[요지] 쟁점공사는 국민주택단지 밖에 위치한 사회간접시설건설을 위한 것으로 이를 국민주택 건설용역 또는 국민주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 용역으로 보기 어렵고, 청구법인에게 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려움
[요지] 쟁점공사는 국민주택단지 밖에 위치한 사회간접시설건설을 위한 것으로 이를 국민주택 건설용역 또는 국민주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 용역으로 보기 어렵고, 청구법인에게 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려움
[참조결정] 국심2004전4577 / 조심2012중1433 / 조심2014중2109
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 주위적 청구(쟁점①) 기존 택지개발사업은 택지조성사업자가 택지를 조성 후 아파트사업시행자에 택지 등을 분양한 후 아파트를 건설 및 분양하는 형태의 사업으로 택지지구의 조성과 아파트의 건설 공급이 별도의 시행자에 의해 수행되는 것으로 택지조성용역은 토지의 조성을 위한 독립된 건설용역이다. 하지만 당해 택지개발지구조성사업은 전체 택지지구에 대해 단일 사업시행자인 OOO에서 택지의 조성과 아파트의 건설을 동시에 수행하는 단일한 국민주택 건설용역의 일부분으로써 주택건설용역에 대한 토공사 및 부대토목공사로서의 역할을 수행하고 있다. 이는 단일 국민주택규모 이하 등이 혼재된 아파트 단지를 확대하여 지구단위로 개발하는 것으로 단일 아파트건설용역과는 용역의 성격은 동일하며 단지 그 규모가 대단위로 이루어지는 것의 차이만이 발생하는 것이다. 처분청에서 과세의 근거로 삼고 있는 아파트 단지 밖 도로공사 등에 대한 과세와 관련된 건설용역은 택지의 조성 주체와 아파트의 건설 주체가 분리된 기존 택지지구 개발방식에 의한 건설용역에 대한 과세의 문제로서, 택지지구 전체에 대해 단일 사업시행자에 의해 개발되는 당해 사업지구에는 동일 규정의 적용이 곤란하다고 판단된다. 당해 사업은 서민의 주거안정을 목적으로 한 대규모 주거단지의 조성 공급을 위한 새로운 사업수행방식으로 기존 아파트 단지라는 개념이 택지지구로 확대된 경우라 할 수 있고 택지지구 내 기반시설조성용역은 주택건설용역의 부대용역의 범위에 포함된다고 할 수 있다. 또한 당해 택지개발지구 내 건설된 아파트의 분양원가 공개 시 나타난 토지비용의 산정 시 토지의 분양가 혹은 감정평가액 대신 택지지구의 조성원가를 그대로 반영하고 있어 택지의 조성비용이 주택의 분양가에 포함되어 있는 것을 확인할 수 있으며, 이는 택지조성용역이 아파트건설용역의 부대용역이었음을 반증한다고 할 수 있다. 만일 이 건 과세처분과 같이 기반시설의 조성용역에 대해 과세하는 경우 토지조성원가의 상승으로 인해 분양가가 상승할 수밖에 없고 이는 서민의 주거안정을 위해 국민주택규모 이하 건설용역에 대해 과세하지 아니하는 입법취지에 반하는 결과를 야기한다고 할 수 있다. 청구법인이 제공한 OOO 발주 택지조성용역은 서울특별시가 출자하여 설립한 OOO에서 서민의 주거안정을 위한 장기임대주택 및 자체 분양을 위한 아파트 건설용 대규모 택지지구조성을 위한 건설용역으로 사회기반시설은 공동주택에 입주할 주민들의 정상적인 주거생활을 위해 반드시 필요한 공공시설로, 사회기반시설에 대한 조성용역은 주택건설용역의 부수용역에 포함되는 건설용역이므로 사회기반시설의 조성용역을 주택건설용역과 구분되는 별도의 과세용역으로 판단하여 과세한 이 건 처분은 위법한 처분으로 취소되어야 한다. 한편 이 건 과세처분과 유사한 처분에 대해 법원의 조정절차를 통해 과세처분이 철회되는 선례가 있어 이 건 과세처분의 부당함이 이미 확인되었다 할 수 있다.
