종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.6.15. 취득한 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 보유하던 중 주택재개발사업을 통해 2003.11.12. 같은 번지에 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인)하여 준공일로부터 5년 이내인 2007.5.31. 신축주택을 양도하고, 2007.7.4. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 2008.7.14. 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 당초 신고․납부한 양도소득세 전액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2008.9.8. 양도소득세 전액을 감면결정하여 환급하였다.
• 다. 이후 처분청은 조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 양도소득세가 감면되는 소득은 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득이므로 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대해서는 감면 배제하여 2013.5.20. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세OOO원(납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.8. 이의신청을 거쳐 2013.12.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3에서 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 양도소득을 면제하도록 규정하고 있고, 사업승인일 이후 입주권을 양수한 자가 신축주택을 양도하는 경우에는 신축주택 취득일(준공일) 이전의 양도소득에 대하여도 양도소득세를 감면하면서 종전주택 소유자가 재건축을 통해 신축주택을 취득한 경우에는 신축주택 취득일 이후의 양도소득에 대해서만 양도소득세를 감면하는 것은 과세형평에 어긋나므로, 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득을 모두 감면대상 양도소득에 포함하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체 문언을 고려할 때, 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이므로, 감면대상 양도소득에 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 포함하기는 어렵다.

• 가. 쟁점 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제6762호, 2002.12.11> 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ① 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】 법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적·가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

(4) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 신축주택 공급계약서 및 건축물대장에 따르면, 청구인은 OOO재건축조합으로부터 계약일을 2001.7.4., 추가부담금을 OOO원으로 하여 신축주택을 분양받았고, 계약 당일 OOO원을 계약금으로 납부하였으며, 신축주택은 2000.8.24. 허가를 받아 2001.5.19. 착공하여 2003.11.12. 사용승인 받은 것으로 나타난다.

(2) 부동산등기부등본, 폐쇄 부동산등기부등본, 건축물대장, 조합원 공급계약서, 부동산 매매계약서 등에 따르면, 청구인은 2000.6.15. 종전주택을 취득하고 보유하던 중 주택재개발사업을 통해 2003.11.12. OOO원(추가부담금 OOO원)에 신축주택을 취득(사용승인)하였고, 취득일로부터 5년 이내인 2007.5.31. OOO원에 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(3) 양도소득세 신고서, 경정청구서, 결의서 등에 따르면, 청구인은 양도소득금액(OOO원)에 대하여 2007.7.4. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가 2008.7.14. 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 경정청구를 하였고, 처분청은 2008.9.8. 양도소득세를 전액 감면결정하고 환급하였으나, 이후 2013.5.9. 조세특례제한법 제99조의3 을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 납부불성실 가산세 OOO원을 포함한 양도소득세 OOO원을 재경정고지한 사실이 나타난다.

(4) 처분청은 감면소득금액 계산 시 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식을 준용하여 아래와 같이 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 기준시가를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 신축주택의 기준시가를 적용하여 계산한 사실이 처분청이 제출한 심리자료를 통해 확인된다. 양도소득 금액 × (양도당시의 기준시가)

• (신축주택 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (종전주택 취득당시의 기준시가)

(5) 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다(조심 2012서4372, 2012.12.28.외 다수 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면 배제하여 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.