청구법인이 판매점에 청구법인의 제품광고물, 기업이미지광고물 등을 설치하고 지출한 광고물설치비는 판매점의 소매판매에 부수되는 것으로, 판매점이 부동산임대용역을 제공하는 사업자여서 세금계산서 발급의무자임을 전제로 청구법인이 그로부터 세금계산서를 발급받지 아니하였다고 보아 부가가치세 매입세액 상당액을 손금불산입한 처분은 잘못임
청구법인이 판매점에 청구법인의 제품광고물, 기업이미지광고물 등을 설치하고 지출한 광고물설치비는 판매점의 소매판매에 부수되는 것으로, 판매점이 부동산임대용역을 제공하는 사업자여서 세금계산서 발급의무자임을 전제로 청구법인이 그로부터 세금계산서를 발급받지 아니하였다고 보아 부가가치세 매입세액 상당액을 손금불산입한 처분은 잘못임
OOO세무서장이 2013.11.13. 청구법인에게 <별지1>과 같이 한 부과처분은,
1. 청구법인이 2008～2012사업연도 동안 세금계산서를 받지 아니하고 판매점에 지급한 광고물설치비 중 부가가치세 매입세액 상당액 합계 OOO원을 각 사업연도 손금에 산입하고,
2. 청구법인이 2008～2012사업연도 동안 전업판매점에 지급한 광고물설치비 합계 OOO원은 이를 판매부대비용으로 보아 각 사업연도 손금에 산입하며,
구법인이 2011사업연도에 취득한 주식회사OOO의 주식을 평가함에 있어 청구법인이 현물출자한 무형자산 OOO원 을 개발비로 보지 아니하고,
4. 청구법인이 2010.9.30. OOO로부터 취득한 영업권 가액 OOO원을 익금불산입하며,
5. 청구법인이OOO에 2010사업연도 중 지급한 OOO원, 2011사업연도 중 지급한 OOO원은 이를 판매부대비용으로 보아 각 사업연도 손금에 산입하고,
6. 청구법인이 2008년 제1기～2012년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 수입한 원재료 혼합엽은 이를 부가가치세 과세대상으로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하며,
7. OOO의 실제 운영자를 주식회사 OOO로 보는 것으로 하여, 각 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 청구법인이 2008～2012사업연도 중 CVS(편의점)본사, CVS판매점, 일반판매점에 광고물을 설치하고 그 공간사용의 대가로서 광고물설치비를 지급하면서 법인세법 제116조 제2항 에 따라 세금계산서를 수취하는 대신 영수증을 수취하거나 증빙을 발급받지 않는 경우에 대하여, 해당 부가가치세 매입세액이 법인세법상 손금에 해당하지 않는다고 보아 2008～2012사업연도 법인세 과세표준에 합계 OOO원을 손금불산입하고,
(2) 청구법인이 2008～2012 각 사업연도 중 청구법인 제품 전업판매점(광고효과S 판매점, 이하 “CVS전업점”이라 한다)에 지급한 광고물설치비 합계 OOO원(이하 “쟁점광고물설치비”이라 한다)에 대하여 이를 접대성 비용으로 보아 한도초과 접대비를 손금불산입하며,
(3) 청 구법인이 2011사업연도에 기술보증기금으로부터 OOO원 에 평가받은 특허권 등의 무체재산권(이하 “쟁점무형자산”이라 한다)을 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 현물출자하여 OOO 주식을 취득하면서 그 취득가액을 OOO원으로 계상한 것에 대하여, 쟁점무형자산을 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의2 제2호에 따라 자산에서 차감하는 ‘개발비’로 보아 OOO 주식 가액을 OOO원(쟁점무형자산을 OOO원으로 산정)으로 산정하여, 그 차액 OOO원 을 OOO 주식 취득가액에서 손금산입 감액 조정하고 동 금액을 다시 익금산입하여 기타사외유출로 소득처분하며,
(4) 청구법인이 임원퇴직금 및 임원상여금 지급시 현금 대신 주식을 선택하는 경우 현금지급액보다 할증하여 지급한 것에 대하여, 주식의 평가방법이 법인세법 규정에 맞지 않고 사회통념상 타당하지 않다고 보아 현금지급액을 초과하는 부분의 임원퇴직금 및 임원상여금을 인정하지 아니하여 2008～2010사업연도 법인세 과세표준 합계 OOO원을 손금불산입하며,
(5) 청구법인이 2009～2010사업연도 중 연임된 비등기임원(경영임원)들에게 지급된 퇴직금에 대하여 법인세법 시행령 제44조 에 따른 현실적인 퇴직금에 해당하지 아니하므로 이를 가지급금으로 보아, 2008～2012사업연도 합계 OOO원을 익금가산하고, 인정이자에 대하여 강OOO 외 42명에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하며,
(6) 청구법인이 2010.9.30. 미국 내 제품판매망을 확보하기 위하여 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 영업권을 각각 OOO달러 및 OOO달러(이하 함께 “쟁점미국영업권”이라 한다)에 취득한 것에 대하여, 국외특수관계자인 미국현지법인 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 부담할 비용을 대신 부담한 경우로서 미국현지법인에 대한 부당지원으로 보아 법인세법제52조에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 취득가액 OOO원을 익금산입하며,
(7) 청구법인이 ① 2009.12.27. UAE OOO(이하 “OOO”라 한다)에 지급한 인센티브 OOO달러와 광고판촉비 OOO달러(이하 함께 “쟁점인센티브”라 한다) 및 ② OOO로부터 광고선전비에 대한 증빙자료를 제출받고 청구법인의 제품 마케팅 활동에 적정하게 사용되었는지 불투명하다고 검토·분석하였음에도 광고선전비용으로 인정한 2010사업연도 OOO원 및 2011사업연도 OOO원 상당의 광고선전비(이하 “쟁점광고선전비”라 한다)를 각각 OOO와 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적으로 지급한 접대비로 판단하여 접대비 한도초과액을 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하며,
(8) 청구법인이 2008～2012사업연도 중 민법 제32조 및 구 담배전매법 제47조에 따라 1965.12.13. 설립된 비영리단체인 사단법인 OOO(이하 “OOO”라고 한다)에게 지급한 금원 중 지정조사 관련 비용으로 지급한 OOO원(이하 “쟁점지정조사비용”이라 한다) 및 기타 OOO의 인건비, 경비 등으로 사용된 OOO원(이하 “쟁점기타지원금액”이라 한다), 합계 OOO원(이하 “쟁점지원금액”이라 한다)에 대하여 청구법인의 업무와 무관한 비용으로 보아 손금부인하고 기타사외유출로 소득처분하며,
(9) 청구법인이 2010년 6월 인도네시아 및 싱가포르에서 청구법인 제품을 수입 및 판매하던 수입상 OOO(이하 함께 “쟁점기존수입상”이라 한다)과 당초 체결된 제품 수입 및 판매에 대한 모든 계약 일체를 종료하고 기존수입상의 수입 인·허가권 등의 무형자산(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 취득하기로 합의하여 취득대금 OOO원(이하 “쟁점지급금액”이라 한다)을 지급한 것에 대하여, 새로운 수입상인 싱가포르 소재 OOO(이하 “쟁점신규수입상”이라 한다)이 부담할 비용을 청구법인이 대신 부담한 것으로서 법인세법상 접대비에 해당한다고 보아 한도초과액에 대해 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하며,
(10) 청구법인이 2008～2012사업연도 중 퇴직한 임원 16명에게 고문료 형식으로 지급한 OOO원(이하 “쟁점고문료”라 한다)에 대하여 실질적인 용역수행이 없이 지급되었으므로 이를 퇴직급여 지급규정을 초과한 퇴직금의 지급으로 보아 2008～2012사업연도 합계 OOO원을 손금부인하며,
(11) 청구법인이 2005.7.11. 브라질에서 설립한 OOO(이하 “브라질법인”이라 한다)에게 2009～2011사업연도 중 지급한 경비 합계 OOO원(이하 “쟁점경비”라 한다)을 청구법인과 별도의 법인인 브라질법인이 부담해야 할 비용임에도 청구법인이 부담한 것으로 보아 손금불산입하고 기타소득으로 소득처분하며,
(12) 청구법인이 2010년 OOO 부지를 매각하는 과정에서 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 2010.12.24. 지급한 용역수수료 OOO원(공급가액) 중 OOO원(이하 “쟁점용역수수료”라 한다)은 OOO 대표 강OOO이 OOO시청 공무원에게 뇌물로 공여하여 업무와 관련 없는 지출로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 손금불산입하며,
(13) 청구법인이 2008～2012사업연도 중 사용일이 속하는 사업연도에 전액 비용으로 손금산입한 담배포장지 인쇄용 그라비어 인쇄방식의 철실린더 매입액 합계 OOO원(이하 “쟁점철실린더”라 한다)에 대하여 이를 감가상각자산으로 보아 비용으로 계상한 매입액 OOO원을 손금불산입하고 감가상각비 OOO원을 손금으로 인정하며,
(14) 청구법인이 OOO 지하 스포츠센터시설(이하 “쟁점스포츠시설”이라 한다)을 사단법인 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 2010.10.25.부터 2012.6.30.까지 무상으로 임대(이하 “쟁점임대용역”이라 한다)한 것에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2010～2012사업연도 합계 OOO원을 손금불산입하며,
(15) 청구법인이 2003.10.28. OOO(이하 "OOO"라 한다)와 OEM계약을 체결하고, 위탁받은 담배생산에 필요한 원재료 혼합엽(이하 “쟁점혼합엽”이라 한다)을 수입하면서 2008년 제1기～2012년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세 과세재화로서 수입세금계산서를 교부받아 이에 대한 매입세액을 공제한 것에 대하여 이를 부인하고 쟁점혼합엽을 가공되지 아니한 식료품으로서 부가가치세가 면세되는 재화로 보아 매입세액을 불공제하며,
(16) 청구법인이 2009～2011사업연도 중 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 운영과 관련하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 운영대행계약을 체결하였으나, 청구법인이 OOO 운영사업(이하 “쟁점운영사업”이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 직접 공급하거나 공급받은 부가가치세 납세의무자로 보아, 매출금액 OOO원을 부가가치세 과세표준에 가산하고, 청구법인이 OOO로부터 교부받은 세금계산서 공급가액 OOO원 중 용역대행수수료 OOO원을 제외한 금액은 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액 OOO원에 대한 매입세액은 불공제하며,
(17) 청구법인이 2009～2011사업연도 중 OOO 등 개발사업 및 기타 건물 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 진행하면서, 건축물 신축 전 개발타당성 검토용역, 사전환경/교통영향평가 등의 용역을 제공받아 OOO원을 매입세액 공제한 것에 대하여, 이를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액에서 불공제하고,
(18) 청구법인이 2008～2012사업연도 중 생활연수프로그램인 OOO 테마연수에 참여하는 종업원에게 지급한 연수원 경비(이하 “쟁점연수경비”이라 한다)를 소득세법상 근로소득에 해당한다고 보아 2008년부터 2012년까지 근로소득에 대한 지급명세서 제출 및 원천징수납부 불성실에 대하여 가산세 OOO원을 부과하며,
(19) 청구법인이 2011～2012사업연도 중 직원에게 임차보증금 OOO원과 월 임대료 OOO원을 지원한 청구법인의 임차사택(이하 “쟁점임차사택”이라 한다)에 대하여 소득세법 시행규칙 제15조의2 에 따른 근로소득 비과세 대상인 사택에 해당하지 않는다고 보아 임차사택 거주자에게 근로소득세를 부과하고 근로소득에 대한 지급명세서 제출 및 원천징수납부 불성실가산세를 부과하도록 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.11.13. <별지1>과 같이 경정․고지하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 처분청은 청구법인이 판매점에 광고물설치비를 지급하면서 영수증을 교부받은 경우의 부가가치세 매입세액을 손금으로 인정하지 아니하였으나, 법인세법 제21조 제1호, 같은 법 시행령 제22조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제11조에 따르면, 청구법인이 영수증 발급의무자로부터 영수증을 교부받은 경우에는 부가가치세 매입세액으로 공제받지 아니한 영수증상 매입세액은 손금에 산입할 수 있는 것이고, 이는 구 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제79조의2 제3항에 따라 청구법인이 영수증 발급의무자에게 사업자등록증을 제시하고 세금계산서를 요구하지 않았더라도 동일하다. 따라서, 부가가치세 매입세액에서 공제되지 아니한 영수증에 포함된 부가가치세 매입세액 상당액은 법인세법상 청구법인의 손금에 산입하여야 한다. (예비적 청구) 설사, 부가가치세 매입세액이 손금에 해당하지 않는다 하더라도, 법인세법 제76조 제5항 에 따른 가산세를 적용할 때 그 대상금액인 지출증빙을 수취하지 아니한 금액에서 ‘손금에 산입되지 않은 부가가치세 매입세액’은 제외하여야 한다.
(2) 쟁점광고물설치비는 추가 광고물에 대한 임차료 성격의 금액으로, 상권·매출·경쟁강도 등을 고려하여 결정된 정상적인 비용인바, 동일 상권 내의 CVS와 비슷한 수준으로 지급되었고, 이러한 광고물설치비가 일반판매점과 비교하여 볼 때 차등 없이 유사한 금액으로 지급되었으므로 접대비에 해당하지 아니한다.
