2011사업연도 매출총이익 및 영업이익이 다른 사업연도에 비해 현저히 감소하였고, 단위당 원재료비가 크게 증가한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점재고차이를 매출누락액으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세하고, 대표자에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없으나, 실제 매입 사실이 확인되는 것은 손금산입함이 타당함
2011사업연도 매출총이익 및 영업이익이 다른 사업연도에 비해 현저히 감소하였고, 단위당 원재료비가 크게 증가한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점재고차이를 매출누락액으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세하고, 대표자에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없으나, 실제 매입 사실이 확인되는 것은 손금산입함이 타당함
OOO세무서장이 2014.8.5.～2014.8.7. 청구법인에게 한 법인세 OOO원의 각 소득금액변동통지 처분과 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은
1. 청구법인이 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서 2010.6.4.자 공급가액 OOO원과 주식회사 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서 2012.2.10.자 공급가액 OOO원 및 2012.2.18.자 공급가액OOO원 합계 OOO원을 각각 해당 사업연도 손금에 산입하여 법인세 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지 금액을 경정하고,
(1) 처분청이 원재료의 재고차이를 매출누락으로 보아 과세한 처분은 부당하다. (가) 처분청은 예치조사 등을 통하여 청구법인이 보유한 모든 자료를 확보하였으나, 확보한 자료를 검토하거나 규명하지 않고 아무런 근거 없이 쟁점재고차이가 사외유출된 것으로 보아 이 건 과세처분한 것은 부당하다. 청구법인은 세무조사기간 동안 경비일지, 작업일지, AL사업부 원재료 구매처로부터 매입액 및 대금지급증빙, AL사업부 제품의 매출처에 대한 매출금액 및 대금회수증빙 등을 모두 제출하였고, 처분청은 청구법인의 본사 및 AL사업부가 위치하는 OOO공장을 직접 방문하여 관련 직원들의 자료를 예치하는 조사까지 실시한바 있으며, AL 사업부 원재료 구매처에 직접 확인서를 발송하여 가공매입여부를 조사 하는 등 매출누락 등 혐의를 포착하고자 다양한 방법을 동원하였다. 하지만, 처분청은 청구법인이 제출한 자료 및 예치자료, 원재료 구매처의 확인서 등을 통해서 가공매입내역이라든지 매출이 누락되었다는 증빙을 전혀 제시하지 아니하였고, 청구법인은 세무조사기간 동안 쟁점재고차이가 사외유출되었는지 여부를 증언해 줄 수 있는 그 당시 현장담당자와의 인터뷰를 처분청에 요청한바 있으나, 처분청은 이를 거절하면서 충분한 조사를 통해 쟁점 재고차이의 성격을 규명하려고 하지 아니한 채, 단지 쟁점재고차이가 발생하였다는 사실만으로 매출누락한 것으로 본 것이다. (나) 처분청은 확보된 자료를 배제하고 표준배합비에 근거하여 임의로 추계산정한 원재료 추정금액을 과세근거로 삼는 것은 국세기본법의 근거과세원칙에 위배된다. 처분청은 예치 또는 청구법인이 제출하여 확보된 자료에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실이 전혀 밝혀진 바 없으며, 추계방식으로 산정한 원재료 추정금액 이외에는 처분청이 근거로 삼고 있는 사실이 전혀 없다. 