청구법인이 창업중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 창업중소기업 세액감면을 부인하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인의 대표이사 OOO는 OOO(OOO에서 개업하였다)에서 ‘OOO’라는 상호로 자동화기기 제조업을 영위하던 중, OOO에서 청구법인(주식회사 OOO)를 설립(OOO 본인명의 지분율 40%, 차명지분율 55%로 총 지분률 95%)하고 자동화기기 제조업을 영위하고 있다. 나 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 제6조의 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’ 규정을 적용하여 감면세액 OOO을 적용하여 신고하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 대표이사 OOO의 사업을 사실상 승계 및 전환한 것으로 보아 조특법 제6조의 세액감면 규정 적용을 배제하고, 조특법 제7조 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’ 규정을 적용하여 정당한 감면세액을 OOO으로 보고 이를 초과한 부분에 대하여 OOO 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 대표이사 OOO의 개인사업 OOO(이하 “개인사업체”라 한다)의 매출액이 2008년도 OOO에서 2009년도 OOO으로 증가하는 등 자동화기계 설비와 기계제작 주문이 날로 증가하여, 사업다각화를 위해 LED제품 조립대행업과 자동차 및 전자제품에 사용되는 플라스틱제품의 원재료 수입업의 업종추가를 고려하던 중, 금융조달과 대외 신뢰도 등을 종합적으로 고려하여 신규 수주물량과 수입․유통업을 영위할 법인을 설립하게 되었으며, 이후 개인사업체에서 영위하고자 하였던 LED제품 조립대행업과 청구법인이 영위하고자 하였던 수입․유통업의 추진이 지연되고 있던 중, 개인사업체의 주요거래처에서 법인과의 거래를 요구해와 청구법인으로 거래처를 변경하였으며, 개인사업체의 다각화사업이 정상화될 때까지 개인사업체에서 근무하던 일부 직원들을 청구법인으로 전직시켰다. 청구법인은 개인사업체의 거래처를 단순히 승계한 것이 아니라 독자적인 영업활동으로 매출액의 증대를 가져와 주식회사 OOO의 경우 2009년 개인사업체와의 거래금액이 OOO에서 2010년 청구법인과의 거래액이 OOO으로 증가하는 등 매출액 신장이 있어, OOO에 공장을 신축하여 사업장을 이전하였고, 개인사업체는 청구법인 설립이후에도 현재까지 당초 사업장에서 꾸준히 사업을 계속 영위하면서 LED제품조립 등 사업다각화를 추진하고 있다. 청구법인은 2009사업연도에는 결손이 발생하였고, 2010사업연도에는 산출세액 OOO이 발생하였으나 세액감면신청을 하지 않았고, 2011년 3월 OOO으로부터 벤처기업 확인을 받으면서 관계 직원으로부터 창업중소기업에 대한 세액감면 안내를 받고서야 감면 제도를 알게 되어 2012년 3월 2011사업연도 법인세 신고시 감면신청을 하게 된 것으로 처음부터 세액감면을 의도하여 청구법인을 설립한 것이 아니다. 조특법 제6조 제4항은 창업중소기업 세액감면을 적용할 수 없는 경우로, “합병․분할․현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우”와 “거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우”를 규정하고 있는바, 청구법인은 개인사업체의 사업장을 승계한 것이 아니라 별도의 사업장을 개설하였으며, 개인사업체의 자산이나 장비를 인수한 것이 전혀 없으므로 처분청이 청구법인에게 제6조의 감면율 적용을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 설립되기 전 개인사업체의 2009년 제2기 확정 부가 가치세 총 매출액은 OOO으로 주요거래처 (주)OOO, OOO(주), OOO(주)의 OOO에 대한 매출액이 OOO에 이르렀으나, 2010년 제1기 총 매출액이 OOO으로 급감한 반면, OOO 설립된 청구법인의 2010년 제1기 부가가치세 총 매출액은 OOO으로 급증한바, 이는 주로 (주)OOO, OOO(주), OOO(주)의 OOO에 대한 매출액으로 청구법인의 거래처는 개입사업체의 주요거래처를 승계받은 것이고, 개인사업체의 근로자 16명은 청구법인의 설립 후 5명이 퇴사하고 9명이 법인으로 전직하여 청구법인이 개인사업체의 인적설비를 승계하였다. 청구법인 설립이후 개인사업체는 거래처를 대부분 청구법인에 인계하여, 2010년 제2기∼2011년 제2기 매출액은 총 OOO 중 OOO이 청구법인에 대한 설계용역매출로 독자적인 거래처를 거의 가지고 있지 않게 되었으며, 주요 매출처 99%이상이 청구법인의 매출처로 바뀌었고, 개인사업자의 매출도 청구법인에 설계용역 매출만 있는 등으로 보아 청구법인이 새로운 사업을 최초로 개시했다고 보기 어렵다. 따라서, 청구법인의 매출처와 개인사업체의 매출처 대부분이 일치하고 있는 점, 개인사업체에 있던 간부직원 및 생산직원 대부분이 법인사업체로 이전한 점, ‘개인사업자가 감당할 수 없을 정도로 주문량이 많아 신규 법인 설립이 절실하다’는 자체 회의록 내용, 개인사업체와 법인사업체의 상호·업종·대표자가 동일한 점 등으로 미루어 보아, 청구법인은 실질적으로 새로운 사업을 최초로 개시하는 창업에 해당하지 않으므로 창업중소기업 세액감면을 부인한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 조세특례제한법상 조세감면대상인 창업중소기업에 해당하지 않는다고 보아 창업중소기업 세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조특법 제6조 제1항에 의하면, 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 같은 조 제4항에서 ‘거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우’나 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’에는 창업으로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있다. (2) 청구법인의 대표이사 OOO의 사업자등록증에 의하면, OOO가 “상호: ‘OOO’, 개업일: OOO, 사업장: OOO, 업종: 서비스/기계설계, 제조업/자동화기계, 서비스/연구개발업”으로 개인사업을 영위하고 있고, 청구법인의 사업자등록증에 의하면, “상호: ‘주식회사 OOO’, 대표자: OOO, 개업일: OOO, 본점: OOO, 업종: 제조/자동화기계, 부동산/임대”로 사업을 영위하고 있으며, 청구법인의 설립당시 발행주식 총수는 OOO이고 OOO가 OOO(지분율 95%, 설립시 본인 명의: OOO, OOO 명의: OOO, OOO 명의: OOO로 보유하다, 2011년에 명의신탁을 해지하여 OOO 전량을 본인명의로 소유)를, OOO의 동생 OOO이 OOO(지분율 5%)를 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(3) 국세청 통합전산망(근로소득자료 등)에 의하면, 2009년도 OOO의 개인사업체에서 근무하던 근로자들 16명 중 OOO의 동생인 OOO(청구법인의 주주)과 OOO 2명만 개인사업체에 잔류하고, 9명이 2010년도에 청구법인으로 전근하였으며 5명은 퇴사한 것으로 나타난다.

