[요지] 청구인은 ○○개발㈜와 3년간 임대차계약을 체결하여 쟁점토지를 공사현장의 야적장으로 사용하였던 점, 청구인은 야적장 상태에서 쟁점토지를 양도한 사실에 다툼이 없어 쟁점토지를 양도 당시 부득이한 일시적 휴경농지로 볼 수 없는 점, 청구인은 당초 쟁점토지의 양도가액을 ○○○백만원으로 신고하였다가 실제 양도가액을 ◇◇◇백만원으로 수정하였고 처분청도 이 수정가액을 인정하였으나 양도가액을 사실과 다르게 기재한 경우로 보아 장기보유특별공제를 배제한 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음
[참조결정] 조심2012중1357
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 8년 이상 자경한 농지로서 양도일 현재 일시적 휴경 상태였으므로, 관련 예규(재산세과-733, 2009.11.13., 대법원 1988.9.22. 선고 97누706 판결, 조심 2012중1357, 2012.9.3.)에 의하면 쟁점토지는 부득이한 일시적 휴경에 따른 농지라는 점에서 양도 당시농지가 아닌 것으로 보아 양도소득세의 감면을 부인한 처분은 부당하다. (가) 청구인은 1999.2.18. 취득한 쟁점토지를 포함하여 인근 10필지에 대해 직접 8년 이상 경작을 하는 전업 농업인이고, 쟁점토지는 OOO의 농지원부에 2000.2.28. 등재된 후 매매를 원인으로 2012.5.8. 정리되기까지 청구인이 직접 경작한 토지로 관리되어 왔다. (나) 쟁점토지는 양도 당시 OOO 노반시설 기타공사(터널공사) 현장에서 적출되는 토사를 야적하기 위해 사용 중이었으나, 임대차계약 당시 청구인이 직접 경작 중이던 농지였고 일시적(3년)인 임차기간 종료 후 농지로 원상회복 할 것을 약정하였던 점에서 일시적인 휴경상태였던 사실이 명백하고, 청구인과 OOO 주식회사 사이에 작성된 토지임대차 및 보상계약서에는 ‘농지 타용도 일시전용 허가일로부터 3년’의 계약기간과 ‘토지 사용완료 후 원상복구... (2항)’로 명시되어 있으며, 임대차기간 종료 후 원상복구 시 현재의 형질을 변경하고자 할 경우 일체의 비용은 청구인이 부담한다는 약정이 있고, 특히 청구인은 임대차기간 종료 후 경지정리작업을 요구하면서 “현 콘크리트도로 지반고 +100mm 이상을 기준으로 하되”라고 약정한 점으로 볼 때 원상회복을 전제로 한 임대차계약임을 알 수 있으며, 계약특수사항에서도 ‘임대차계약 완료 후 원상복구 시 현재의 형질..’인 농지로 원상회복을 전제로 그 변경할 경우의 책임을 규정하고 있는 바와 같이 일시적인 휴경상태에서 쟁점토지를 양도하였다는 점이 입증되며, 만일 쟁점토지를 임대하지 않았다면 공사장 소음과 진동으로 인하여 사실상 경작이 불가능했었을 것이고, 계약내용에 따라 OOO 주식회사는 공사완료 이후 쟁점토지를 농지상태로 원상회복시켜 놓았는바, 쟁점토지는 OOO 노반시설 터널공사를 위해 필수적으로 필요한 토지였고, 국가기반시설공사라는 공공목적을 위한 수용에 준하는 형태의 불가피한 임대차계약을 통해 일시적으로 토사 야적장으로 사용된 점에서 청구인의 자발적인 휴경이 아닌 점에서 부득이한 원인으로 인한 휴경으로 보는 것이 타당하므로, 쟁점토지는 일시적인 휴경상태에서 양도한 8년 이상 자경농지에 해당한다.
(2) 처분청은 당초 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고서 제출 시 첨부된 토지매매계약서에 양도가액이 OOO원으로 기재되어 있으나, 청구인이 금융증빙자료를 첨부하여 실지양도가액을 OOO원으로 하여 수정신고서를 제출한 것이 국세통합시스템에서 확인되어조세특례제한법제120조 제1항의 규정인소득세법제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 “이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다”라는 감면배제규정을 적용해야 하는 것이라고 하나, 청구인 입장에서 스스로 쟁점토지의 양도가액을 상향조정할 이유가 없고, 위의 매매계약서는 매수인의 대출금액 상향조정과 중개과정에서 임의로 작성되어진 것이며, 당초의 양도소득과세표준 신고도 부동산중개인과 거래관계에 있는 세무대리인이 한 것이므로조세특례제한법제129조에 따라 감면을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.