처분청이 유일하게 과세근거로 삼고 있는 원재료 추정금액은 청구법인이 제시한 일부 배합비율의 샘플을 통해 처분청이 임의적으로 작성한 신빙성이 없는 추계자료로서, 2009년․2010년 원재료 추정금액과 장부상 실제 원가가 유사하다고 하여 청구법인이 쟁점재고차이가 2009년부터 2010년까지 생산과정에 투입되었다는 주장에 대한 반론의 근거로 삼고 있으나, 원재료 추정금액이 2011년과 2012년에는 장부상 실제 원가와 상당한 금액 차이가 발생하는바, 이는 합리적인 방법에 의한 추정금액이라 할 수 없다. 따라서, 처분청이 작성하여 근거로 제시한 원재료 추정금액 자료는 국세기본법상 근거과세원칙을 무시한 채, 쟁점재고차이가 실제로 매출누락 되었음을 입증하는 자료로는 볼 수 없다. (다) 처분청은 AL사업부에서 취급하는 원재료가 시중에 유통될 수 있다는 점에 착안하여 쟁점재고차이의 외부반출 가능성을 제기하였으나, 청구법인은 일례로 AL사업부에서 원재료 입고 후 타 거래처에 매각한 사례가 있으나, 이는 입고된 원재료가 감가감량이나 클레임 처리로는 해결이 되지 아니할 정도로 사용이 도저히 불가능한 경우에 부득이하게 발생하는 극히 드문 경우에 해당된다. 이 건 쟁점재고차이는 1,354톤으로서 만약 청구법인이 해당 원재료를 외부로 반출하였다면 이는 분명 운반차량을 기록한 경비일지에 특이사항이 발견되었어야 하나, 처분청은 청구법인이 처분청에 제출한 경비일지를 통해 외부반출 흔적이나 특이사항을 발견한 바 없어 정확한 근거에 따라 과세한 것이 아니라 그 개연성에 비추어 과세한 결과를 초래하였다. 한편, AL사업부에서 취급되는 원재료는 비철금속류로서, 이러한 비철금속류를 취급하는 영세한 중간도매상의 경우에는 원재료를 외부로 반출하여 이익을 취할 유인이 있을 수 있으나, 청구법인이 원재료를 소비하여 제품을 생산하는 최종소비의 단계에 있는 최종소비처라는 점과 청구법인이 제품을 생산하여 판매하는 주요 매출처가 OOO인 점을 고려할 때, 원재료를 투입하여 제품을 생산하지 않고 원재료를 그대로 외부 반출하여 제품공급에 차질을 빚는다면 청구법인 매출액의 대부분을 차지하고 있는 매출처(OOO)와의 관계가 악화되어 막대한 손실을 초래하므로 원재료를 외부 반출하여 이익을 취할 유인이 전혀 없다. (라) 청구법인은 AL사업부를 신설 후 사업시행 초기에 사업부 내에 관리상의 미흡으로 인해 쟁점재고차이가 발생하였으나, 이는 정상적인 재고차이에 해당된다. AL사업부에서 취급하는 원재료 품목들은 소위 비철금속에 해당하는 것으로서, 원재료 특성상 형태나 품질이 규격화되어 있지 아니하고 동일 품목이라 하더라도 입고시기별로 원재료에 이물질 등 불순물이 다량 함유되어 있거나 중량의 측정에 있어 오류가 발생하는 경우 등 원재료 특유의 특성으로 인해 원재료 투입량 대비 제품생산량(이하 “생산수율”이라 한다)에 많은 영향을 미친다. 청구법인은 AL사업부의 사업초기 해당사업의 운영경험이 전무한 상황에서 숙달된 전문인력도 부족하여 원재료의 입고 당시 체계화된 검사기준 없이 원재료를 입고시키다 보니 원재료 내에 수분, 고철캔, 그 밖의 이물질의 함유를 확인하는 절차가 미흡하였던 점, 2010년까지 원재료가 입고되면 벌크(Bulk)상태로 야적장에 쌓아놓고 정기적으로 목측에 의한 재고실사를 실시하여 정확한 중량측정에 한계가 있었던 점 등에서 원재료 중량의 계측 오류가 상당부분 발생한 것이다. 이에 따라 청구법인은 AL사업부의 적자원인을 분석하고 이를 타개하기 위한 방안으로 2011년 3월부터 2011년 11월까지 대대적으로 실측 재고조사 즉, 집게차 등을 이용하여 실제로 원재료 및 제품 중량을 측정하고 추가 목측에 의한 재고조사를 실시하였으며, 그 이전까지 인지하지 못하였던 재고부족분 1,354,002㎏(OOO원 상당액)을 파악하였고, 그 이후 AL사업부의 관리상 문제점의 심각성을 인지하고 재고부족분에 대한 원인분석 및 개선방안을 다각도로 모색하는 조치를 취하고 있다.
