조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 양도소득세 과세특례대상에 포함되지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 1999.

6.

4. 취득․보유하다가, 1999.

8.

3. 사업계획승인으로 재건축을 시행하여 2002.

7.

27. 사용승인을 받은 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2007.

1.

26. 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3을 적용하여 양도소득세를 100% 감면받는 것으로 신고하였다.

• 나. 처분청은 재건축 등으로 신축주택을 취득한 경우 종전주택 취득일(1999.

6. 4.)부터 신축주택 취득일(2002.

7. 27.)전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 보아 2013.4.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여, 2013.7.15. 이의신청을 거쳐 2013.11.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법상 신축주택은 소득세법상 신축주택과 다른 개념임에도 불구하고, 처분청이 이를 오해하여 신축주택 준공 이후의 양도소득에 대해서만 감면을 적용하고 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득의 감면은 배제하였는바, 종전주택 취득일부터 발생한 양도소득전체를 감면대상으로 보아 양도소득세액을 결정하지 않은 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 조특법 제99조의3조의 “그 취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득”이란 종전주택 취득일로부터 쟁점주택 양도시까지 발생한 전체 소득이라고 주장하나, 조특법 제99조의3조의 그 취득일로부터 5년이 되는 날의 계산 시 기산일은 자기가 건설한 신축주택에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 사용검사필증교부일이 되는 것이며 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이므로, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득전일까지 발생한 양도차익은 감면대상이 아닌바, 당초 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의 3에서 규정한 양도소득세 과세특례대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 조세특례제한법시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (4) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구인의 종전주택 취득․신축주택 양도, 양도소득세 신고는 다음과 같다. <표1> 주택 취득 및 양도 등 경과 일자 내용

1999. 6.

27. 종전주택에 대한 재건축사업에 따라 사용승인(2002.

7. 27.) 받은 신축주택을 보유

1.

4. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적 용 하여 양도소득세(산출세액 187,482천원) 전액 감면세액으로 신고 (나) 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세 감면을 배제하고 감면세액을 OOO으로 하여 양도소득세를 경정하였으며, 관련 근거자료는 다음과 같다. <표2> 세액 산출 근거 자료 OOO

(2) 위 사실관계에 대한 청구인의 주장은 다음과 같다. (가) 조특법 99조의3 규정은, 5년내 자기가 건설한 신축주택을 양도하는 경우, 기존주택 취득 후의 모든 양도소득에 대해서 양도소득세를 면제한다는 의미로 해석해야 하는바, 2000년 조특법 개정 취지에서 “5년 이내 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을, 5년 경과시 취득일로부터 5년간 발생한 양도차익에 대한 양도소득세를 면제”한다고 언급되어 있고, 조특법 상 용어와 소득세법상 용어는 분명히 구분되는 용어이므로(소득세법과 달리 조특법 상 신축주택은 토지와 건물을 구분하지 않음) 법상 종전주택이라는 개념은 원천적으로 존재할 수 없으며, 그 외 법령 등 해석상 “신축주택을 5년내에 양도하는 경우라도 신축주택 취득이전까지의 양도소득은 과세하는 것”이라는 처분청의 해석방식은 부당하다. (나) 처분청의 해석방식을 따를 경우 세액감면신청서의 양식과도 모순이 발생하는바, 세액감면신청서 작성요령에는 “7. 양도소득금액”에는 소득세법규정에 의한 양도소득금액을 기재하도록 되어있는 반면, 부동산을 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 “8. 양도당시 기준시가”, “9. 취득당시 기준시가”, “10. 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가”, “11. 5년이내 발생 양도소득” 등을 적시하도록 되어 있어, 5년내 양도시에는 전체 양도소득금액을 면제하도록 한 취지임이 명백하다 (다) 조특법에서 취득 후 5년을 기준으로 세액감면방식을 다르게 규정(5년내: 양도세면제 / 5년경과: 과세대상소득금액차감)한 이유는, 5년내 양도시 모든 양도소득이 감면대상임과 달리, 5년 경과후 양도시에는 과세대상 소득과 감면대상 소득이 혼재되어 누진세율에 의한 세액증가 효과를 방지하기 위한 것이다. (라) 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식 준용과 관련하여, 처분청의 해석방식은 계산식의 분자와 분모에 공통적으로 들어가는 “취득당시의 기준시가”를 임의로 구분․적용하므로 과세요건 명확주의에 어긋나며, 동 계산식은 5년 경과 후 양도시 감면대상 양도소득을 계산하기 위한 규정으로서 취득 후 5년내에 신축주택을 양도한 이 사건에는 적용될 여지가 없는바, 고등법원 판례(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결) 또한 같은 입장을 보이고 있으며, 처분청의 해석방식으로는 5년 경과 후 양도시와 달리 5년내에 부동산을 양도하는 경우에는 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하는 규정이 없는 이유를 설명할 수 없다. (마) 위와 같이, 이 사건의 경우 현행 법령상 계산방법이 규정되어 있지 않아 감면되는 양도소득금액을 산정할 수 없어 청구인의 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없으므로, 처분청이 부과한 양도소득세 전액을 취소해야 마땅하다.

(3) 처분청은 이와 같은 청구인의 주장에 대하여, 이 사건 양도소득세 감면대상은 조특법 제99조의3 제1항의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 하며, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것(조세법률주의)이며, 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 1998.

3.

27. 선고 97누20090 판결, 참조)하는바, 재건축으로 취득한 신축주택에 대하여 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도차익은 과세특례적용대상이 아닌 것으로 보아 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다는 입장이다.

(4) 살피건대, 조특법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있다고 보이는 점, 같은 조 제1항은 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 양도소득세의 세액을 감면”하도록 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합할 때, 처분청이 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득을 제외하고 쟁점신축주택 취득일부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면을 허용하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2013중2143, 2013.12.11. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.