조세특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적합한지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.4.25.. 서울특별시 OOO 외 2필지의 토지 96㎡ 및 위 지상 건물(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 같은 OOO (2004.12.24. 사용승인, 이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 2006.8.30. 소유권보존등기한 후 2009.9.14. OOO원에 양도하고 종전주택 취득일로부터 신축주택 준공 후 5년까지의 양도소득금액 100%의 감면이 적용되는 것으로 보아 2009.9.29. 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 이에 대하여 종전주택의 취득일로 부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 양도소 득세 감면 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2013.7.11. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.30. 이의신청을 거쳐 2013.12.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법및 같은 법 시행령 제99조의3에 따라 같은 법 제40조 제1항에 규정된 양도소득세의 감면 계산방법 적용시 분모의 취득당시 기준시가와 분자의 취득당시 기준시가를 각각 달리 적용한다는 언급이 전혀 없는 상태에서, 2001년부터 2011년까지는 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 동일하다고 보고 양도소득세를 신고・납부하여 왔고, 일선 세무서에서도 그대로 처리해 주었으며, 국세청 상담과정에서도 그와 동일한 내용의 답변을 받았음에도, 이후 처분청의 일방적인 해석으로 분모의 취득당시 기준시가를 구주택의 취 득당시 기준시가로 달리 적용하여 과세하는 것은 위법한 것이므로(서울 행정법원 2012.10.17. 선고 2011구단23767 판결, 서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결 등 같은 뜻임), 종전주택(토지포함) 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조의3 은 입법 당시 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있으므로 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대하여는 100% 감면혜택을 주고, 신축주택 취득일부터 5년 이후 발생하는 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고 있는바, 동 규정은 신축주택 취득자에 대한 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전주택(토지포함) 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻임).

• 가. 쟁 점 신축주택 5년이내 양도시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액이 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 조세특례제한법제99조의3 제1항 제1호에서 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다. 또한, 같은 조 제4항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있으며 제40조 제1항에는 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산방법을 규정하고 있다. OOO

(3) 청구인은 신축주택 감면계산방법의 적용과 관련하여 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 모두 신축주택 취득당시의 기준시가로 보아야 하므로 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여 감면배제한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있고, 처분청은 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 하므로 분자의 “취득당시의 기준시가”는 신축주택의 신축 당시 기준시가이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 한다는 주장이다. (4) 위의 사실관계와 관련 법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있다 할 것이며, 같은 법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 양도소득세 과세특례대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득은 신축주택의 취득일(사용승인일)로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2013중3591, 2013.10.21., 조심 2013서2670, 2013.9.6. 외 다수 같은 뜻임). 따라서, 조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에서 제외하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.