(2) 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다. 청구법인은 쟁점거래처에 거래대금을 적법한 절차에 의해 지급하였고, 매입거래와 관련하여 모든 거래증빙을 갖춘 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점거래처가 자료상이라 하여 실물거래가 없는 것으로 보아 부가가치세 및 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 거래관행상 원재료 매입이 반복적이고 빈번하게 발생하므로 거래시마다 사업자 명의의 진위여부를 개별적으로 판별하는 것은 사실상 곤란하나, 거래시마다 사업자등록증 사본과 대표자 본인 통장 사본을 수취하고, 휴․폐업 조회결과를 통해 거래처가 해당 기간에 부가가치세 일반과세자로서 정상적인 영업활동을 수행하고 있는지 여부를 검토하여 정상거래처임을 확인하는 등 선량한 거래당사자로서 취해야 할 의무를 충실히 이행하였으며, 그 당시 위장사업자라고 의심할 만한 정황을 전혀 인지하지 못하였다. (나) 특히, 쟁점거래처 중 OOO의 경우 이전에 지속적으로 거래하고 있던 ‘OOO’이라는 업체가 법인사업자로 전환되었다는 거래상대방의 통지에 사업장 방문의 필요성이 상대적으로 낮았다 할 것이며, 타 거래처와 동일하게 사업자등록증 사본 및 통장사본을 수령하여 이상이 없음을 확인하였으므로 OOO이 명의위장사업자라고 의심할 여지가 없었다. (다) 청구법인은 쟁점거래처로부터 원재료를 매입하고 세금계산서를 정상적으로 교부받았으며, 원재료 입고 당시 해당 원재료의 중량을 계측하여 구매한 원재료가 적정하게 입고되었는지 확인하는 절차를 취하였는바, 이는 청구법인이 차량이 입출고될 때마다 기록하고 있는 차량입출고대장 및 실제로 해당 원재료 입고 중량을 계량하여 기록한 계량표(또는 계량확인서) 등을 통해 확인되며, 해당 원재료 매입가액을 쟁점거래처에 지급한 내역인 이체내역을 통해 실제로 해당 거래처에 대금결제를 정상적으로 하였음을 알 수 있다. (라) 청구법인은 쟁점거래처로부터 구입한 원재료를 투입하여 관련 제품을 생산하였으며, 관련 제품의 매출처인 OOO(주) 및 OOO(주)에 판매하여 매출대금을 수취하였음은 구매입고내역, 자재수불부, 생산일보, 제품수불부, 영업매출원장, 수금내역 등을 통해 모두 확인되고 있다. 즉, 해당 쟁점거래처로부터 실제 원재료를 매입하여 운반차량에 의해 입고된 사실, 쟁점거래처에 대해 원재료 매입대금을 정상적으로 결제한 이체내역, 구매한 원재료를 제품생산에 투입하여 특정 제품이 생산 및 판매되어 대금이 회수된 사실 등 원재료 입고부터 제품판매까지 모든 거래흐름에 있어 구체적인 증빙에 의해 확인된다. 따라서, 처분청이 단지 쟁점거래처가 명의위장사업자라는 사실만으로 세무조사기간 동안 청구법인이 제출한 구체적이고 객관적인 증빙에 대한 충분한 검토 없이 해당 매입거래를 가공거래로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 해당 공급가액을 법인세의 각 사업연도 소득 금액 계산시 손금불산입, 대표자 상여로 소득처분한 것은 부당하다.