(3) 쟁점무형자산은 피출자법인인 OOO가 외부에서 현물출자 받은 것으로서, 내부적으로 창출되거나 개발활동을 하면서 발생한 비용에 해당하지 않으므로 개발비에 해당하지 아니한다. 설사, 쟁점무형자산을 처분청 의견과 같이 개발비에 해당한다고 하더라도 처분청의 과세처분은 법인세법상 부당행위계산 부인규정에 근거하고 있는바, 이 건 현물출자는 경제적 합리성이 결여된 거래에 해당하지 않으므로 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다.
(4) 임원퇴직금지급규정은 주주총회 결의에 의해 제정된 것으로서 적법하고 일반적인 규정에 해당하고, 특정 임원을 위한 규정이 아닌 모든 임원에게 적용되는 규정임에도 불구하고, 처분청이 퇴직금지급규정을 무시하고 단순히 현금으로 지급한 금액과 비교하여 퇴직금이 과다하다고 본 것은 부당하다. 청구법인은 상임이사의 퇴직금에 대하여 정관 제31조에 따라 주주총회의 결의로 따로 정하는 상임이사퇴직금지급규정에 의하고, 경영임원의 퇴직금에 대하여 정관 제38조에 따라 주주총회의 결의로 따로 정하는 경영임원 퇴직금지급규정에 따라 지급한다고 규정하고 있어, 이에 의하여 주식선택보장제도를 주주총회의 결의로 시행한바, 해당 퇴직금 규정은 법인세법 등에 따라 적법한 절차를 거쳐 제정된 규정이고, 계속적․반복적으로 적용하여 왔으며, 지급액의 산정 기준이 일반적․구체적이고, 도입할만한 타당한 정황적 근거가 존재한다. 처분청은 청구법인이 임원퇴직금지급규정에 의거하여 퇴직금을 주식으로 지급한 것임에도 단순히 현금을 지급한 경우와 비교하여 퇴직금을 과다하게 지급하였다고 보아 주식과 현금 지급액의 차이를 손금불산입하였으나, 이는 법적근거가 없다. 또한, 보수지급규정에 따라 주식으로 지급한 임원상여금에 대하여 현금지급액과의 차액을 손금불산입한 처분 역시 같은 이유로 위법하다.
(5) 청구법인은 상임이사 및 경영임원이 구분되어 있는바, 상임이사는 등기임원으로서 이사회를 구성하고 사장이 추천하여 이사회 동의를 얻어 주주총회에서 선임되는 것에 반하여, 경영임원은 비등기임원으로서 사장이 임명하고, 다른 직원과 마찬가지로 임금을 목적으로 한 종속된 관계에 해당하며, 경영목표에 대한 계약서 등을 체결하지 아니하여 경영목표 등이 해고사유에 해당하지 아니하고, 이사회 참석권한이 없으며, 부서, 실본부 등의 관리(통제)외에 경영에 대한 어떠한 의사결정 권한이 없는 근로기준법 및 근로자퇴직급여보장법상 근로자에 해당하므로 중간정산하여 지급한 퇴직금은 정당한 것이다.
(6) 처분청은 쟁점미국영업권에 대하여 미국현지법인인 OOO를 위한 무형자산(영업권)임에도 불구하고 영업권을 OOO에게 양도 또는 무상으로 이전하거나 영업권에 대한 사용료 수취 등의 사실이 없었으므로 국외특수관계자가 부담할 비용을 대신 부담한 경우에 해당하여 OOO에 대한 부당지원이라 판단하였으나, OOO는 제한적 위험을 부담하는 판매업자(OOO)로서 비교적 단순한 활동을 수행하고 있으므로, 쟁점미국영업권의 소유자는 미국현지법인(OOO)이 아니라 청구법인으로 보는 것이 타당하다. (7)-1 쟁점인센티브는 마케팅 및 프로모션에 투자한 금액으로서, 접대를 목적으로 지급한 것이 아니다. 그리고, 법인세법상 판매부대비용은 사전약정 여부에 따라 접대비로 구분되는 것이 아니므로, 설령 쟁점인센티브 지급에 관한 약정이 연말에 체결되었다 하더라도 그 지급 이유가 분명한 경우에는 판매부대비용으로 볼 것이지 접대비로 볼 수는 없다. (7)-2 OOO에게 지급한 쟁점광고선전비는 양사 간에 계약서에 근거하여 OOO가 지출한 광고 및 판촉활동에 대한 내역을 확인하고 지급한 것이고, 지급한 금액은 청구법인의 영업정책을 고려하여 OOO가 광고를 하였다고 인정할 정도면 충분할 것인바, 청구법인이 그 집행금액에 대한 증빙을 확보한 상태에서, 이에 추가하여 OOO의 집행증빙까지 세법상 기준에 따를 것을 요구함은 부당하다.
(8) 쟁점지원금액은 담배 산업의 특수한 여건 하에서 지출된 비용으로, 사전 계약에 의해서 정당하게 집행된 비용이고 이를 통해 청구법인은 영업상의 이득을 얻고 있으므로 업무무관비용에 해당하지 아니한다. 즉 OOO는 현장에서 수집할 수 있는 신규 소매점 정보를 비롯한 시장환경 등 영업 관련 정보들을 청구법인에게 제공하고 있고, OOO가 수행하는 불법 유통 단속, 청소년 판매 및 불법 광고 계도 등의 각종 공익적 활동을 통해 청구법인은 영업상의 이득을 얻고 있다. 또한, 청구법인은 OOO와의 정당한 계약에 의거하여 합리적인 방법에 따라 대가를 산정하여 지불하고, OOO는 수행한 용역의 결과를 보고하고 있으므로, 업무무관비용으로 본 처분은 부당하다.
(9) 청구법인이 2010년에 쟁점기존수입상에게 지급한 쟁점지급금액은 손해배상금 또는 합의금 성격의 금액으로서 사회통념상 타당한 범위 내에 지급한 금액이므로 손금에 해당한다. 쟁점지급금액은 쟁점기존수입상과의 거래를 종료하는 것에 대한 보상금액일 뿐, 영업권의 이전과는 무관한바, 쟁점기존수입상으로부터 영업권을 취득하여 바로 쟁점신규수입상에게 무상으로 이전한 것이 아니고, 또한 쟁점신규수입상이 지급해야 할 영업권의 대가를 청구법인이 대신 지급한 것도 아니다. 설사, 쟁점지급금액의 일부가 영업권의 이전대가로 인정된다고 하더라도 쟁점지급금액에는 쟁점기존수입상의 협력의무 수행의 대가도 포함되므로, 쟁점지급금액 전액을 쟁점신규수입상이 지급해야 할 영업권의 대가를 청구법인이 대신 지급한 것으로 보아 접대비로 처분한 처분청의 처분은 부당하다.
(10) 처분청은 고문위촉 계약이 존재함에도 불구하고 퇴직임원들이 고문으로서의 근로를 제공하지 않았다고 보았으나, 실제 퇴직임원들이 수행한 업무는 대부분 구두로 이루어진바, 고문위촉 계약이 존재함에도 불구하고 업무수행 내용이 문서로 존재하지 아니함을 이유로 근로를 제공하지 아니하였다고 본 것은 부당하다.
(11) 청구법인이 브라질법인에게 지급한 쟁점경비는 청구법인의 업무관련성이 있는 비용이므로 업무무관비용이 아니라 청구법인의 손금에 해당한다. 쟁점경비의 사용내역은 사택/사무실 임차료, 출장비, 지급수수료, 각종 세금 등인바, 청구법인이 이를 부담한 이유는 2005년 8월 체결된 경영계약서에 따른 것이다.
(12) OOO이 OOO시청 공무원에게 건넨 뇌물공여액은 청구법인이 OOO과 용역계약이 체결된 이후 청구법인 공장부지 매각절차 진행 과정에서 OOO의 계산 하에 지급된 것일 뿐, 청구법인이 OOO과의 용역계약에 의해 지급한 쟁점용역수수료와는 별개이므로, 쟁점용역수수료를 업무무관비용으로 본 것은 부당하다.
(13) 쟁점철실린더는 그라비어 인쇄용 동판으로 금형자산에 해당하고, 금형자산은 법인세법 시행령 제31조 제6항 에서 따라 그 사업에 사용한 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다. 쟁점철실린더가 금형에 해당하지 않더라도, 쟁점철실린더는 법인세법 시행규칙 제17조 제3호 에 따른 수익적 지출로서, 지출한 사업연도의 손금에 해당한다.
(14) 쟁점스포츠시설의 기존 임차인은 당초 약정된 1년 초과 회원권 판매금지 조항을 어기고 2～3년에 달하는 회원권을 판매하고 잠적한바, 청구법인은 이로 인한 쟁점스포츠시설 운영상 문제 및 청구법인 이미지 실추 우려로 인해 관련 손실을 청구법인이 부담하기로 결정하였고, 이에 따라 새로운 임차인인 OOO에게 청구법인이 이행해야 하는 잔존 이용기간에 대한 보상을 부담시키고 그 대가로 청구법인은 OOO에 무상임대를 한 것이므로 OOO에 제공한 쟁점임대용역에는 경제적인 합리성이 결여되었다고 볼 수 없다.
(15) 면세재화 관련 규정인 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호 호로 전부개정되기 전의 것) 제12조 제2항 제1호에서는 가공되지 아니한 식료품을 전제로 하고 있는바, 쟁점혼합엽은 가공된 재화이므로 면세재화에 해당하지 아니하여, 매입세액공제를 적용받는 것은 정당하다. 또한 청구법인은 국세청에 쟁점혼합엽이 면세재화가 되었을 경우 가산세에 대해 질의하였고, 쟁점혼합엽이 면세재화에 해당하더라도 과소신고가산세, 납부불성실가산세 등은 부과되지 않는다는 회신(부가가치세과-625, 2012.5.31.)을 얻었으므로 가산세를 부과하는 것은 신의칙에 어긋난다.
(16) OOO는 OOO에 대한 쟁점운영사업과 관련한 의사결정, 수익과 비용의 관리, 사업수행에 필요한 직원 고용 등 모든 사항을 그의 책임으로 수행하고 있다. 따라서, 청구법인이 OOO을 운영하였다고 보아 OOO의 부가가치세 매출세액과 매입세액(대행수수료 제외)을 청구법인에게 귀속시킨 처분은 부당하다.
(17) 쟁점공사 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하지 아니하고, 부가가치세가 과세되는 건물을 신축하기 위한 건물과 관련된 부가가치세 매입세액이므로 이를 공제하여야 한다.
(18) 생활연수프로그램은 지정된 장소 및 시간에 이루어질 뿐만 아니라 기수제로 운영되는 단체 프로그램으로서, 종업원 복리후생적 목적이 아닌 업무의 일환으로 수행되는 활동이므로 쟁점금액은 소득세법 제12조 에 따른 비과세 소득에 해당하는 실비 변상정도의 여비로 보는 것이 타당하다.
(19) 근무지의 위치가 임대료 시세가 높아 종업원이 청구법인의 지원기준액 이상의 임대보증금이나 월임대료를 부담할 수밖에 없는 상황에서 청구법인이 일부 임대보증금이나 월임대료를 부담하였다는 이유로 무상으로 임차한 종업원과 달리 추가적으로 근로소득세를 부담하게 하는 것은, 무상으로 임차한 종업원 보다 추가적으로 얻는 경제적 이익이 없음에도 소득세를 부과하는 것이므로 조세의 형평에 어긋난다.
(1) (주위적 청구에 대하여) 청구법인으로부터 광고물설치비를 지급받아 광고물을 설치한 거래처는 계속적․반복적인 부동산 임대용역을 제공하였으므로 해당 거래처는 소매업 여부와 관계없이 세금계산서 발행의무자에 해당한다. 그러나, 청구법인은 이러한 사실을 알고 있음에도 고의적으로 세금계산서가 아닌 영수증을 수취하였으므로 부가가치세 매입세액에 해당하는 금액을 손금으로 보지 아니한 당초 처분은 정당하다. (예비적 청구에 대하여) 증빙불비가산세는 실제 거래를 전제로 정규증빙을 수취하지 못한 전체 금액에 대해 가산세를 부과하는 것이므로 부가가치세를 포함하여 증빙불비가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.
(2) 쟁점광고물설치비는 CVS전업점 유지를 명목으로 특정업체에 독점 판매, 진열을 약정하고 지급한 것으로서 담배사업법에도 금지된 부당지원에 해당하고, 광고효과를 고려한 집행금액이 아니라 직접적으로 거래관계의 원활한 진행을 위해 지출한 대가로 볼 수 있는 점, 청구법인 본사 계약분과 중복되는 비용으로서 청구법인이 주장하는 광고물의 설치 및 유지를 위한 대가로 볼 수 없는 점, 일정한 기준 없이 특정거래처에 관계유지를 위한 대가로 지급한 금액인 점, 담배사업법등 실정법 위반행위인 점, 특히 2009년 세무조사에서 도 광고효과를 고려한 집행금액이라 할 수 없어 접대비로 과세되었고, 청구법인은 이를 수용하고도 시정 없이 용어만 달리하여 계속적으로 집행한 점 등을 고려할 때 접대비로 과세한 당초 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 쟁점무형자산이 외부에서 취득한 무체재산권이며 자체적으로 개발한 것이 아니므로 쟁점무형자산을 개발비가 아닌 특허권으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점무형자산의 권리자가 다양하여 쟁점무형자산을 외부에서 취득한 무체재산권에 해당하는지 여부를 확인할 수 없는 점, 청구법인의 연구과제로서 현물출자 시점까지 개발이 계속 진행되어 온 것으로 보이는 점, 청구법인의 2011사업연도 감사보고서에서 쟁점무형자산을 ‘개발 중인 무형자산’으로, 2011사업연도 법인세 신고서에서 쟁점무형자산을 개발비의 손상차손으로 인정한 점 등을 고려하면, 쟁점무형자산이 특허권이라는 청구주장을 인정할 수 없고, 개발비로 인정한 당초 처분은 타당하다.
