쟁점매입세액이 전액 면세사업인 가축분뇨의 수거ㆍ처리 용역에 사용된 것으로 보아 부가가치세 공통매입세액을 불공제한 처분은 부당함.

[주 문] OOO세무서장이 2013.12.26. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원의 경정거부처분은 청구법인 의 2011년 제2기부터 2013년 제1기까지 부가가치세 과세기간의 총 매입 세액 OOO원을 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세사업 관련 예정공급가액 비율로 안분계산하여 그 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2009.1.2. OOO에서 가축분뇨를 수거하여 퇴비․액비를 제조 및 판매함을 목적으로 설립된 법인으로, 2009년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 과세기간 중 가축분뇨의 수거․처리 및 가축분뇨 공동자원화시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)의 설치 및 시험가동 등과 관련한 매입세액 OOO원을 환급받는 것으로 하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2013년 6월 청구법인에게 가축분뇨 수거비 및 퇴비․ 액비의 판매수입 내역을 제출토록 하고, 청구법인을 면세사업자로 보아 기 환급받은 세액에 대하여 수정신고토록 권고하였으며, 청구법인은 2013.8.22. 당초 신고한 과세매출을 면세매출로 정정하여 기 환급받은 세액 OOO원을 면세사업관련 매입세액으로 불공제하여 2009년 제 1기～2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 납부하겠다는 수정신고를 한 후, 2013.12.16. 쟁점시설은 단순한 가축분뇨의 처리가 아닌 퇴비와 액비를 농민에게 공급하기 위한 생산시설이므로 과세사업으로 보아 부가 가치세 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 경정청구 하였고, 2013.12.26. 처분청은 경정거부처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.15. 이의신청을 거쳐 2014.5.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2008년 1월 친환경 자원순환센터 사업계획서에 따라 가축 분뇨 공동자원화시설에 대한 국고보조금 지원 대상자로 선정되었고, 가축분뇨를 퇴비․액비로 자원화하여 친환경축산 비료를 생산 및 유통하고자 하는 정부 정책에 따라 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산 하는 제조시설을 준공하였으나, 악취문제로 인한 민원이 발생하여 생산시설을 보강하면서 공장 운영이 중단되었고, 비료관리법상 비료로 등록하기 위한 성분검사 등 계속 적인 시험생산 기간이 소요됨에 따라 퇴비는 2013.9.17., 액비는 2013.10.24. 각각비료관리법상 비료로 등록한바, 이전까지 생산한 퇴비와 액비를 농가에 시험용 견본품과 차후 판매촉진을 위한 광고 선전용으로 무상 배포 또는 액비 상태로 정화 방류하여 과세사업인 퇴비․액비의 매출실적이 발생하지 않았다. 청구법인의 공동자원화시설 운영계획에 따르면, 사업목적이 과세사업인 퇴비․액비의 생산으로 되어 있고, 등기부등본상의 목적사업 에비료관리법상 성분검사 등 까다로운 절차를 거쳐야 하는 유기질 비료의 생산․판매업으로 되어 있을 뿐, 면세사업인 가축분뇨의 수집 및 처리업이 영업목적에 명시되지 않은바, 쟁점시설은 주된 사업인 퇴비․액비의 제조시설이고, 부수사업인 가축분뇨의 수거․처리시설이 아님을 알수 있다. 