(1) 실제 원재료 재고와 장부상 재고차이를 매출누락한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 2011년 실측 재고조사를 통하여 OOO원 상당의 재고부족분을 발견하였고, 이 재고차이분에 대한 사유가 생산현장에서 과거 실제 투입했음에도 불구하고 해당 투입량 기록을 누락하였으며, 입고와 출고 당시 계근 중량차이에 의해 발생한 것으로 이는 장부상 원가에 반영되었다고 보는 것이 타당하다고 주장하나, 청구법인은 재고차이분이 실제 생산현장에 투입되었다는 사실을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙을 제출하지 못하고 단지 조사시점에 이미 퇴사한 생산현장 담당자가 제출한 기안품의서만을 증빙자료로 제출하고 있을 뿐이며, 청구법인이 제출한 표준배합비를 근거로 생산된 제품의 수량을 역산하여 원재료 투입수량을 구하고, 여기에 평균 매입단가를 곱하여 계산하면 당기 투입 원재료비를 산출할 수 있고, 2009년과 2010년의 원재료비는 청구법인이 법인세 신고시 계상한 원재료비와 크게 다르지 않은 것으로 확인되는바, 이는 2009년과 2010년에 법인세 신고시 계상된 원재료비 외에 추가 원재료 투입이 있었다고 볼 여지가 없는 것이다. (나) 청구법인은 코스피 상장회사로 회계감사를 통하여 매년 재고파악을 실시하고 있으며, 이를 기초로 당해연도 원재료비를 계산하여 매출이익을 공시하였는데 2011년에 발견된 쟁점재고차이가 2009년․2010년 귀속이라면 그 당시 원재료비로 계상되었어야 하며 해당연도의 매출이익도 추가로 감소하게 되는 바, 이는 청구법인이 손익의 귀속시기를 조정하여 의도적으로 2009년․2010년 손실을 낮게 공시한 것으로 청구법인의 매출손익이 분식회계라고 볼 수밖에 없으며, 청구법인이 조사과정에서 제출한 모든 자료는 재고부족분에 대한 원인을 단지 담당직원의 진술만으로 추측하거나 재고부족분에 대한 개선방안만을 제시하였고, 재고부족분이 과거 생산과정에서 투입되었다고 객관적으로 확인할 수 있는 증빙자료는 전혀 제출하지 못하였으며 만약 청구법인의 주장대로 과거 재고부족분이 이미 생산과정에서 투입되었다면 2011년에 계상한 추가불출분 원재료비에 대응하는 매출이 2009년과 2010년 매출에 이미 반영되었다는 것에 대한 입증책임이 청구법인에게 있음에도 이에 대한 어떠한 입증자료를 제시하지 못하고 있는 것으로 보아 청구법인의 주장은 타당성이 없다. (다) 청구법인의 부문별 손익계산서를 보면, 유독 2011년의 매출총이익(OOO원), 영업이익(OOO원)이 다른 사업연도에 비해 많은 손실이 발생된 것으로 나타나고, 2011년의 단위당 원재료비(2,727원/kg)도 다른 사업연도에 비하여 높으며, 표준배합비로 계산된 원재료비와 원가에 반영한 원재료비의 차이(OOO원) 또한 유독 2011년이 다른 사업연도에 비해 많이 발생하고 있는바, 이는 2011년의 원재료비가 실제 투입된 원재료 외의 추가불출이란 명목으로 계상된 원재료비에 의한 것으로 추가불출된 원재료는 그 자체로 충분히 시장성이 있고 공급보다는 수요가 많은 원재료로서 원재료 상태로 충분히 판매 가능한 것으로, 청구법인은 추가불출된 원재료를 장부외 재고로 보유하고 있지 않으므로 사외유출된 것으로 보아 익금산입하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. (라) 청구법인은 재고자산의 수량차이가 실제 사외로 유출되어 매출누락되었다고 특정하기 위해서는 법인의 장부인 판매일지나 매입매출장, 세금계산서 등을 함께 검토하여 이를 확인하여야 하는 것이지 단순히 재고자산 수량차이가 있다는 사유만으로 이를 곧바로 매출누락으로 간주할 수 없다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2011년 