(4) 청구법인의 퇴직금지급규정은 최상위 소수임원만을 위해 일시적으로 적용되어 계속적․반복적인 규정이 아니고, 할증의 전제조건인 매도제한 규정도 형식적으로 운영되어 자진신고한 임원 이외에는 매도 사실조차 알지 못하는 등 형식적인 규정이다. 주식평가방법도 세법상 평가방법을 따르지 않고 임의적인 평가방법을 사용하였고, 회사를 떠나게 되는 퇴직자에게 퇴직금을 주식으로 지급하는 것은 청구법인이 주장하는 책임경영과는 아무런 관계가 없이 소수의 임원들이 회사의 이익을 더 가져가기 위한 것이며, 회계법인 등의 문제제기로 인해 폐지된 규정에 따라 현금지급액을 초과하여 지급된 금액을 손금부인하고 퇴직금이 아닌 상여로 한 당초 처분은 정당하다. 청구법인이 임원의 상여금 지급과정에서 현금 대신 주식을 받는 경우 할증한 것 또한 현금지급한도를 초과한 것이다.
(5) 청구법인은 경영임원이 비등기임원으로 이사회 참석 권한 및 경영 결정 권한이 없는 근로자에 해당하므로 현실적인 퇴직에 해당한다고 주장하나, 비등기임원이라 하더라도 상무 등 명칭을 사용하여 해당부서의 업무를 총괄하고 집행할 권한과 책임이 있고, 직원들과는 별도의 퇴직금 및 보수지급규정이 있을 뿐만 아니라, 근로자에서 경영임원으로 승진시에 현실적인 퇴직으로 보아 퇴직금을 정산하였던바, 이와 같은 경영임원을 중간정산이 가능한 근로자로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다.
(6) 청구법인은 미국현지법인(OOO)이 쟁점미국영업권을 소유하지 않는다고 주장하나, 미국현지법인이 사실상 기존의 유통망 등을 이용하는 것은 이미 영업권을 향유한다고 보아야 할 것이다. 청구법인이 주장하는 제한적 위험을 부담하는 판매업자(LRD)는 위수탁거래 및 임가공용역거래 등 극히 제한적으로 적용해야 하고, 통상적인 재고부담위험, 판매활동, 거래처확대 기능을 갖는 도매업자인 미국현지법인(OOO)에게 적용할 수 없다. (7)-1 청구법인은 수입상 OOO와 원만한 거래관계를 유지하기 위하여 인센티브 지급 취지와 목적에 맞지 않는 과거의 판매자료를 활용하여 인센티브 지급조건을 끼워 맞추고, 정당한 인센티브 계약 조건으로 위장할 목적으로 계약서를 소급 작성하면서 관련 문서들을 조작하여 임의로 쟁점인센티브를 지급한바, 이는 법인세법상 거래처에 대한 접대비에 해당한다. (7)-2 계약서상으로 OOO가 마케팅 비용집행시 그 내역과 비용 증빙을 연말에 청구법인에 제공하되, 청구법인이 인정하는 경우에만 비용을 상환하거나 외상채권과 상계하게 되어 있고, 매년 OOO로부터 광고선전비에 대한 증빙자료를 제출받고 검토·분석한 결과 청구법인의 내부기준에 적합하지 못하여 청구법인 제품 마케팅 활동에 적정하게 사용되었는지 불투명함에도 광고선전비용(마케팅비용)으로 인정하여 쟁점광고선전비를 지급(OOO에 대한 매출채권과 상계)한 것은, 청구법인의 국외거래처 중 매출액이 가장 큰 OOO와 원만한 거래관계를 유지하기 위해 매출채권을 임의포기한 것으로서 법인세법상 접대비에 해당한다.
(8) 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점지원금액 중 OOO의 지정조사 관련 업무는 2001년 7월 담배사업법개정으로 종전 전매청에서 지방자치단체로 이관되었으므로 청구법인과 관련이 없고, 그 밖의 공익적 성격의 활동은 OOO의 고유 업무일 뿐 담배제조 및 판매업자 중 청구법인이 단독으로 수행해야할 업무는 아니므로 쟁점지원금액은 청구법인이 업무와 관련 없이 지급한 비용에 해당한다.
(9) 쟁점지급금액은 지급정황이나 성격으로 보아 과거 사업상 수익을 가져온 것에 대해 답례이거나, 거래처 변경과정에서 발생하는 문제들의 원활한 진행을 도모할 목적으로 신규수입상이 지급해야 할 대가를 청구법인이 대신 지급한 것으로, 이는 법인세법상 접대비에 해당한다고 할 것이므로 당초 처분은 정당하다.
(10) 청구법인은 실질적인 고문 용역 제공이 없는 퇴직임원에게 고문료 명목으로 급여를 지급하였으므로 법인세법 제26조 에 따라 부당하게 지급한 인건비에 해당하고, 청구법인의 인사 담당 본부장의 서류에서 확인되는 바와 같이 그 실질은 임원에게 지급한 퇴직금을 고문료의 형식을 빌어 변칙적으로 지급한 것이다.
(11) 청구법인은 쟁점경비가 청구법인의 업무와 관련성이 있으므로 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나, 쟁점경비는 브라질법인의 임차료, 수수료, 세금 등 운영경비로서 청구법인과 별도인 브라질법인이 부담해야할 비용이므로 청구법인 손금범위에 포함되지 아니한다.
(12) 청구법인은 뇌물공여액이 청구법인과 무관하게 OOO의 계산 하에 지급된 것으로 청구법인의 쟁점용역수수료와는 무관하다고 주장하나, 관련 형사사건에서 뇌물을 수수한 OOO시청 공무원 외에 청구법인의 임원도 유죄가 인정되었으므로 청구법인의 관련 임직원이 뇌물공여액을 사전에 인지하고 있었던 것이 사실로 입증되었다.
(13) 쟁점철실린더는 금형자산에 해당한다고 볼 수 없고, 거래단위별로 OOO원을 초과하며, 최소 1년 이상 사용하고 고유 업무의 성질상 대량으로 보유하는 자산에 해당하므로 관련 지출액을 자산으로 계상하여 감가상각하는 것이 타당하다.
(14) 청구법인은 2010년 당시 회원권 승계 손실을 새로운 임차인인 OOO에게 부담시키고 그 대가로 무상임대한 것이라고 하나, 그 실질은 임차인인 OOO의 스포츠센터 운영실적에 따라 손실이 난 사업연도에는 무상임대 연장계약을 하고 영업이익이 발생한 2012사업연도 하반기부터 다시 계약변경을 하여 임대료를 받기로 한 것이다. 이는 임차인의 사업 운영실적에 따라 임대료가 변경된 것으로 특수관계법인간 부당지원에 해당한다.
(15) 면세재화에 관한 부가가치세법 제12조 제2항, 같은 법 시행령 제28조 제1항 및 제40조에 따라 미가공식료품의 범위를 정한 같은 법 시행규칙 제10조 및 별표1 미가공식품분류표에 의하면, 관세율표 번호 2401로 분류되는 잎담배는 면세로 규정하는바, 쟁점혼합엽이 관세율표상 2401로 신고된 이상 미가공식료품에 해당하여 면세대상이다. 또한, 청구법인은 2007년에 이미 쟁점혼합엽이 면세대상이므로 수입세금계산서 부가가치세를 과오납하였음을 인지하였음에도, 내부적 검토를 통해 수정신고를 하지 아니하고 향후 적발시 대응하기로 하는 등 세무상 중대한 오류를 인지하고도 수년간 시정하지 아니하였던바, 처분청의 신의성실 위반 보다 오히려 청구법인이 납세의무를 이행함에 있어서 신의성실 원칙을 위반한 것이다.
(16) OOO는 OOO의 전반적인 운영 및 관리를 청구법인으로부터 위임받아 행한 것에 불과하며, 실질적으로는 청구법인이 OOO의 운영을 통한 수익․비용 및 위험 등을 자기의 책임과 계산으로 부담하고 있으므로, 쟁점운영사업은 위탁자인 청구법인에 의하여 수행되었다고 보는 것이 타당하다.
(17) 쟁점공사는 건물 신축 전에 모든 토지 조성공사가 완료되었다고 할 수 없고, 토지의 형질변경이나 조성 등을 위한 자본적 지출로 봄이 타당하며, 쟁점공사 비용이 매입세액공제 대상 공사에 대한 것임을 객관적으로 인정할 만한 근거를 제시하지 않고 있어 공사 전부를 매입세액 공제대상이 되는 공사로 볼 타당한 근거가 없다.
(18) 청구법인은 OOO 연수원의 여행경비로서, 여비지급기준에 따라 연수에 참가한 본인과 동반가족에게 개인여비 및 가족여비 등을 지급하고 있는바, 청구법인이 조사기간 중 제출한 연수프로그램의 구체적인 내용을 살펴보면 유람선타기, 칠보공예, 한지공예, 스키, 눈썰매, 딸기체험, 래프팅, 포도따기, 사과따기 등으로 이루어져 있어 청구법인의 업무와는 관련성이 없다.
(19) 청구법인 세무부가 2013.1.18. 검토한 ‘임차사택 종업원 부담금 관련 세무검토’에서 이미 해당 사택에 대한 보증금에 대한 이자상당액은 해당 종업원의 근로소득에 포함되어야 한다고 검토하였고, 이에 대한 대응방안에 하나로 임차사택은 회사가 주도적으로 선정하는 것으로 명문화하도록 개선방안을 강구했음에도 불구하고, 현재는 종업원이 주도적으로 임차사택을 선정하고 청구법인의 역할이 미미하다고 기록하고 있다. 따라서, 청구법인이 종업원과 공동으로 비용을 부담한 사택은 법인세법상 비과세 임차사택 범위에 포함되지 않는다.