(1) 쟁점토지는 양도일 현재 야적장으로 사용중인 토지로서 양도일 현재의 농지를 기준으로 하는조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하지 아니한다. (가) 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경한 농지로서 양도일 현재 일시적 휴경상태로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 OOO현장에서 적출되는 토사를 야적하기 위한 장소로 사용할 수 있도록 OOO주식회사와 장기(2010.6.30.～2013.6.29.)간 임대차계약을 체결하여 야적장으로 사용하던 중 농지로 원상회복되기 전인 2012.5.3. OOO에게 야적장 상태로 양도한 것이다. (나) 또한, 청구인과 OOO주식회사 간 체결한 “토지임대차 및 보상계약서”에 따르면 ‘토지사용 후 원상복구에 대하여는 계약특수사항에 의한 절차에 따라 이행한다’는 약정이 있고, “계약특수사항”에는 임대차기간 종료 후 토지경지정리(정지)작업을 요구하면서 ‘현 콘크리트도로 지반고 +100㎜ 이상을 기준으로 하되......’라고 약정한 사실이 있고, 일반적으로 답의 지반고는 도로보다 낮은 점을 감안할 때 임대차기간 종료 후에는 쟁점토지를 다른 용도로 변경하기 위한 것이고, 야적장으로 사용할 수 있는 토지가 반드시 청구인이 소유하였던 쟁점토지이어야 하는 것은 아니므로, 양도일 현재 야적장으로 사용 중이던 쟁점토지를 부득이하게 일시적 휴경 상태에 있는 농지로 보는 것은 곤란하다. (2)청구인은 매수인인 OOO의 요구에 따라 실지거래가액과 다른 거래가액으로 매매계약서를 작성하였고, 이를 바탕으로 양도소득세 과세표준 예정신고와 이후 수정신고를 한 것으로 확인되어조세특례제한법제129조에 따라 양도소득세 감면을 배제한 당초의 처분은 정당하다. (가) 쟁점토지의 실지거래가액은 청구인이 수정신고 시 제출한 금융증빙자료(OOO 거래명세표)를 통해 OOO원으로 확인되며, 쟁점토지의 매매계약서와 등기부등본에는 거래가액이 OOO원으로 기재되어 있으나, 쟁점토지의 실지거래가액과 매매계약서의 거래가액이 서로 다른 것은 쟁점토지의 매수인인 OOO의 대출금액 상향을 위해 부동산 중개인인 OOO의 중재를 통해 이루어진 것으로, 청구인이 제출한 사실확인서에 의하여 확인된다. (나)조세특례제한법제129조(양도소득세의 감면 배제 등)에 따라 허위계약서를 작성한 경우 양도소득세 감면을 배제하는 것은 부동산 거래의 투명성 제고를 통한 실지거래가액 과세제도의 정착을 위해 2011.7.1.부터 도입된 제도로서 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액보다 적게 적은 경우(Down계약) 뿐만 아니라 높게 적은 경우(Up 계약)에도 적용되는 것이므로, 쟁점토지의 경우도 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에 해당하여 양도소득세의 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제129조【양도소득세의 감면 배제 등】①소득세법제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여소득세법제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다. <신설 2010.12.27.> 부칙<법률 제10406호, 2010.12.27.> 제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의23의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조의2 제4항ㆍ제5항의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제73조(제1항 제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의4 제13항, 제104조의16 제4항 제2호 및 제129조 제1항의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다. 제48조(양도소득세의 감면 배제 등에 관한 적용례) 제129조 제1항의 개정 규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제129조 제1항의 개정규정 시행 후 최초로 매매계약하는 분부터 적용한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역
② ～ ④ (생 략)
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는소득세법 시행령제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준 3.광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
⑥ 소득세법제89조 제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환·분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환·분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.
⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만,공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가)
⑧ ～⑫ (생 략)
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.
(3) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[측량·수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우: 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조 제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액
2. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액
(1) 청구인의 주민등록표상에는 청구인이 1987.7.5.부터 2012.7.16.까지 충청남도 OOO에 주소가 등재되어 있어 쟁점토지 취득후부터 양도시까지 쟁점토지 소재지에서 거주한 것으로 나타나고 있으며, 세종특별자치시 OOO이 2013.11.21. 발행한 농지원부에는 최초작성일자가 1994.6.8. 농업인 성명이 청구인으로, 쟁점토지에 대하여 실제 지목이 답으로, 주재배작물을 벼로 기재되어 있음이 확인된다.