(2) 예비적 청구(쟁점②) 당해 택지지구는 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하 아파트 건설용역과 과세용역인 국민주택규모 초과 아파트 건설용역 및 기타 유상공급면적이 혼재되어 있는 택지지구로서 부가가치세법 시행령제63조에 의해 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 건물 등을 신축하여 취득하는 경우에 해당하여 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 사용하여 매입세액을 안분할 수 있으며, 이 경우 과세표준을 안분하는 방법은 다음과 같다. 또한 국세청 예규(부가 22640-1574, 1991.11.27. 참조)에 의하면, 국민주택을 건설하는 자로부터 도급받은 택지조성용역은 부가가치세를 면제하며, 부가가치세가 면제되는 택지조성용역과 과세되는 택지조성용역을 일괄도급 받은 경우에는 면적 등에 의하여 계산하고, 실지 귀속이 분명한 경우에는 실지 귀속에 따라 구분하도록 하였으며, 또 다른 국세청 예규(부가46015-1611, 1997.7.5. 참조)에 의하면, 국민주택건설을 위한 철거용역을 하도급 받은 경우는 실지 귀속이 불분명하므로 발주자의 과세주택 예정건축면적비율로 하도급사의 철거용역의 과세표준을 계산하도록 하였다. 이 건 택지조성용역은 국민주택규모 이하 아파트건설용 택지의 조성과 기타 택지의 조성을 동시에 수행하는 건설용역으로 이 건 택지조성 관련 계약은 단일계약 체결 후 동시에 건설용역이 수행되어 기성고 측정 후 대가를 지급받은 단일 과·면세 겸영용역으로 부가가치세법 시행령제63조 2항에 규정하고 있는 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하는 경우에 해당되므로 부가가치세법및 예규 등에 의해 다음과 같은 방법에 의해 과세 공급가액을 산출할 수 있다고 판단된다. 따라서 당해 용역의 과·면세 공급가액 산정에 있어 예정면적을 기준으로 과·면세 공급가액을 산정한 것은 적정하였으며, 처분청은 과·면세가 혼합된 건물 등의 신축이라는 단일용역이란 점을 고려하지 아니하고 단지 내외 구분 기준을 적용하여 계약을 인위적으로 분할하여 과·면세 공급가액(과세율 100%)을 산정하여 과세한 이 건 부가가치세는 위법하여 취소되어야 한다.
(3) 예비적 청구(쟁점③) 당초 OOO 발주 시 단순 택지조성공사로 판단하고 쟁점공사용역에 대해 과세용역으로 발주하였으며, 이후 OOO에 대한 서울특별시의 감사결과 쟁점공사는 자가 분양을 위한 택지조성공사인 것을 감안하여 면세용역으로 판단하고 시공사에 착오에 의한 계약변경을 요구하였다. 쟁점공사계약은 당초 전체 도급금액에 대해 과세용역으로 계약이 체결되었으나 2007년 서울특별시의 OOO에서 시행하는 ‘국민주택 건설용역 부가가치세 산정방법 개선방안’ 보고를 통해 유상공급 면적 중 국민주택규모 이하 건설을 위한 택지조성면적분에 대해 면세용역으로 판단하고 발주처 OOO의 요청에 의해 변경계약을 체결하여 해당 용역의 제공에 대해 계산서를 발행하였다. 건설용역에 있어 과·면세 비율의 산정은 용역을 공급받는 자의 당해 건축물 등의 사용예정면적 등을 고려하여 결정될 사항으로(서울중앙지방법원 2004.2.3. 선고 2002가합63706, 2003가합27721 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 발주자인 OOO에서 산정한 과·면세 비율을 신뢰하고 계약을 변경할 수밖에 없는 실정이었으며, 또한 당초 과세용역대상으로 계약된 쟁점공사와 같은 택지개발지구조성공사에 대해 과·면세 겸영용역대상으로 계약변경한 것에 대하여 과세관청에 질의한 결과 과세관청은 “국민주택 택지조성을 위한 건설용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제된다”고 회신(부가가치세과-5035, 2008.12.29. 참조)하여 계약변경의 적법성에 대한 신뢰를 가질 수밖에 없는 상황이었는바, 청구법인의 세금계산서 발행누락은 발주처인 OOO와 발주처의 상급기관인 서울특별시의 요청과 지시를 충실히 이행하여 발생한 것으로, 과세관청에 대해 질의하여 답변을 받는 등 납세의무이행을 위해 최선의 노력을 다했다고 할 수 있다. 이 건 과세처분의 원인이 되는 택지개발지구용역에 대한 주택건설용역의 포함 여부에 대한 판단은 지방자치단체인 서울특별시에서 서민의 주거안정이라는 공익목적 달성을 위해 검토되어 지시한 사안으로 추후 당해 검토의 오류를 이유로 그 수범자인 시공사 등에 5년이라는 장기간의 경과 후 의무해태를 이유로 가산세까지 부과한다는 것은 매우 가혹한 처분으로, 현재 시행되고 있는 행정작용이 추후 타기관의 검토에 의해 위법한 행정작용이 될 수 있고 이에 대해 선량한 수범자인 시공사 등은 본연의 납세의무 외 추가적으로 의무해태에 대한 책임까지 질 수도 있다는 잠재적 위법행위자의 위험을 갖게 되어 공공 행정작용에 대한 심각한 불신을 초래할 수밖에 없으며, 이는 법질서에 대한 심각한 혼란을 야기할 수밖에 없고 건전한 법감정을 기본으로 한 법적안정성에 위협이 된다고 하겠다. 따라서 이 건 과세처분의 부가가치세 본세 외에 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라 할 수 있어 취소되어야 한다.
