국가가 받아야 할 세금계산서를 청구법인이 수취하였다고 보아 매입세액불공제하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 철도시설 건설·관리·안전유지 업무 등 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 통폐합하여 2004.1.1.한국철도시설공단법에 따라 설립된 법인으로서, 2009년 제1기부터 2012년 제2기까지 OOO로부터 관련 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 받은 후 관련 매입세액을 공제받았다.
• 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하고,OOO가 국가와 일반철도유지보수 시행계약을 체결하였음에도 유지보수용역(이하 “쟁점용역”이라 한다) 제공에 관한 세금계산서를 발행함에 있어서는 유지보수비의 30%에 해당하는 금액만을 국가에 발행하고 나머지 70%에 해당하는 금액은 청구법인에게 발행한 사실을 확인하고,청구법인이 일반철도유지보수용역 계약의 직접 당사자가 아님에도이와 관련한 쟁점세금계산서의 OOO로부터 교부받아 국가로부터 위탁받은 일반선로 사용료징수에 따른 부가가치세와 상계하여 2009년부터 2012년까지 OOO원의 부가가치세액을 부당하게 공제받아 납부하지 아니한 것을 확인하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2014.6.11. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원, 2010년 제2기분 OOO원, 2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분OOO원, 2012년 제2기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)부가가치세가 과세되는 거래 중 하나인 ‘용역의 공급’은 "계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 역무의 제공 등인데(부가가치세법제11조 제1항), 역무의 제공의 원인은 계약상 모든 원인 혹은 법률상의 모든 원인과 같이 매우 포괄적으로 규정되어 있는 것으로,이 건의 쟁점은 부가가치세법상의 세금계산서 발행과 관련하여 매입세액 공제부인 사유로 되어 있는 사실과 다른 세금계산서인지 여부로서, OOO가 자신의 철도유지보수용역 제공에 따라 발행하여야 하는 세금계산서의 공급받는 자(용역의 상대방)를 ‘국가’로 기재할 것인지 아니면 청구법인으로 기재할 것인지의 문제인 것으로 OOO가 세금계산서를 국가와 청구인 중 누구에게 발행하는지에 따라 국가의 부가가치세 세수에는 사실상 아무런 차이가 없다. (2)청구법인은 계약상·법률상의 원인으로 OOO로부터일반철도유지보수용역을 실제 제공받고 이에 따른 세금계산서를 발급받았는바,민법상의 계약은 묵시적으로도 성립하는 것이고, 청구법인은 공사로부터 유지보수용역을 제공받고 있다는 인식을 가지고 있으며, OOO 역시 동일한 인식하에 아무런 이의 없이 세금계산서를 청구법인에게 발행하여 선로사용료와 상계하는 방식으로 정산하고 있는점은 묵시적 계약에 따른 공급관계가 성립하고 있는 것이다.

(3) OOO로부터 아무런 용역을 공급받지 않았다면선로사용료와 유지보수비를 상계하는채권의 존재 및 발생 원인을설명할 수 없으며, 청구법인은유지보수와 관련하여 아무런의무도 부담하지 않게 되므로 처분청의 주장은 타당하지 않다.

• 나. 처분청 의견 (1)청구법인과 OOO 간에는 이 건 선로사용 계약만이 체결되어 있을 뿐 별도의 쟁점용역계약이 체결되어 있지 않음에도, OOO로부터부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제16조 제1항에 규정된 세금계산서의 필수적 기재사항인 ‘공급받는 자’를 청구법인으로 잘못 기재한 세금계산서를 수취하였으므로 쟁점세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’이다. (2)청구법인과 OOO 사이에 유지보수 용역제공에 관한 법률상·계약상 원인이 존재한다고 볼 수 없으므로 이 건에묵시적 계약이 적용될 여지가 없으며, 이는 세금계산서의 기능 측면에서 보아도 받아들이기 어렵다.

(3) 청구법인은 국토해양부에서 일반철도유지보수체계를 개선하여 계약, 관리감독, 정산업무를 청구법인에게 명시적으로 위탁한 이후인2013.3.20.에 이르러 OOO와 일반철도 유지보수업무계약을 체결한 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 OOO로부터 발급받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부
• 나. 관련 법률 (1)부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제17조(납부세액)② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 철도산업발전기본법 제20조(철도시설) ① 철도산업의 구조개혁을 추진함에 있어서 철도시설은 국가가 소유하는 것을 원칙으로 한다.