① -1 (주위적) 영수증에 포함된 부가가치세 매입세액의 손금산입 여부
① -2 (예비적) 부가가치세 매입세액의 적격증빙가산세 제외 여부
② 전업판매점에 지급한 광고물설치비의 접대비 해당 여부
③ 쟁점무형자산이 개발비인지 여부
④ 자사주로 지급한 퇴직금 및 상여금이 한도를 초과한 금액인지 여부
⑤ 경영임원에게 지급한 중간정산 퇴직금이 현실적인 퇴직에 대한 것인지 여부
⑥ 미국현지법인에게 영업권을 부당지원하였는지 여부
⑦ -1 해외수입상에 지급한 인센티브의 접대비 해당 여부
⑦ -2 부실 증빙자료에 의한 광고선전비의 접대비 해당 여부
⑧ 한국담배OOO에게 지급한 용역수수료 등이 업무무관비용에 해당되는지 여부
⑨ 인도네시아 수입상에게 지급한 금액의 접대비 해당 여부
⑩ 퇴직임원에게 지급한 고문료가 업무무관비용에 해당되는지 여부
⑪ 브라질법인 관련 경비가 업무무관비용에 해당하는지 여부
⑫ 부지매각 대행용역비가 과다지급한 용역비에 해당하는지 여부
⑬ 철실린더를 감가상각자산으로 본 처분의 당부
⑭ 특수관계자 간의 무상임대차계약이 부당행위계산 부인규정의 적용대상인지 여부
⑮ 혼합엽을 미가공 식료품으로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 적정한지 여부
⑯ 청구법인이 OOO의 운영과 관련하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받았는지 여부
⑰ 쟁점공사가 토지 관련 매입세액인지 여부
⑱ 생활연수프로그램에 참여하는 종업원에게 지급한 비용이 근로소득에 해당하는지 여부
⑲ 종업원에게 지원한 임차사택의 보증금 및 월임대료가 근로소득에 해당하는지 여부
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 편의점(CVS) 또는 일반판매점(특수판매점 포함)에 제품광고물, 기업이미지광고물, 담배진열장 등의 광고물을 설치하고 이를 유지하기 위하여 ‘광고물설치비’의 항목으로 아래 <표1>과 같은 금액을 지급하였다. OOO (나) 조사청의 조사결과, 청구법인이 광고물설치비를 CVS본사에 지급한 경우에는 세금계산서를 정상적으로 수취하였고, CVS판매점 및 일반·특수판매점에 지급하는 경우에는 아래 <표2>와 같은 일부 경우에는 세금계산서를 수취한 반면, 나머지는 영수증을 수취하거나 증빙을 발급받지 않은 것으로 나타난다. OOO (다) 처분청은 청구법인으로부터 광고물설치비를 지급받아 광고물을 설치한 거래처는 계속적․반복적으로 부동산 임대용역을 공급하였으므로 세금계산서 발행의무자임에도 불구하고 청구법인이 세금계산서 대신 영수증을 교부받았거나, 증빙을 발급받지 않았다고 보아, 세금계산서를 수취하지 않고 지급한 금액 중 110분의 10에 상당하는 부가가치세 매입세액은 법인세법 제21조 제1호, 같은 법 시행령 제22조 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제11조 제1호에 따라 영수증에 포함된 부가가치세 매입세액으로서 손금에 산입할 수 있는 경우에 해당하지 아니한다고 판단하여 2008～2012사업연도 법인세 과세표준에서 합계 OOO원을 손금불산입하는 한편, 법인세법 제116조 제2항 에 따른 지출증빙서류를 수취하지 아니한 광고물설치비의 100분의 2에 상당하는 금액에 대하여 법인세법 제76조 제5항 에 따라 가산세 OOO원을 부과하면서, 그 가산세 대상금액에 위 손금부인한 부가가치세 매입세액 상당액을 포함하여 부과하였다. (라) 청구법인은 2007년 및 2011년도에 회계법인으로부터 세무업무에 대한 컨설팅 보고서인 ‘세무업무프로세스 점검용역 최종보고’를 받은바, 광고물설치비 중 영수증을 수취한 경우는 적격증빙미수취 가산세 부과대상이고, 해당금액의 10/110에 해당하는 매입세액은 손금불산입 대상임을 확인한 것으로 나타난다. (마) 처분청은, 청구법인이 소매점과 광고물설치에 관한 계약을 매년 체결하였고 소매점에 OOO원을 지급한 사례도 있는바, 청구법인으로부터 광고물설치비를 지급받고 광고물을 설치해준 경우 이는 부동산 임대용역을 제공한 것으로서, 사업자등록 대상 및 세금계산서 발급대상이라는 의견이다. (바) 청구법인은, 판매점에서 광고물설치비로 창출되는 매출은 OOO원 미만으로 총매출액의 0.14% 정도로 현저하게 낮고, 영세한 개인사업자가 운영하는 판매점(43,000여개)이 월평균 OOO원 이하(부가가치세 OOO원 이하)의 수입으로 인하여 사업자등록상 소매업과 별도의 업종을 추가하고 세금계산서를 발행하여야 한다는 것은 세무지식이 부족한 자영업자에게 과도한 납세협력비용을 요하는 처분이므로 부당하다고 주장한다. (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①-1에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 광고물설치비를 지급한 판매점은 부동산 임대용역 공급자에 해당하므로 세금계산서 발급의무자라는 의견이나, 심리자료에 의하면 청구법인이 세금계산서를 발급받지 아니하고 판매점에게 광고물설치비를 지급한 후 설치한 광고물은 청구법인의 제품광고물, 기업이미지광고물, 담배진열장 등으로서 그 성질이나 설치형상에 비추어 소매 단계에서 판매를 촉진하기 위한 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 판매점 1개소당 일반적인 광고물설치비가 월 평균 OOO원에 불과한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 판매점이 청구법인으로부터 광고물설치비를 지급받아 광고물을 설치하는 것은 담배 소매에 부수적으로 발생하는 행위라고 판단되고, 달리 처분청이 제시하는 계약 체결 형태 또는 광고물설치비 규모 등의 자료만으로는 청구법인이 판매점으로부터 별도의 부동산임대용역을 제공받았다고 보기는 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 판매점에 대하여 세금계산서 발급의무자임을 전제로 청구법인이 그로부터 세금계산서를 발급받지 아니하였다고 보아 부가가치세 매입세액 상당액을 손금으로 인정하지 아니한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다. (아) 쟁점①-2는 쟁점①-1이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 생략한다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 지사를 통하여 지급한 광고물설치비 OOO원 중 아래 <표3>과 같이 CVS전업점에 지급된 쟁점광고물설치비를 접대성 비용으로 보아 한도초과 접대비에 대해 손금불산입하였다. OOO (나) 처분청이 쟁점광고물설치비를 접대비로 본 근거는 아래와 같다.
1. 쟁점광고물설치비는 CVS전업점의 이익보전을 위한 성격의 금액일 뿐, 광고효과를 고려한 집행 금액이 아니다.
2. 청구법인이 CVS본사와의 계약에 따라 전업판매 유지 대가로 해당 판매점 당 매월 OOO원의 금액을 집행한 것과는 별도로, 청구법인 지사도 전업판매 유지 대가로 쟁점광고물설치비를 지급하였으므로 이중지급이고, 청구법인의 내부서류인 ‘2013년 영업부문 세무리스크 관리방안 검토’에서도 이중지원을 인정하고 있으며, 2009년도 세무조사에서도 불복 없이 쟁점광고물설치비를 접대비로 인정하였다.
3. 공정거래위원회의 2008년 7월 조사에서 전업판매를 조건으로 한 광고물설치비의 지급사실로 인하여 담배사업법에서 금지되어 있는 부당지원에 해당되어 과징금을 부과받은바, CVS전업점 유지 조건은 자사제품만을 취급하는 판매점에 대한 조건의 대가로 지급하는 것으로, 이러한 조건을 유지하도록 하면서 경제적 이익을 제공한 행위는 정상적인 거래관행에 비추어 부당한 수단에 의한 경쟁에 해당하고, 담배시장에서 광고는 담배소매상에 설치하는 광고물에 의한 광고가 실질적으로 거의 유일한 판촉 수단인 점을 고려하면 경쟁사업자 광고물을 배제하도록 하는 조건을 부과한 행위도 부당하게 고객을 유인하는 행위로서 정상적인 거래관행에 비추어 부당하게 경제상 이익을 제공한 행위에 해당한다. (다) 청구법인은 청구법인 본사와 CVS본사 간에 체결한 광고물 설치계약은 광고효과 등을 고려하지 아니하고 단순히 CVS본사에 가맹되어 있는 전체 판매점을 기준으로 기본적으로 설치된 광고물에 대한 계약으로서 점포당 무차별하게 OOO원 수준이나, 청구법인 지사가 CVS전업점에 지급한 쟁점광고물설치비는 상권ㆍ경쟁강도 등 제반 여건을 고려하여 지급하고 있고, 동일 상권내의 일반판매점과 CVS전업점의 광고물설치비는 차등없이 유사한 금액으로 지급하고 있다고 주장한다. 또한, 청구법인은 접대비에 해당되는지 여부에 대하여 특정 거래처에 광고물설치비를 과도하게 지급하였는지 여부로 판단되어야 할 것이고, 청구법인 본사 및 지사에서 여러 차례 지출되었다는 사정만으로 접대비 여부를 판정할 수는 없다고 주장한다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점광고물설치비에 대하여 지급기준이 없고, 본사에서 지급한 금액에 추가하여 이중으로 지급되었으며, 담배사업법상 부당지원으로 인하여 과징금을 부과받은 사정 등을 들어 접대비라는 의견이나, 청구법인이 차등지급의 기준으로 삼은 광고물의 전업적인 설치 여부 자체가 광고효과를 결정할 수 있는 기준으로 볼 수 있는 점, 청구법인의 제품을 전업으로 광고하는 판매점에 대하여 지급한 쟁점광고물설치비는 그에 대한 대가로서 불가피하게 지출한 비용으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점광고물설치비는 청구법인이 제조한 담배의 판매에 소요된 판매부대비용에 해당한다고 보인다. 따라서, 이를 접대비로 보아 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.
1. 청구법인은 비상장법인인 OOO에 2011사업연도 중 아래 <표4>와 같은 쟁점무형자산을 현물출자한바, 청구법인은 쟁점무형자산을 OOO원으로 평가하였고, 쟁점무형자산의 현물출자 대가로 OOO의 기명식 보통주 보통주 2,612,335주(액면가 OOO원)를 교부받았다. OOO
2. 조사청은 청구법인이 취득한 OOO 주식의 가액을 상속세 및 증여세법에 따라 평가하면서, OOO 주식 평가시 쟁점무형자산을 개발비로 보아 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의2 제2호 에 따라 OOO원으로 산정하여 주식가액을 총 OOO원으로 평가하였고, 이 가액과 청구법인이 계상한 취득가액 OOO원의 차액 OOO원을 OOO 주식 취득가액에서 손금산입․감액조정하고 동 금액을 다시 익금산입하여 기타사외유출로 소득처분하도록 과세자료를 통보하였다. (나) 청구법인과 OOO가 체결한 현물출자 계약서상 출자재산인 쟁점무형자산의 구체적인 내용은 다음과 같다.
1. 다음의 국내 특허권 및 이를 기반으로 출원한 모든 해외특허 등에 관하여 2006.12. 주식회사 OOO와 체결한 ‘기술 라이센스 계약서’에 의하여 갖는 권리: 금 OOO원 OOO
2. 다음의 국내 특허권 및 이를 기반으로 출원한 모든 해외특허 등에 관하여 2006.11.8. 주식회사 OOO과 체결한 ‘OCT-157 Milestone Payment 지급계약서’에 의하여 갖는 권리: 금 OOO원 OOO
3. 다음의 국내 특허권 및 이를 기반으로 출원한 해외특허 등에 관하여 2003.9.5. OOO(변경전 주식회사 OOO)와 체결한 ‘기술실시 및 공동연구 계약서’에 의하여 갖는 권리: 금 OOO원 OOO
4. 다음의 국내 특허권 및 이를 기반으로 출원한 해외특허 등에 관하여 2005.2.6. OOO(변경전 주식회사 OOO)와 체결한 ‘기술이전 및 공동개발계약서’ 및 2007.12.26. 체결한 ‘공동개발계약서’에 의하여 갖는 권리: 금OOO원 OOO
5. 다음의 국내 특허권 및 이를 기반으로 출원한 해외특허 등에 관하여 2007.12.26. OOO(변경전 주식회사 OOO)와 체결한 ‘기술거래계약서’에 의하여 갖는 권리: 금 OOO원 OOO (다) 처분청이 쟁점무형자산을 개발비로 본 근거는 아래와 같다.
1. 권리자가 ‘청구법인 최OOO’, ‘(주)OOO’, ‘OOO’, ‘청구법인․OOO’ 등으로 다양하여 청구법인의 주장과 같이 쟁점무형자산이 외부에서 취득한 무체재산권에 해당하는지 여부를 확인할 수 없다.
2. OOO와 (주)OOO이 작성한 현물출자에 의한 양도확인서에 의하면, (주)OOO과 청구법인이 2006.11.8. 체결한 “OCT-1547 Milestone Payment 지급 계약서” 및 관련 계약에 의하여 현재 청구법인이 보유하고 있는 모든 계약상 지위를 청구법인으로부터 현물출자에 의한 양수 후 성실히 이행할 것임을 확인하는 내용이 있는데 이러한 확인서로 보아도 (주)OOO과 청구법인 사이에 특정 연구과제가 현물출자 시점까지 계속 진행되어 온 것으로 보여 청구법인이 쟁점무형자산을 외부에서 매입한 특허권으로 보기는 어렵고, 이는 OOO와 주식회사 OOO가 작성한 현물출자에 의한 양도확인서의 내용에 의해서도 확인된다.
3. 청구법인의 2011사업연도 감사보고서에서 무형자산 항목을 보면 무형자산은 산업재산권, 시설이용권, 기타의 무형자산, 개발 중인 무형자산으로 구분하여 작성하고 있으며 쟁점현물출자 자산은 개발 중인 무형자산으로 분류하여 기재 및 공시하고 있다.
4. 국세통합전산망에서 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고서를 보면 과목별 소득금액조정명세서상 쟁점무형자산의 평가에 따른 손상차손을 세무 조정하였는데 그 과목을 개발비로 인정하였다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO의 주식평가시 쟁점무형자산이 개발비에 해당한다고 보아 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의2 제2호 에 따라 OOO원으로 평가하여야 한다는 의견이나, OOO 주식의 평가시 개발비인지 여부는 OOO의 입장에서 판단하여야 할 것으로서, 청구법인이 쟁점무형자산을 개발비로 회계처리하였는지에 관계없이 OOO는 자체적인 개발단계에서 지출한 비용이 아니라 청구법인으로부터 현물출자 받아 쟁점무형자산을 취득한 것이어서 이를 개발비로 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점무형자산을 현물출자하면서 기술보증기금으로부터 OOO원으로 평가받았고 법원의 조사를 거치는 현물출자 형식으로 이전되어 쟁점무형자산에 재산적 가치가 없다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 OOO 주식의 가치를 산정하면서 쟁점무형자산을 개발비로 보아 0원으로 평가한 후 과세한 것은 잘못이라고 판단된다.
(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.
1. 임원퇴직금과 관련하여, 청구법인은 상임임원 및 경영임원 등에게 아래 <표5>와 같이 2004년부터 2008년까지 퇴직 및 연임시 퇴직금을 주식으로 지급한바, 퇴직금지급규정은 현금과 주식 중 선택 가능하도록 되어있으며 주식 선택 시에는 3년간 매매금지 조건으로 현금 지급액의 30%를 할증하여 지급하도록 하였고, 이후 2010.2.26. 퇴직금지급규정을 개정하여 주식선택제도를 폐지하였다. OOO
2. 임원상여금과 관련하여, 청구법인의 보수지급규정은 현금과 주식 중 선택 가능하도록 되어있고, 주식 선택 시에는 3년간 매매금지 조건으로 현금 지급액의 30% 할증하여 지급한바, 청구법인의 주식으로 지급한 임원상여금의 내역은 아래 <표6>과 같고, 2009.3.10. 임원보수지급규정을 개정하여 주식선택제도를 폐지하였다. OOO
3. 청구법인이 현금을 대신하여 퇴직금 또는 상여금으로 지급한 주식은 “주식선택보상제 운영지침”에 의해 매도를 제한하여 이를 관리하도록 한바, 주식선택보상제 운영지침의 주요 내용은 아래와 같이 나타난다. OOO (나) 조사청의 조사결과, 임원퇴직금 및 임원상여금에서의 주식선택제도와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된 것으로 나타난다.