(4) OOO 개인사업체와 청구법인에 대한 부가가치세 신고자료는 아래 <표3>과 같은 바, <표3> 청구법인 설립전후 개인사업체와 청구법인의 주요 매출내역 OOO 개인사업체의 주요거래처는 청구법인 설립 후 거래처를 청구법인으로 변경한 것으로 나타나고, 개인사업체의 2010년 제2기 매출은 청구법인에 대한 매출OOO만 발생하였으며, 2011년 제1기 매출액 OOO 중 청구법인에 대한 매출이 OOO인 것으로 나타난다.

(5) 청구법인의 대표이사 OOO의 개인사업체 임원들(대표 OOO, 차장 OOO, 부장 OOO, 과장 OOO, 부장 OOO)이 참석한 OOO자 회의자료에 의하면, 매출액 증가로 개인 회사에서 수용이 불가능하여 신규사업체 설립이 시급하고, 대외 공신력과 관공서 및 금융기관 거래시 이점 등이 있어 청구법인을 설립하기로 하였으며, OOO자 OOO와 주식회사 OOO 간에 작성된 ‘물품공급계약서’ 및 세금계산서에 의하면, OOO(개인사업체)가 2012년 3월에서 2016년 2월(48개월)까지 ‘OOO’을 공급하기로 하고, 2012년 5월에 OOO의 매출이 발생한 것으로 나타난다. (6)조세특례제한법상 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업에 대하여 조세감면제도 취지는 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 중소기업의 창업을 통한 고용창출 등으로 지역균형 발전을 도모하고자 하는 것으로써 동 법령상 조세감면대상인 ‘창업’이란 단지 법인설립 등과 같은 창업의 외형만을 가지고 볼 것이 아니라 당해 중소기업의 성립 경위, 성립시부터 사업인수시까지의 시간적 간격을 비롯한 사업인수의 경위, 당초의 사업과 인수한 사업의 각 규모와 실태 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2009.1.30. 선고 2008두21195, 같은 뜻임).

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구 법인은 청구주장에 대한 증빙으로 벤처기업확인서OOO와 인테리어 공사계약서․고정자산관리대장(개인사업체의 자산을 승계하지 않았음)을 제시하고 있으나, 청구법인 대표이사 OOO가 개인사업체의 매출액 증가에 따라 개인사업체의 인근 사업장에서 동일한 상호로 청구법인을 설립한 것으로 보이는 점, 청구법인의 주식을 OOO(95%)와 그 동생(5%)이 100% 보유하면서 청구법인을 경영하여 종전 개인사업체와 경영주체가 달라지지 않은 점, 청구법인의 업종이 기계주문제작으로 거래처와 생산기술자가 사업성패의 중요 요소인바, 청구법인은 OOO 개인사업체의 주요거래처와 직원 대부분을 승계하여 개인사업체와 동일한 업종을 영위한 점 등에 비추어 청구법인이 실질적으로 개인사업체를 승계하여 사업을 확장한 것으로 봄이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인을 조특법 제6조의 창업중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 일부개정되기 전의 것) 제6조 [창업중소기업등에 대한 세액감면] ① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다)중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 3년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 2009년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 영위하는 중소기업으로 한다.

(이하 생략)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우를 제외한다.

2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

⑤ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 작물재배업
• 나. 축산업
• 다. 어업
• 라. 광업
• 마. 제조업 (이하 생략)

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 15

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.