② 국토해양부장관은 철도시설에 대한 다음 각 호의 시책을 수립·시행한다.

1. 철도시설에 대한 투자 계획수립 및 재원조달

2. 철도시설의 건설 및 관리

3. 철도시설의 유지보수 및 적정한 상태유지

4. 철도시설의 안전관리 및 재해대책

5. 그 밖에 다른 교통시설과의 연계성확보 등 철도시설의 공공성 확보에 필요한 사항

③ 국가는 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 그 집행조직으로서 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 통·폐합하여 특별법에 의하여 한국철도시설공단(이하 "철도시설공단"이라 한다)을 설립한다. 제23조(철도자산의 처리) ① 국토해양부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도산업의 구조개혁을 추진하기 위한 철도자산의 처리계획(이하 "철도자산처리계획"이라 한다)을 위원회의 심의를 거쳐 수립하여야 한다.

② 국가는 국유재산법의 규정에 불구하고 철도자산처리계획에 의하여 철도공사에 운영자산을 현물출자한다.

③ 철도공사는 제2항의 규정에 의하여 현물출자받은 운영자산과 관련된 권리와 의무를 포괄하여 승계한다.

④ 국토해양부장관은 철도자산처리계획에 의하여 철도청장으로부터 다음 각 호의 철도자산을 이관 받으며,그 관리업무를 철도시설공단, 철도공사, 관련 기관 및 단체 또는 대통령령이 정하는 민간법인에 위탁하거나 그 자산을 사용·수익하게 할 수 있다.

1. 철도청의 시설자산(건설 중인 시설자산을 제외한다)

2. 철도청의 기타자산 제38조 (권한의 위임 및 위탁)국토해양부장관은 이 법의 규정에 의한 권한의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 시·도지사 또는 지방교통관서의 장에 위임하거나 관계 행정기관·철도시설공단·철도공사·정부출연연구기관에게 위탁할 수 있다.다만, 철도시설유지보수 시행업무는 철도공사에 위탁한다.

(3) 한국철도시설공단법 제8조(철도운영자와의 협의 등) ① 공단은 제7조의 규정에 의한 사업을 시행함에 있어서 철도의 안전 확보, 철도의 운영개선 및 철도기능의 원활한 발휘를 위하여 철도운영자와 상호협력체계 구축 등 필요한 조치를 강구하여야 한다.

② 철도시설의 건설·유지보수·관리 및 역세권 개발 등의 계획과 그 시행방법 등 공단과 철도운영자간의 상호 협력·협의에 관하여 필요한 사항은 국토해양부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO는 일반철도유지보수업무시행계약을 당시 국토해양부(현재 국토교통부)와 체결하였으며,유지보수용역 제공과 관련한 세금계산서의 30%에 해당하는금액을 국토해양부에 발행하고, 70% 상당금액을 청구법인에발행하였다. (2)철도산업발전기본법제38조는 관계부처 장관이 법에 따른 권한의 일부를 OOO 등에 위탁할 수 있음을 규정하고 있고, ‘철도시설유지보수’ 시행 업무를 OOO에 위탁한다고 규정하고 있다. 그에 따라 OOO 설립 직전인 2004.12.31. 건설교통부와 철도청 간에 "일반철도 시설 유지보수 위·수탁 계약(쟁점용역계약)이 체결되었고, 이후 이 건 유지보수 계약에 따른 권리·의무는 OOO 설립시 OOO에 승계되었고, 이후, 2009년 한 차례 유지보수 계약이 갱신되었지만, 그 주된 내용은 2012년까지 바뀌지 않았으며, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(3) 심리자료를 보면, 전액 국비로 건설되는 일반철도에 대하여는 국가(국토해양부)가 OOO로부터 직접 선로사용료를 징수하다가, 2006년부터 청구법인으로 하여금 선로사용료를 징수하도록 하였고, 일반철도의 유지보수는 국토해양부가 OOO에 위탁하여 시행하고 있으며, 일반철도에 대하여 청구법인이 OOO로부터 징수하는 선로사용료는 연간 유지보수비 총액(예상)에서 국가가 OOO에 직접 지급하는 금액(전체 유지보수비의 30%)을 차감한 금액이므로, 일반철도 선로사용료와 유지보수비는 상계되어 세금계산서만 주고받은 것으로 나타난다.