3월부터 2011년 11월까지 전수 재고조사를 실시하여 파악된 재고부족분은 재고관리절차의 미흡으로 인해 실제 원재료 등 재고의 계측 오류 문제, 불명확한 검수기준에 따른 불량 원재료에 대한 임의적인 감가감량, 실제 원재료가 생산과정에 투입되었음에도 불구하고 생산현장 담당자의 장부상 기재 누락 등의 사유로 인해 발생하였으므로 장부상 원가에 반영되었다고 보는 것이 타당하다고 판단하여 사실상 원재료의 투입 행위 없이 2011년 귀속의 원재료비를 계상한 것이라면 재고부족분이 실제 생산과정에 투입되었다는 사실을 입증할 책임은 청구법인에게 있으나 이에 대한 입증자료를 전혀 제출하지 않고 있다. (마) 이와 같은 사실로 볼 때, 쟁점재고차이의 발생 원인이 청구법인의 주장대로 담당자의 공정 투입량 기록을 누락하였다는 사실을 인정할 만한 증빙자료도 없고, 재고가 도난이나 자연감모 되었다는 사실도 확인할 수 없으며, 쟁점재고차이 금액만큼 가공매입이 있었다는 가능성도 희박하므로 쟁점재고차이는 결국 매출누락으로 볼 수밖에 없는 것이다.
(2) 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세 등을 과세한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 쟁점거래처와의 거래시마다 사업자등록증 및 대표자 통장 사본을 수취하고, 휴·폐업자 조회결과를 통해 쟁점거래처가 해당기간에 부가가치세 일반과세자로써 정상적인 영업활동을 수행하고 있는지 여부를 검토하여 정상거래처임을 확인하였다고 하나, 쟁점거래처 중 OOO의 경우 고철·비철 도매업 사업장으로 사용한 적이 전혀 없는 사업장이었으며 신규사업자와의 거래시 현장확인 등을 통하여 실제 정상적인 영업활동을 수행하고 있는지에 대한 상태를 확인하여야 함에도 확인절차를 하지 않았으며 해당 업체를 알게 된 경위 및 구매경로 등에 대한 소명요청에도 파악하기 어렵다는 답변만 하는 등 거래 당시 선량한 주의의무를 다했다고 보기 어려우며, 조사청의 OOO 조사결과에 따르면 OOO의 매입․매출액은 전액 실물 거래 없는 가공금액으로 확인되었고 해당 거래가 가공거래가 아닌 실제 원재료 매입하였음을 입증할 수 있는 근거자료가 부족하여 실제 원재료를 매입하였는지 여부를 확인할 수 없었다. (나) 또한, 쟁점거래처 중 OOO과의 매입거래에 대하여 이전에 지속적으로 거래하고 있던 ‘OOO’이라는 업체가 법인사업자로 전환하면서 설립된 법인으로 계속 거래를 해오던 업체가 법인사업자로 전환되었다는 사실에서 사업장 방문의 필요성이 상대적으로 낮았다 할 것이고, 타 거래처와 동일하게 사업자등록증 및 통장사본을 수령하여 이상이 없음을 확인하였다고 주장하나, OOO과의 거래도 단발성(2012.1.17. OOO원)으로 이루어진 거래로 지속적인 거래를 해왔다고 볼 수 없고, OOO은 2011.6.1. 개업일 이후 청구법인에 대한 조사종결 시점인 2014.1.20.까지 계속사업자이었고, OOO은 2012.2.1. 사업개시 후 2012.12.31. 폐업된 상태이며, OOO의 사업자등록증상 사업장 주소는 ‘OOO’로 OOO의 사업자등록증상 사업장 주소인 ‘OOO’과는 전혀 다른 사업장이고, 대표자 또한 OOO은 김OOO, OOO은 정OOO으로 청구법인이 주장하는 OOO이 OOO으로 법인 전환되었다는 청구주장은 신빙성이 없고, 사업자등록증 사본 등에 이상이 없어 명의위장사업자라고 의심할 여지가 없었다는 청구주장 또한 신뢰성이 없는 바, 이는 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 보기 어려울 뿐 아니라 실제 원재료를 매입하였음을 확인할 수 없어 가공거래로 확정하여 해당 원재료비를 손금불산입하고 부가가치세 매입세액 불공제한 이 건 처분은 정당하다.
