사업시행인가 등의 절차가 없는 경우 토지소유자에게 보상계획을 통지한 날이 사업인정고시일이 되는 것이고 청구법인은 이때부터 3년이 넘도록 당해 공익사업을 착수하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움
사업시행인가 등의 절차가 없는 경우 토지소유자에게 보상계획을 통지한 날이 사업인정고시일이 되는 것이고 청구법인은 이때부터 3년이 넘도록 당해 공익사업을 착수하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 양도인들이 청구법인에게 양도한 쟁점토지는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “구 공토법”이라 한다)이 적용되는 양도소득세 감면대상에 해당되지 않는다. (가) 청구법인은 2003.8.11. OOO에 의한 경제자유구역 개발사업의 시행자로 지정되었으나, 부동산 경기침체 등으로 인하여 외국인투자가 지연되면서 경제자유구역 개발사업의 실시계획승인을 받지 못하였고 현재까지 재정경제부장관에 의한 경제자유구역 개발계획(지식경제부장관에 의한 변경계획 포함)의 고시 이외에 구경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(2011.4.4. 법률 제10529호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 경제자유구역법”이라 한다) 에 따른 해당 개발사업을 시행한 사실이 전혀 없다. 다만, 청구법인은 외국인투자OOO가 성사되면 곧 경제자유구역 개발사업이 정상적으로 진행될 수 있다고 예상하고 쟁점토지를민법상 매매로 취득하였는데, 그 취득시까지 쟁점토지 개발사업의 실시계획 작성에 필요한 토지조서의 작성이나 보상계획의 수립 등 구 공토법 제14조 내지 제17조의 소정의 절차에 따라 토지를 취득할 상황에 이르지 못하였다. (나) 구 경제자유구역법 제4조 제3항은 ‘지식경제부장관은 같은 법 제25조에 따른 경제자유구역위원회의 심의·의결을 거쳐 시·도지사가 제출한 경제자유구역개발계획을 확정하고 경제자유구역을 지정한다.’고 규정하고, 같은 법 제9조 제1항은 ‘개발사업시행자는 같은 법 제4조 제6항에 따른 고시일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획을 작성하여 지식경제부장관의 승인을 받아야 한다.’고 규정하고 있다. 구 경제자유구역법 제13조 제1항 은 ‘개발사업시행자는 개발사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 구 공토법 제3조에서 정하는 토지·물건 또는 권리를 수용할 수 있다.’고 규정하고, 같은 법 제13조 제2항은 ‘구 공토법 제10조에 따른 실시계획 승인의 고시가 있는 때에는 구 공토법 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결(裁決)의 신청은 구 공토법 제23조 및 제28조에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업시행기간에 하여야 한다.’고 규정하고 있으며, 구 경제자유구역법 제13조 제4항 은 ‘제1항에 따른 토지 등의 수용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 구 공토법을 준용한다.’고 규정하고 있다. 따라서 구 경제자유구역법의 사업시행자는 구 공토법상의 절차에 따라 토지를 취득할 수 있다. 이와 같이, 청구법인은 구 공토법상 사업인정 이후 쟁점토지를 취득한 것이 아니고 구 공토법상 사업인정 전에 협의 취득한 경우에도 해당되지 아니하는바, 쟁점토지 거래는 일반적인민법상 토지 매매에 불과하므로 구조세특례제합법제77조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면 대상에 해당되지 않는다. 청구법인은 쟁점토지 거래가 양도소득세 감면 대상에 해당되지 아니한다는 점을 고려하여 구조세특례제합법제77조 제5항에 따른 양도소득세 감면신청도 하지 아니하였는바, 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면은 실체적·절차적 요건을 모두 갖추지 못함으로써 처분청은 양도인들을 상대로 감면세액을 추징하여야 한다. (다) 구 공토법(2011.8.4. 