조세심판원 심판청구 양도소득세

인근토지와 합필 후 재분할하여 양도한 쟁점토지를 취득시기별로 안분하여 감면등을 적용할 수 있는지 여부

사건번호 조심-2014-전-4169 선고일 2015.02.16

교환계약은 당사자 사이의 자유로운 의사에 의해 체결되는 것으로 국유재산관리계획 승인을 교환취득 효과를 발생시킨 것이라 보기어렵고, 지적도상 쟁점토지의 대부분이 분할전 토지에 포함되므로 분할 전 토지의 취득시기를 교환차익 납부일로 보아 자경감면 부인한 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다 [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO답 376㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2012.2.15. 천OOO 외 2인에게 OOO원에 양도하고 8년 이상 자경감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구인이 당초 국유재산이었던 동소 786-11 하천부지 430㎡(이하 “분할전 토지”라 한다)를 청구인이 동소 743-7 답 308㎡ 및 743-8 답 7㎡(이하 합하여 “교환토지”라 한다)와 2011.10.10.(국유재산교환계약일 및 교환차액납부일) 교환하여 취득함으로써 쟁점토지를 취득한 것으로 보고, 쟁점토지의 양도를 단기양도로 보아 2014.7.9. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 쟁점토지는 취득시기를 달리하는 2개의 필지[동소 739 답 3,746㎡(이하 “739 토지”라 한다), 분할전 토지 430㎡]를 2011.10.31. 합필하였다가 2012.1.30. 분할하여 양도한 것으로서 이는 “합필하였던 전체 토지”의 일부가 분할된 것으로 보아야 하는바, 국세청 예규에 따르면 토지를 임의로 취득시기별로 분할하여 양도하였다 하더라도 양도하는 토지의 취득시기는 당초 토지의 지분별로 취득시기를 비례하여 적용(재일 46014-2892, 1996.12.31., 참조)하여야 하고, 특히 쟁점토지는 분할전 토지 외에도 739 토지 3,746㎡의 일부가 포함되어 있으므로 쟁점토지의 취득시기를 분할전 토지의 교환취득 시기와 동일하다고 볼 수 없으며, 분할전 토지의 교환취득은 당사자의 자유로운 의사에 의해 체결된 계약이 아니므로, 건설교통부가 국유재산 교환에 대한 대통령 승인을 받아 OOO군청에게 교환업무를 이첩(“2007년도 국유재산관리계획 변경 통보”)한 2007.12.27.에 청구인과 국가 간에 교환취득의 의사표시가 합치된 것으로 보아야 하며, 청구인의 귀책없이 OOO군청의 사정으로 인하여 국유재산교환업무가 지체되었으므로 쟁점토지 중 분할전 토지[교환 차액(OOO원)분 47.9㎡ 제외]에 해당하는 부분의 취득시기는 국유재산교환 계약일인 2011.10.10.이 아니라 2007.12.27.이므로, 이를 고려하지 않고 청구인이 쟁점토지 전체를 단기양도한 것으로 보아 양도소득세액을 산정한 이 건 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지의 취득시기를 “취득시기가 상이한 토지를 분할하여 양도한 경우”로 보아 당초 토지의 지분별 취득시기에 비례하여 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 주장하는 예규는 환지나 등기부등본상 토지의 지분등기만으로 취득시기별 그 지분을 구분할 수 없는 경우에 적용하는 것으로, 쟁점토지의 경우는 지적도상 청구인이 교환으로 취득한 분할전 토지(430㎡) 중 일부(376㎡)가 그대로 양도된 것으로 확인되는 등 그 위치와 면적으로 확연히 구분이 가능하므로 이 건에서 청구인이 주장하는 예규를 적용할 수 없으며, 청구인은 분할전 토지 중 교환토지와 평가가액으로 상계되는 382.1㎡의 국유재산교환취득시기에 대하여 국유재산교환 승인이 된 2007.12.27.에 교환이 이루어진 것으로 보아 취득시기를 적용해야 한다고 주장하나, 교환자산의 양도 및 취득시기는 교환가액에 차이가 없으면 교환성립일이고, 차액의 정산이 필요한 경우는 이를 청산한 날(대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등기접수일)로 보아야 하며, 교환계약은 법이 정한 절차에 의하여 강제적으로 이루어지는 토지 수용이나 환지와는 달리 당사자 사이의 자유로운 의사에 의해 체결되는 계약이므로 그 취득시기를 결정함에 있어 수용이나 환지에 관한 법리를 준용할 수는 없으므로(OOO법원 2009.6.11. 선고 2008구합1496 판결, 같은 뜻임), 쟁점토지를 청구인이 2011.10.10. 취득한 것으로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 교환으로 취득한 분할전 토지의 취득시기를 국유재산관리계획통보일로 볼 것인지 교환차익납부일로 볼 것인지 여부