1. 주식매도제한 기간내 매도 현황에 의하면 임원 이OOO 등 9명이 청구법인의 “주식선택보상제 운영지침”에 따른 매도제한 기한 이전에 주식을 매도하였고 이는 총 인원 58명의 15.5%에 해당된다.
2. 청구법인은 주식선택보상제 운영지침에 따라 자사주로 지급한 주식을 우리사주조합장이 관리하도록 되어 있음에도 실질적으로 관리한 사실이 없고, 매도제한 기간내 매도시 일정금액을 환수하여 잡이익으로 계상하도록 되어 있으나 확인된 매도자 9명 중 본인의 자진신고에 의한 김OOO 등 2명에 대하여만 환수하였을 뿐 청구법인이 인지하여 환수한 사례는 없었다.
3. 청구법인은 2007년 회계법인 세무진단, 2008.2.26. 회계법인 진단시 주식선택제도에 대하여 지적을 받았고, 2011년 회계법인 세무진단에서도 재차 지적을 받았다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 현금지급 퇴직금 또는 상여금액을 초과하는 주식취득분은 정당한 퇴직금 또는 상여금이라고 주장하나, 조사청의 조사결과, 청구법인의 퇴직금지급규정은 모든 임원에 대하여 적용되지 아니하였고, 현금지급액의 30% 할증의 전제조건인 주식 매도제한 규정도 자진신고한 임원 이외에는 청구법인이 주식 매도 사실을 인지하지 못하여 형식적으로 운영된 것으로 보이는 점, 청구법인이 회계법인 진단 등을 통해 퇴직금 및 상여금 규정에 문제가 있고 현금지급액을 초과한 금액은 한도초과로 손금부인 가능성이 높음을 인지한 것으로 보이는 점, 현금으로 결정되는 퇴직금 또는 상여금액을 초과한 주식취득분은 실질적으로 퇴직금 또는 상여 지급기준에 의한 금액을 초과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하면, 청구법인은 2009년 2월 임기가 만료된 비등기임원에 대하여 2009년 3월 퇴직금 OOO원을 지급하였고, 2010년 2월 만료된 비등기임원 27명에 대하여 2010년 2월 퇴직금 OOO원을 지급한바, 퇴직금을 수령한 각 비등기임원은 임기만료 후 연임되었다. (나) 조사청은 2009년과 2010년 각 연임된 임원들에게 지급된 퇴직금에 대하여 법인세법 시행령 제44조 에 따른 현실적인 퇴직으로 지급한 퇴직금에 해당하지 아니하므로 이를 가지급금으로 보았다. (다) 청구법인의 ‘경영임원보수지급규정 별표 1. 경영임원 직무급 적용 보직기준’ 등에 의하면, 비등기임원의 직무급은 상무보부터 수석전무까지이고, 그 보직은 전략기획본부장, 마케팅본부장, 제조본부장, 남서울본부장, 부산본부장, 신탄진제조창장, 재무실장, 인사실장, 전남본부장 등 부서, 제조창, 지역본부의 책임자들로 나타난다. (라) 심리자료에 의하면, 청구법인의 비등기임원들은 부장에서 경영임원(상무보)으로 승진시 임원승진을 현실적인 퇴직으로 보아 입사부터 임원승진까지의 퇴직금을 정산하여 수령하는 등 일반 직원들과는 신분, 급여 및 퇴직금 규정까지 구분된 것으로 나타난다. (마) 비등기임원의 연임과 관련하여 청구법인은 2011년 회계법인의 세무점검보고서를 통하여 과세를 피할 수 없다는 진단을 받은 것으로 나타난다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 비등기임원이 근로자에 해당하므로 현실적인 중간정산 퇴직금이 지급된 것이라고 주장하나, 비등기임원의 직급과 보직에 의하면 해당부서의 업무를 총괄하여 집행할 권한과 책임이 있는 것으로 보이는 점, 청구법인의 비등기임원은 부장에서 경영임원(상무보)으로 승진시 임원승진을 현실적인 퇴직으로 보아 입사부터 임원승진까지의 퇴직금을 정산하여 수령하는 등 일반 직원들과는 신분, 급여 및 퇴직금 규정까지 구분되고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 비등기임원이 퇴직금 중간정산 대상 근로자에 해당한다고 보이지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(6) 쟁점⑥에 대하여 살펴본다. (가) 심리자료에 의하면, 청구법인은 2010.9.30. 미국 내 제품판매망을 확보하기 위하여 미국 OOO주법에 의해 설립된 OOO의 영업권(시장확대, 고객명단과 마케팅 관련 자료 제공)을 OOO달러에 취득하면서 그 대금은 OOO의 외상매입금과 상계처리하기로 하고, 또한, OOO 주법에 의해 설립된 OOO 및 OOO와 계약을 통하여 OOO의 영업권(시장확대, 고객명단과 마케팅 관련자료 제공)을 OOO달러, OOO의 주식을 OOO달러 합계 OOO달러에 취득하기로 하고, 그 대금을 OOO의 외상매입금과 상계처리하기로 하였다. (나) 심리자료에 의하면, 청구법인은 위와 같은 방법으로 취득한 쟁점미국영업권을 청구법인의 영업권으로 인식하였다가 2010사업연도 외부회계법인 감사시 영업권 금액 전액인 OOO원을 손상차손으로 인식하였고, 미국현지법인은 영업권을 인식한 바 없는 것으로 나타난다. (다) 조사청은 청구법인이 취득한 쟁점미국영업권은 국외특수관계자인 미국현지법인 OOO가 부담해야 할 비용을 청구법인이 대신 부담한 경우로서, 국제조세조정에 관한 법률보다 법인세법이 우선 적용되는 경우를 규정한 국제조세조정에 관한 법률 제3조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제3조의2 제2호에 의하여 “수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우”에 해당하는 것으로 보아 법인세법 제52조 를 우선 적용하였고, 이에 따라 무형자산 취득가액 OOO원을 법인세법에 따른 특수관계법인에 대한 부당행위로서 익금산입하고, 기타소득처분(미국과 조세조약상 기타소득 조항이 없으므로 원천지국 과세)하며, 동 금액에 대해 자산감액으로 손금산입하였다. (라) 청구법인은 2011년 1월 회계법인으로부터 ‘Global TP Planning Study-결과보고’를 통하여 ‘미국현지법인을 제한적 위험을 부담하는 판매업자로 규정하고 이전가격정책을 운영하여 미국법인으로부터 영업권 사용대가를 별도로 받을 이유가 없다’는 취지의 자료를 제출받았으나, 그 근거자료에 대하여는 처분청에 제시한바 없다. (마) OOO의 미국내 사업코드는 ‘도매상’으로 기록되어 있고, 처분청이 제시한 미국현지법인 OOO의 북미산업분류체계(North America Industry Classification System)상의 코드는 ‘Tabacco and Tobacco Product Merchant wholesalers’(424940)로 나타난다. (바) 처분청은 미국현지법인인 OOO의 기능적 성격이 재고부담위험, 마케팅 등 판매활동, 거래처 확대 및 유지관리 기능을 갖는 독립적인 도매법인의 성격을 갖추고 있고, 청구법인이 미국 수입상으로부터 취득한 쟁점미국영업권은 청구법인의 미국현지법인(OOO)을 위한 무형자산(영업권)임에도 불구하고, 청구법인이 위 영업권을 미국현지법인(OOO)에게 양도하거나 무상으로 이전한 사실이 없고, 영업권에 대한 사용료도 수취한 사실이 없다는 의견이다. (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 취득한 영업권은 OOO가 부담할 비용을 대신 부담한 것으로서 국제조세조정에 관한 법률 제3조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제3조의2 제2호의 ‘수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우’에 해당하는 것으로 보아 국제조세조정에 관한 법률을 적용하지 아니하고 법인세법 제52조 를 적용하였으나, 청구법인이 OOO, OOO로부터 쟁점미국영업권을 취득하여 이를 인식하였고 미국현지법인은 영업권을 인식하지 아니한바, 이는 쟁점미국영업권이 실질적으로 미국현지법인을 위한 것이라고 하더라도 청구법인이 쟁점미국영업권을 취득한 후 이를 미국현지법인에게 무상으로 사용하게 한 것으로 보이고, 달리국제조세조정에 관한 법률보다 법인세법이 우선 적용되는 경우로서 ‘수익이 없는 자산의 매입 또는 현물출자를 받았거나 당해 자산에 대한 비용을 부담한 경우’에 해당한다고 보기는 어렵다. 따라서, 처분청이 법인세법제52조를 적용하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(7) 쟁점⑦-1 및 쟁점⑦-2에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점⑦-1에 대하여 살펴본다.
1. 심리자료상으로 OOO는 OOO에 소재하여 글로벌 기업의 현지 에이전트 영업, OOO Tea 등 자체 브랜드물품 제조, 그 외 물류 및 부동산 개발 사업을 영위하는 회사인바, 2011년 기준 청구법인 수출액 OOO원을 차지하는 것으로 나타난다.
2. 심리자료상으로 청구법인은 2009.2.16.자로 UAE OOO 소재 OOO와 2009년 인센티브와 광고판촉비 지급계획에 관한 EXECUTION AGREEMENT(이하 “쟁점계약서”라 한다)를 체결한 후 이에 근거하여 2009.12.27. OOO에 쟁점인센티브를 지급한 것으로 나타난다.
3. 조사청은 쟁점계약서의 실제 체결일이 2009.12.28.이나 청구법인이 2009.2.16.자로 소급하여 작성하고, 인센티브 조건 또한 2009.1.1.∼2009.12.24.까지 이미 판매된 수량을 기준으로 하여 형식적인 것이며, 기타 관련 문서 등의 작성일자와 붙임서류를 소급하여 작성하였다고 보아, 쟁점인센티브를 거래처 OOO와 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적으로 지급한 접대비로 판단하여 접대비 한도초과액 OOO원을 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하도록 과세자료를 통보하였다.
4. 청구법인은 아래와 같이 쟁점인센티브가 정상적인 판매부대비용일 뿐 접대비가 아니라고 주장한다.
5. 처분청은 쟁점계약서 외에도 ‘중동/중앙아/CIS지역 광고판촉계약 체결(수출5009-, 2009.2.)’, ‘중동/중앙아/CIS지역 광고/판촉비 미지급금 설정(수출5009-, 2009.9.)’의 문서를 조작함으로써 청구법인이 이미 2009년 2월에 쟁점계약서가 체결되고 인센티브 조건 등이 합의된 것처럼 조직적으로 증빙들을 허위로 만들었고, 이러한 소급적 계약서 작성은 다른 사례에서는 이루어지지 아니하였다는 의견이다.
6. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점인센티브가 정상적인 판매부대비용일뿐 접대비가 아니라고 주장하나, 청구법인은 쟁점인센티브의 지급근거가 된 쟁점계약서를 소급적으로 작성하였고, 그 이외에도 ‘중동/중앙아/CIS지역 광고판촉계약 체결(수출5009-, 2009.2.)’, ‘중동/중앙아/CIS지역 광고/판촉비 미지급금 설정(수출5009-, 2009.9.)’ 등의 문건도 쟁점계약서의 소급작성에 따라 사후에 만들어진 것으로 나타나는 점, 청구법인의 다른 사례에서는 이러한 소급적 계약서 작성이 이루어지지 아니한 것으로 조사된 점, 쟁점인센티브의 산정에 필요한 구체적인 기준에 대하여는 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다. 따라서, 청구법인의 수출에 큰 비중을 차지하는 OOO에게 지급한 쟁점인센티브를 앞으로의 거래를 원활히 할 목적으로 지급된 접대비로 본 처분에는 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점⑦-2에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인은 2010.10.4. OOO와 판매대리계약서를 체결하여 마케팅투자 비용에 대하여 1:1 투자원칙으로 하되, OOO가 먼저 마케팅비용을 집행하고 추후 정산하는 방식으로 하고, 대금지급은 OOO에 대한 매출채권과 상계처리하는 것으로 약정하였다.
2. 청구법인은 판매대리계약서에 근거하여 2010사업연도에 OOO달러(OOO원), 2011사업연도 OOO달러(OOO원)를 광고선전비로 계상하고 OOO에 대한 매출채권과 상계처리하였다.
3. 청구법인은 2011년 하반기에 2005년부터 2010년까지 6년간 OOO가 제출한 마케팅비용에 대한 증빙자료를 계약서, 인보이스 및 이에 따른 은행송금증(remittance slip) 구비 여부에 따라, ‘인정금액’과 ‘인정불가액(자료미비)’으로 분류(이하 “부실증빙 정리내역”이라 한다)한 것으로 나타난다.
4. 2012.5.22. 청구법인 글로벌본부 주력시장실은 ‘글로벌본부 현황 및 주요 이슈 관련’의 마케팅투자현황에서 위 부실증빙 정리내역과 유사하게 표로 정리하였고, 분석내용으로 ‘OOO의 실질 투자 여부 검증 곤란, 투자-판매 확대간 연계성 불투명’ 등을 기재한 것으로 나타난다.
