무상임대용역 공급분에 해당하는 임차료 등의 매입세액을 불공제하고, 관련 매입액을 손금부인하여 과세한 처분은 잘못이 없음
무상임대용역 공급분에 해당하는 임차료 등의 매입세액을 불공제하고, 관련 매입액을 손금부인하여 과세한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점센터를 임차한 청구법인이 그 입주기업들로부터 임대료를 받지 않으므로 이를 용역의 무상공급이라고 주장하나, 청구법인은 입주기업 등으로부터 임대관리비의 50%를 받고 있는데 동 임대관리비는 고정된 금액으로 임대료의 일부로 보여지고 그 비중이 원래 임차료와 임차관리비 전체 부담액의 14～26%에 상당하는 금액이므로 유상거래에 해당할 뿐만 아니라(대법원 1996.6.14. 선고 95누14428 판결, 같은 뜻임), 쟁점센터에 입주한 게임업체들의 수도 40여개에 달하고 이들로부터 받은 임대관리 용역대가도 이 건 과세기간 동안 OOO원에 달하므로 이를 용역의 무상공급으로 보아 부가가치세 비과세거래로 볼 수 없으므로 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) 법인세법상 수익사업의 범위에 임대사업을 규정하고 있고 전대료 등이 임차료 등 보다 적다고 하여 이를 수익사업에서 제외하는 규정은 없는바, 쟁점거래는 부동산임대사업으로서 수익사업에 해당한다. 처분청은 이 건 센터 중 임대수익이 발생하는 4개 사업장인 쟁점외센터의 부동산임대업을 수익사업으로, 임대손실이 발생하는 쟁점센터의 부동산임대업은 고유목적사업으로 판단하였으나, 법인세는 법인 전체의 과세소득에 대하여 과세하는 것으로서 수익사업의 판정은 사업의 종류별로 하는 것이지 특정사업의 사업장별로 수익사업여부를 판정하는 것은 아니고, 법인의 어느 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하므로(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결, 같은 뜻임) 청구법인이 영위하는 부동산임대업이 수익사업에 해당하는지 여부를 판단할 때 임대사업 전체인 이 건 센터를 대상으로 판단하여야지 임대사업장별로 판단할 것은 아니다. 이 경우 2002년부터 2012년까지 이 건 센터에서 발생한 임대소득은 총 OOO원이어서 임대사업의 수익성이 결여되었다고 볼 수 없고 청구법인은 설립일 이후 매년 감사보고서에서 보듯이 임대사업을 수익사업으로 구분경리하여 왔으므로 이 건 법인세 부과처분도 취소되어야 한다.
(3) 설령, 이 건 과세처분이 잘못이 아니라 하더라도 쟁점거래와 쟁점외거래의 차이는 단지 임대료나 관리비 부담의 차이(쟁점거래의 경우 시세의 14～26% 수준, 쟁점외거래의 경우 시세의 50% 수준)로서, 이는 쟁점센터에 입주기업을 유치하기 위하여 임대료 및 관리비의 대폭적인 감면이 불가피하였던 점과 임차보증금의 거액 조달이 불가피하여 임차료로만 임차건물을 확보하였기 때문이다. 즉, 쟁점거래와 쟁점외거래의 차이는 대가관계의 양적 차이에 불과하므로 양자를 동일하게 취급하여 쟁점외거래와 관련된 부가가치세와 법인세도 재경정하여야 한다.
(1) 청구법인은 OOO시 소재 중소․벤처기업에 대한 종합․체계적 지원사업을 수행하고자 하는 목적으로 2001년 5월 OOO시에서 100% 출연한 재단법인으로 그 정관 제2조(목적)에서 OOO시 소재 중소기업과 벤처기업에 대한 지원사업을 열거하고 있고, 제11호에 중소기업 육성을 위해 OOO시장이 위탁하는 사업을 열거하고 있으며 청구법인은 출연당시부터 현재에 이르기까지 대부분의 운영재원을 OOO시 예산에 의존하고 있다.