(2) 청구인은 쟁점토지를 1999.2.18. 소유권을 취득한 후 경작해오다 2010.6.30.부터 3년의 기간동안 국가기반사업인 OOO 노반시설 기타공사현장에서 야적장으로 사용하도록 하는 토지임대차계약을 시공업체인 OOO 주식회사와 체결한 후 계약이행을 위해 쟁점토지에 대하여 사용을 승낙하였으며, 청구인은 위 임대차계약기간 중인 2012.3.12. OOO에게 매매하고, 2012.7.16. 양도가액을 OOO원으로 하면서 쟁점토지가 8년 이상 자경농지라 하여 양도소득세 OOO원을 감면세액으로 예정신고한 후, 처분청이 쟁점토지에 대한 조사 후 쟁점토지가 양도당시 농지에 해당하지 않으므로 8년 이상 자경농지에 해당하지 않는다는 사유로 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정·고지하기 전인 2013.11.30. 청구인이 금융증빙자료(OOO거래명세표)를 첨부하여 쟁점토지에 대한 실지양도가액을 OOO원으로 수정하여 수정신고서를 제출하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 감면신청을 부인하여 OOO원을 경정·고지한 사실이 처분청의 제출자료 및 국세통합시스템에서 확인된다.
(3) 청구인과 OOO 주식회사 간의 2010.6.30. 쟁점토지에 대한 임대내역을 보면, 쟁점토지에 대하여 청구인(“갑” 임대인)과 OOO주식회사(“을” 임차인) 사이에 쟁점토지를 OOO 주식회사의 OOO 노반신설 기타공사현장에서 농지 타용도 일시전용 허가일로부터 3년간 임차·사용함에 있어 OOO원을 임대금액으로 정하고, ‘을’은 임차기간 중 ‘갑’의 동의 없이 임차토지에 대하여 전대, 임차권 양도 또는 담보제공 및 임대차 목적 이외 용도로 사용할 수 없고, ‘갑’은 임대토지에 대하여 매매 양도할 경우 필히 ‘을’의 합의를 득하고 ‘갑’ 임차계약권리를 승계이행하여야 하고, ‘갑’은 쟁점토지의 사용을 완료한 후 원상복구 시에는 ‘갑’과 ‘을’ 간의 계약특수사항에 의한 절차에 따라 이행하며, 쟁점토지의 임대료 지급방법은 임대계약 체결 후 15일 이내에 일시불로 토지의 법적 소유주 개인의 예금계좌로 송금하는 것을 원칙으로 하며, 임차인이 임대료 지급을 위반하였을 때에는 임대인은 즉시 본 계약을 해지할 수 있는 것으로 약정하면서, 계약특수사항으로 임대차계약 완료 후 원상복구 시 현재의 형질을 변경하고자 할 경우 일체의 허가행위 관련 비용과 분할지적 측량은 소유주가 하여야 하며, 경지정리 작업 시 높이는 현 콘크리트도로 지반고 +100㎜ 이상을 기준으로 하되 인접농지와의 승고 높이에 대한 분쟁은 소유주가 허가행위 전 상호 협의 완료하고 형질변경허가서에명시된 적법한 기준치를 준수하여 시공하도록 약정한 것으로 확인된다.
(4) 청구인과 OOO 주식회사 간의 쟁점토지 사용승낙내역을 보면 다음과 같이 기재되어 있고, 실제 청구인의 쟁점토지 양도 당시 OOO 주식회사가 쟁점토지를 OOO 노반신설 기타공사를 위한 가설건물 및 임시버럭야적장으로 사용한 사실에 대하여 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. (5)조세특례제한법제69조 제1항에서 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제129조 제1항에서소득세법제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여소득세법제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한하는 것으로 규정하고 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정의 적용대상이 되는 농지는 원칙적으로 양도일 현재 실지로 경작에 사용되는 토지를 의미하는 것으로, 양도일 현재 실지로 경작에 사용되지 아니한 토지는 경작에 사용되지 못한 사유가 계절적인 사유 등 일시적인 휴경상태로 인한 것이 아닌 한 양도일 현재 농지로 볼 수 없는 것으로, 청구인은 OOO 노반시설 기타공사 현장에서 적출되는 토사를 야적하기 위한 장소로 쟁점토지를 사용할 수 있도록 OOO 공사업체인 OOO 주식회사와 2010.6.30.부터 2013.6.29.까지 3년간 임대차계약을 체결하여 쟁점토지를 공사현장의 야적장으로 사용하던 중 농지의 상태로 원상회복되기 전인 2012.5.3. OOO에게 야적장 상태에서 양도한 사실에 다툼이 없어 쟁점토지 양도 당시 부득이한 일시적 휴경농지로 보기 어려운 점, 또한조세특례제한법제129조 제1항에서 “소득세법제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여소득세법제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다”라고 하여 감면을 배제하도록 규정하고 있는바, 청구인이 당초 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 신고하였다가 수정신고시 쟁점토지에 대한 실제 양도가액을 OOO원으로 수정하여 처분청에 양도소득세 수정신고서를 제출하였고 처분청도 이를 인정한 점 등에 비추어 청구인이 양도한 쟁점토지에 대하여 처분청이 양도소득세의 감면배제대상으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.