5. 청구법인의 주력시장부 현OOO은 OOO에 대한 마케팅비용 인정여부와 관련하여, ‘OOO의 부실한 증빙자료 제출에도 불구하고 OOO에 대한 매출채권과 상계하였다’는 취지로 확인서(2013.7.19.)를 작성하였다.
6. 처분청은 청구법인이 ‘인정불가액’으로 분류한 금액에 대하여 재검토한 결과를 바탕으로 그 중 인센티브, 입점비, 진열비 등은 계약서 및 송금증 등의 증빙을 갖추기 힘든 것으로 인정하고, 그 나머지인 쟁점광고선전비에 대하여는 청구법인이 거래처 OOO에 대한 마케팅비용을 과도하게 인정하여 매출채권을 상계하였다고 보아 접대비에 해당한다고 판단하였다.
7. 처분청은 조사과정에서 청구법인에게 세무 등의 목적으로 OOO가 제출한 광고판촉비 증빙에 대한 분석자료를 요구하였으나, OOO가 제출한 증빙자료를 그대로 인정한다는 답변만 하였을 뿐 분석자료를 제출하지 아니하였다는 의견이고, 또한, 부실증빙자료에 상응하는 광고판촉비는 청구법인이 OOO에게 지급하지 않는 것이 청구법인과 OOO에 체결된 판매대리계약서 8.3.항에 충실한 이행이라는 의견이다.
8. 청구법인은, 중동, 중앙아시아, CIS 3국에서의 현지 마케팅을 OOO에 위임하면서 OOO의 마케팅 투자금액 일부를 부담하던 중 OOO에 지원을 확대하기 위해 2010년 판매대리계약 체결시 구매실적에 연동(매출액의 3%)하였던 것으로서, OOO가 지출하기로 한 광고 및 판촉활동에 대한 내역을 확인하고 지급한 것이고, OOO에 대한 증빙까지 한국의 세법 기준으로 증빙을 갖추라는 것은 현실적으로 어렵다고 주장한다.
9. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO로부터 부실한 증빙자료를 제출받은 쟁점광고선전비에 대하여 청구법인이 OOO에게 지급한 접대비라는 의견이나, 쟁점광고선전비는 청구법인이 해외시장 확대를 위하여 중동지역 등에서 에이전트 역할을 하는 OOO에게 매출액의 3%에 연동하여 광고 및 판촉활동을 위해 지출한 비용으로 나타나는 점, 청구법인이 OOO에게 광고선전비로 지급한 이상 OOO가 중동 현지에서 지출한 마케팅투자 비용에 대하여까지 세법상의 증빙을 구비하도록 엄격하게 요구하기는 어려운 점 등에 비추어 사회통념상 타당한 범위 내의 광고선전비에 해당한다고 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점광고선전비를 접대비로 보아 손금불산입한 것은 잘못이라고 판단된다.
(8) 쟁점⑧에 대하여 살펴본다. (가) OOO는 1965년 담배소매인을 회원 자격으로 구성된 단체로서, 정관상의 목적은 회원의 권익보호와 상부상조, 복지증진 도모 및 담배산업의 건전한 발전에 기여함을 내용으로 하는바, 청구법인은 2008～2009사업연도 동안 아래 <표7>과 같이 OOO에 금액을 지급하였다. OOO (나) 쟁점지정조사비용의 내역은 아래 <표8>과 같은바, 이는 OOO가 청구법인의 전신인 OOO으로부터 위탁받아 시행하던 담배 소매인 지정과 관련된 업무 위임비용으로서, 2001년 담배사업법 개정으로 해당 업무가 지방자치단체로 완전 이관되어 청구법인이 지급할 근거가 없음을 조사당시 청구법인이 인정한 것으로 나타난다. OOO (다) 지정조사와 관련되지 않은 쟁점기타지원금액의 내역은 아래 <표9>와 같은바, 청구법인은 OOO의 인건비 또는 운영경비 등을 지원한 금액이라고 인정한 것으로 나타난다. OOO (라) OOO는 정관상 회원 자격이 담배소매인으로 규정되어 있으나, 조사청은 임원의 대부분이 청구법인 퇴직임원으로 구성되어 있다고 조사한 것으로 나타난다. (마) 처분청은 쟁점지정조사비용에 대하여 청구법인의 전신인 OOO가 위탁받아 수행했던 업무였으나 2001년 담배사업법 개정으로 해당 업무가 지방자치단체로 이관된 이후에는 청구법인이 지급할 근거가 없는 비용이고, 그 외 쟁점기타지원금액에 대하여도 OOO의 목적사업 유지를 위한 인건비 지원액 또는 운영경비 지원액이므로, 청구법인의 업무 무관비용에 해당한다고 보아 손금불산입하였다. (바) 청구법인은 OOO를 통한 신규점 정보 획득, 불법 유통 단속, 청소년 판매 및 불법 광고 계도 등의 활동들은 청구법인의 영업 창출과 시장지배력 증대에 직접적인 관련이 있고, 국내 담배산업의 유통질서 확립에 필요한 통상적이고 정당한 활동이며, 청구법인이 위탁한 업무를 OOO에서 하지 않는다면 청구법인이 자체적으로 비용을 들여 수행할 업무에 해당하므로, 쟁점지원금액은 OOO에 대한 사업지원이 아니라 청구법인의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 법인세법 제19조 에 따른 손금에 해당한다고 주장한다. (사) 담배사업법에 의하면, 2001년 개정 이전에는 지정조사와 관련된 재정경제부장관의 권한이 청구법인의 전신인 담배인삼공사에 위임되어 있었으나, 2001년 개정 이후에는 그 권한은 지방자치단체의 장에게 위임된 것으로 나타나고, OOO의 불법유통 단속, 청소년판매 및 불법광고 계도 등의 담배사업과 관련된 사업내용에 대하여 수수료 등의 명목으로 지원금을 지급하는 업체는 청구법인 뿐인 것으로 조사되었다. (아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점지원금액에 대하여 청구법인의 사업과 관련하여 지출된 손금이라고 주장하나, 쟁점지원금액 중 2008～2012사업연도 동안 OOO의 지정조사 업무와 관련하여 지급된 쟁점지원조사비용은 당초 그 업무가 종전 청구법인의 전신인 OOO에서 위탁하였던 것이었으나, 담배사업법 2001년 개정으로 지방자치단체가 위탁하는 업무로 성격이 바뀌었으므로 청구법인이 OOO에 위탁할 수 있는 업무와는 관련이 없는 것으로 보이는 점, 쟁점지원금액 중 OOO의 지정조사와 관련 없이 지급된 쟁점기타지원금액은 OOO의 일부 공익적 성격으로 인하여 다른 담배 제조 및 도매업체도 공통으로 부담하여야 할 것이나, 청구법인만 지급한 금원이고, 조사청의 조사결과 OOO 임원의 대부분이 청구법인의 퇴직임원으로 구성되어 있는 것으로 나타난 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(9) 쟁점⑨에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2010.6.16. 인도네시아 및 싱가포르에서 청구법인 제품을 수입 및 판매하던 쟁점기존수입상과 당초 체결된 제품 수입 및 판매에 대한 모든 계약 일체를 종료하고, 쟁점기존수입상이 보유한 수입 인·허가권 등의 무형자산인 쟁점자산을 취득하기로 합의하여 취득대금 OOO원을 지급한바, 이에 대한 합의서의 주요내용은 아래와 같다. OOO (나) 청구법인이 쟁점기존수입상과의 거래 종료시 쟁점기존수입상으로부터 쟁점자산을 취득하는 계약을 체결하였음에도, 쟁점신규수입상의 대표이사 김OOO가 작성한 확인서(2010.9.6.)에 의하면, 쟁점신규수입상이 쟁점자산을 쟁점기존수입상으로부터 취득하였다는 내용으로 나타난다. (다) 쟁점기존수입상과의 계약종료에 따른 합의서(2010.6.16.)와 청구법인의 공문인 ‘인니 광고 선전등 합의사항 이행대금 지급(인니 5010, 2010.9.)’에 의하면, 계약종료에 따른 합의서(2010.6.16.)의 당사자 중 OOO은 청구법인과 계속하여 거래를 유지했던 인도네시아 소재법인이나,OOO는 합의서 작성 무렵인 2010.6.17. 싱가포르에서 설립된 법인임에도 인도네시아에 소재하는 법인으로 합의서에 기재되어 있고, 계약종료에 따른 합의서(2010.6.16.)상 이행대금도 기존 인도네시아 거래처가 아닌 OOO로 송금된 것으로 나타난다. 조사청은 이에 대하여 조사청이 조사당시 그 이유와 근거를 청구법인에게 요청하였으나, 청구법인이 명확한 자료를 제출하지 못한 것으로 나타난다. (라) 회계법인의 2011년 청구법인에 대한 세무점검보고서에서는 쟁점지급금액과 관련하여 세무상 접대비로 인정될 수 있음을 지적하고, ‘쟁점신규수입상의 확인서가 제출될 경우 매우 불리하며, 쟁점지급금액은 기존 수입상과의 계약해지에 따른 손실보상금을 명시’ 등을 대응방안으로 제시한 것으로 나타난다. (마) 처분청은 쟁점지급금액에 대하여 쟁점신규수입상이 쟁점기존수입상에게 지불해야 할 쟁점자산 이전금액을 청구법인이 대신 지급해준 것으로서 접대비에 해당한다고 보았으나, 청구법인은 쟁점지급금액은 쟁점기존수입상과의 계약종료에 따른 손해배상금일뿐 쟁점자산의 이전에 관한 금액이 아니라는 의견이다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점지급금액이 쟁점기존수입상과의 계약종료에 따른 손해배상금이라고 주장하나, 계약종료에 따른 합의서(2010.6.16.)상으로 청구법인 제품의 인도네시아 및 싱가포르 판매와 관련된 사항의 이전에 관한 것으로 나타날 뿐 계약종료에 따른 손해배상임을 인정할 수 있는 약정은 나타나지 아니하는 점, 쟁점기존수입상과의 합의서상으로 그 당사자가 청구법인의 기존 수입업자(OOO) 외에 합의서 체결 시점에 신설된 OOO가 포함되었고, 쟁점지급금액의 수취인도 OOO로 나타나고 있어 쟁점지급금액과 관련한 경위가 명확하지 아니한 점, 청구법인이 회계법인을 통하여 쟁점자산이 접대비로 추징될 수 있음을 인식하였던 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(10) 쟁점⑩에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 고문료 지급과 관련하여 청구법인 정관 등의 고문에 관한 규정은 아래와 같다. OOO (나) 조사청은 청구법인에 대한 조사 과정에서 청구법인의 인사분야 담당 지원본부장인 최OOO 전무의 전산파일로부터 박OOO 상무에 대한 공로퇴직금 관련자료 확보한바, 그 내용은 다음과 같이 퇴임시 공로퇴직금(일시불) 또는 연구위원 위촉 중 선택을 요망한다는 취지이고, 실제 연구위원 위촉을 선택하여 2010년 3월～2011년 2월 기간 동안 고문료 명목으로 월 OOO원씩 총 합계 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. OOO (다) 청구법인의 재무실장 강OOO가 날인한 확인서(2013.7.19.)에 의하면, 청구법인의 ‘경영임원 보수 지급규정’ 및 ‘경영임원 퇴직금 지급규정’에는 고문위촉과 관련한 고문료 등 지급조항은 없고, 평직원에 대하여는 고문으로 위촉하여 고문료를 지급한 사실은 없다는 내용으로 나타난다. (라) 청구법인은 조사청의 조사시 쟁점고문료 수령자 16명에 대한 고문(연구위원) 위촉계약서, 근무상황카드를 제출하였고, 민OOO 고문에 대하여는 ‘R&D분야 OOO 추천(연구기획실-1302, 2007.12.28.)’, ‘전문계약사원 근로계약서’, ‘비정규직사원 신규 채용 승인 통보(인사실-2121, 2007.12.28.)’, ‘2008년 OOO 프로젝트 수행보고서’ 등 고문 추천 및 업무수행 관련 서류를 추가로 제출하였다. (마) 조사청은 청구법인이 퇴직급여 지급규정을 초과하여 지급한 고문료를 한도초과 퇴직금으로 보아 2008～2012 각 사업연도까지 아래 <표10>과 같이 손금불산입하였다. OOO (바) 청구법인은 일부 퇴직임원들이 수행한 자문역할 사례는 아래 <표11>와 같고 쟁점고문료는 퇴직임원이 실제로 자문용역을 제공한 것에 대한 대가라고 주장하나, 용역보고서 등의 자료를 제시한 바는 없다. OOO (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점고문료가 실제 용역의 수행대가로 지급된 것이라고 주장하나, 조사청이 확보한 청구법인의 인사분야 담당 지원본부장인 최OOO 전무의 전산자료에 의하면, 박OOO상무에 대한 공로퇴직금을 일시불 또는 자문위원 위촉 중 선택하는 것으로 기재되어 있어 퇴직금의 일종으로 고문 위촉제도가 시행된 것으로 보이는 점, 고문으로서 업무를 수행한하였음을 인정할 수 있는 객관적인 결과물들이 제시되지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