(2) 청구법인이 이 건 센터에 대한 입주지원사업을 실시하면서, 유상으로 임대하는 쟁점외센터와 달리 쟁점센터의 경우에는 OOO시의 보조금을 재원으로 거액의 임차료를 지급하고 임차하였음에도 입주기업에게 임대료의 전액을 면제, 즉 무상으로 임대하고 있는바, 이는 무상용역 공급을 용역의 공급으로 보지 아니하는 부가가치세법제12조(용역공급의 특례)의 규정 및 2013.7.26. 전면 개정 이전의 부가가치세법제17조(납부세액)에서 제2항 제6호의 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)에 관련된 매입세액을 불공제하는 것으로 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 쟁점거래 관련 매입세액은 일종의 무수익자산에 관련된 매입세액이므로 매입세액불공제 대상에 해당한다.
(3) 또한, 청구법인은 2008년까지는 계속하여 법인세 과세소득을 창출하여 왔으나 쟁점센터에 대한 무상임대를 실시한 2009년 이후부터는 거액의 결손금이 발생하고 있는 바, 이는 청구법인의 설립목적인 중소․벤처기업 지원이라는 고유목적사업 수행과정에서 필수불가결하게 발생하는 결손금을 OOO시의 보조금 예산으로 충당하고 있는 것에 불과하며, 결국 청구법인이 쟁점센터에 대하여 부담한 비용은 고유목적사업과 관련한 비용에 해당하므로 이 건 과세처분은 정당하다.
비영리법인이 중소․벤처기업에 대한 입주지원사업의 일환으로 여러 곳의 부동산임대사업장에서 부동산임대용역을 제공하면서 일부 부동산임대사업장에서 임대료 및 일부 관리비를 받지 아니한 것에 대하여 이를 부가가치세법상 용역의 무상공급으로 보아 무상용역 공급에 상당하는 매입세액을 불공제하고, 법인세법상 비수익사업으로 보아 관련 매입액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부
(1) OOO이 발급한 법인설립허가증, 정관에 규정된 사업목적, 이익분배, 잔여재산분배 등에 비추어 볼 때 청구법인이 법인세법상 비영리법인에 해당한다는데 다툼이 없으며, 청구법인의 목적사업은 OOO 설립․운영 조례에서 ‘중소․벤처기업 육성 및 지원을 위한 경영․기술․정보 지원, 인력․자금․판로 등 종합지원, 창업보육센터 관리․운영 등’으로, 등기부등본에서 ‘OOO시 소재 중소․벤처기업에 대한 종합적이고 체계적인 지원사업’으로 각 기재되어 있고, 사업자등록증상 청구법인은 ‘부동산임대 및 사업지원서비스업’을 영위하는 것으로 나타난다.
(2) 청구법인이 제출한 자료에 의하면 청구법인이 운영하는 OOO벤처빌딩 등 6개의 입주지원센터인 이 건 센터에 총 113개사가 입주하여 있으며 2013년 12월 기준으로 그 임대차 현황은 아래 <표2>와 같고, ‘OOO 운영방안 보고’ 및 동 보고서에 첨부된 OOO 임대료 산출내역’에 의하면 OOO의 임대료 수준은 OOO 등 기존의 OOO 임대료를 준용하여 주변 임대료 대비 50%를 적용하는 것으로 나타난다. <표2> 2013년 12월 현재 이 건 센터의 임대차 현황
