합병등기일 현재 교환사채로 존재하였던 외국법인의 지분을 외국인투자에 대한 감면적용대상으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] [이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)은 OOO가 2005.12.27. OOO의 유상증자분 OOO를 취득함에 따라외국인투자촉진법(이하 “외투법”이라 한다) 제2조 제1항 제6호에서 규정하고 있는 외국인투자기업에 해당하는 것으로 하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 제6항에 의거, 기획재정부장관에게 감면신청을 하여 조세감면결정을 통보받았다.
• 나. 청구법인은 OOO와의 합병 과정에서 OOO의 외국인투자비율을 감소시킬 목적으로 2009.5.27. OOO에게 교환사채를 발행하면서 동시에 OOO가 보유한 OOO의 주식 OOO를 취득하였다.
• 다. 청구법인은 2009.6.2. OOO를 흡수합병하였고, 2013.3.29. OOO의 OOO에 대한 투자비율(외국인투자비율)을 교환사채 발행전 비율인 8.47%로 하여 2009사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 청구법인이 산정한 외국인투자비율 8.47% 중 합병등기일 현재 교환사채의 형태로 존재하였던 5.08%의 경우 조특법 제121조의2에서 규정하고 있는 외국인투자에 대한 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 나머지 3.39% 부분을 환급결정하여 2013.6.5. 청구법인에게 OOO(환급가산금 포함)을 환급하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.15. 이의신청을 거쳐 2014.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조특법 제121조의2 제2항에 의하면 감면기간 중에 있는 외국인투자기업이 내국법인과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용하여 감면세액을 산정하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인이 OOO와의 교환사채 거래에서 발생한 자기주식 처분손실 OOO을 손익거래로 보아 손금산입한 것에 대하여 처분청은 자본거래에 해당한다고 하여 손금부인하고 법인세 등을 과세하였는바, 이는 교환사채 발행 및 교환권 행사를 통한 자기주식 교부를 “합병대가의 지급”이라는 연속된 하나의 자본거래로 본 것이어서 당초 처분청의 과세논리에 따르면 OOO의 투자비율이 감소한 것은 합병대가의 지급과 관련한 자본감소에 해당하므로 OOO의 합병전 외국인투자비율은 교환사채 발행전 투자비율인 8.47%로 보는 것이 타당하다. 또한, OOO의 입장에서 본다면 국내의 투자금액을 회수한 것이 아니라 투자관계를 계속 유지하고 있고 청구법인과 OOO 간의 합병과정에서 외국인지분한도를 유지하면서 원활한 합병을 위하여 부득이하게 외국인투자비율이 일시 변동된 것에 불과하므로 “합병 전”을 기계적으로 적용하여 합병등기일을 기준으로 OOO의 투자 비율을 산정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 외국인투자에 대한 조세감면은 투자(지분)에 대한 감면으로 합병등기일 현재 교환사채로 존재했던 부분까지 투자 지분(주식)으로 의제하여 감면세액을 계산할 수 없는 점, 조특법 제121조의2 제6항에 의하면 외국인투자감면을 적용받고자 하는 자는 반드시 기획재정부장관으로부터 감면승인을 받도록 규정하고 있음에도 청구법인은 교환사채에서 다시 주식으로 전환된 주식에 대하여 주식전환시점에 이러한 승인절차를 거치지 아니한 점 등을 볼 때 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 합병등기일 현재 교환사채로 존재하였던 외국법인의 지분을 외국인투자에 대한 감면적용대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.10.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 [외국인투자에 대한 법인세 등의 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

⑦ 외국인(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제1호에 따른 "외국인"을 말한다), 외국투자가 또는 외국인투자기업은 외국인투자촉진법 제5조 제1항에 따른 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.

⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에 따른 취득세·등록세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

⑨ 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제8호 사목 또는 같은 법 제6조에 따른 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조의2 [조세감면의 기준등] ⑭ 법 제121조의2 제2항 전단에서"대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율"이라 함은 외국인투자촉진법 제5조 제1항의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다.(단서 생략)

(3) 외국인투자촉진법(2013.3.23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제2조 [정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "외국인투자"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

• 가. 외국인이 이 법에 따라 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업의 경영활동에 참여하는 등 그 법인 또는 기업과 지속적인 경제관계를 수립할 목적으로대통령령으로 정하는 바에 따라 그 법인이나 기업의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 소유하는 것

5. "외국투자가"란 이 법에 따라 주식등을 소유하고 있거나 출연을 한 외국인을 말한다. 6."외국인투자기업이나 출연을 한 비영리법인"이란 외국투자가가 출자한 기업이나 출연을 한 비영리법인을 말한다.

8. "출자목적물(出資目的物)"이란 이 법에 따라 외국투자가가 주식등을 소유하기 위하여 출자하는 것으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

• 사. 대통령령으로 정하는 주식 제5조 [신주 등의 취득에 의한 외국인투자] ① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액,외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다) 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 제6조 [기존주식등의 취득에 의한 외국인투자] ① 외국인(대통령령으로 정하는 특수 관계인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)은 대한민국국민 또는 대한민국법인이 경영하는 기업이 이미 발행한 주식 또는 지분(이하 "기존주식등"이라 한다)의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(같은 법 제152조 제3항에 따른 공공적 법인 및 개별법상 주식취득이 제한되는 기업은 제외한다)이 발행한 기존주식등을 취득하는 경우에는 취득 후 30일 이내에 신고 또는 변경신고를 할 수 있다.

(4) 외국인투자촉진법 시행령(2010.10.6. 대통령령 제22426호로 개정되기 전의 것) 제2조 [외국인투자 등의 정의] ② 법 제2조 제1항 제4호 가목에 따른 외국인투자는투자금액[주식이나 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하는 경우에는 그 취득금액을 말하며, 2명 이상의 외국인이 함께 투자하는 경우에는 1명당 투자금액을 말한다]이 5천만원 이상으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 법 제21조 제1항 및 제2항에 따라 외국인투자기업으로 등록한 후 주식등의 일부 양도나 감자(減資) 등으로 본문의 요건을 충족하지 아니하게 되는 경우에도 이를 외국인투자로 본다.

1. 외국인이 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다. 이하 같다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 발행한의결권 있는 주식총수나 출자총액의 100분의 10 이상을 소유하는 것

2. 외국인이 대한민국법인 또는 대한민국국민이 경영하는 기업의 주식이나 지분을 소유하면서 그 법인이나 기업과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결하는 것

• 가. 임원(이사, 대표이사, 업무집행을 하는 무한책임사원, 감사나 이에 준하는 자로서 경영상 중요의사결정에 참여할 수 있는 권한을 가진 자를 말한다. 이하 같다)을 파견하거나 선임할 수 있는 계약
• 나. 1년 이상의 기간 동안 원자재나 제품을 납품하거나 구매하는 계약
• 다. 기술의 제공ㆍ도입 또는 공동연구개발계약

⑨ 법 제2조 제1항 제8호 사목에서 "대통령령으로 정하는 주식"이란 다음 각 호에 해당하는 주식을 말한다.