(11) 쟁점⑪에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2005.7.11. OOO원을 출자하여 브라질법인을 설립(지분율 99.9%)한바, 브라질법인의 직원은 청구법인의 주재인원 1～2명으로서, 2009～2011 각 사업연도 동안 아래 <표12>와 같이 브라질법인에게 주재원 수당 OOO원 및 쟁점경비를 지급하고, 이를 수수료로서 손금산입하였다. OOO (나) 처분청은 브라질법인의 직원들의 업무가 청구법인을 위한 것이므로 직원들의 급여 및 주재원 수당에 대하여는 손금으로 인정하였으나, 쟁점경비는 청구법인과 별도의 법인인 브라질법인이 법인 운영·유지를 위해 부담해야 할 비용으로서 청구법인의 손금에 해당되지 않는다고 보아 청구법인에게 2009～2011 각 사업연도 법인세를 경정·고지하고, 소득처분(기타소득)에 근거하여 브라질법인의 국내원천소득에 대해 법인세 OOO원(지방소득세 포함)을 소득금액변동내역에 포함하여 청구법인에게 통지하였다. (다) 쟁점경비의 사용내역은 사택/사무실 임차료, 출장비, 지급수수료, 각종 세금 등임에 다툼이 없고, 청구법인의 세무부장 이OOO은 ‘2009∼2011 각 사업연도 중 브라질법인에게 지급한 쟁점경비는 청구법인의 업무와 관련없이 지급하였음’을 기재하는 확인서(2013.6.24.)를 작성한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 쟁점경비의 부담근거라 주장하면서, 2013.3.6.～2013.7.24. 조사 이후 경영계약서(2005년 8월 작성)를 제출한바, 브라질법인은 청구법인의 브라질에서의 담배 판매자, 브로커, 공급자들과의 영업과 관련된 활동들을 관리․경영하며 구매, 가공, 선적과정을 국제 규격에 충족하도록 통제․관리하고, 청구법인은 계약상 목적을 달성하기 위하여 관련 비용을 브라질법인에 지불해야 한다는 내용으로 나타난다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 브라질법인이 청구법인의 업무만 수행하는 법인이므로 청구법인이 청구법인의 업무와 관련하여 부담한 브라질법인의 쟁점경비는 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나, 쟁점경비의 사용내역은 사택/사무실 임차료, 출장비, 지급수수료, 각종 세금 등임에 다툼이 없는바, 처분청이 브라질법인의 직원들의 업무가 본사인 청구법인을 위한 것으로 보아 손금산입을 인정한 직원들의 급여 및 주재원 수당 등 인건비와 달리, 해당 운영비용은 청구법인과 별도의 법인격을 가진 브라질법인이 부담하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점경비 부담의 근거로 제시한 경영계약서는 조사 당시 제시되지 아니한 점, 청구법인 세무부장이 업무무관 경비로 확인한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(12) 쟁점⑫에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2010년 OOO 부지를 매각하는 과정에서 OOO과 매각협상 및 매매계약 체결 등에 관한 용역계약을 체결하였고, 매각이 완료되자 2010.12.24. 용역수수료로 OOO원(공급가액)을 지급하였다. (나) 처분청이 제출한 OOO 대표 강OOO의 진술서에 의하면, 강OOO은 ‘OOO시청 공무원이 리베이트를 요구하자 청구법인의 최OOO 부동산사업단장과 이OOO 부장에게 리베이트 요구사실을 보고했고, 그 이후 청구법인에서 용역비를 산출하였으며, 뇌물공여 금액까지 감안하여 성과급을 산정하고 그 기준으로 용역계약서를 작성하였다’고 진술한 것으로 나타난다. (다) 조사청은 청구법인에 대한 조사결과 및 검찰수사 결과 2013.8.16. 뇌물공여로 OOO 강OOO 대표가 기소되고, 그 공범으로 청구법인 부동산사업단 최OOO 단장, 이OOO 실장이 기소됨에 따라, OOO 대표 강OOO이 OOO시청 공무원에게 뇌물로 공여한 OOO원은 청구법인과 사전에 상의된 후 쟁점용역수수료에서 지급되었으므로 청구법인이 뇌물공여와 직접 관련이 있는 것으로 보아 이를 업무와 관련없는 지출로서 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금불산입하였다. (라) 청구법인의 최OOO과 이OOO은 각 뇌물공여의 공범으로 기소되어 1심에서 징역 2년을 선고받고 법정구속되었고, 항소심에서 징역 1년(이OOO에 대하여는 집행유예 2년)이 선고된 것으로 나타난다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 뇌물로 전달된 쟁점용역수수료는 청구법인과 관련이 없다고 주장하나, 청구법인의 부동산사업단장 최OOO과 실장 이OOO은 뇌물공여의 공범으로 기소되어 1심에서 징역 2년을 선고받고 법정구속되었고, 항소심인 OOO법원은 징역 1년(이OOO에 대하여는 집행유예 2년)을 선고한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점용역수수료가 뇌물로 공여되는 과정에서 청구법인의 관여가 있었던 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(13) 쟁점⑬에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 담배포장지에 각종 문구를 인쇄하기 위해 그라비어 인쇄방식을 사용하면서 해당 인쇄방식에 사용되는 쟁점철실린더를 매년 약 200여개(거래단위 별 OOO원 이상)를 구입하고 있는바, 청구법인은 2008～2012 각 사업연도까지 쟁점철실린더 매입액 합계 OOO원을 구입한 연도에 전액 비용으로 처리하였다. (나) 심리자료에 의하면, 그라비어 인쇄는 쟁점철실린더 위에 동도금으로 인쇄 상을 새기고 동판의 내구성을 높이기 위해 크롬 도금한 후 그라비어 인쇄기에 장착하여 인쇄하는 방식으로서, 쟁점철실린더에 새겨진 요점에 잉크가 묻혀진 상태에서 쟁점철실린더가 회전하면서 필름 표면에 잉크가 묻어나도록 하는 제판법이고, 쟁점철실린더 인쇄조각 부분이 마모 등으로 양질의 인쇄물을 얻을 수 없게 되면 재도금 과정을 걸쳐 2～3회 재사용하는 것으로 나타난다. (다) 조사청의 조사과정시 청구법인은 ‘그라비어 인쇄실린더는 200만통(회전) 기준으로 수명을 관리하고, 수명이 다한 실린더는 다시 제판공정을 거쳐 다시 인쇄공정에 투입하여 사용하며, 실린더 수명은 도금 약품(황산, 크롬)에 의한 부식 및 조립, 이동에 따른 파손에 따라 결정되며 보통 1∼7년 사용한다’고 소명한 것으로 나타난다. (라) 심리자료에 의하면, 그라비어 인쇄를 하기 위해서 동판을 제작하여야 하고 제판공정은 새 실린더와 재생 실린더에 따라 약간 차이가 있으며, 새 실린더의 제판공정은 쟁점철실린더 → 니켈도금 → 1차 동도금 → 1차 연마 → 2차 동도금 → 연마 → 인쇄화면 조각(레이저) → 크롬도금 → 인쇄공정 투입의 순으로, 재생실린더의 제판공정은 기사용 쟁점철실린더 → 디크롬 → 연마 → 동도금 → 연마 → 인쇄화면 조각 → 크롬도금 → 인쇄공정 투입의 순으로 이루어지는 것으로 나타난다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점철실린더가 금형이거나 소모품으로서 수익적 지출에 해당하므로 즉시 감가상각할 수 있다고 주장하나, 쟁점철실린더는 평면인 종이에 잉크를 인쇄하는 장비일 뿐, 특정한 형태의 물체를 만드는 것은 아니므로 금형에 해당한다고 보기 어려운 점, 조사청의 조사결과에 의하면, 쟁점철실린더는 도금과 연마과정을 거쳐 인쇄할 화면을 조각한 후 동판의 내구성을 높이기 위한 크롬 코팅과정을 거치고 나서야 인쇄공정에 투입 사용되고, 철실린더 인쇄조각 부분이 마모 등으로 양질의 인쇄물을 얻을 수 없게 되면 코팅을 벗겨내고 연마 후 재도금 과정을 걸쳐 2～3회 재사용하는 것으로 나타나고 있어 단순 소모품으로 보기 어려운 점, 거래단위별로 100만원을 초과하고, 사용연수 또한 실린더의 종류에 따라 1～7년 정도로서 기계의 소모품 대체와는 성격이 다른 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(14) 쟁점⑭에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점스포츠시설과 관련하여, 기존 임차인인 OOO이 폐업함에 따라 기존 회원권을 승계하는 조건으로 OOO에게 2010.10.25.부터 2012년 상반기까지 무상임대(rent-free) 특약을 체결하여 쟁점임대용역을 제공하였다. (나) OOO의 폐업 후 청구법인과 OOO간에 체결한 임대차계약서(계약기간 2010.10.25.∼2011.4.30.)에 의하면, 보증금없이 월 임대료는 OOO원으로 되어있으나, 특약사항으로 월 임대료를 면제한다고 기재되어 2011년 5월까지 무상임대하였고, 이후 임대차계약서(2011.5.1.∼2011.12.31.)에서는 2011년 12월까지 무상임대하는 것으로 무상임대차 기간을 연장하였으며, 무상임대기간을 2012.1.1.∼2012.12.31.으로 재연장한 후 2012.7.30. 임대차계약서를 재작성하여 2012년 하반기부터 임대료를 수령하는 것으로 변경된 것으로 나타나며, 그 밖에 기존 회원권 승계 등에 관한 약정은 나타나지 아니한다. (다) 청구법인은 쟁점임대용역의 무상제공 경위에 대하여 아래와 같이 주장한다.
1. 쟁점스포츠시설의 당초 임차인이었던 OOO은 임대인인 청구법인과의 쟁점스포츠시설 운영계약 체결시 1년을 초과하는 회원권을 판매하지 못하게 되어 있었으나, 이러한 계약 조항을 어기고 2～3년에 달하는 회원권을 판매하고 잠적하여, 기간이 남은 회원들이 쟁점스포츠시설을 이용할 수 없게 되었다. 청구법인이 OOO에 사용료를 지불한 쟁점스포츠시설 회원들에게 잔존 이용기간은 소멸한다고 통보함으로 인하여 회원들의 항의 등이 제기될 경우 이는 임차인 변경 후에도 쟁점스포츠시설 운영에 악영향을 미칠 뿐만 아니라 기업 이미지 실추 문제 등도 발생될 것으로 판단하여, 정상적인 사업 운영을 위해 불가피하게 관련 손실을 청구법인이 부담하기로 결정하였다.
2. 이에 따라 새로운 임차인인 OOO에게 청구법인이 이행해야 하는 잔존 이용기간에 대한 보상을 부담시키고 그 대가로 청구법인은 OOO에 무상임대를 한 것인바, 새로운 임차인인 OOO는 회원권을 승계하였고, 회원권을 소지한 이용자는 잔여기간 동안 쟁점스포츠시설을 이용하였다.