법률 제11017호로 개정되기 전의 것) 제19조는 ‘사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요한 때에는 이 법이 정하는 바에 따라 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있다.’고 규정하고, 같은 법 제20조 제1항은 ‘사업시행자는 같은 법 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.’고 규정하고 있는바, 사업시행자가 구 공토법에 따라 토지를 취득하기 위해서는 국토해양부장관의 사업인정이 필요하다. 다만, 구 공토법 제14조 내지 제17조는 일정한 경우 사업시행자가 구 공토법 제20조의 규정에 의한 ‘사업인정 전’에 협의에 의하여 토지 등의 취득 또는 사용을 할 수 있도록 규정하고 있는바, 이를 위해서는 ① 토지조서 및 물건조서의 작성(제14조), ② 보상계획의 공고, 통지 및 열람, 이의제기 기회 부여(제15조), ③ 토지소유자 및 관계인과의 협의(16조), ④ 협의 성립에 따른 계약의 체결 등의 절차를 거쳐야 한다.(제17조). 따라서, 사업시행자가 토지를 취득하기 위해서는 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 하고 사업인정 전에 토지를 취득하기 위해서는 구 공토법 제14조 내지 제17조의 소정의 절차를 거쳐야 하는 것이므로 구 공토법상의 사업인정이나 사업인정이 있는 것으로 의제되는 구 경제자유구역법상의 실시계획의 승인이 없는 경우 또는 구 공토법 제14조 내지 제17조의 소정의 절차를 거치지 아니하는 경우에는 구 공토법 또는 구 경제자유구역법에 따른 토지 취득으로 볼 수 없다.
(2) 청구법인은 사업시행인가 등을 받은 사실이 없으므로 청구법인의 법인세 납세의무는 성립되지 않는다. 구조세특례제한법제77조 제2항에 따라 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하는 경우에는 양도인들이 감면받은 세액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 그러나, 경제자유구역 개발사업은 2003.8.11. OOO 개발계획 변경’만 고시된 상태일 뿐, 청구법인은 이 개발사업에 관하여 구 경제자유구역법상 실시계획의 승인 등 관련 인·허가를 받은 사실이 전혀 없고 구 공토법상 국토해양부장관의 사업인정도 받지 않았다. 따라서, 쟁점토지에 대하여는 구조세특례제한법제77조 제2항 제1호 소정의 ‘사업시행인가 등을 받은 날부터 3년’이라는 요건이 적용될 수 없고 청구법인의 법인세 납세의무도 성립되지 않는다.
(1) 쟁점토지의 양도가 양도소득세 감면대상에 해당되는지 여부 쟁점토지의 등기부등본상 2009년 양도당시 등기원인에 ‘공공용지의 협의취득’으로 이전된 내용이 나타나고, 청구법인과 양도인간의 매매계약서상 구 공토법 제17조 규정에 의거 매매계약을 체결한다고 명시되어 있는 점을 볼 때 청구인이 주장하는 일반적인민법상의 매매로 인정할 이유가 없다. 당초조세특례제한법제77조 제5항에 따른 청구법인이 양도소득세 감면신청도 하지 아니하였다고 하여 실체적․절차적 요건을 갖추지 못하였다고 하나, 사업시행자의 감면신청은 과세표준과 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 양도소득세 감면은 적정하다.
(2) 청구법인이 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하였는지 여부 사업시행자가 공익사업에 필요한 토지를 협의매수 방식으로 취득함으로써 사업인정을 받지 아니하고 공익사업을 수행하는 경우 보상계획 공고일을 사업인정고시일로 보는 것이고, 2009.3.9. 청구법인에서 각 양도인들에게 발송한 토지 등 매입계획 알림 공문OOO에 첨부된 ‘토지 등에 대한 매입조건 안내’ 내용 중 구 공토법에서 규정한 사업인정고시일을 적용하는 경우 고시 전까지는 공사의 토지매입계획 확정일을, 고시 후에는 사업인정고시일을 적용한다고 되어 있으며, 토지매입계획 확정일은 양도인들에게 문서를 발송한 2009.3.9.로 봄이 타당한바조세특례제한법제77조 제3항 제1호의 규정에 의거 3년 이내에 공익사업에 착수하지 아니한 것으로 확인되므로 청구법인의 납세의무는 성립된다.