1. 외국의 증권시장에 상장된 외국법인의 주식

2. 법이나 외국환거래법에 따라 외국인이 소유하고 있는 주식

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료 등에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가)OOO는 2005.12.26. 및 2005.12.27. OOO의 주식 OOO(지분율: 10.03%, 투자비율: 8.47%)를 취득하였고, OOO는 2006.11.13. 조특법 제121조의2 제6항에 따라 재정경제부장관에게 외국인투자기업에 대한 감면신청을 하였고, 재정경제부장관은 2006.12.12. 감면결정을 통보하였다. (나) 청구법인은 2009.1.20. 이사회 회의를 개최하여 아래 내용의 교환사채 발행안을 결의하였다. (다)청구법인은 2009.1.20. OOO와 교환사채 발행계약을 체결하고 2009.5.27. OOO에게 교환사채를 발행하면서 동시에 OOO가 보유한 OOO의 주식 OOO를 취득하였는데, 이와 같은 교환사채 발행 및 OOO 주식 취득 결과, OOO의 투자비율은 8.47%에서 3.39%로 감소하였다. (라) 청구법인은 2009.6.2. OOO를 흡수합병하면서 OOO에게 청구법인의 주식 OOO를 교부하였고, OOO는 2009.12.14. 위 교환사채에 따른 교환권을 행사하여 청구법인의 주식 OOO를 취득하였다. (마) OOO의 OOO에 대한 보유주식 및 외국인투자비율 변동내역은 아래 <표>와 같다. <표> OOO의 보유주식 및 외국인투자비율 변동내역 (바)한편, 청구법인은 위와 같이 교환사채를 발행하여 OOO로부터 보유주식을 취득하였다가 OOO의 교환권 행사로 자기주식을 교부하면서 주식 취득가액보다 낮은 가액으로 주식을 교부함에 따라 발생한 손실 OOO을 2009사업연도 법인세 신고시 손금산입하였으나, 처분청은 교환사채 교환으로 인한 자기주식처분손실은 자본거래에 해당하여 손금산입 대상이 아니라고 보아 2012.11.6. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 외투법 제2조 제1항 제6호 및 외투법 시행령 제2조 제2항 제1호에 의하면, 조특법 제121조의2 제2항의 조세감면을 적용받는 “외국인투자기업”이라 함은 외국인이 “의결권 있는 주식총수나 출자총액의 100분의 10 이상을 소유한 대한민국법인”으로 규정하고 있고, 조특법 제121조의2 제2항에 의하면 외국인투자에 대한 법인세 대상세액을 산정함에 있어 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용하는 것으로 규정하는 한편, 조특법 시행령 제116조의2 제14항, 외투법 제5조 제1항 및 제2조 제1항 제4호 가목에 의하면 위 “외국인투자비율”이라 함은 “외국인투자기업의 주식 또는 지분에 대한 외국인투자자가 소유 주식 또는 지분의 비율”을 의미하는 것으로 규정하고 있는바, 합병등기일 당시 OOO가 보유한 교환사채의 경우 주식교환권을 행사하기 전까지는 위 규정상 주식 또는 지분에 해당된다고 해석하기 어렵다 할 것이어서 동 교환사채를 주식 또는 지분으로 보아 외국인투자비율을 산정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)은 OOO가 2005.12.27. OOO의 유상증자분 OOO를 취득함에 따라외국인투자촉진법(이하 “외투법”이라 한다) 제2조 제1항 제6호에서 규정하고 있는 외국인투자기업에 해당하는 것으로 하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 제6항에 의거, 기획재정부장관에게 감면신청을 하여 조세감면결정을 통보받았다.
• 나. 청구법인은 OOO와의 합병 과정에서 OOO의 외국인투자비율을 감소시킬 목적으로 2009.5.27. OOO에게 교환사채를 발행하면서 동시에 OOO가 보유한 OOO의 주식 OOO를 취득하였다.
• 다. 청구법인은 2009.6.2. OOO를 흡수합병하였고, 2013.3.29. OOO의 OOO에 대한 투자비율(외국인투자비율)을 교환사채 발행전 비율인 8.47%로 하여 2009사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 청구법인이 산정한 외국인투자비율 8.47% 중 합병등기일 현재 교환사채의 형태로 존재하였던 5.08%의 경우 조특법 제121조의2에서 규정하고 있는 외국인투자에 대한 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 나머지 3.39% 부분을 환급결정하여 2013.6.5. 청구법인에게 OOO(환급가산금 포함)을 환급하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.15. 이의신청을 거쳐 2014.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조특법 제121조의2 제2항에 의하면 감면기간 중에 있는 외국인투자기업이 내국법인과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용하여 감면세액을 산정하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인이 OOO와의 교환사채 거래에서 발생한 자기주식 처분손실 OOO을 손익거래로 보아 손금산입한 것에 대하여 처분청은 자본거래에 해당한다고 하여 손금부인하고 법인세 등을 과세하였는바, 이는 교환사채 발행 및 교환권 행사를 통한 자기주식 교부를 “합병대가의 지급”이라는 연속된 하나의 자본거래로 본 것이어서 당초 처분청의 과세논리에 따르면 OOO의 투자비율이 감소한 것은 합병대가의 지급과 관련한 자본감소에 해당하므로 OOO의 합병전 외국인투자비율은 교환사채 발행전 투자비율인 8.47%로 보는 것이 타당하다. 또한, OOO의 입장에서 본다면 국내의 투자금액을 회수한 것이 아니라 투자관계를 계속 유지하고 있고 청구법인과 OOO 간의 합병과정에서 외국인지분한도를 유지하면서 원활한 합병을 위하여 부득이하게 외국인투자비율이 일시 변동된 것에 불과하므로 “합병 전”을 기계적으로 적용하여 합병등기일을 기준으로 OOO의 투자 비율을 산정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 외국인투자에 대한 조세감면은 투자(지분)에 대한 감면으로 합병등기일 현재 교환사채로 존재했던 부분까지 투자 지분(주식)으로 의제하여 감면세액을 계산할 수 없는 점, 조특법 제121조의2 제6항에 의하면 외국인투자감면을 적용받고자 하는 자는 반드시 기획재정부장관으로부터 감면승인을 받도록 규정하고 있음에도 청구법인은 교환사채에서 다시 주식으로 전환된 주식에 대하여 주식전환시점에 이러한 승인절차를 거치지 아니한 점 등을 볼 때 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 합병등기일 현재 교환사채로 존재하였던 외국법인의 지분을 외국인투자에 대한 감면적용대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.10.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 [외국인투자에 대한 법인세 등의 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