(1) 주위적 청구(쟁점①) 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역이라 함은 국민주택규모의 상시 주거용 건물과 이에 부속되는 토지(단지 내)의 조성 등을 위한 건설용역을 말하는 것으로, 당해 국민주택건설용역과 주택법령 등(현재의 주택법 및 구 주택건설촉진법)에서 규정하고 있는 부대시설(주택법제2조 제8호) 및 복리시설(주택법제2조 제9호)을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 아파트 분양가액에 포함하여 받는 경우에 적용이 가능하다고 할 것이나, 쟁점공사는 국민주택단지 밖의 위치한 도로, 공원 등의 사회간접자본시설 설치를 위한 택지의 조성을 위한 공사로서 주택공급 시 분양가격에 직접적으로 반영되지 아니할 뿐만 아니라 주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 것도 아니어서 주택법령에서 규정하고 있는 국민주택 복리시설 및 복리시설에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 쟁점공사용역이 국민주택 건설용역에 부수하여 공급되어 부가가치세 면제대상용역에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다(국심 2004전4577, 2005.6.20., 조심 2012중1433, 2012.8.14. 같은 뜻임).
(2) 예비적 청구(쟁점②) 청구법인은 쟁점공사용역은 부가가치세가 면제되는 용역과 과세되는 용역의 실지 귀속을 구분할 수 없는 택지조성용역에 해당하므로 부가가치세법 시행령제63조의 제2항에 근거하여 안분계산 방식에 의해 과세 공급가액을 산출하여야 한다고 주장하나, OOO의 세무조사결과 청구법인이 제공한 용역은 국민주택규모 이하의 공동주택단지 이외의 토지에 대한 토공사 및 사회기반시설 공사를 시공한 것으로 확인되며, 청구법인이 시공한 공사가 면세거래에 해당한다는 주장에 대해 객관적인 자료를 제시하고 있지 아니한 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점공사용역은 당초부터 부가가치세가 과세되는 용역에 해당하므로 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 예비적 청구(쟁점③) 청구법인은 국세청에 질의하여 회신된 내용에 쟁점공사용역이 면세대상임을 시사하고 있으므로 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없다고 주장하나, 국세청 예규(부가12651-2613, 1983.12.30. 참조)에서 “하수종말처리장, 시설녹지, 공원, 도로 등이 부대시설에 해당되는지 여부는 사실판단에 따르는 것”이라고 하여 단지 밖의 건설용역이 사실판단에 따라서는 부대시설의 건설용역에 해당되지 아니할 수도 있음을 분명히 하고 있는 등 청구법인이 납부세액을 바르게 신고하지 못한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼만한 사정을 찾기 어렵다고 할 것이므로, 이 건 가산세 부과처분이 위법·부당하다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점공사용역을 부가가치세 면제대상인 국민주택 건설용역에 부수되는 용역으로 볼 수 있는지 여부
② 쟁점공사 관련 부가가치세 면제대상금액을 국민주택 건설용지 면적 /총 유상공급면적 또는 국민주택 건설용지 면적 /총 공급면적으로 안분함이 타당하다는 청구주장의 당부
③ 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법(2012.1.26. 법률 제11232호로 개정되기 전의 것) 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제9호 및 제12호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2012년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)
(2) 조세특례제한법 시행령(2012.4.10. 대통령령 제23718호로 개정되기 전의 것) 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택
2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법·전기공사업법·소방법·정보통신공사업법·주택법·하수도법 및 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것