처분청은 2013년말까지 쟁점시설에 대한 과세매출이 발생하지 아니하였고 가축분뇨의 수거․처리에 대한 면세 매출만이 발생하였다 하여 관련 매입세액 전체를 불 공제하였으나, 쟁점 시설은비료관리법에 따른 과세사업인 비료의 생산․ 등록에 필요한 퇴비․액비의 제조시설이므로 쟁점매입세액은 예정공급가액 비율(퇴비․액비 판매액 OOO원, 14.99%)에 의해 매입세액을 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2009.1.2. 개업하여 쟁점시설의 설치 등과 관련된 매입세액 전액을 공제하여 환급받았고, 수입금액이 발생한 이후로는 수입 금액을 과세매출로 신고하여 분뇨처리 과정에 사용되는 화학제품 구입 등 매입세액을 환급받았으며, 2013년 6월 처분청으로부터 분뇨수거비 수입, 퇴비․액비의 판매수입을 제출하도록 해명안내문을 받고 부가가치세 수정신고를 하였다.가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률제28조에 따른 가축분뇨의 수집·운반업 및 처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역은 부가가치세 면세용역에 해당하는바, 청구법인의 수입은 전액 가축분뇨의 수거․운반 및 처리로 인한 수입만 발생하였고 이는 부가가치세 면제대상이다. 청구법인이 축산농가로부터 가축분뇨를 수거하여 처리하는 과정은 청구법인의 정화시설 또는 자원화시설을 이용할 수밖에 없고, 정화 또는 자원화에 필요한 화학제품도 필연적으로 사용될 수밖에 없는바, 쟁점시설과 화학약품 등의 매입액은 면세사업인 가축분뇨의 처리와 과세사업인 퇴비·액비의 생산에 공통으로 사용되는 것이다. 그런데, 청구법인은 2013년 제1기 부가가치세 과세기간까지 퇴비·액비를 생산하지 아니한바, 쟁점시설은 모두 가축분뇨의 수거·처리 용역에 이용되었을 뿐이며, 퇴비·액비를 생산하지 아니하여 퇴비·액비의 판매수입은 전혀 없다. 따라서, 청구법인의 수입은 가축분뇨의 수거·처리 용역인 면세수입만이 있을 뿐이어서 부가 가치세 매입세액 불공제대상이고, 청구 법인의 주장과 같이 쟁점시설 등의 매입액이 모두 과세사업에 사용된 것으로 볼 경우 에도 청구법인은 2013년 제1기 부가가치세 과세기간까지 면세수입만 발생하였으므로 전액 매입세액 불공제하는 것이 타당하다. 또한, 공통매입세액의 안분계산은 매입액이 과·면세 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액의 경우 안분하게 되는데, 이 건의 경우에는 2013년 제1기 부가가치세 과세기간까지는 매입액이 모두 면세사업인 가축분뇨의 수거․처리에만 사용되었음이 명확하므로 공통매입세액 안분계산의 대상이 되지 않는다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액이 전액 면세사업인 가축분뇨의 수거․처리 용역에 사용된 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 (2) 부가가치세법 시행령 제29조【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법또는수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. 9.하수도법제45조에 따른 분뇨수집·운반업의 허가를 받은 사업자와가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률제28조에 따른 가축분뇨수집·운반업 또는 가축분뇨처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

