토지 매입 계약금을 지급한 법인의 주식양도를 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2012.1.16. 부동산임대 및 분양대행업 등(법인등기부상 목적사업 11가지)을 사업목적으로 설립되었고, 그 주주는 오OOO(대표이사이고 보유주식 5,000주이며 지분율은 50%임)과 조OOO(청구인의 아들로서 보유주식 5,000주이고 지분율은 50%이며 청구인의 명의수탁자임)이며, 충청남도 OOO 대지 862㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO로부터 총분양가 OOO원 중 계약금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)만을 납부한 상태(사업자등록 미등록, 법인장부 미작성)에서 조OOO이 보유하고 있던 주식 5,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 김OOO 및 송OOO에게 OOO원에 양도한 후 10%의 세율(중소기업 주식)을 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다(추후 청구인은 조OOO에게 명의신탁한 쟁점주식에 대해 2013.5.28. 양도소득세를 기한후 신고․납부하였음).
• 나. 처분청은 2013.5.1.부터 2013.6.7.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점금액이 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하므로 쟁점주식이 소득세법제94조 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호(이하 “특정주식”이라 한다)에 해당한다고 보아 누진세율(38%)을 적용하여 2013.9.6. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.14. 이의신청을 거쳐 2013.11.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조세심판례 등에서 부동산을 계약하고 지급한 계약금을 건설중인 자산으로 계상한 경우 소득세법 제94조 제1호 및 제2호의 자산가액에 포함되지 않는다고 하였으므로 쟁점금액을 건설중인 자산으로서 자산가액에서 제외하게 되면 부동산가액비율이 0%로 쟁점주식은 기타자산(특정주식)에 해당하지 않는다.

(2) 청구인은 사실관계를 상세히 적어 처분청의 의견을 갑설로 청구인의 의견을 을설로 국세청고객만족센터에 질의 하여 답변을 받은 후 그 답변대로 적법하게 신고하였으나, 처분청은 국세청고객만족 센터의 답변에 반하여 과세처분을 하였는바, 내부적으로 결재를 거쳐 답변한 국세청고객만족센터 질의답변 및 예규가 잘못된 것인지에 답해야 할 것이며, 청구인이 질의답변 및 예규를 신뢰한 후 신고하였으므로 처분청의 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 양도소득세 세무조사 당시 상가를 신축하여 임대‧분양할 예정으로 상업용지를 취득하였으므로 해당 토지를 건설중인 자산이라고 주장하나, OOO은 사업자등록 미등록 상태로 업종확인이 어려웠고, OOO에게 장부를 요구하였음에도 법인 장부가 미작성되어 없는 것으로 확인되었으며, OOO이 보유한 자산은 건설중인 자산이 아닌 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당되고 납입된 계약금은 선급금으로 판단된다. OOO의 자산총액은 쟁점금액과 자본금 OOO원으로 이를 기준으로 부동산가액 비율을 산정하면 70.7%로 나타나므로 쟁점주식은 특정주식에 해당한다고 할 것이다.

(2) 청구인이 제시한 국세청고객만족센터의 답변은 법인장부상 건설중인 자산으로 계상된 경우에 해당되는 답변으로 본 건과 관련이 없다.

• 가. 쟁 점 법인의 토지 매입 계약금 지급액을 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리 가액’으로 보고, 이를 포함한 부동산 자산가액 비율이 자산총액의 100분의 50 이상인 당해 법인의 발행 주식에 대하여 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 일부개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

[측량·수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10 (2) 소득세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 일부개정되기 전의 것) 제158조【기타자산의 범위】① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인
• 나. 당해 법인의 주식등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하 고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인

② 제1항 제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년내에 그들이 양도한 주식등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각 호에 해당하는 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 제1항 제1호 가목 및 같은 항 제5호 가목에 따른 자산총액 및 자산가액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 내지 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금·금융재산(상속세 및 증 여세법제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO의 회계처리 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 회계처리 내역

(2) 처분청의 양도소득세 조사종결 보고서의 주요 내용은 아래와 같다. (가) OOO은 조사종결일 현재 사업자등록이 없이 법인등기만 된 상태로 비상장주식 매매시 작성된 계약서상 OOO은 상가용지의 계약금 OOO원을 제외한 자산 및 부채가 없는 법인으로 쟁점주식은 기타자산(특정주식)에 해당된다. (나) OOO의 자산은 쟁점토지에 대한 OOO와의 총 매매금액 OOO원 중 납입된 계약보증금인 쟁점금액(부동산을 취득할 수 있는 권리) 및 자본금 OOO원만 확인된다.

(3) 청구인은 조세심판례(조심 2011서4712, 2012.3.29., 조심 2008서3783, 2009.6.4.), 질의회신(부동산거래관리과-573, 2012.10.25., 국세청고객만족센타 질의답변, 2013.5.13.), 주식매매계약서, 법인등기부등본 및 확인서 등의 증빙을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 주장하고 있다. (가) 처분청은 쟁점주식이 OOO의 업종에 따라 달라지는데, 부동산매매업인 경우에는 기타자산(특정주식)에 해당하고 부동산매매업이 아닌 경우에는 기타자산(특정주식)에 해당하지 않는다고 답변하였음에도 이에 대한 과세근거를 전혀 제시하지 못하고 있다. 처분 청은 오랜 기간 세무조사를 하였으나 부동산매매업이라는 확인서 또는 기타 증빙자료가 전혀 없이 심증으로만 OOO이 부동산매매업을 영위한다고 특정하였다. 처분청은 부동산 침체로 서울특별시 및 경기도 수원시 등에서도 상가들이 분양이 안되어 10년 이상 임대를 하는 경우가 많은데, OOO이 취득 하려는 부동산은 충청남도에 소재하여 더욱 어려움이 있음에도 이런 현실적 상황도 전혀 고려하지 않은 잘못이 있다. (나) 처분청은 청구인에게 기타자산(특정주식)으로 과세를 한 후 OOO이 건물을 완공하여 임대 또는 소매업 등을 영위한 경우에는 환급해 줄 것도 아니므로 국세기본법의 감면 후 사후 관리라는 규정에 어긋난다 할 것이다. 또한, 납세자에게 유리하게 세법을 해석·적용하는 것이 조세법률주의 원칙에 합당하므로(대법원 1976.2.10. 선고 74누44 판결, 같은 뜻임) 처분청은 과세근거가 불분명하다면 납세자에게 유리하게 해석해서 세법을 적용하여야 한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 특정주식 여부를 판단함에 있어 부동산에 관한 권리의 일종인 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 부동산매매계약을 체결한 자가 계약금만 지급한 상태에서 양도하는 권리도 포함되는 것이므로 OOO이 쟁점토지를 분양받아 매도인에게 계약금을 지급하여 부동산의 소유권을 취득할 수 있는 지위에 있다고 보여 OOO은 동 지급액 상당의 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 보유한 것으로 볼 수 있다. 따라서, 쟁점금액을 부동산에 관한 권리의 가액으로 보아 OOO의 특정주식 여부를 판단하여 OOO의 발행 주식의 양도에 대해 누진세율에 의한 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.