② 인근 토지와 합필하였다가 재분할하여 양도한 쟁점토지를 취득시기별로 안분하여 감면 등을 적용할 수 있는지 여부

  • 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40) (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (3) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구인과 국유재산이었던 분할전 토지(면적 430㎡)를 교환토지(2필지 면적 합계 315㎡)와 교환하는 다음 내용의 국유재산 교환계약서를 2011.10.10.자로 국토해양부장관(위임관리기관 OOO군수)과 작성한 것으로 나타나며, 분할전 토지와 교환토지의 내역은 <표>와 같으며 청구인은 교환차액으로 OOO원을 부담한 것으로 확인된다. OOO (나) 청구인은 2012.5.30. 교환토지에 대하여 양도일자․원인을 2011.10.10. 및 교환, 양수인을 국토해양부, 양도소득금액을 OOO원으로 하여 양도소득과세표준을 신고한 것으로 나타난다. (다) 분할전 토지가 인접해 있는 739 토지에 2011.10.31. 합필(면적 합계 4,176㎡)된 후, 합필된 739 토지 중 일부가 2012.1.30. 다시 쟁점토지(376㎡)로 분할되었고, 쟁점토지는 2012.2.15. 천OOO(지분 각 2분의 1․4분의 1․4분의 1)에게 소유권이 이전되었으며 2013.3.6. 도로로 지목변경 되었음이 등기부등본, 공유지연명부, 토지대장 등에 의하여 확인된다. (라) 청구인이 쟁점토지와 분할전 토지의 면적 및 모양 등을 비교하기 위해 제출한 분할측량성과도 및 지적도 등본 등에 따르면, 전체적으로 쟁점토지가 분할전 토지에 포함된 모습[ 분할전 토지 면적 430㎡ > 쟁점토지 면적 376㎡, 분할전 토지 일부(OOO)는 쟁점토지에 불포함]이나, 남서쪽 내륙 일부는 쟁점토지가 분할전 토지의 경계를 넘는 것으로 나타나는 등 쟁점토지에 기존 739 토지의 일부가 포함되어 있음이 확인된다. (마) 쟁점토지 양도와 관련한 청구인에 대한 조사복명서(2013년 5월)의 주요 내용은 다음과 같다.

1. 쟁점토지는 당초 국유재산인 분할전 토지와 청구인 소유의 교환토지의 교환계약에 의하여 2011.10.17. 취득(등기부등본 접수일)하였다가 2012.2.15.에 양도한 것으로 단기양도에 해당(1년 미만)한다.

2. 취득 당시 국유재산교환계약서에 의하면, 분할전 토지의 교환가액은 OOO원이고, 교환토지의 교환가액은 OOO원이며, 차액 OOO원은 청구인이 2011.10.10. 납부한 것으로 확인된다.

3. 청구인은 쟁점토지에 대하여 8년 자경농지로 감면신고하였으나, 쟁점토지는 국유재산교환계약에 의해 2011.10.10. 취득한 것으로 단기양도에 해당되는바, 당초 감면신고를 부인하고 취득가액을 교환가액 OOO원(교환가액x양도면적/취득면적)으로 하여 양도소득세를 OOO원으로 경정한다. (바) 청구인은 처분청의 위 세무조사에 따른 결과통지에 불복하여 2014.6.2. 과세전적부심사를 청구하였고, 청구인의 과실 없이 OOO군이 국유재산 교환업무를 지체하였기 때문에 분할전 토지의 소유권이전등기가 늦어졌음을 증명하기 위해 다음의 자료를 제출하였다. OOO

(2) 청구인의 주장은 다음과 같다. (가) 다음과 같은 이유로, 청구인이 분할전 토지 430㎡을 취득한 시기는 건설교통부가 국가의 교환의사표시로서 대통령 승인을 받아 OOO군청에 교환업무를 이첩한 2007.12.27.로 보아야 한다.