총공급가액 중 면세공급가액 이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법,엽연초생산협동조합법또는산림조합법에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가.비료관리법에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

4. "자원화시설"이라 함은 배출시설에서 배출되는 가축분뇨를 퇴비ㆍ액비 또는 신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법제2조 제2호 바목의 규정에 따른 바이오에너지 등으로 만드는(이하 "자원화"라 한다) 시설을 말한다.

8. "처리시설"이라 함은 가축분뇨를 자원화 또는 정화(이하 "처리"라 한다)하는 자원화시설 또는 정화시설을 말한다. 제17조【배출시설 및 처리시설의 관리 등】① 시설 설치자, 제27조의 규정에 따른 재활용의 신고를 한 자, 제28조 제2항 제2호의 규정에 따른 가축분뇨처리업의 허가를 받은 자(이하 “처리업자”라 한다) 또는 동항 제3호의 규정에 따라 가축분뇨시설관리업의 허가를 받은 자(이하 “시설관리업자”라 한다)는 배출시설에서 배출되는 가축분뇨를 처리함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니 된다.

1. 배출시설에서 배출되는 가축분뇨를 처리시설에 유입하지 아니하고 배출하거나 처리시설에 유입하지 아니하고 배출할 수 있는 시설을 설치하는 행위

2. 처리시설에 유입되는 가축분뇨를 자원화하지 아니한 상태 또는 최종 방류구를 거치지 아니한 상태로 중간배출하거나 중간배출을 할 수 있는 시설을 설치하는 행위. 다만, 처리시설의 처리과정에서 액비를 생산하기 위하여 관할 시장·군수·구청장에게 미리 중간배출이 필요하다고 인정을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

7. 정당한 사유 없이 정화시설을 정상적으로 가동하지 아니하여 방류수수질기준에 맞지 아니하게 가축분뇨를 배출하는 행위 제28조【가축분뇨관련영업】① 가축분뇨의 수집ㆍ운반ㆍ처리 또는 처리시설의 관리를 대행하는 업(이하 "가축분뇨관련영업"이라 한다)을 영위하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 기준에 따른 시설ㆍ장비 및 기술능력을 갖추어 업종별로 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 하며, 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 변경허가를 받거나 변경신고를 하여야 한다.

② 가축분뇨관련영업의 업종구분과 영업내용은 다음 각 호와 같다.

1. 가축분뇨수집ㆍ운반업: 가축분뇨를 수집하여 운반하는 영업

2. 가축분뇨처리업: 처리시설을 갖추어 가축분뇨를 최종적으로 안전하게 처리하는 영업

3. 가축분뇨시설관리업: 처리시설의 관리를 대행하는 영업

③ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 관할구역 안에서 발생되는 가축분뇨를 효율적으로 수집ㆍ운반 또는 처리하기 위하여 필요한 때에는 제1항의 규정에 따른 허가 또는 변경허가를 함에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 영업구역을 정하거나 필요한 조건을 붙일 수 있다.

④ 제1항의 규정에 따라 가축분뇨관련영업의 허가를 받은 자(이하 "가축분뇨관련 영업자"라 한다)는 다른 사람에게 자기의 상호 또는 성명을 사용하여 가축분뇨관련 영업을 하게 하거나 허가증을 빌려주어서는 아니 된다.

⑤ 제1항의 규정에 따른 허가ㆍ변경허가 및 변경신고의 방법ㆍ절차 등에 관하여 필요한 사항은 환경부령으로 정한다.

(5) 비료관리법 제11조【비료생산업의 등록】① 비료를 생산하여 판매하거나 무상으로 유통ㆍ공급하는 것을 업으로 하려는 자(폐기물관리법에 따른 폐기물을 비료로 재생처리 하여 판매하거나 무상으로 유통ㆍ공급하려는 자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비료의 종류별로 제조 원료, 보증 성분 등을 시장(특별자치도지사를 포함한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 규모 이하의 부산물비료 생산업의 경우는 제외한다.

③ 제1항에 따른 비료생산업의 등록에 필요한 시설과 그 밖의 등록기준은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료를 보면, 청구법인 은 축산분뇨의 해양투기가 관계 법령에 따라 금지됨에 따라 아래 <표1>, <표2>와 같이 OOO의 지원을 받아 2009년 쟁점시설인 퇴비․액비 제조시설의 기본공사를 완료한 후, 2009년～2012년 기간 동안 액비유통센터, 대형액비 저장조 등의 시설을 추가로 설치한 것으로 나타난다. (2) 처분청은 2013년 6월 청구법인의 법인세 신고에 대한 사후검증을 실시한 결과, 청구법인이 축산분뇨 처리시설을 설치하였으나 비료관리법에 따른 비료사업 허가가 없어 퇴비는 수거·처리된 축산 분뇨에 톱밥을 섞어 농가에 무상으로 공급하고 액비는 하수처리장에 정화 및 방류 하였 음에도 퇴비․액비를 생산․판매할 것이란 계획만으로 2009년 부터 현재까지 전액 매입세액 공제하여 부가가치세 환급을 받은 데 대하여 가축분뇨의 수거․처리업은 면세사업이므로 쟁점시설 등의 매입 세액은 전액 공제받을 수 없는 것으로 보아 청구법인에게 수정신고를 권고하였으며, 처분청이 OOO군청(축산과-8825, 2013.5.30.)으로부터 수집한 쟁점시설의 운영현황은 아래 <표3>과 같다. OOO

