토지를 양도한 이후 법인으로 보는 단체의 승인받은 경우 법인세법 시행령 제2조등의 규정이 적용될 여지가 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. OOO종중(이하 “종중”이라 한다)은 2009.5.15. OOO 임야 18,943㎡ 및 같은 곳 OOO 묘지 991㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO공사에 OOO원에 양도하고, 2009.7.10. 종중을 1거주자로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부한 후, 2009.10.20. OOO세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았다.
• 나. 청구법인은 2013.3.29. 종중이 신고․납부한 양도소득세에 대하여, ‘쟁점토지의 처분손익은 청구법인에 귀속되었고, 쟁점토지를 3년이상 고유목적사업에 사용하였기에 법인세 과세대상이 아니므로 종중이 1거주자로 신고·납부하였던 양도소득세는 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 청구법인에게 환급되어야 한다’라는 취지로 처분청에 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 2013.5.22. ‘종중이 쟁점토지를 양도할 당시에는 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 전이므로, 소득세법상 1거주자로서 양도소득세 신고·납부 의무가 있으므로 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 지위에서 청구한 양도소득세 환급신청은 부적법하다’라는 취지로 각하 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.16. 이의신청을 거쳐 2013.12.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 법인세법 시행령제3조 제2항에 의하면 법인의 최초 사업연도 개시일을 적용함에 있어서 최초 사업연도 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는 것이며, 이 경우 최초 사업연도 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 하는 것으로 규정되어 있는 바, 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 2009.10.20. 이전 1년 이내인 2009.5.15. 양도한 자산의 양도 손익을 법인에 귀속시킨 이건의 경우 법인의 최초 사업연도 개시일은 쟁점토지의 양도일인 2009.5.15.이 되는 것이고, 또한 비영리법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유 목적사업에 사용한 고정자산의 양도차익은 법인세법상 과세소득에서 제외되는 것이므로, 비록 1거주자의 지위에서 신고·납부한 양도소득세라 할지라도 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 청구법인에게 환급함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점토지를 양도한 행위 시점은 2009.5.15.이고, 양도행위 (소유권이전)시점에는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었거나 법령에 의하여 주무관청에 단체로서 등록한 바가 없었을 뿐만 아니라, 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 바도 없어 청구인은 국세기본법제13조 제1항 제1호 또는 같은 조 제2항에 정한 법인으로 보는 법인격 없는 단체에 해당하지 아니하고, 청구법인은 2009.10.20.국세기본법제13조의 제2항 소정의 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았는바, 법인으로 보는 단체의 승인을 받기전에 거주자의 지위에서 쟁점토지를 양도하고 신고․납부한 것에 대하여 양도소득세의 환급을 구할 수는 없는 것이다.

• 가. 쟁 점 거주자인 종중이 신고․납부한 양도소득세에 대하여, 이후 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인(법인세법제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2) 소득세법 제1조 【납세의무】

③ 법인격없는 사단·재단 기타 단체중 국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】

① 제94조 제1항 각호에 규 정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 (3) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (4) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다 법인세법 시행령 제3조 【사업연도의 개시일】

① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조 제2호 다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다.

• 가. 법령에 의하여 설립된 단체에 있어서 당해 법령에 설립일이 정하여진 경우에는 그 설립일
• 나. 설립에 관하여 주무관청의 허가 또는 인가를 요하는 단체와 법령에 의하여 주무관청에 등록한 단체의 경우에는 그 허가일·인가일 또는 등록일
• 다. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 단체에 있어서는 그 기본재산의 출연을 받은 날
• 라. 국세기본법 제13조제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

2. 외국법인의 경우에는 법 제94조에 따른 국내사업장(이하 "국내사업장"이라 한다)을 가지게 된 날(국내사업장이 없는 경우에는 법 제6조제4항의 규정에 의한 소득이 최초로 발생한 날)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 종중은 2009.5.15. 쟁점토지를 ‘공공용지의 협의 취득’을 원인으로 경기도시공사에 양도하고 양도소득세를 2009.7.10. 아래의 〈표1〉과 같이 신고․납부하였고, 청구법인은 2009.10.20. OOO세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 후 종중이 납부한 양도소득세의 경정청구를 하였으며, 처분청은 이에 대하여 2013.5.22. 각하 통지를 하였는 바, 처분청이 제시한 주요 심리자료는 다음과 같다. OOOOOOOOO OOOO (OO: OO) (가) OOO공사가 제출한 쟁점토지의 용지매매계약서 및 지출결의서에는 쟁점토지의 보상금 OOO원과 분묘 18기에 대한 보상금 OOO원을OOO명의 계좌로 입금하는 것으로 기재되어 있다. (나) 종중은 2009.10.19. OOO라는 단체명으로 2009.10.20. 법인으로 보는 단체의 승인을 받았는바, 청구법인의 연도별 대차대조표의 자산내역은 아래의 〈표2〉와 같다. OOOOOOOOO OO (OO: OO) (다) 법인으로 보는 단체로 등록된 이후에는 부동산의 취득·양도내역이 없음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다. (라) 쟁점토지의 2009년 당시 항공사진에는 쟁점토지 OOO 및 OOO에 각각 15기, 3기 총 18기의 봉분이 있었음이 확인된다. (마) 청구법인이 이의신청시 제출한 쟁점토지의 양도대금 사용내역서에는 2009.10.30. OOO 토지 330㎡와 지상건물 1,392㎡(지상 7층, 지하 2층)를 OOO원에 취득하여 일부는 자가사용, 잔여 부분은 임대를 하고 있는 것으로 기재되어 있다.

(3) 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 종중이 신고․납부한 양도소득세액을 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유 목적사업에 사용하였으므로 이를 청구법인에게 환급하여야 한다는 주장이나,국세기본법제13조 제2항에서 ‘법인격 없는 단체’는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있을 것이나, 청구법인은 쟁점토지를 양도한 2009.5.15. 이후인 2009.10.19. ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 신청하여 2009.10.20.에서야 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 것으로 확인되어 동 규정이 적용될 여지가 없다 할 것(조심 2012중2479, 2012.10.22., 같은 뜻임)이고, 종중은 소득세법상 1거주자의 지위에서 양도소득세를 신고·납부한 것이므로, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 국세기본법제13조의 법인으로 보는 단체의 양도로 보지 아니하고 종중이 양도한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.