토지와 건물의 양도가액을 기준시가에 따라 안분계산하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO대지 373.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 청구인의 배우자 OOO은 쟁점토지에 근린생활시설 999.4㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 2005.10.13. 보존등기를 하였으며, 청구인과 배우자 OOO은 2013.9.12. 쟁점부동산을 일괄하여 OOO원에 OOO에게 양도하였다.
• 나. 청구인은 2013.11.30. 쟁점토지의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 배우자 OOO도 같은 날 쟁점건물의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 기타필요경비 OOO원으로 하여 양도소득금액 OOO원으로 예정신고하였다.
• 다. 처분청은 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지의 양도가액을 아래 <표>와 같이 양도 당시 기준시가에 의해 안분한 OOO원으로 하여 2014.4.10. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. <표> 쟁점부동산 양도가액 안분 내역
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2014.6.27. 이의신청을 거쳐 2014.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산을 양도하면서 편의를 위해 일괄하여 매매계약서를 작성하였으나 부동산거래 계약신고시에는 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 구분하였고 등기부에도 양도가액이 구분되어 있으므로, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 불분명하다고 본 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산을 매수한 OOO은 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 별도로 구분하여 가액을 산정하지 아니하였다고 답변하였고, 매매계약서에도 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 구분되어 있지 아니한바, 청구인은 임의로 쟁점토지의 양도가액을 낮추어 양도소득세를 과소신고하였다. 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 불분명한 경우에 해당하므로 소득세법 시행령제166조 제6항 및 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 제1호에 의하여 양도 당시의 기준시가에 따라 안분하여 쟁점토지의 양도가액을 경정하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 토지와 건물을 일괄 양도하여 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 토지와 건물의 양도가액을 기준시가에 따라 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 쟁점부동산 매매계약서OOO를 보면 쟁점부동산을 일괄하여 OOO원에 양도하는 내용이 나타나고 이외에 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 구분한 내용은 나타나지 아니한다.

(2) 쟁점토지의 개별공시지가를 보면 2003년 취득 당시는 OOO원/㎡이었으나 이후 상승하여 2013년 양도 당시는 OOO원/㎡으로 확인된다.

(3) 청구인이 제시한 부동산거래계약신고필증(2013.9.12.)에는 실제 거래가격이 쟁점토지는 OOO원, 쟁점건물은 OOO원으로 되어 있다.

(4) 청구인이 제시한 쟁점토지의 취득관련 매매계약서OOO에 의하면 그 취득가액은 OOO원으로 나타나고, 쟁점건물 신축관련 도급계약서OOO에 의하면 공사금액(공급가액)은 OOO원으로 나타나며, 청구인은 이러한 가액에 의해 쟁점부동산 양도가액을 안분하여야 한다고 주장한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 제시한 매매계약서를 보면 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 구분되지 아니하고 일괄하여 OOO원에 양도되었고, 매수인도 구분하지 아니한 사실을 인정하고 있으므로 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는 점, 일괄하여 양도된 부동산의 양도가액의 구분이 불분명한 경우 소득세법 시행령 제166조 제6항 및 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 에서 감정평가액이 없으면 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는 점, 청구인은 쟁점토지의 양도로 발생한 차익이 거의 없다고 주장하나, 쟁점토지는 약 10년의 보유기간 동안 개별공시지가가 OOO원/㎡에서 OOO원/㎡으로 상승한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.