조세심판원 심판청구 양도소득세

「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 부적합

사건번호 조심-2014-중-0435 선고일 2014.03.18

신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년 내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액이 감면대상이므로 종전주택 취득시점부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아님

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1999.2.18. OOO 52.29㎡(16평형, 이하 “종전주택”이라 한다)를 최초로 취득하였고, 종전주택에 대해 1999.6.3. 재건축 허가가 되어 재건축공사가 시작되자 OOO의 청산분담금을 납부한 후 2003.7.8.OOO 96.87㎡(39평형, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였다. 그리고, 2008.3.10. 신축주택을 OOO에 양도한 후 양도소득금액을 OOO으로 계산하고, 이를 근거로 산출한 양도소득세 OOO에 대하여 2008.3.31. 양도소득예정신고를 하면서조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 전체 양도차익에 대하여 100% 감면을 신청하였다.
  • 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 준공일까지의 양도소득은 감면대상이 아닌 것으로 보아 2013.5.16. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.7. 이의신청을 거쳐 2013.12.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 신축주택 취득시 누구와 매매한 적이 없고,조세특례제한법에 5년 안에 신축주택을 양도하는 경우 양도소득 전부를 감면대상으로 규정하고 있으며, 재건축 이전 주택에 대한 양도소득을 감면대상에서 제외하는 것은조세특례제한법에 명시되지 않은 내용으로 조세법규 해석의 원칙에 어긋나므로 5년 이내에 발생한 양도소득금액을 100% 감면한다는 법 조항에 따라 감면해야 한다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하는 것이 타당하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다는 조세법규의 해석대로 하여야 한다.

(2) 청구인은 이 건 아파트를 양도할 때 세무서에 질의를 통해조세특례제한법의 적용을 받는다는 응답을 받은 것으로 알고 양도하였다. 그런데 2009년 혹은 2011년 국세청 내부감사 이후 부분징수로 방침을 바꾼 것으로 들었다. 그렇다면 그 이전 기간은 국세청 내에서도 과세근거를 마련하지 못했으므로 국세청에도 잘못이 있는데 그 기간에 가산금을 물리는 것은 억울하다.

(3) 양도소득세는 양도차익에 대해 내는 세금이다. 양도차익에 대한 소득에 과세해야 함에도 본인이 낸 재건축분담금(기존 15평 아파트에서 재건축 39평 아파트를 받으며 추가로 낸 금액)까지 양도차익으로 계산하여 과대하게 과세된 것은 부당하다. 2003년 취득한 신축주택은 재건축주택으로 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 방법으로 신축주택 이전과 이후를 나누어 이후는 감면해 주고 이전 시기에 오른 부분은 과세하여 계산한다고 하는데, 전체 양도소득세 산출세액 OOO에서 신축주택 이전에 오른 집값 중 청구인이 재건축분담금으로 OOO을 더 낸 금액이 양도차익으로 계산됨으로써 세금이 과대하게 계산되었다.

(4) 감면세율을 기준시가로 계산함에 있어서 신축주택 취득일(2003.5.10.)에 기준시가가 없다고 거의 1년 후의 신축주택 최초 고시가액(2004.4.30.의 기준시가 OOO)으로 계산함으로써 감면비율이 작아져 세금이 과다하게 계산되었다.

  • 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3의 규정에 의하면 거주자가 신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다고 되어 있다. 이처럼 신축주택 취득일부터 양도일까지의 기간에 발생한 양도소득금액에 대해서만 100% 감면하는바, 청구인이 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 전체 기간에 대하여 발생한 양도소득금액을 100% 감면받은 것에 대하여 처분청이 신축주택 취득일부터 양도일까지의 기간에 발생한 양도소득금액만을 감면대상으로 보아 과세한 처분은 적법하다.

(2) 과세근거 마련이 지연되어 부과된 가산금은 국세청에도 일정 부분 책임이 있으므로 감면해줘야 한다는 주장에 대하여 보면, 과세처분을 지연하여 과세처분을 빨리 했을 때보다 많은 가산세를 부담하게 하였다 하더라도 청구인이 정당한 이유 없이 법에 규정된 납세의무를 위반한 이상 신의성실의 원칙에 반하지 않는다.