(3) 부가가치세법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 제48조의2(과세표준의 안분계산) ① 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "과세사업"이라 한다)과 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업"이라 한다)에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 휴업등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액에 의하여 계산한다. (해당재화의 공급가액) × 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 과세되는 공급가액 / 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총공급가액 = 과세표준
② 제61조 제4항 제3호, 같은 조 제6항 또는 제61조의2 제2호를 적용받은 재화 또는 제62조의2에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 그 과세표준은 제1항에 불구하고 다음 산식에 의하여 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 사용면적비율이 없는 경우에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 사용면적비율에 의하여 계산한다. (해당재화의 공급가액) × 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 과세사용면적 / 재화를 공급한 날이 속하는 과세기간의 직전 과세기간의 총사용면적 = 과세표준 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. 제61조의2(공통매입세액의 정산) 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
(4) 국세기본법(2012.6.1. 법률 제11461호로 개정되기 전의 것) 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 처분청이 제출한 이의신청결정서 등 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO의 세무조사를 받은 OOO가 서울특별시 OOO로부터 받은 공문(서울시 감사담당관-8945, 2007.9.3.) 중 ‘국민주택 건설용역 부가세 산정방법 개선’의 주요내용은 ‘국민주택규모 이하 및 초과를 혼재하여 건설하는 경우 면세금액은 당해 건설용역의 총 부가가치세×국민주택 규모면적/총 유상공급면적으로 산정하여야 한다’는 것으로, OOO는 청구법인에게 같은 내용의 공문을 발송하였다. (나) OOO가 쟁점공사의 공동수급자인 OOO에게 보낸 2007.9.10.자 공문(제목: 쟁점공사 부가가치세 관련 변경계약 요청)의 주요내용은 ‘쟁점공사에서 발주된 국민주택 건설사업의 택지조성공사비는 당초 전체를 과세사업으로 인식하고 계약이 이루어졌으나, 서울시의 국민주택 건설용역 부가가치세 납부실태 검토보고 결과 국민주택 건설용지에 대한 각종 건설용역은 조세특례제한법제106조 제1항 제4호에 따라 국민주택 건설용역으로 분류되어 변경계약을 요청한다’는 것으로 되어 있다. (다) OOO로부터 최종 변경계약을 요청받은 청구법인(30%)과 OOO(70%)은 OOO와 공동수급협정을 체결하였는데 그 공사계약서 내용은 다음과 같다. ◦ 공 사 명: 쟁점공사 ◦ 건설위치: OOO ◦ 공사기간: 2005.9.12.부터 2010.6.28.까지 ◦ 건설개요: 공사면적: 891,412㎡, 총계약금액: OOO원 ◦ 부지조성공사
• 택지개발지구 내 국민주택 미만, 초과 부지 및 개발구역내 토목공사(토목공사, 지장물 철거공사, 기타공사 등) ◦ 사회기반시설공사
• 국민주택단지 밖의 사회기반시설공사(포장공사, 하천공사, 교량공사, 차도공사, 육교공사 등) ◦ 기반공사비
• 기반노무비, 산재보험료, 일반관리비, 이윤 등의 기반비용 ◦ 총 면적 대비 국민주택규모 이하 면적 비율
• 313,418㎡ / 891,412㎡ = 35.16% ◦ 총 용역제공 대비 국민주택규모 이하 부지조성비 비율
• OOO원 = 0.2614% (라) OOO와 청구법인 간에 체결한 도급계약서에 의하면, 쟁점공사의 변경된 최종 면적현황은 다음 <표1>과 같고 면적을 기준으로 한 국민주택용지 비율은 총 면적대비 35.16%이며, 유상공급면적대비 61.33%로 나타난다. <표1> OOO가 발주한 쟁점공사 면적현황
(2) 처분청은 다음과 같이 추가 답변하였다. 청구법인이 쟁점공사용역에 대한 부가가치세 신고 시 발주처인 OOO의 국민주택 건설용역 부가가치세 산정방법 개선방안 등을 근거로 신고한 것이 확인되고, 청구법인의 신고에 오류가 있어 처분청이 현지확인을 통해 경정한 것이 향후 납세자의 신고가 정확하다고 시인하는 공적인 견해표명이라고 볼 수 없는 등 이 건 과세처분이 국세기본법제15조의 신의성실원칙에 위반된 처분이라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.