(1) 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도한 것으로서 쟁점토지의 양도가 양도소득세 감면대상에 해당되는지 여부
(2) 청구법인이 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하였는지 여부
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다. 1.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
② 다음 각호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 당해 공익사업에 착수하지 아니하는 경우
⑤ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
(2) 구 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2011.8.4. 법률 제11017호로 개정되기 전의 것) 제14조【토지조서 및 물건조서의 작성】
① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조의 규정에 의한 사업인정전에 협의에 의한 토지 등의 취득 또는 사용이 필요한 때에는 토지조서 및 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자 및 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유없이 서명 또는 날인을 거부하거나 또는 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소를 알 수 없는 등의 사유로 인하여 서명 또는 날인을 할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하되, 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 그 사유를 기재하여야 한다.
② 토지와 물건의 소재지, 토지소유자 및 관계인 등 토지조서 및 물건조서의 기재사항과 작성에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제15조【보상계획의 열람 등】
① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서 및 물건조서를 작성한 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기ㆍ방법 및 절차 등을 기재한 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.
② 사업시행자는 제1항에 따른 공고 또는 통지를 한 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 2 이상의 시ㆍ군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다.
③ 제1항의 규정에 따라 공고 또는 통지된 토지조서 및 물건조서의 내용에 대하여 이의가 있는 토지소유자 또는 관계인은 제2항의 규정에 의한 열람기간 이내에 사업시행자에게 서면으로 이의를 제기할 수 있다.
④ 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 제3항의 규정에 따라 제기된 이의를 부기하고 그 이의가 이유있다고 인정하는 때에는 적절한 조치를 하여야 한다. 제16조【협의】 사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【계약의 체결】 사업시행자는 제16조의 규정에 의한 협의가 성립된 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다. 제19조【토지 등의 수용 또는 사용】
① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요한 때에는 이 법이 정하는 바에 따라 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있다. 제20조【사업인정】
① 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.
(3) 구 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(2011.4.4. 법률 제10529호로 개정되기 전의 것) 제4조【경제자유구역의 지정 등】
③ 지식경제부장관은 제25조에 따른 경제자유구역위원회(이하 "경제자유구역위원회"라 한다)의 심의·의결을 거쳐 시·도지사가 제출한 경제자유구역개발계획을 확정하고 경제자유구역을 지정한다. 이 경우 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청한 시·도지사의 의견을 들어야 한다. 제9조【경제자유구역개발사업 실시계획의 승인】
① 개발사업시행자는 제4조제6항에 따른 고시일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 지식경제부장관의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조 제5항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다. 제13조【토지수용】
① 개발사업시행자는 개발사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제3조 에서 정하는 토지·물건 또는 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용(사용을 포함한다. 이하 같다)할 수 있다.
② 제10조에 따른 실시계획 승인의 고시가 있는 때에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결(裁決)의 신청은 같은 법 제23조 및 제28조에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업시행기간에 하여야 한다.
③ 제1항에 따른 토지 등의 수용에 관한 재결의 관할 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다.
④ 제1항에 따른 토지 등의 수용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.
(1) 청구법인 및 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인은 2009.3.9 쟁점토지 소유자 등에게 ‘토지 등 매입계획 알림’이라는 제목으로 청구법인이 OOO개발사업을 추진 중에 있으며, 동 사업부지에 편입된 토 지매입계획 및 협의매도할 의사가 있는 경우 붙임 매입조건 등 안내문(토지 등의 매입관련 적용 법률공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률을 명시)을 참조하여 소정의 기한내『토지매입요청서』를 작성하여 제출하도록 통지하였다.
