주택임대업으로 사업자등록을 하지 않은 자의 장기임대주택을 보유주택 수에서 제외하여 1세대1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 2001.11.27. 청구인 김OOO은 OOO아파트재건축조합의 공급계약에 의해 OOO(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)의 분양계약을 체결하여 OOO에 쟁점양도주택을 취득하고, 2004.6.5. 소유지분 2분의 1을 배우자인 청구인 신OOO에게 명의개서하였다.
• 나. 2012.3.29. 청구인들은 청구외 정OOO에게 쟁점양도주택을 OOO원에 양도하고 1세대 1주택 비과세 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 다. 처분청은 쟁점양도주택 양도당시 청구인 신OOO가 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)을 보유했으나 OOO에 임대사업자등록한 반면 세무서에는 사업자등록을 하지 않았음을 이유로, 쟁점임대주택은 1세대 1주택의 특례 적용을 받을 수 있는 장기임대주택에 해당되지 않는다고 보고, 쟁점양도주택 중 청구인 김OOO의 지분에 대해서만 신축주택 양도소득세 감면 특례를 적용하고 청구인 신OOO의 지분에 대해서는 그 적용을 부인하여, 2014.1.20. 청구인들에게 각각 양도소득세 OOO을 결정․통지하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2014.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들의 쟁점양도주택은 소득세법 시행령 제155조 제19항 에 의한 임대주택사업자의 거주용 자가주택으로서 1세대 1주택 특례규정에 해당하는 것이므로, 쟁점임대주택에 대해 소득세법 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니한 이유만으로 1세대 1주택 비과세 신고를 부인한 처분은 부당하다. 예비적 주장으로, 쟁점양도주택은 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례]가 적용되는 신축주택이므로, 2004.6.5. 김OOO로부터 쟁점양도주택의 지분 2분의1을 취득한 청구인 신OOO에게 위 특례규정의 적용을 부인한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령 제155조 제19항 에서 규정하는 장기임대주택은 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호의 규정에 의거 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 따른 임대사업자등록을 하여 임대하는 주택으로서, 양도당시 쟁점양도주택은 사업자등록요건 미비로 1세대 1주택 특례요건을 충족하지 않으므로, 청구인들에게 1세대 1주택 비과세신고를 부인하여 양도소득세를 과세한 당초처분은 타당하다. 예비적 주장과 관련하여, 쟁점양도주택은 OOO아파트재건축조합과의 공급계약에 의해 2001.11.27. 청구인 김OOO이 단독으로 분양계약을 체결한 후, 2004.6.5. 지분을 청구인 신OOO에게 명의개서하여 소유권을 공동취득한 것으로서 청구인 신OOO의 지분은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)에 취득한 주택에 해당되지 않으므로 청구인 신OOO에게 양도소득세 과세특례 적용을 배제한 당초처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 (1) 임대사업자등록은 했으나, 소득세법 제168조 의 사업자등록을 하지 않은 주택을 같은 법 시행령상의 장기임대주택으로 보아 보유주택 수에서 제외할 수 있는지 여부

(2) 신축주택을 취득한 배우자로부터 입주 후에 지분을 양도받은 경우, 양도받은 지분도 신축주택 과세특례 대상에 해당하는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 [비과세 양도소득]

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

(2) 동법 제168조 [사업자등록 및 고유번호의 부여]

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. (3) 임대 주택법 제6조 [임대사업자의 등록]

① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. (4) 소득세법 시행령 제154조 [1세대1주택의 범위]

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

(5) 동령 제155조 [1세대1주택의 특례]

⑲ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택 (이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 임대주택 법 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택 (양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택" 이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 임대 주택법 제6조 에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 장기임대주택을 임대 주택법 제6조 에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

(6) 동령 제167조의3 [1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위]

① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 따른 임대사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. (7) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토 지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취 득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취 득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 2001.11.27. 청구인 김OOO이 단독으로 OOO아파트재건축조합주택과 분양가 OOO(부가가치세 포함)에 쟁점양도주택의 공급계약을 체결하고, 잔금납부일 전인 2004.6.5. 권리의무승계를 통해 지분의 2분의 1을 배우자인 청구인 신OOO에게 명의개서한 뒤, 2005.9.9. 청구인들은 쟁점양도주택을 소유권 이전받았음이 분양계약서와 등기부 등본을 통해 확인된다. (나) 청구인들은 쟁점양도주택에 각각 2004.8.12.(청구인 김OOO), 2004.7.27.(청구인 신OOO)에 전입하여 양도시까지 계속하여 거주하였음이 주민등록등본을 통해 확인된다. (다) 청구인 신OOO는 쟁점양도주택의 양도일(2012.3.29.) 이전인 2012.2.28. 쟁점임대주택에 대해 OOO에 임대사업자 등록을 하였으나, OOO세무서에는 2012.10.17.자로 사업자 등록(부가가치세 면세사업자)하였음이 국세통합전산망(TIS)을 통해 확인된다. (라) 쟁점양도주택은 고가주택에 해당하지 않으며, 주택건설사업자인 OOO아파트재건축 조합과 김OOO의 매매계약 체결(2001.11.27.)은 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 내에 이루어졌음이 확인된다. (마) 청구인들은 양도소득세 신고 당시 1세대 1주택 비과세를 적용하였으나, 처분청은 양도일 당시 사업자등록 요건을 갖추지 못한 쟁점임대주택은 1세대 1주택 특례요건을 충족하지 못한 것으로 보아 1세대1주택 비과세를 부인하고, 과세전적부심사를 통하여 청구인 김OOO의 지분(2분의 1)에 대해서는 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 규정을 적용하여, 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하였다. (바) 처분청은 청구인 신OOO의 지분(2분의 1)에 대해서는 지분 취득일자가 2004.6.5. 이므 로, 조세특례제한법 제99조의3의 신축주택 취득기간내에 취득한 주택에 해당되지 않는다고 보아 과세특례 적용을 부인하였다. (사) 이에 따라, 처분청이 청구인들에게 최종적으로 부과한 양도소득세는 다음과 같다.

(2) 위 사실관계에 대한 청구인들의 주장은 다음과 같다. (가) 임대주택사업자의 거주용 자가주택 1세대 1주택의 특례규정은 서민층에 대한 임대주택 공급을 유도하고 주택임대사업자의 공급을 활성화하기 위한 취지인바, 청구인들이 양도일 현재 장기임대주택을 임대 주택법 제6조 에 따라 임대주택으로 등록 하여 임대하고 있음에도 불구하고 단지 사업자등록을 미비(양도 후 사업자등록함)하였다고 하여 1세대 1주택 비과세를 부인한 처분은 부당하다 (나) 예비적 주장으로서, 1세대 1주택 등의 해당 여부는 사회통념상 ‘하나의 주택’을 기준으로 ‘1세대’별로 판단하는 것으로서 1세대를 구성하는 세대원이 1개의 주택을 각자 지분으로 공유하고 있다고 하여 1세대가 다주택을 보유하고 있는 것으로 볼 수 없는 바, 청구인 신OOO의 지분 2분의 1은 청구인 김OOO의 보유지분과 함께 쟁점 양도 주택의 나머지 지분에 불과할 뿐 별도의 주택으로 볼 수 없으므로, 청구인 신OOO의 지분에 대해서도 조세특례제한법 제99조의3의 신축주택 양도소득 감면이 적용되어야 마땅하다.

(3) 살피건대, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 의 장기임대주택에 해당하기 위해서는 규정상 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자등록 및 소득세법제168조에 의한 사업자등록의 요건을 모두 만족하여야 하는 점, 명백히 특례규정이라 고 볼 수 있는 감면요건은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 같은 뜻임)조세특례제한법제99조의3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 ‘주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자’ 역시 법문에 충실하게 ‘개인’을 의미하는 것으로 해석하여야지 ‘세대원’을 의미하는 것으로 확장하여 해석할 수 없는 점(조심 2010중3106, 2010.11.18., 조심 2008중605, 2008.5.1. 등, 같은 뜻임)등에 비추어, 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.