3. 쟁점임대용역의 무상제공기간인 2010년부터 2012년 상반기까지의 OOO의 쟁점스포츠시설 운영실적은 계속하여 손실이 발생하였으나, 이익이 발생하는 2012년도 하반기부터는 청구법인이 무상임대를 중지하고 적정 임대료를 수취하였다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 기존 쟁점스포츠시설 운영자의 잠적으로 인한 손실을 OOO가 승계할 것을 조건으로 OOO에게 쟁점스포츠시설을 무상으로 임대하였으므로 합리적인 이유가 있다고 주장하나, 쟁점스포츠시설의 기존 임차인인 OOO이 스포츠센터의 운영을 중도에 중지하였다고 하여 청구법인이 그 손실을 부담할 법적의무를 인정하기 어려운 점, 청구법인이 OOO에 무상으로 쟁점임대용역을 제공하면서 기존 회원권 승계 손실금액을 추산하여 임대료를 무상으로 약정한 사정은 나타나지 아니하는 점, 청구법인은 임차인 OOO의 스포츠센터 운영실적에 따라 손실이 발생한 사업연도에는 무상임대 연장계약을 하고 이익이 발생한 2012사업연도 하반기부터 다시 계약변경을 하여 임대료를 받기로 한바, 이는 임차인 OOO의의 사업 운영실적에 따라 임대료가 변경된 것으로, 일반 임대차거래 당사자 간에 인정되는 통상적인 경우로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(15) 쟁점⑮에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점혼합엽에 대한 중앙관세분석소의 분석결과(중앙관세분석소 분석실-604호, 2008.5.8.)의 내용은 다음과 같다. OOO (나) 청구법인이 쟁점혼합엽과 관련하여 OOO세관장에게 제출한 쟁점혼합엽 제조공정을 보면, 버지니아종의 경우 절단, 가습(가열, 찌기), 일부 케이싱(propylene glycol, glycerol 등 첨가), 버어리종의 경우 절단, 가습(가열, 찌기), 배합적재, 1차 버어리케이싱(특정 재료 첨가), 토스트(굽기), 2차 버어리케이싱 등의 과정을 거친 후 오리엔트종 및 재구성 담배와 배합․적재, 숙성의 과정을 거치는 것으로 나타난다. (다) 국세부과제척기간 규정에 따라 이 건 부가가치세보다 먼저 2013.7.16. 고지된 2008년 제2기 부가가치세 OOO원에 대한 심판청구사건에서, 우리 원(조심 2013전4574, 2014.11.5.)은 쟁점혼합엽에 대하여 가공을 거친 재화로서 부가가치세 과세재화로 판단하였다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점혼합엽이 1차 가공을 넘어선 것으로서 부가가치세가 과세되는 재화에 해당하는지 여부를 보면, 중앙관세분석소의 분석결과(중앙관세분석소 분석실-604호, 2008.5.8.), 쟁점혼합엽은 주맥을 제거한 버지니아종 48.5%, 버어리종 31.4%, 오리엔트종 8.2%, RTB(재구성한 담배) 11.8%을 혼합한 것으로서, 버지니아종과 버어리종은 절단한 뒤 품질의 보존 또는 향미의 향상을 증진시키기 위하여 향미료 또는 습윤물질을 가하는 casing 처리를 한 것(버어리종의 경우에는 1차 및 2차 casing 처리)으로 되어 있고, RTB(재구성한 담배)의 경우 관세율 번호 2403(기타 제조담배, 제조한 담배 대용물, 균질화 또는 재구성한 담배 및 담배엑스와 에센스)으로서 부가가치세가 면제되는 재화에 해당하지 아니하는 것으로 보이는 점, 관세율표 해설서(제24류, 담배와 제조한 담배대용물)상 담배는 채집 및 건조(태양, 공기, 열풍, 화열 등)의 과정을 거치고, 쟁점혼합엽의 경우 채집, 절단, 건조, 가습, 가향, 혼합 등의 가공을 거친 재화로서 부가가치세 과세대상 재화가 혼합된 것으로 보이는 점, 쟁점혼합엽 가공프로세스를 보면, 쟁점혼합엽은 고온의 열처리, 가습, 가향, 숙성, 혼합 등 원생산물 본래의 성질이 변하는 2차 이상의 가공을 거친 물품으로 부가가치세 과세대상물품이 혼합되어 있는 것으로 보이는 점, 부가가치세 면세물품인 미가공식료품과 부가가치세 과세물품인 가공식료품이 혼합된 제품을 하나의 단위로 포장한 재화의 수입은 부가가치세법 제27조 제1호 의 부가가치세가 면제되는 미가공식료품에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점혼합엽은 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 넘어선 것으로서 부가가치세가 과세되는 재화에 해당한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점혼합엽을 면세재화로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(16) 쟁점⑯에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2007년부터 비주류 문화예술 지원을 통한 기업이미지 제고 및 소비자․문화마케팅 명목으로 OOO 소재 건물에서 ‘OOO’을 운영하고 있고, OOO의 사업내역은 예술영화상영, 세미나 개최, 각종 공연, 아카데미 강좌, 카페 운영 등으로 나타난다. (나) 청구법인은 OOO 운영과 관련하여 전문역량 부족 등을 이유로 외부 용역업체인 OOO와 2009년 아래와 같은 내용의 용역계약서를 체결하였다. OOO (다) OOO는 문화사업을 수행하던 전문회사로서 사업자등록을 하였고, 영업이익은 OOO원으로 증가하였으나, 2011년 폐업하였다. (라) 청구법인이 조사기간 중 제출한 OOO 거래 관련 기성금 청구내역 일부에 의하면, OOO는 매월 발생한 OOO의 운영비와 인건비 합계금액에서 OOO 매출액을 차감하고 여기에 소정의 대행수수료를 더한 금액을 공급가액으로 하여 청구법인에 세금계산서를 발행하고, 청구법인은 동 금액에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제받은 것으로 나타난다. (마) OOO의 운영과 관련한 대외적인 계약은 OOO 명의로 하였음에는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (바) 조사청은 청구법인이 쟁점운영사업과 관련된 재화 또는 용역을 직접 공급하거나 공급받았고 OOO는 단지 운영관련 업무를 위탁받아 수행하였다고 보아, 청구법인을 부가가치세의 납세의무자로 하여, 쟁점운영사업과 관련된 위탁매출금액 OOO원을 청구법인의 부가가치세 기타 매출 과세표준 금액에 가산하고, 청구법인이 OOO부터 교부받은 세금계산서 공급가액 OOO원 중 용역대행수수료 OOO원을 제외한 금액은 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액 OOO원에 대한 매입세액을 불공제하도록 과세자료를 통보한바, 그 근거는 아래와 같다.
1. 계약서의 명칭에서 ‘사업위탁운영’ 용역계약임을 밝히고 있고, OOO 소재 건물 소유는 청구법인이며, 청구법인이 OOO에 운영을 위탁하면서 사업자등록(지점)을 하도록 하였고, 사업자등록시 임대차계약은 무상으로 체결하였다.
2. 청구법인은 OOO의 OOO 운영 중에 발생하는 손실액을 보전하기로 하였고, 손익이나 수입금액을 보고받았으며, 운영계획서의 변경을 요구할 수 있고, OOO의 입장에서는 비정상적으로 큰 금액의 부가가치세 매출 신고를 하게 되어 2011년말 폐업하면서 체납액이 OOO원에 이르며, 청구법인의 내부 검토용역 보고서에서 쟁점사업은 ‘위수탁’계약이고 동 운영방식을 유지할 경우 문제점이 있다고 검토한 바 있다.
3. 청구법인은 쟁점운영사업의 대관료 수취, 직원고용 및 인건비 지급 등 대외적 업무를 OOO가 직접 하였다고 주장하나, 이는 청구법인으로부터 위탁받아 관리한 것에 불과할 뿐 OOO가 자기 책임하에 독립적으로 운영한 것은 아니고, 이러한 운영과 관련한 수익 및 비용을 매주 또는 매월 청구법인에게 보고한 것으로 볼 때 쟁점운영사업은 위수탁관계에 의한 운영으로 보는 것이 타당하다.
4. 청구법인이 비주류 문화예술 창작지원 등 사회공헌 활동의 일환으로 OOO을 운영하고 있다고 홈페이지, TV광고, 판촉물 등을 통해 대외적으로 홍보하면서, 실제적인 운영 주체가 OOO이며 청구법인이 운영 관련 위탁을 하지 않았다고 주장하는 것은 부당하다. (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO의 실제 운영자는 청구법인이고 OOO는 수탁받은 운영자라는 의견이나, 용역계약서상 OOO가 용역을 수행하기 위해 필요한 사업자 등록 및 인허가 관련 제반사항을 직접 취득해야 하고(제8조), 용역의 수행을 통해 발생하는 모든 수입금액을 직접 관리, 정산(제9조)하기로 약정한 점, OOO의 운영과 관련하여 대외적인 계약은 OOO에 의하여 체결된 것으로 나타나는 점, 청구법인은 OOO의 손실을 보전하고 운영상황에 대하여 보고를 지속적으로 받았으나, 이는 원가변동이 큰 비주류문화를 지원사업 특성상 고정금액보다는 원가에 일정한 마진을 붙이는 원가보상형태로 계약금액을 산정한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 OOO의 운영과 관련된 재화 및 용역의 공급자는 OOO라고 보인다. 따라서, 처분청이 OOO의 실제 운영자를 청구법인으로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(17) 쟁점⑰에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2009∼2011사업연도 동안 OOO연구원숙사, OOO의 개발사업 및 기타 건물 신축공사를 포함하는 쟁점공사를 실시하면서 건축물을 신축하기 전 개발타당성 검토용역, 사전환경/교통영향평가 등의 용역을 제공받았다. (나) 조사청은 청구법인에 대한 조사결과, 쟁점공사 중 토공사 및 지반보강공사 등 토지와 관련된 공사 등이 일부 포함되어 있다고 보아 아래 <표13>과 같이 총 부대토목공사 매입세액 중 OOO원에 대하여 토지관련 매입세액으로 불공제하도록 과세자료를 통보하였다. OOO (다) 청구법인은 쟁점공사의 내용에 대하여 그 부지가 이미 건물이 존재하던 부지로서 기존 건물을 철거하고 신축 건물을 건설하는 공사의 부대토목공사에 해당하므로, 토지형질변경이나 조성 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시킨 공사에 해당하지 아니한다고 주장한다. (라) 처분청은 토지와 구분되는 건설공사 관련 매입세액은 ‘건물부분’에 대한 공사로 매입세액 공제를 이미 인정하였고, 쟁점공사는 아스팔트 노면의 파쇄, 콘크리트 깨기, 터파기, 되메우기, 지면고르기, 다짐공사 등을 수행한 것으로 볼 때 토지의 형질변경이나 조성 등을 위한 자본적 지출로 봄이 타당하다는 의견이다. (마) 청구법인의 2011년 세무점검보고서에 의하면, 쟁점공사 중 토공사, 지반보강공사 등이 일부 포함되어 있다는 내용이고, 건물과 관련되어 매입세액 공제대상임을 인정할 수 있는 객관적인 서류를 제시한 바는 없다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사가 건물과 관련된 매입세액이라고 주장하나, 청구법인에 대한 조사 결과에 따라 처분청은 토지와 구분되는 건설공사 관련 매입세액을 이미 공제하였고, 쟁점공사 내용은 아스팔트 노면의 파쇄, 콘크리트 깨기, 터파기, 되메우기, 지면고르기, 다짐공사 등으로 나타나며, 달리 건물과 관련된 매입세액임을 인정할 수 있는 증빙의 제출은 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(18) 쟁점⑱에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2008～2012사업연도까지 생활연수프로그램인 OOO 테마연수에 참여하는 종업원에 대하여 여비지급기준에 따라 연수에 참가한 본인과 동반가족에게 개인여비 및 가족여비 등의 쟁점연수경비를 지급한바, 청구법인은 수안보 테마연수가 업무의 일환으로 수행되는 활동이므로 쟁점연수금액을 소득세법 제12조 에 따른 비과세 소득으로 보아 직원의 근로소득 금액에 포함하지 아니하였다. (나) 처분청은 청구법인이 종업원에게 지급한 쟁점연수경비가 근로소득에 해당한다고 보아 2008년부터 2012년까지 소득세 과세표준 및 세액을 경정하여 근로소득세 OOO원을 청구법인에 고지하고 청구법인이 근로소득 지급명세서를 불분명하게 제출한 데에 대하여 가산세 OOO원을 고지하였다. (다) 청구법인이 조사기간 중 제출한 연수프로그램의 구체적인 내용에 의하면, 유람선타기, 칠보공예, 한지공예, 스키, 눈썰매, 딸기체험, 래프팅, 포도따기, 사과따기 등으로 이루어져 있다. (라) 청구법인의 2011년 세무점검보고서에서는 쟁점연수경비가 청구법인의 업무와는 무관한 국내 여비로서 급여 성격의 금액이고, 수안보 테마연수의 구성 및 활동으로 보아 업무관련성이 있음을 입증하기 어렵다는 내용으로 나타난다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점연수경비가 비과세 근로소득이라고 주장하나, 청구법인이 조사기간 중 제출한 연수프로그램의 내용상 유람선타기, 칠보공예, 한지공예, 스키, 눈썰매, 딸기체험, 래프팅, 포도따기, 사과따기 등으로 구성되어 있고, 달리 법인 업무와의 관련성을 인정할 수 있는 내용은 제시되지 아니하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
(19) 마지막으로, 쟁점⑲에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2011‧2012사업연도에 청구법인의 임차사택 규정에 따라 쟁점임차사택 입주대상에 해당하는 종업원들에게 임차보증금과 월임대료를 지원하였고, 보증금과 월 임대료가 지원한도액을 초과하는 경우에는 지원한도액까지는 청구법인이, 나머지를 직원이 각각 부담하여 임대차계약을 체결하였다. (나) 처분청은 조사청의 과세자료 통보에 따라 종업원이 임차보증금과 월 임대료 중 일부를 부담하였으므로 쟁점임차사택은 소득세법 시행규칙 제15조의2 에 따른 근로소득 비과세 대상인 사택에 해당하지 않는다고 보아, 청구법인이 종업원에게 지원한 임차보증금 OOO원에 대한 인정이자와 월 임대료 OOO원을 종업원의 근로소득으로 하여 김대성 외 24인에 대한 근로소득세 OOO원(지방소득세 포함)을 부과처분하고, 동 근로소득에 대하여 청구법인이 지급명세서를 불분명하게 제출하고 원천징수납부를 불성실하게 납부한 것으로 보아 가산세 OOO원을 부과하였다. (다) 청구법인 세무실의 검토문서 내용에 의하면, 청구법인 종업원이 사택을 임차하는 경우 종업원이 주도적으로 임차사택을 선정하고 있고, 해당 종업원이 전근 등으로 사택을 계속 사용하지 못하는 경우 다른 종업원이 다시 입주하거나 청구법인이 관리하지 않고 해당 종업원 주도하에 임대차계약을 유지·관리한 것으로 나타난다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임차사택은 소득세법 제15조의2 에 따른 근로소득세 비과세 대상 사택인 직접 임차하거나 무상으로 제공한 사택에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 기준금액 내의 임차보증금에 대해서만 임차인으로서의 자격이 있을 뿐, 초과금액에 대해서는 종업원등이 임차인으로서의 권한이 있는 점, 주택의 선정 등을 청구법인이 아닌 종업원등이 주도적으로 수행하고, 종업원등이 전근ㆍ퇴직ㆍ이사를 한 후 다른 종업원이 입주하기 어려운 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점임차주택을 직접 임차하거나 무상으로 제공한 사택으로 보기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.