(2) 양도인 OOO은 2009년 5월부터 6월 사이에 쟁점토지를 아래와 같이 양도하고 구조세특례제한법제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정에 따라 양도소득세 OOO을 감면받았다. 〈쟁점토지 관련 양도소득세 감면 현황〉
(3) 쟁점토지 매매계약서에는 ‘공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률제17조의 규정의 의거 매매계약을 체결한다.’ 라고 나타나고 토지 등기부등본상 등기원인에는 공공용지의 협의취득으로 기재되어 있다. (4) 청구법인이 토지소유자 등에게 발송한 공문에 첨부된『토지등에 대한 매입조건 안내』에 의하면 ① 토지등의 매입관련 적용 법률은공 익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 적용하는 것으로 기재되어 있고, ② 토지 매도에 따른 세금에 관한 사항에는 ‘본 토지매입 업무는 관련사업의사업인정고시이전에 시행되므로 토지매도 희망자는 토지 매도에 따른 양도소득세 등의 세금문제에 대하여는 사전 세무당국에 확인’을 권고하고 있으며, ③ 기타사항에 사업인정고시일을 적 용하는 경우 고시 전까지는 공사의토지매입계획 확정일을, 고시 후에는사업인정고시일을 적용하는 것으로 나타난다. (5) 청구법인이 제시한 OOO에 의하면OOO로 OOO 지정되어 있다. 또한, 관보 OOO로 OOO개발계획 변경이 고시되었고 개발사업의 위치․사업시행자는 변경 없음이 나타난다. (6) 청구법인 및 처분청이 제시한 서류상으로는 구 경제자유구역법 상 실시계획의 승인 등 관련 인·허가를 받은 사실이나, 구 공토법상 국토해양부장관의 사업인정을 받은 사실은 확인되지 않는다.
(7) 살피건대, 쟁점①에 대하여 보면 청구법인은 쟁점토지의 취득시 국토해양부장관의 사업시행인가를 받은 사실이 없고 사업인정 전에 구 공토법상의 소정의 절차도 거치지 않은 점, 사업인정이 있는 것으로 의제되는 구 경제자유구역법상의 실시계획의 승인이 없는 점, 구조세특례제한법제77조 제5항에 따른 양도소득세 감면신청도 하지 않은 점 등을 들어 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면은 실체적·절차적 요건을 모두 갖추지 못한 것으로써 양도소득세 감면에 해당되지 않는다고 주장하나, 쟁점토지 매매계약서에는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제17조에 따라 매매계약을 체결한 것으로 약정된 점, 토지 등기부등본상 등기원인에 ‘공공용지의 협의취득’으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 토지소유자 등에게 발송한 공문에 첨부된 ‘토지등에 대한 매입조건 안내문’상에 사업인정고시일을 적 용하는 경우 고시 전까지는 공사의 토지매입계획 확정일을, 고시 후에는 사업인정고시일을 적용하는 것으로 나타나는 점, 구 공토법 제20조에 따른 사업인정을 받지 아니하고 공익사업을 수행하는 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날을 사실상 사업인정고시일로 볼 수 있는 점, 구 조세특례제한법제77조 제5항은 양도소득세 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 양수인인 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 양도소득세 등 감면대상인 점OOO 등으로 볼 때 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 한편, 쟁점②에 대하여 보면 청구법인은 사업시행 인가를 받은 사실이 없고 사업인정이 의제되는 것으로 보는 구 경제자유구역법상의 실시계획의 승인이 없는 사실 등을 들어 법인세 납세의무가 성립되지 않는다고 주장하나, 앞서 살핀 바와 같이 사업시행인가 등의 절차가 없는 경우 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날이 사업인정고시일이 되는 것이고 청구법인은 이 때 부터 3년이 넘도록 당해 공익사업을 착수하지 아니하였으므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.