(3) 쟁점센터의 운영 및 임대차와 관련하여 청구법인이 제출한 자료를 본다. (가) OOO의 운영을 위하여 청구법인은 OOO 운영업무협약서(2009.6.9.)’ 및 ‘OOO 세부운영지침’을 체결하였는데, 그 운영업무협약서 전문에서 OOO과 청구법인은 글로벌게임센터를 운영함으로써 한국게임산업의 발전에 기여’하는 것으로, 세부운영지침 제6조(임대료 및 관리비 지원범위) 제1항에서 ‘청구법인은 협약기간동안 센터에 소요되는 임대료전액과 관리비 50%를 지원하고, 제2항에서 나머지 관리비 50%는 OOO과 센터 입주기업별 부담’으로 하는 것으로, 제7조(관리비 입금방법 및 기한 등) 제1항에서 ‘제6조 제2항의 관리비는 분기별 선불정액제로 하고 OOO은 부담분을 각분기 개시 전월말일까지 청구법인의 관리비운영계좌에 입금’하는 것으로, 제4항에서 ‘청구법인은 OOO과 입주기업으로부터 입금완료된 관리비와 청구법인 지원분을 합산하여 센터 관리사에 최종 납부’하는 것으로, 제8조(세금계산서 발행)에서 ‘청구법인은 OOO과 입주기업이 부담한 관리비에 대하여 세금계산서를 분기별로 발행’하는 것으로 각 규정하고 있다. (나) OOO의 운영을 위하여 청구법인은 OOO 세부운영지침’을 체결하였는데, 그 운영업무협약서 전문에서 OOO 청구법인은 OOO의 설립 및 운영과 관련하여 상호협력하여 OOO의 발전에 기여’하는 것으로, OOO 세부운영지침 제4조(임대료 및 관리비 지원) 제1항에서 ‘① OOO과 청구법인은 2011.8.1.부터 센터가 OOO로 이전하기 전까지 각각 센터에 부과되는 임대료의 50%와 관리비의 25%를 지원’하는 것으로, 제2항에서 ‘OOO은 제1항에 해당하는 연간 사업비를 청구법인에게 일시불로 전도하고 청구법인은 사업연도말에 이를 정산’하는 것으로, 제3항에서 ‘임대료 및 관리비에 따른 제반문제는 OOO과 청구법인이 임대공동계약에 따른 일반관례를 통하여 해결’하는 것으로, 제4항에서 ‘제1항에서 지원하는 관리비를 제외한 잔여 50%의 관리비는 OOO과 센터의 입주기업별로 부담’하는 것으로, 제5항에서 ‘청구법인은 OOO과 입주기업이 부담한 관리비에 대하여 세금계산서를 분기별로 발행’하는 것으로, 제5조(관리비 입금방법 및 기한 등) 제4항에서 ‘청구법인은 OOO과 입주기업으로부터 입금완료된 관리비와 OOO, 청구법인 지원분을 합산하여 센터관리사에 최종 납부’하는 것으로 각 규정하고 있다. (다) 위 (3)의 (가) 및 (나)의 각 운영업무협약에 따라 청구법인은 2009.3.31. OOO유한회사와 OOO에 관하여 ㎡당 월임대료를 OOO, ㎡당 관리비(가스료, 수도료, 냉난방료 및 기타 건물유지관리비용으로 구성)를 OOO원으로 하고, 2011.7.12. OOO에 관하여 ㎡당 월임대료를 OOO, ㎡당 관리비(가스료, 수도료, 냉난방료 및 기타 건물유지관리비용으로 구성)를 OOO원으로 하여 각 임대차계약을 체결한 것으로 나타난다.
(4) 청구법인이 제출한 자료에 의하면 쟁점센터에서 발생한 매출․매입 내역은 아래 <표3>과 같다 <표3> 쟁점센터에서 발생한 매출․매입 내역
(5) 처분청 환급현지확인검토조서 및 법인세 경정결의서 등에 의하면, 청구법인은 쟁점센터에 관한 임차료를 OOO시 보조금을 재원으로 하여 지급하면서 입주기업으로부터는 일체의 임대료를 수취하지 아니하고 있으므로 이는 일종의 무수익자산과 관련한 매입세액 또는 벤처기업 지원이라는 고유목적 사업과 관련한 매입세액으로 보아야 하고, 행정재산을 기본으로 OOO 등(쟁점외센터)을 임대하는 임대사업과 중소기업 지원사업(쟁점센터 관련)은 별개의 사업으로 판단되므로 청구법인이 부담한 임차료 및 관리비 관련 매입세액은 불공제대상이므로 해당 과세기간의 임차료 매입세액 전액과 관리비 매입세액 중 50%에 해당하는 금액을 매입세액 불공제하는 한편, 관련 매입액을 고유목적사업 경비로 보아 손금불산입한 것으로 나타난다.
