조특법 제99조 3의 양도소득세 과세특례 대상인지 여부와 신축주택 취득후 5년 되는 날에 기준시가를 직전연도로 적용・과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재 토지 및 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 거주하다가 건물을 멸실하고, OOO 공동주택 17가구를 재건축하여 2008.1.31.∼ 2008.7.24. 기간동안 13가구(이하 “신축주택”이라 한다)를 양도하고 양도소득세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3과 같은 법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제40조 제1항에 의해 종전주택 취득일OOO부터 신축주택 취득 후 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상으로 신고하였다(감면소득액 OOO).
• 나. 처분청은 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택 취득일OOO부터 신축주택 취득일 전일(2002.4.22.)까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 신축주택 취득일부터 5년이 되는날까지의 양도소득금액OOO만을 감면대상으로 보아 OOO 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다(신축주택 취득일부터 5년이 되는 OOO 현재 2007년 기준시가가 고시되지 아니하여 2006년 현재 기준시기를 적용하였다).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조특법 시행령 제40조의 감면소득금액 산출산식은 [양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)]로 되어 있어 분모와 분자의 ‘취득당시 기준시가’가 같은 용어로 사용되어 있음에도 처분청은 감면소득 계산식을 불법으로 임의변경하여 분모의 취득당시 기준 시가는 종전주택 취득당시 기준시가로 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 기준시가로 달리 적용하였다. 국세기본법제18조 제1항은 세법을 해석·적용할 때에는 “과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’라고 규정하고 있고, 같은 법 제19조는 ‘세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다”라고 규정하고 있어 세법을 해석함에는 엄격히 하여야 함에도, 처분청은 법령에 규정된 계산식을 별도의 위임규정 없이 자의적으로 변경·적용함으로써 위법한 처분을 하였을 뿐만 아니라, 그 계산식으로 산출된 결과물 역시 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 등 부당한 과세처분을 하였다(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결 참조). 따라서, 이 건 부과처분은 처분청의 자의적 해석에 의한 위법한 과세이므로 당연히 취소되어야 한다. (2) 조특법 제99조의3에 따라 신축주택 취득 후 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어, 위 산식에서 말하는 기준시가는 소득세법제99조의 규정에 따라부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별주택가격 또는 공동주택가격으로 하는 것이며, 기준시가를 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 소득세법 시행령제164조의 규정에 따라 직전의 기준시가를 적용한다. 그러나, 위 규정은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용 하도록 한 예외적인 규정일 뿐이고, 조특법 제99조의3 신축주택 취득으로 인한 5년간의 양도소득금액 감면취지에 비추어 보면 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 당해연도 기준시가가 양도당시에는 확인이 가능함에도 당해연도 기준시가를 적용하지 아니하고 직전연도의 기준시가를 적용하는 것은 합리적이지 않으므로, 취득일부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라고 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아니라 취득일부터 5년이 되는 날이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하다(대법원 2013.1.31. 선고 2012두8588 판결 참조). 따라서, 이 건 신축추택 취득 후 5년이 되는 날은 OOO이고, 사후적으로 확인되는 2007년도 기준시가(2007.4.30. 고시)를 적용하여 산출한 OOO이 정당한 감면소득 금액이므로 처분청이 2006년도 기준시가를 적용하여 과소계산한 감면소득금액OOO에 해당하는 양도소득세 OOO은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 경우에 대해 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액 에서 차감한다’라고 명확하게 규정하고 있어 문언 자체에 불명확하거나 모순이 있다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 위 규정은 특정한 목적을 달성하기 위해 예외를 인정하여 과세특혜를 부여하는 성질의 것으로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도차익에 대해 양도소득세를 면제하도록 하는 입법자의 의사가 명확하므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득은 감면이 배제됨이 타당하다(서울고등 법원 2012.12.21. 선고 2011누45193 판결 참조). (2) 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가는 취득일부터 5년이 되는 날 현재 고시되어 있는 부동산 가격공시 및 감정 평가에 관한 법률에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격을 적용하는 것이므로(부동산 거래-486, 2011.06.20) 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날인 2007.4.23. 현재 고 시되어 있는 2006년 기준시가를 적용한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득 금액이 조특법 제99조의 3의 양도소득세 과세특례 대상인지 여부

② 신축주택 취득 후 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않아 직전연도 기준시가를 적용하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. (생 략)

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조[구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

② 법 제43조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 구조조정대상부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 법 제43조 제3항의 규정에 의한 구조조정대상부동산은 제2항의 규정에 의하여 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장이 제37조 제17항의 규정에 의한 세액감면신청서 및 부채상환명세서에 의하여 이를 확인한다. 동법 제99조의3[신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 에 따라 택지개발지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 (주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득 하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한

• 다. ④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양 계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 조합원"이란 도시 및 주거 환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. (3) 소득세법 시행령 제164조 [토지·건물의 기준시가 산정]

③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 OOO 종전주택을 취득하고, OOO 공동주택 17가구를 재건축하여 임대사업을 영위하다 OOO 기간동안 13가구를 양도하고, 양도소득세 신고시 종전주택 취득일OOO부터 신축주택 취득 후 5년이 되는 날 까지의 양도소득금액을 감면대상으로 신고하였고, 처분청은 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택 취득일OOO부터 신축주택 취득일 전일OOO까지의 양도소득 금액은 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 이 건 처분을 하였다.

(2) 신축주택 감면규정인 조특법 제99조의3 제1항, 제4항과 같은 법 시행령 제99조의3 제2항을 보면, 거주자가 자기가 건설한 신축 주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상 소득금액에서 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 조특법 시행 령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 조특법 제99조의3과 같은 법 시행령 제99조의3을 종전 주택과 신축주택에 적용할 경우 종전주택 취득일(1980.12.26.)부터 신축주택 취득 후 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상이라고 주장하나, 위 규정상 감면대상은 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하고 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다”고 규정하고 있는 바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 면제대상이라고 규정하지 아니하였고, 위 규정 신설의 입법취지가 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 신축 주택 취득일부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014중0025, 2014.5.22. 외 다수, 같은 뜻임).

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 신축주택 양도소득세 신고시 신축주택 취득일인 OOO에 신축주택 토지의 2002년도 기준시가가 고시되지 아니하였으므로 직전연도인 2001년의 기준시가를 적용하였다. (나) 소득세법 시행령 제164조 제3항 에 ‘ 토지 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 직전 연도의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있다. (다) 살피건대, 청구인이 신축주택 양도당시 신축주택 토지의 2007년도 기준시가가 고시되지 아니하였다 할지라도, 조특법 제99조의3과 같은 법 시행령 제99조의3에서 감면대상은 ‘신축 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있는 바, 청구인의 주장과 같이 2007년도 기준시가를 적용할 경우 신축주택 취득일부터 6년간 양도소득금액을 감면되는 결과가 되어 위 규정에 위배 되는 점 등에 비추어 볼 때, 2006년도의 기준시가를 적용하는 것이 합리적이라 할 것이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.