(3) 청구법인은 처분청의 추가답변에 대하여 다음과 같이 항변하였다. 처분청이 쟁점공사 현장에 대한 부가가치세 부과처분이 정당하더라도 이 건의 과세에 있어 청구법인의 신고납부의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세는 감면되어야 한다. 서울특별시장이 OOO 질의회신, 건설교통부장관의 질의회신 및 고문변호사 2명으로부터 받은 자문회신에 기초하여 청구법인에게 경정청구를 지시하였고, 당초 OOO에 대한 세무조사 시 OOO은 총공사비 전액을 부가가치세 과세대상으로 판단하였으나, OOO은 다른 법인의 세무조사 시 총공사비 중 “국민주택건설용지면적/총 공급면적 비율” 해당분은 면세로 인정하였는바, 과세관청 내부에서도 이에 대한 일관된 집행기준이 없으며, 조세특례제한법해당 규정 및 국세청 유권해석을 통하여서도 쟁점공사의 건설용역의 과·면세대상 금액을 명확하게 산정하기 어려우므로 이 건에 있어서 과세처분의 원인이 단순히 청구법인의 법령에 대한 무지 및 과실 등에 기인한 것으로 볼 수는 없다. 또한 처분청은 2009.2.18. 부가가치세 환급신고자 현지확인조사를 통하여 쟁점공사에 대해 면세 61.26%, 과세 38.74%로 확정하여 청구법인에게 고액의 가산세를 포함하여 다음 <표2>와 같이 2008년 제1기 및 제2기 부가가가세를 추가 각 경정·고지하였고, 청구법인은 처분청이 확정한 과·면세 비율대로 쟁점공사에 대한 부가가치세를 성실하게 신고·납부하였으며, 처분청이 이를 인정하고 달리 다른 과세처분이 없다가 이후 5년이 경과한 시점에 이르러 다른 법인에 대한 세무조사로 인해 이 건의 과세처분이 이루어진 점 등에 비추어 이 건의 과세처분에 있어 청구인의 납세의무해태를 탓할 수 없는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 만큼 가산세 부과는 취소되어야 한다. <표2> 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 및 가산세 고지내역
(4) 청구법인의 직원 오OOO 및 심판청구대리인은 2014.11.6. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 청구법인은 처분청이 2009.2.18.자 현지확인결과통지서에 정한 과·면세 비율을 신뢰하여 이후 신고분에 대하여 그 비율대로 신고·납부하였고, 이후 처분청이 이를 그대로 인정하고 달리 다른 과세처분이 없었으므로 이 건 과세처분에 있어 청구법인의 납세의무해태를 탓할 수 없는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 만큼 최소한 가산세 부과는 취소되어야 한다는 취지의 진술을 하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①·②에 대하여 살피건대, 조세특례제한법제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항에서주택법등의 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 일정규모 이하의 주택건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제토록 규정하고 있는바, 이 때 부가가치세 면제대상인 국민주택 건설용역은 당해 국민주택 건설용역과 주택법령 등에서 규정하고 있는 부대시설 및 복리시설을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 아파트 분양가액에 포함하여 받은 경우를 말한다 할 것(대법원 1992.2.11. 선고 91누7040 판결, 같은 뜻임)이나, 쟁점공사는 국민주택 단지 밖에 위치한 사회간접시설공사로 주택법령에서 규정하고 있는 국민주택부대시설 및 복리시설에 해당하지 아니하며, 동 공사비는 주택공급 시 분양가격에 직접적으로 반영되지 아니할 뿐 아니라 주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 것도 아니어서 주택법령에서 규정하고 있는 국민주택복리시설 및 복리시설에 해당하지 아니하는 것으로 나타나고 있어 쟁점공사용역이 국민주택 건설용역에 부수하여 공급되어 부가가치세 면제대상용역에 해당한다고 할 수 없으므로, 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것(조심 2014중2109, 2014.7.15., 같은 뜻임)이다.
(6) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 과세처분이 쟁점공사의 발주처인 OOO와 그 상급기관인 서울특별시의 요청과 지시를 충실히 이행하여 발생한 것으로, 과세관청에 질의하여 답변을 받는 등 납세의무이행을 위해 최선의 노력을 다했으므로 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라 할 수 있어 취소되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 제시한 국세청 예규(부가가치세과-5035, 2008.12.29. 참조)는 “건설업자가 당해 택지조성공사 중 일부를 건설산업기본법등에 의하여 등록한 자에게 하도급한 경우 그 하수급자의 건설용역에 대해서도 부가가치세가 면제되는 것이나, 단순히 건설기계(중기)만을 임대하고 그 대가를 받는 경우에는부가가치세법제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이다”고 하여 국민주택 택지조성을 위한 건설용역 중 일부를 하도급 받은 하수급자가 단순히 건설기계(중기)만을 임대한 경우로 쟁점공사의 경우와는 일치하지 아니하는 등 청구법인이 주장하는 의무해태를 탓할 수 없는 공적인 견해표명이 없었으므로, 단지 공공기관이 산정한 기준을 그대로 적용하였다 하여 부가가치세 면제규정을 잘못 적용한 청구법인의 의무해태에 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.