(6) 한편, 청구법인이 제출한 외부감사보고서 등에서 청구법인은 이 건 센터에서 발생하는 매출과 매입 전부를 법인세법상 수익사업에 속하는 것으로 보고 OOO시의 출연금을 재원으로 한 고유목적사업부문과 구분하여 경리한 사실이 확인되고, 청구법인의 법인세 신고서 및 결정결의서 등에 의하여 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 경정 내용은 아래 <표4>와 같은데, 처분청은 쟁점센터에서 발생한 임차료 및 50% 상당의 관리비를 손금불산입하였고, 청구법인이 쟁점센터를 개소하기 전인 2008사업연도에는 과세대상 소득금액이 발생하였던 것으로 확인된다. <표4> 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 경정 내용
(7) 먼저, 이 건 부가가치세 부과처분에 관하여 본다. (가) 용역의 공급은 계약상, 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화, 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것을 말하는 것이나, 부가가치세법제7조(용역의 공급) 제3항에서 대가를 받지 아니하고 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니하도록 규정함으로써 재화의 공급과는 달리 용역의 무상공급은 과세대상에서 제외된다 할 것이고, 2011.12.31. 법률 제11129호로 개정시 신설된 부가가치세법제17조(납부세액) 제2항 제6호 괄호에서 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 불공제하는 것으로 규정하고 있어 용역의 무상공급과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다 할 것이다. (나) 살피건대, 청구법인은 쟁점센터와 쟁점외센터를 모두 동일하게 부가가치세법상 과세사업(또는 비과세 사업)에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점외센터(4개의 부동산임대사업장)에서는 임대료 및 관리비 매출이 발생하는 반면, 쟁점센터(2개의 부동산임대사업장)에서는 소정의 관리비를 제외하면 사실상 임대료 매출이 없으므로 쟁점센터의 경우에는 사실상 무상으로 임대한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 입주기업 등으로부터 수취한 관리비에 대한 정산과정은 없으나 동 관리비는 청구법인의 관리비계좌로 입금된 후 청구법인 등이 부담키로 한 잔여 관리비와 함께 쟁점센터의 임대인 계좌로 입금되어 그 성격은 실비변상비의 성격이어서 이를 근거로 청구법인이 쟁점센터에 입주한 기업들에게 제공한 임대용역 전체를 유상용역으로 볼 수는 없다 할 것이므로 쟁점센터와 관련하여 청구법인이 수취한 임대관리비 상당액에 해당하는 임차관리비를 제외한 나머지 임차관리비와 임차료를 매입세액 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(8) 다음으로, 이 건 법인세 부과처분에 관하여 본다. (가) 2013.1.1. 법률 제1167호로 개정되기 전 법인세법제3조(과세소득의 범위) 제3항 제1호 및 2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전 같은 법 시행령 제2조(수익사업의 범위) 제1항 본문에 의하면 부동산임대 등 OOO에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 수익사업으로 규정하고 있고, 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 한 법인세를 부과할 수 없는 것이고 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위하여야 할 것이다(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결, 같은 뜻임). (나) 살피건대, 청구법인은 쟁점센터와 쟁점외센터를 모두 동일하게 법인세법상 수익사업(또는 고유목적사업)으로 보아야 한다고 주장하는바, 이 건 센터는 모두 한국표준산업분류상 부동산임대업에 사용되는 것으로 이중 행정재산으로서 임대료를 수취하는 쟁점외센터의 경우 법인세법상 수익사업으로 보는데 무리가 없다 할 것이나, 쟁점센터의 경우 청구법인이 입주기업으로부터 수취한 금액은 실비변상적 성격의 관리비에 그치고 임대료 수입이 전혀 발생하지 아니하는 것이어서 이를 법인세법상 과세대상인 수익사업으로 보기는 어렵다 할 것이고, 쟁점외센터와 쟁점센터 모두 중소기업의 육성을 목적으로 설립되었다는 점에서 동일한 목적으로 설치되었다고 볼 수 있으나 그 관리운영 방식 등에 있어 차이가 있으므로 세법상 양자를 반드시 동일하게 취급하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 쟁점센터를 법인세법상 과세사업에 제공되는 것으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 이 건 과세내역 <별지2> 관련 법령
(1) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제2조【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. 1.～15. (생 략) (3) 법인세법 시행규칙(2013.3.23. 기획재정부령 제325호로 개정되기 전의 것) 제1조【수익사업의 범위】 법인세법 시행령(이하 "영"이라 한다) 제2조제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당횟수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다.
(4) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
② 제1항에서 “재화”란 재산가치가 있는 유체물과 무체물을 말한다.
③ 제1항에서 “용역”이란 재화 외의 재산가치가 있는 모든 역무 및 그 밖의 행위를 말한다. 제2조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자 제7조【용역의 공급】③ 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제17조【납부세액】 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
결정 내용은 붙임과 같습니다.