공익사업을 위해 토지가 수용되어 당초 대토보상을 받기로 하였던 양도가액을 현금으로 보상받은 경우,「조특법」제77조의 감면 적용 가능함

OOO이 2013.11.21. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세(농어촌특별세 포함)의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2010.3.17. OOO 외 2필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 합계 OOO원에 OOO에 양도(수용)하고, 그 양도가액 중 현금으로 OOO원을 수령하였으며, 나 머지 OOO원은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제63조 제1항 단서에 따라 OOO가 조성한 토지(이하 “대토”라 한다)로 보상받기로 한 후조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의2에 따른 양도소득세 과세이연을 신청하였다.
• 나. 청구인은 대토보상받기로 한 양도가액 상당액을 현금으로 지급받게 되자 2013.8.31. 관련 양도소득세를 신고․납부하였다가, 2013.10.15. 조특법 제77조에 따른 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세(농어촌특별세 포함) OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2013.11.21. 대토보상을 현금보상으로 전환하는 경우는 위 조특법 조항이 적용되지 않는다는 이유로 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.2.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 토지가 공익사업용으로 수용되는 경우 조특법 제77조에 따라 20%～40%의 양도소득세 감면을 받을 수 있으며, 대토보상조건으로 수용되는 경우에는 과세이연을 받을 수 있는바, 처분청은 대토보상을 이유로 과세이연되었다가 현금보상으로 전환된 경우에는 조특법 제77조의 적용을 배제하고 양도소득세를 전액납부하여야 할 것으로 보아 경정청구를 거부하였으나 대토보상이 취소되어 현금보상으로 전환되는 경우에는 실질적으로 현금보상과 동일하므로 조특법 제77조에 따라 20% 상당의 양도소득세를 감면하는 것이 적법하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙제15조의3에 따라 현금보상으로 전환한 때에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에소득세법제104조에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말함)을 현금을 받은 달의 말일부터 2개월 이내에 납부하여야 하는 것이며, 이 경우 조특법 제77조의 감면규정은 적용되지 아니하는 것이다.

• 가. 쟁점 공익사업을 위해 양도하고 당초 조특법 제77조의2에 의한 대토보상받기로 하였던 양도가액 상당액을 현금으로 지급받은 경우, 같은 법 제77조에 의한 감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제77조 [공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되,보금자리주택 건설 등에 관한 특별법등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 제77조의2 [대토보상에 대한 양도소득세 과세특례]

① 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우 (2) 조세특례제한법 시행령 제73조 [대토보상에 대한 양도소득세 과세특례]

① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 "대토"라 한다)로 보상받은 경우에는 해당 토지등을 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 산식에 따라 계산한 금액(이하 "과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다. 해당 토지 등의 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상상당액 총보상액 (3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 (현금보상 등)

① 손실보상은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 현금으로 지급하여야 한다. 다만, 토지소유자가 원하는 경우로서 사업시행자가 해당 공익사업의 합리적인 토지이용계획과 사업 계획 등을 고려하여 토지로 보상이 가능한 경우에는 토지소유자가 받을 보상금 중 본문에 따른 현금 또는 제6항 및 제7항에 따른 채권으로 보상받는 금액을 제외한 부분에 대하여 다음 각 호에서 정하는 기준과 절차에 따라 그 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상할 수 있다.

1. 토지로 보상받을 수 있는 자: 건축법 제49조 제1항 에 따른 대지의 분할제한 면적 이상의 토지를 사업시행자에게 양도한 자가 된다. 이 경우 대상자가 경합(競合)하는 때에는 제6항 제2호에 따른 부재부동산소유자가 아닌 자로서 제6항에 따라 채권으로 보상을 받는 자에게 우선하여 토지로 보상하며, 그 밖의 우선순위 및 대상자 결정방법 등에 관하여는 사업시행자가 정하여 공고한다.

2. 보상하는 토지가격의 산정 기준금액: 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 일반 분양가격으로 한다.

3. 보상기준 등의 공고: 제15조에 따라 보상계획을 공고하는 때에 토지로 보상하는 기준을 포함하여 공고하거나 토지로 보상하는 기준을 따로 일간신문에 공고할 것이라는 내용을 포함하여 공고한다.

⑤ 사업시행자는 토지소유자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 토지로 보상받기로 한 보상금에 대하여 현금보상을 요청한 경우에는 이를 현금으로 보상하여야 한다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제8항에 따른 이자율로 한다.

1. 국세 및 지방세의 체납처분 또는 강제집행을 받는 경우

2. 세대원 전원이 해외로 이주하거나 2년 이상 해외에 체류하려는 경우

3. 그 밖에 제1호·제2호와 유사한 경우로서 국토해양부령으로 정하는 경우 (4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제15조의3 (토지소유자의 현금보상으로의 전환) 법 제63조 제5항 제3호에서 "국토해양부령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 토지소유자의 채무변제를 위하여 현금보상이 부득이한 경우

2. 그 밖에 부상이나 질병의 치료 등을 위하여 현금보상이 부득이하다고 명백히 인정되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지 등기부등본, 청구인의 경정청구서 및 처분청의 경정청구 거부통지 공문 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 인정된다. (가) 쟁점토지는 OOO 부지에 포함된 토지로서, 청구인은 이를 2010.3.17. 동 사업의 시행자인 OOO에 합계 OOO원에 양도(수용)하였다. <표> 쟁점토지 내역 (나) 청구인은 양도대금 중 OOO원에 대하여 대토보상을 신청 하면서 2010.5.31. 조특법 제77조의2의 규정에 의한 양도소득세 과세이연을 신청하였다. (다) OOO는 2013.6.19. 청구인에게 대토해 줄 토지가 없다는 이유로 대토보상을 철회하고 현금보상으로 전환하여 지급하였고, 청구인은 이에 대하여 2013.8.31. 양도소득세를 처분청에 신고․납부(납부할 세액: OOO원)하였다가, 2013.10.15. 양도소득세 신고․납부시 추가 현금보상액에 대하여 조특법 제77조에서 규정하는 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 아니하였다는 이유로 기 납부한 양도 소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. (라) 처분청은 2013.11.21. 대토보상을 현금보상으로 전환할 때에는 조특법 제77조에 의한 양도세 감면규정이 적용되지 않는다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부OOO하였다.

(2) 이상의 사실관계와 관련 법령을 종합하여 살피건대, 공익사업용 토지를 공익사업 시행자에게 양도함에 따라 발생하는 양도소득과 관련하여 조특법 제77조 제1항은 양도소득세의 감면을, 같은 법 제77조의2 제1항은 이 중 대토보상을 받은 부분과 관련하여 양도소득세 과세이연을 각각 규정하고 있어 공익사업을 위한 토지의 양도라는 동일한 과세대상에 대하여 그 양도대금의 지급방법에 따라 감면 등을 달리 적용하고 있는데, 청구인은 당초 대토보상을 받기로 하였으나, 사업시행자측의 사정에 따라 이를 받지 못하게 됨에 따라 금전보상을 받게 되었고, 그에 따라서 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하게 된 것인바, 이미 조특법 제77조의2에 따른 과세이연의 효과는 사라지고, 사실상 현금보상만을 받은 것과 동일하게 되었으므로, 조특법 제77조에 의한 양도소득세 감면을 적용하지 아니할 이유가 없다고 할 것이다. 따라서, 처분청에서 청구인이 당초 조특법 제77조의2에 의한 대토보상을 신청하였다는 이유로, 나중에 현금보상으로 전환한 양도가액 상당액에 대하여 조특법 제77조에 의한 양도소득세 감면을 부인한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.