① 원재료의 실물재고와 장부상 재고와의 차이를 매출누락(사외유출)한 것으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세하고 소득금액변동통지한 처분의 당부
② 청구법인은 쟁점세금계산서상의 실물을 매입하였고, 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것) 제15조(익금의 범위)
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.
1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액
2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액
3. 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액
③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제60조(매입세액의 범위) ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
(1) 청구법인은 내화물 제조 및 판매, 축로와 단종건설을 영위하는 법인으로 2000년 10월 한국거래소에 상장하였으며, 2009년 OOO공장 준공으로 OOO에서 현 사업장 소재지로 본점을 이전하였고, OOO(주)를 모법인으로 하는 OOO그룹의 계열법인으로 주요 매출처는 OOO(주)로 매출액의 70%를 차지하고 있으며, 청구법인의 AL사업부는 고철, 비철 도매업체로부터 알루미늄 비철을 매입하여 탈산제, 용탕, INGOT Pellet의 알루미늄 제품을 생산하는 사업부로서 2009년 6월부터 생산을 개시하였다.
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 작성한 ‘AL 사업부 원자재 차이 추가불출내역’과 ‘AL 제조원가관리(1～12월)’에 의하면, 2011년에 원재료 1,354,002㎏(OOO원 상당)이 추가불출 되었음이 나타나는바, 위 추가불출내역은 2011년 실측 재고조사를 통한 장부상 재고와 실제 재고의 차이와 관련하여 실제 원재료 투입행위 없이 2011년 원재료비로 계상한 것을 청구법인이 정리한 것으로서, 2011년 쟁점재고차이(1,354,002㎏, OOO원 상당액)가 발생한 사실에 대하여는 청구법인과 조사청 간 다툼이 없다. (나) 청구법인의 AL사업부 손익계산서를 보면, 사업연도별 손익현황은 아래 <표1>과 같이 나타난다. OOO (다) 2009년～2012년의 원재료 수불부에 의하면, 청구법인의 원재료비 현황은 아래 <표2>와 같이 나타난다. OOO (라) 처분청은 청구법인이 제출한 표준배합비를 근거로 생산된 제품의 수량을 역산하여 원재료 투입수량을 구하고, 여기에 평균 매입단가를 곱하여 당기 투입 원재료비를 계산하였는바, 이와 같이 계산된 2009년과 2010년의 원재료비는 청구법인이 해당 과세연도 법인세 신고시 계상한 원재료비와 크게 다르지 않은 것으로 확인되어 2009년과 2010년 법인세 신고시 계상된 원재료비 외에 추가 원재료 투입이 있었다고 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 처분청이 표준배합비를 근거로 원재료비를 산정한 것은 청구법인이 제시한 일부 배합비율의 샘플을 통해 처분청 임의로 작성한 신빙성 없는 추계자료로서 원재료비 추정금액이 2011년과 2012년의 장부상 원가와 상당한 차이가 발생하므로 합리적인 방법에 의한 원가 추정금액으로 볼 수 없다고 주장하였다. OOO (마) 청구법인은 쟁점재고차이가 2011년 원재료 실물재고와 장부재고를 일치시키기 위하여 원가에 반영하여 재고차이를 조정한 것으로 생산현장 담당자의 장부상 기재누락 등의 사유로 인해 발생하였으므로 장부상 원가에 반영되었다고 보는 것이 타당하다고 주장하면서 그에 대한 증빙으로 원재료 입고분 클레임 처리방안 보고자료(2010년 4월～2011년 10월 AL사업부 내부회의록 등), AL사업부 재고자산 전수 재고조사 관련 기안품의(2011.3.10.), AL사업부 2011.5.20. 