(3) 양도소득세는 양도차익에 대하여 과세해야 함에도 청구인이 낸 재건축분담금까지 양도차익에 포함되어 양도소득세가 과대하게 계산]되었다는 주장에 대하여 보면, 재건축분담금(청산금)은 청구인이 양도소득세 신고시 필요경비에 산입하여 양도소득세를 계산하였고 과세관청도 신고한 양도소득금액에 대해 어떠한 경정도 하지 않았으므로 재 건축분담금이 양도차익에 포함되었다는 청구인의 주장은 사실과 다르다.

(4) 청구인은 감면소득금액 계산시 신축주택 최초고시 기준시가를 신축주택 취득일의 기준시가로 적용하여 결국 신축주택 취득일의 기 준시가가 과대계상되었고 이로 인해 감면소득금액이 줄었다고 주장하나, 신축주택 취득일의 기준시가 산정시 최초고시 기준시가를 취득일 기준시가와 최초 고시일 기준시가 비율로 환산해 보면 취득일의 기준시가가 최초고시 기준시가보다 더 큰 금액이 산출되어 결국 감면소득금액이 더 줄어들게 된다. 따라서 신축주택 최초 고시일의 기준시가를 적용하여 감면소득금액이 줄었다는 청구인의 주장은 사실과 다르다. 따라서, 처분청이 신축주택 취득일부터 양도일까지의 기간에 발생한 양도소득금액만을 감면대상으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 종전주택의 취득일부터 신축주택 준공일까지의 양도소득은 감면대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 ”관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부 수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 양도가액에서 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 취득가액, 기타필요경비 및 장기보유특별공제를 차감하여 양도소득금액을 계산하는 동시에 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 전체 기간에 대한 양도소득금액을 100% 감면받았는바, 종전주택은 최초 취득가액 OOO, 취․등록세 및 기타부대 비용 OOO 등 취득가액이 OOO으로 확인되고, 신축주택 취득에 따른 추가분담금 OOO, 취․등록세 및 자본적지출 OOO 등 기타필요경비가 OOO으로 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 신축주택을 양도하고 양도가액 OOO에서 종전주택 평가액, 추가분담금, 필요경비, 장기보유특별공제(청산금 납부분과 기존부동산 평가액분으로 구분하여 계산함) 등을 공제하여 관리처분계획인가 전․후의 양도차익을 근거로 계산한 양도소득금액 OOO을 산정하는 등 당초 계산하여 신고한 양도소득금액은 적정한 것으로 판단하였다.

(3) 처분청은 청구인이 100% 감면받은 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 5년 이내에 발생한 양도소득금액을 계산할 때 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}을 적용하였다. 이때 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 대입하고 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 대입하여 계산한 OOO의 양도소득금액을 감면하였다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제99조의3에 거주자가 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양 도소득세를 면제한다고 되어 있는 바, 신축주택 취득 전의 양도소득에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다. 그리고, 청구인은 이 건 가산세가 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 바,조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3의 규정에 의하면 감면을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’라고 명시되어 있어 처분청이 이를 근거로 양도소득금액을 산정하여 양도소득세 및 가산세를 과세한 처분은 잘못이 없어 보인다. 또한, 청구인은 재건축분담금까지 양도차익에 포함되어 양도소득세가 과대하게 계산되었다고 주장하나, 재건축분담금은 청구인이 양도소득세 신고시 필요경비에 산입하여 양도소득금액을 계산하였고 처분청도 신고한 양도소득금액에 대해 어떠한 경정도 하지 않았으므로 재건축분담금이 양도차익에 포함되어 양도소득세가 과대하게 계산되었다는 청구인의 주장은 사실과 다른 것으로 보인다. 그리고, 청구인은 감면소득금액 계산시 신축주택 최초고시 기준시가를 신축주택 취득일의 기준시가로 적용하여 결국 신축주택 취득일의 기준시가가 과대계상되었고 이로 인해 감면소득금액이 줄었다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는 바, 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’로 해석하는 것이 타당해 보이므로(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻임) 처분청이 동 규정에 따라 신축주택의 감면소득을 계산하여 과세한 처분에는 잘못이 없어 보인다. 따라서, 처분청이 신축주택 취득일부터 양도일까지의 기간에 발생한 양도소득금액만을 감면대상으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)