⑦ 외국인(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제1호에 따른 "외국인"을 말한다), 외국투자가 또는 외국인투자기업은 외국인투자촉진법 제5조 제1항에 따른 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.

⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에 따른 취득세·등록세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

⑨ 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제8호 사목 또는 같은 법 제6조에 따른 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조의2 [조세감면의 기준등] ⑭ 법 제121조의2 제2항 전단에서"대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율"이라 함은 외국인투자촉진법 제5조 제1항의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다.(단서 생략)

(3) 외국인투자촉진법(2013.3.23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제2조 [정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "외국인투자"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

• 가. 외국인이 이 법에 따라 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업의 경영활동에 참여하는 등 그 법인 또는 기업과 지속적인 경제관계를 수립할 목적으로대통령령으로 정하는 바에 따라 그 법인이나 기업의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 소유하는 것

5. "외국투자가"란 이 법에 따라 주식등을 소유하고 있거나 출연을 한 외국인을 말한다. 6."외국인투자기업이나 출연을 한 비영리법인"이란 외국투자가가 출자한 기업이나 출연을 한 비영리법인을 말한다.

8. "출자목적물(出資目的物)"이란 이 법에 따라 외국투자가가 주식등을 소유하기 위하여 출자하는 것으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

• 사. 대통령령으로 정하는 주식 제5조 [신주 등의 취득에 의한 외국인투자] ① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액,외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다) 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 제6조 [기존주식등의 취득에 의한 외국인투자] ① 외국인(대통령령으로 정하는 특수 관계인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)은 대한민국국민 또는 대한민국법인이 경영하는 기업이 이미 발행한 주식 또는 지분(이하 "기존주식등"이라 한다)의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(같은 법 제152조 제3항에 따른 공공적 법인 및 개별법상 주식취득이 제한되는 기업은 제외한다)이 발행한 기존주식등을 취득하는 경우에는 취득 후 30일 이내에 신고 또는 변경신고를 할 수 있다.

(4) 외국인투자촉진법 시행령(2010.10.6. 대통령령 제22426호로 개정되기 전의 것) 제2조 [외국인투자 등의 정의] ② 법 제2조 제1항 제4호 가목에 따른 외국인투자는투자금액[주식이나 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하는 경우에는 그 취득금액을 말하며, 2명 이상의 외국인이 함께 투자하는 경우에는 1명당 투자금액을 말한다]이 5천만원 이상으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 법 제21조 제1항 및 제2항에 따라 외국인투자기업으로 등록한 후 주식등의 일부 양도나 감자(減資) 등으로 본문의 요건을 충족하지 아니하게 되는 경우에도 이를 외국인투자로 본다.