재고조사결과 재고부족사유 보고서(2011.6.2.), 윤OOO 과장의 원재료 재고부족사유서 및 임의 감량․감가 사유서(2011.6.8.), 2011년 상반기 재고관리 문제점 및 대책방안(2011.6.8.), 손익 대책회의 자료(2011.9.23.), AL사업부 손익관련 토론회 자료(2011.11.16.), AL원재료 검사성적 현황보고서(2011.5.30., 2011년 10월부터 매월), AL사업부 원재료 매각 품의(2011.12.16.) 등을 제시하였다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 코스피 상장회사로 회계감사를 통해 매년 재고파악을 하고 있고 이를 기초로 당해연도 원재료비를 계산하여 매출이익을 공시하고 있는 점, 2011년 장부상 추가불출분(쟁점재고차이) 원재료비에 대응하는 매출이 2009년과 2010년에 이미 반영되었다는 주장에 대한 입증책임은 청구법인에게 있음에도 쟁점재고차이가 과거 실제 제품생산에 투입되었다거나 도난 또는 자연감모되었다는 사실에 대한 객관적인 증빙을 제출하지 못하는 점, 청구법인의 AL사업부의 손익계산서상 2011년 매출총이익이나 영업이익이 다른 사업연도에 비해 현저히 감소하였고 2011년 단위당 원재료비도 다른 사업연도에 비해 증가한 것으로 나타나는바, 2011년 원재료비가 실제 투입된 원재료 외의 추가불출이란 명목으로 계상된 원재료비에 의한 것으로 보이므로 실제 재고로 보유하고 있지 않다면 매출 등의 방법으로 사외유출되었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점재고차이를 매출누락으로 보아 원재료비 추정금액을 근거로 법인세 및 부가가치세를 과세하고, 매출누락액을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 조사청은 청구법인과 쟁점거래처와의 매입거래(아래 <표4> 참조)에 대하여 쟁점거래처가 전부자료상으로 확정되어 고발된 업체이므로 이 건 매입거래를 모두 가공매입으로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 매입원가를 손금부인하여 부가가치세 및 법인세 등을 과세하였다. OOO (나) 청구법인은 쟁점거래처와 실물거래가 있었고, 설령 쟁점거래처가 자료상이라고 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하면서 그 증빙으로 쟁점거래처의 사업자등록증 및 통장 사본, 관련 세금계산서, 전표증빙서, 계량표 및 계량확인서, 차량출입대장, 계좌거래내역, 입고전표내역 및 매입한 원재료 투입․판매내역(아래 <표5>, <표6> 참조) 등을 제시하였다. OOO (다) 국세통합시스템에 의하면, OOO 및 OOO의 사업이력사항은 아래 <표7>과 같은바, 청구법인은 OOO이 OOO의 법인전환으로 설립된 업체라고 주장하나, 처분청은 양사의 사업장 소재지 및 대표자가 상이하므로 청구주장은 신빙성이 없다는 의견이다. OOO (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처와의 매입거래가 가공거래가 아닌 실지거래가 있었음을 증빙하는 자료로 원재료 투입․판매내역 등을 제시하였으나 동 내역이 쟁점거래처와의 매입거래와 관련되는지 불분명한 점, 과세관청의 조사결과 청구법인의 매입처인 쟁점거래처의 매입․매출거래가 모두 실물거래 없는 가공(위장)거래로 쟁점거래처가 자료상으로 확정된 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점거래처와 실지거래를 하였을 뿐 아니라, 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 다만, 청구법인의 구매입고내역, 자재수불부, 생산일보, 제품수불부, 영업매출원장, 매출처 수금내역 등에 따라 쟁점세금계산서상 매입금액에 상당하는 원재료를 구입하여 관련 제품을 생산․판매한 것으로 보이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 과세기간의 관련 매입세액은 불공제한다 하더라도 관련 매입원가 OOO에 대하여는 손금으로 인정하여 해당 사업연도의 법인세 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지 금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.