1. 대법원은 “목적물의 소유권이전등기를 넘겨받기 전이라 하더라도 교환대상 당사자가 언제든지 상대방 요구에 따라 소유권이전등기를 마쳐줄 의무가 있고, 적어도 당사자 사이에 그 교환대상 목적물에 대한 실질적인 처분권을 취득한 것으로 인정되는 때에는 대금의 청산이 이루어진 것으로 볼 수 있다.”고 판시(대법원 1996.1.23. 선고 95누7475 판결)하였는바, 교환토지가 국가사업에 수용되어 국가에 귀속이 확정된 날은 공사완료일인 2005.1.27.이며, 청구인은 2007년 6월 이전에 국유재산교환에 대한 의사표시(OOO지사는 2007.6.7. 감정평가를 완료하고 2007.6.25. 건설교통부에 폐천부지 교환신청)하였고 국가의 교환의사표시는 2007.12.27. 이루어졌으므로, 당사자 각각의 청약과 승낙의 의사표시가 합치되어 물권변동의 효력이 발생하였고 이에 따라 교환토지가 제방에 편입된 날 국가와 청구인 간에 법률적 행위에 동시이행의 관계가 있다고 보면 실질적 처분권을 인정해야 한다.

2. 교환토지와 분할전 토지의 교환거래에 있어, 국가업무 수행에 실질적 교환의 의사표시를 할 수 없는 집행기관에 불과한 OOO군청이 업무를 해태하여 물권변동의 변경사유 없이 업무가 지연되었을 뿐 이에 대해 청구인에게 귀책사유는 없으며, 청구인의 토지는 2005.1.27. 국가의 소유가 되었으므로 분할전 토지는 2007.12.27. 청구인의 소유권에 하자가 없으므로 물권적 효력이 발생한 것으로 보아 이 때 청구인이 취득한 것으로 보아야 한다.

3. 처분청은 이 사건 토지 교환거래에 대하여 개인간의 자유로운 의사결정에 의한 교환과 같은 개념으로 판단하고 있지만, 국유재산 교환신청은 가격 평가시에도 국가가 위주가 되어 개인의 의사가 반영되지 않고, 개인은 교환 신청만 할 뿐 구체적 집행은 일방적으로 처리되는 등 이 건은 당사자의 자유로운 의사에 의해 체결된 계약으로 볼 수 없고, 법적 의사결정 능력도 없는 기관이 업무를 게을리 하여 발생한 상황에 대해 법규만으로는 해석하기 어려우므로, 예규 및 판례를 고려하여 교환에 관한 법규적용을 확장하여야 마땅하다.

