이므로, 청구법인의 경우 법인세법상 과세특례요건에서 계속사업 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 “분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인”에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 등 (1) 법인세법 제46조【분할평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할(물적분할을 제외한다)의 경우로서 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것

2. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제1항 제2호의 비율이상)이 주식이고 그 주식이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것

3. 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 제47조【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조 제1항 각 호의 요건(동항 제2호의 경우 전액이 주식이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. (2) 법인세법 시행규칙 제1조 【수익사업의 범위】 ｢법인세법 시행령｣(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전 기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다. (3) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것) 제3조【개업일의 기준】 ｢부가가치세법｣ (이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항에 규정하는 사업개시일은 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 해당 사업이 법령의 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세전환일로 한다.

1. 제조업에 있어서는 제조장별로 재화의 제조를 개시하는 날

2. 광업에 있어서는 사업장별로 광물의 채취·채광을 개시하는 날

3. 기타의 사업에 있어서는 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합시스템(TIS) 및 심리자료에 의하면, 분할법인인 청구법인은 2003.2.20. 개업하여 인천광역시 OOO에 본점을 두고 부동산 임대·매매업 등을 영위하던 법인으로, 2003.11.26. 쟁점토지의 매매계약을 체결하였으나 소유권을 이전받지 못하자 2005.5.19. 쟁점토지 잔금을 공탁하고 2005.10.18. 소송을 제기하여, 2008.2.28. 대법원으로부터 승소판결을 받고 2008.4.16. 쟁점토지에 대한 소유권 이전 등기(등기원인일 2003.11.26.)를 한 사실이 나타난다.

(2) 처분청의 물적분할 사후관리 요건 검토서 및 쟁점토지 등기부등본 등에 따르면, 청구법인은 2008.12.18. 부동산 임대·매매업 부문을 물적분할(등기)하여 분할신설법인인 OOO 주식회사를 설립하면서 2008.12.29. 쟁점토지를 분할신설법인에 승계하였고, 청구법인은 지주회사 형태로 존속하게 되었으며, 청구법인은 물적분할로 인하여 발생한 자산양도차익을 아래와 같이 분할등기일이 속한 2008사업연도의 손금(압축기장충당금 설정)으로 산입하여 법인세를 신고한 것으로 나타난다. <자산 양도차익 계산내역> (단위: 백만원)

(3) 청구법인과 전소유자(강OOO, 강OOO)간 부당이득반환청구소송 판결(2010.12.10. 선고, 서울고법 2009나210400 판결)을 보면, 전소유자는 청구법인에게 손해배상금은 OOO원을 지급하되, 이중 임료(차임)상당액은 아래와 같이 OOO원(지연손해금은 제외)으로 계상하여 지급하라고 판결하였는바, 청구법인은 이를 수령하여 2008사업연도 법인세에 익금산입하여 신고하였다. <임료(차임)상당액 계산내역> OOO

(4) 한편, 전소유자 강OOO은 쟁점토지의 양도시기와 관련하여 심판청구를 제기하여 소유권이전등기가 마쳐진 시점(2008.4.16.)이라고 주장하였으나, 우리원은 쟁점토지의 잔금을 공탁한 2005.5.19.이 쟁점토지의 양도시기라고 결정(조심 2011중2764, 2012.12.7.)한 것으로 나타난다.

(5) 처분청의 심리자료에 의하면, 전소유자는 쟁점토지 임대를 위해 개인사업자등록(2006.7.2.) 후 2011년 제1기까지 임차인들로부터 임대료를 수취하여 이에 대해 부가가치세를 신고하였고, 청구법인은 쟁점토지에 대해 2003.11.26. 매매계약을 하고 2005.5.19. 잔금을 공탁하였으나 소유권을 이전받지 못한 상태에서 일부 임차인으로부터 수령한 임대소득에 대해 아래와 같이 2003년부터 2005년까지는 부가가치세 및 법인세의 수입금액을 신고하였으나, 소송을 제기한 2005년 10월부터는 임대료를 수취하지 아니하여 2006년 제1기 이후 5년 이상 매출실적이 없으며, 매입에 대해서는 쟁점토지 소유권 확보 관련 소송비용 등을 신고한 것으로 나타난다. <법인세 신고내역> (단위: 천원) <부가가치세 신고내역> (단위: 천원)

(6) 청구법인은 2003년～2005년까지 쟁점토지를 OOO 외 9명에게 임대하고, 2003년 OOO원, 2004년 OOO원, 2005년 OOO원(2003년과 2004년은 신고수입금액을 경정한 것으로 추정)의 임대 수입금액이 발생한 사실이 임대차계약서, 부가가치세과세표준증명원 등에 나타난다.

(7) OOO은 이 건 청구법인의 자산 양도차익에 대한 손금 산입 적정성 여부를 검토하면서 국세청장에게 과세기준자문을 신청하였고, OOO은 ‘내국법인이 부동산 매매계약을 체결하고 잔금의 지급을 완료하였으나, 해당 부동산에 대해 소유권 이전 및 명도를 받지 못하여 본래의 목적에 사용하지 못함에 따라 양도인에게 소유권이전등기 및 손해배상청구 소송을 통해 소유권이전등기 경료 및 임대료 상당액을 손해배상액으로 수령한 경우, 해당 손해배상액은 소유권이전 및 명도 불이행의 위법행위에 따른 손해에 대한 배상액으로서 손해배상액의 대상기간 동안에는 임대차계약에 의한 임대용역의 제공이 되지 아니한 것이어서 실질적으로 휴업상태에 있어 법인세법 제46조 제1항 제1호 의 요건을 충족하는 것으로 볼 수 없는 것’이라고 회신하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부동산 임대 및 개발업을 영위하는 내국법인이 물적분할함에 있어 법인세법 제46조 제1항 제1호 에 규정된 “분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인”에 해당하는지 여부는 분할등기일부터 소급하여 5년 동안 사실상 휴업이나 폐업 등 사업을 중단하지 아니하고 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것인바, 쟁점토지의 전 소유자가 제기한 심판청구에 대해 우리원이 청구법인이 2005.5.19. 쟁점토지를 취득한 것으로 결정한 후, 청구법인이 제기한 부당이득금반환청구소송에서 전 소유자는 청구법인에게 OOO원의 임료상당액을 지급하라고 판시(서울고법 2009나210400, 2010.12.10.)함에 따라 청구법인은 이를 수령하여 익금산입하여 법인세를 신고한 점, 청구법인이 소송기간중에도 휴업신고 등을 한 사실이 없고 부가가치세 및 법인세 신고를 한 점, 소송진행기간은 일련의 사업용 부동산 매입과정으로 사업준비기간으로 볼 수 있는 점, 물적분할로 인한 자산양도차익상당액을 손금산입하는 것은 기업의 구조조정과정에서 사업의 동일성이 유지되는 적격 물적분할의 경우 분할시점에서 자산의 승계에 따른 양도차익을 과세하지 않겠다는 취지인 점 등에 비추어 청구법인이 소송진행기간에 휴업상태였다기보다는 실질적인 사업준비기간 등으로 사업을 영위한 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.