1. 외국인이 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다. 이하 같다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 발행한의결권 있는 주식총수나 출자총액의 100분의 10 이상을 소유하는 것

2. 외국인이 대한민국법인 또는 대한민국국민이 경영하는 기업의 주식이나 지분을 소유하면서 그 법인이나 기업과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결하는 것

• 가. 임원(이사, 대표이사, 업무집행을 하는 무한책임사원, 감사나 이에 준하는 자로서 경영상 중요의사결정에 참여할 수 있는 권한을 가진 자를 말한다. 이하 같다)을 파견하거나 선임할 수 있는 계약
• 나. 1년 이상의 기간 동안 원자재나 제품을 납품하거나 구매하는 계약
• 다. 기술의 제공ㆍ도입 또는 공동연구개발계약

⑨ 법 제2조 제1항 제8호 사목에서 "대통령령으로 정하는 주식"이란 다음 각 호에 해당하는 주식을 말한다.

1. 외국의 증권시장에 상장된 외국법인의 주식

2. 법이나 외국환거래법에 따라 외국인이 소유하고 있는 주식

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료 등에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가)OOO는 2005.12.26. 및 2005.12.27. OOO의 주식 OOO(지분율: 10.03%, 투자비율: 8.47%)를 취득하였고, OOO는 2006.11.13. 조특법 제121조의2 제6항에 따라 재정경제부장관에게 외국인투자기업에 대한 감면신청을 하였고, 재정경제부장관은 2006.12.12. 감면결정을 통보하였다. (나) 청구법인은 2009.1.20. 이사회 회의를 개최하여 아래 내용의 교환사채 발행안을 결의하였다. (다)청구법인은 2009.1.20. OOO와 교환사채 발행계약을 체결하고 2009.5.27. OOO에게 교환사채를 발행하면서 동시에 OOO가 보유한 OOO의 주식 OOO를 취득하였는데, 이와 같은 교환사채 발행 및 OOO 주식 취득 결과, OOO의 투자비율은 8.47%에서 3.39%로 감소하였다. (라) 청구법인은 2009.6.2. OOO를 흡수합병하면서 OOO에게 청구법인의 주식 OOO를 교부하였고, OOO는 2009.12.14. 위 교환사채에 따른 교환권을 행사하여 청구법인의 주식 OOO를 취득하였다. (마) OOO의 OOO에 대한 보유주식 및 외국인투자비율 변동내역은 아래 <표>와 같다. <표> OOO의 보유주식 및 외국인투자비율 변동내역 (바)한편, 청구법인은 위와 같이 교환사채를 발행하여 OOO로부터 보유주식을 취득하였다가 OOO의 교환권 행사로 자기주식을 교부하면서 주식 취득가액보다 낮은 가액으로 주식을 교부함에 따라 발생한 손실 OOO을 2009사업연도 법인세 신고시 손금산입하였으나, 처분청은 교환사채 교환으로 인한 자기주식처분손실은 자본거래에 해당하여 손금산입 대상이 아니라고 보아 2012.11.6. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 외투법 제2조 제1항 제6호 및 외투법 시행령 제2조 제2항 제1호에 의하면, 조특법 제121조의2 제2항의 조세감면을 적용받는 “외국인투자기업”이라 함은 외국인이 “의결권 있는 주식총수나 출자총액의 100분의 10 이상을 소유한 대한민국법인”으로 규정하고 있고, 조특법 제121조의2 제2항에 의하면 외국인투자에 대한 법인세 대상세액을 산정함에 있어 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용하는 것으로 규정하는 한편, 조특법 시행령 제116조의2 제14항, 외투법 제5조 제1항 및 제2조 제1항 제4호 가목에 의하면 위 “외국인투자비율”이라 함은 “외국인투자기업의 주식 또는 지분에 대한 외국인투자자가 소유 주식 또는 지분의 비율”을 의미하는 것으로 규정하고 있는바, 합병등기일 당시 OOO가 보유한 교환사채의 경우 주식교환권을 행사하기 전까지는 위 규정상 주식 또는 지분에 해당된다고 해석하기 어렵다 할 것이어서 동 교환사채를 주식 또는 지분으로 보아 외국인투자비율을 산정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.