4. 결론적으로, 분할전 토지 중 교환토지를 평가한 가액으로 상계할 수 있는 토지 382.1㎡는 수해상습지개선공사가 완료되어 국유재산교환 승인이 된 2007.12.27. 교환이 이루어진 것(취득)이고, 상계후 차액을 납부하여 취득한 토지 47.9㎡는 2011.10.10. 취득한 것으로 보아야 한다. (나) 국세청 예규는 “토지를 임의로 취득시기별로 분할하여 양도하였다 하더라도 양도하는 토지의 취득시기는 당초토지의 지분별로 취득시기를 비례하여 적용하는 것”이라 하였는바, 쟁점토지가 기존의 739 토지와 확연히 구분되므로 이를 적용할 수 없다는 처분청의 판단은 예규의 제정취지 및 합목적성에 반하는 것이며, 실제 분할전 토지가 쟁점토지의 전부를 구성하고 있지 않음이 지적도를 통하여 확인(극히 부분이지만 기존 739 토지의 일부가 쟁점토지에 포함되어 있음)되므로 확연히 구분될 수 없는 경우에 해당하므로 처분청의 판단에는 오류가 있다. (다) 위 예규에 의하면 이 건 쟁점토지 전체 376㎡의 취득시기는 합필전 각각의 토지 비중으로 다음과 같이 안분하여 ①739 토지 337.28㎡는 1965.1.3., ②분할전 토지 중 34.4㎡는 2007.12.27., ③분할전 토지 중 4.32㎡는 2011.10.10.로 각 취득시기를 구분하여 양도차익을 산정하여야 하며, 이 때, ①의 토지는 8년 이상 자경한 농지로 양도소득세 감면대상이고, ②의 토지는 2007.12.27. 취득하였으므로 단기양도에 해당하지 않으며, ③의 토지만 취득 1년 내에 양도한 단기양도로 보아야 타당하다. OOO (라) 쟁점토지의 취득시기를 위와 같이 안분할 경우 739 토지의 양도에 해당하는 337.28㎡는, 취득시기가 1965.1.3.로 양도일까지 보유기간이 47년인 점, 심판원 선결정례에 따르면 미성년자 및 군 복무기간의 자경도 인정되는 점, 청구인은 739 토지와 인접한 OOO에 1965.1.3.~1977.10.26.(12년 9개월), 1985.11.23.~1991.1.7.(5년 2개월) 총 17년 11개월 동안 거주하였고 그 외의 기간도 농지소재지역의 연접지에 20년 이상 거주하였음이 주민등록등본에 의해 확인되는 점, 쟁점농지에서 현재도 벼농사를 경작하고 있는 점, 청구인(10인 가족)이 청소년기를 보낸 OOO는 주민 대부분이 생활전반을 쌀농사에 의존하는 농촌이었으므로 당연히 8년 이상 자경하였음이 입증되는 점, 그 당시는 농촌에 전반적으로 농기계가 보급되기 전으로 인력으로 모내기와 추수를 하였던 점 등을 종합하면 청구인이 취득 시기부터 8년 이상 농작업의 전부를 자기 노동력에 의해 수행한 것으로 보아야 한다.

(3) 청구인의 주장에 대하여 처분청은, 청구인이 주장하는 예규는 환지나 등기부등본상 토지의 지분등기만으로 취득시기별 그 지분을 구분할 수 없는 경우에 적용하는 것인 점, 청구인이 분할전 토지의 취득일자로 주장하는 2007.12.27.은 국유재산 교환계약일이나 성립일이 아니라 교환계약을 하기 위해서 내부적으로 국유재산관리계획 변경대상 재산으로 승인을 받은 날에 불과한 점, 청구인 스스로 교환토지의 양도일을 교환계약일인 2011.10.10.로 인지하고 2011년 귀속 양도소득세 신고를 한 사실이 있는 점 등을 고려할 때, 쟁점토지를 청구인이 2011.10.10. 취득한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 적법하다는 입장이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 건설교통부가 2007.12.27. 국유재산 교환에 대한 대통령 승인을 받아 OOO군청에게 교환업무를 이첩한 행위는 행정청 내부적으로 취득 및 처분계획 등을 수립하도록 승인을 한 것이지, 외부적으로 청구인이 최종적으로 쟁점토지를 교환취득한 효과를 발생시킨 것으로 보기는 어려운 점, 교환계약은 당사자 사이의 자유로운 의사에 의해 체결되는 계약이므로 그 취득시기를 결정함에 있어 법적 절차에 의해 강제적으로 이루어지는 수용이나 환지에 관한 법리를 준용할 수 없는 점 등에 비추어 분할전 토지의 취득시기를 교환차익납부일인 2011.10.10.로 본 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 지적도상 쟁점토지의 대부분은 분할전 토지에 포함되는 것으로 나타나는 등 그 위치와 면적이 사실상 739 토지와 구분이 되는 것으로 보이는 점, 국세청 예규는 등기부등본 등을 통해 취득시기별 지분을 구분할 수 없는 경우에 적용하는 것으로서 이 건의 경우와 같이 그 위치와 면적이 확연히 구분이 가능한 경우에도 적용하는 것은 합리적이지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 취득시기를 분할전 토지의 교환취득 시기로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)