(4) 한편, 일반철도 시설자산의 관리 및 유지보수 관리체계 개선방안(2013.1. 국토해양부) 및 일반철도 유지보수체계 개선관련 알림(2013.1.9. 국토행양부 철도시스템안전팀-21)의 주요내용을 보면, 국토해양부(2013년 1월)는 OOO에 위탁하여 시행중인 유지보수 감사지적 등 관리업무 문제점을 개선하여 효율화와 전문화를 도모할 필요가 있어 2005년 1월부터 2012년 12월까지 OOO에 유지보수위탁계약을 해오다 2013년 1월부터는 청구법인이 유지보수관리업무를 대행토록 한 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 일반철도유지보수용역 계약(쟁점용역)의 직접 당사자가 아님에도이와 관련한 세금계산서의 일부(70%)를 교부받아 국가로부터 위탁받은 일반선로 사용료징수에 따른 부가가치세와 상계하여2009년부터 2012년까지 OOO원의 부가가치세액을 공제받았다.

(6) 청구법인은한국철도시설공단법제8조에서 철도시설의 건설·유지보수·관리 및 역세권 개발 등의 계획과 그 시행방법을 청구법인과 철도운영자 간의 상호 협력·협의의 대상으로 규정하고 있으므로, 청구법인은 당연히 이러한 법령상의 협의의무에 따라 철도시설의 유지보수용역을 OOO로부터 제공받는다는 인식을 가지고 있고,OOO가 청구법인에게 유지보수 용역을 제공한 것이 명시적 혹은 묵시적 계약상 원인에 따른 것이어서 청구법인이 OOO로부터 발급받은 세금계산서는 법률상 또는 계약상 원인에 따라 실제로 유지보수용역을 제공받고 발급받은 세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서가 아니라며,일반철도의 시설자산 관리위탁 계약서(2004.4., 2009.5), 일반철도시설유지보수 위·수탁 계약서(2005.1.,2010.1.,2013), 일반철도 선로 등 사용계약서(2004.12., 2005.12., 2009.3.,2011.12.,2012.12.), 철도구조개혁 관련 선로사용료·PSO·건설투자체계 구축방안 연구용역결과, 철도구조개혁대비선로사용료·PSO·건설투자체계구축방안, 국토해양부 공문 등을 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것으로, 세금계산서는부가가치세법제9조의 공급시기에 제16조의 규정에 따라 재화나 용역을 공급하는 자가 재화나 용역을 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것인 점,철도산업발전기본법제38조에서 관계부처 장관이 법에 따른 권한의 일부를 한국철도공사 등에 위탁할 수 있음을 규정하면서, 그 단서에 ‘철도시설유지보수’시행업무를 OOO에 위탁한다고 규정하고 있고, 그에 따라 OOO 설립 직전인 2004.12.31. 건설교통부와 철도청 사이에 일반철도 시설유지보수 위·수탁 계약이 체결되었고, 이후 이 건 유지보수계약에 따른 권리·의무는 한국철도공사 설립시 OOO에 승계되었고, 국토해양부장관(갑)과 OOO(을)사이에 체결된 일반철도유지보수 위·수탁계약서 제2조(위탁범위)에서 “갑”이 “을”에게 위탁하는 범위는 국가소유의 철도시설(별표)에 대한 선로·건축물·전철전력·신호·정보통신·방음벽·철도교통관제시설 등의 유지보수(하자관리포함)업무로 한다고 명확히 규정되어 있어 OOO는 국가에 세금계산서를 발행하여야 함에도 쟁점세금계산서를 청구법인에게 발행하였는바, 이는 구부가가치세법제16조 제1항 제2호 및 제3호의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우에 해당하므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 같은 법 제17조 제2항 제1의2호의 규정에 따라 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.