조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면대상 양도소득금액에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.6.2. 취 득한 OOOOO OOO OOO OOO-O OOOOO OO OOO호(이하 “구주택”이라 한다)가 도시 및 주거환경정비법에 따라 재개발됨에 따라 구주택을 멸실하고, 2005.8.3. 같은 O OOO OOOOOOOOOOO OOOO OOOO호(이하 “신축주택”이라 한다) 를 취득(사용승인일 2005.6.24.)하여 보유하다가 신축주택을 2009.11.30. 양도한 후 조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 의거 산출세액(OOO,OOO,OOO O)의 100%를 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제99조의3 을 적용함에 있어, 구주택의 취득일로부터 신축주택의 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다)제40조 제1항에 따라 계산한 감면세액 OOO원을 산출세액에서 차감하고, 2013.6.20. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.2. 이의신청을 거쳐 2013.11.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있는 바와 같이 청구인은 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우이고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 규정은 신축주택 취득일부터 5년이 지난후에 양도하는 경우에만 적용하는 것으로, 종전주택을 철거하고 그 토지위에 주택을 신축하는 경우 종전주택은 멸실되고 신축주택의 구성요소로 되는 것이고, 종전주택은 양도된 바가 없으므로 종전주택에 대한 양도소득은 존재하지 않은 것이며, 신축주택을 양도하는 경우 신축주택의 양도소득만 존재하는 관계로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 사이의 가치 상승분은 신축주택의 양도소득에 포함되므로 감면대상소득은 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시까지 발생한 모든 소득금액을 의미하는 것임에도 감면을 일부 배제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3의 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축․재개발 포함) 의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액× (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하는 것으로, 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준 시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 종전 주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁 점 조특법 제99조의3의 규정에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 구주택 취득일부터 신축주택의 취득일전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 조세특례제한법시행령제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2009.11.30. 신축주택을 양도하고, 양도소득세 신고시 산출세액OOO을 전액 감면세액으로 하여 감면에 따른 농어촌특별세 OOO원을 납부하였고, 처분청은 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 경정․고지하였는 바, 청구인의 신고내역과 처분청의 경정내역은 아래의 〈표1〉과 같고, 기준시가 내역 및 감면 소득금액 산정내역은 아래의 〈표2〉및 〈표3〉과 같다. OOOOOOOOO OO O OOOO

(2) 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 5년 이내에 이를 양도하였으므로 전체 양도소득금액에 대하여 감면을 적용하여야 한다는 주장이나, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로, 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것(조심 2013서18, 2013.5.29. 같은 뜻임)이므로, 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.