(3) 청구법인은비료관리법에 따른 비료로 등록하기 전까지 퇴비 ․액비의 판매실적은 없으나, 쟁점매입세액은 과세사업인 퇴비․액비의 제조․판매 및 면세사업인 가축분뇨의 수거․처리관련 공통매입세액에 해당한다고 주장하면서 법인등기부등본, 비료생산업 등록증, 친환경 자원순환센터 사업계획서, 퇴비․액비 테스트 검사서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 법인등기부등본에 의하면, 청구법인은 2008.12.5. 유기질비료 생산 및 판매업을, 2010.1.7. 가축분뇨 및 액비유통 관련사업을 사업목적 으로 추가하였고, OOO군수가 발급한 비료생산업 등록증에 의하면, 청구법인은 2013.9.17. 가축분퇴비를, 2013.10.24. 가축분뇨발효액을 비료의 종류로 하여 비료생산업 등록을 하였다. (나) 공동자원화시설 설치 추진계획에 의하면, 청구 법인은 OOO 외 5필지 8,671㎡(액비제조 발효상 870㎡, 퇴비제조 발효상 640㎡, 발효액비 저장조 373㎡, 기계실 및 창고 458㎡, 관리동 84㎡, 기타 부지 6,788㎡)에 쟁점시설을 준공하고, 퇴비 ․액비의 원재료인 가축분뇨를 농가로부터 유상으로 수거하기로 한 것으로 나타나며, 퇴비·액비의 생산 및 살포계획 등은 아래 <표4>, <표5>, <표6>과 같다. OOO (다) 청구 법인이 OOO군청에 제출한 친환 경 자원순환센터 사업계획서(2008년 1월)에 의하면, 추정손익계산서 및 퇴비․액비의 예정공급가액 비율은 아래 <표7>, <표8>과 같다. OOO (라) 퇴비․액비 테스트 검사서 등에 의하면, 청구법인은 2010.4.13. OOO군수로부터 액비유통센터지정 통보(장비: 살포차량 1대, 운반차량 2대, 농경지 확보면적: 축산농가 21호, 246.5ha, 액비원료 확보: 70.9톤/일)를 받았고, 청구법인과 축산농가의 액비시범포 운영협력 협약서는 아래와 같다. OOO (마) 청구법인의 2014년 제1기부터 2014년 제2기 부가가치세 과세기간 까지의 과세사업인 퇴비․액비의 판매 및 면세사업인 가축분뇨의 수거 ․처리 내역은 아래 <표9>와 같다. OOO (4) 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 과세사업과 면세사업 을 겸영하는 경우 각각의 사업에 관련된 매입세액 계산은 실지귀속에 따라야 하고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 당해 과세기간의 총공급가액을 기준으로 안분계산 하되, 당해 과세기간의 공급가액이 없는 경우에는 총매입가액을 기준으로 안분계산 하거나, 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산 하도록 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2013년 제1기 부가가치세 과세기간까지 과세사업인 퇴비·액비의 판매수입이 전혀 없고, 가축분뇨의 수거·처리 용역인 면세수입만이 있을 뿐이어서 쟁점매입세액은 부가가치세 매입세액 불공제 대상이라는 의견이나, 법인등기부등본에 의하면, 청구법인의 사업목적이 과세사업인 유기질비료 생산 및 판매업, 가축분뇨 및 액비유통 관련사업으로 되어 있는 점, 청구법인은 정부보조금 등을 재원으로 하여 2012년까지 가축분뇨의 공동자원화시설인 쟁점시설의 기본공사 및 추가 공사를 완료한 후 퇴비는 2013.9.17.에, 액비는 2013.10.24.에 각각 비료관리법상 비료로 등록한 점, 청구법인은비료관리법상 비료로 등록하기 이전까지 생산한 퇴비․액비를 농가에 시험용 견본품 등으로 무상 배포하거나 액비 상태로 정화 방류하여 과세사업인 퇴비 ․ 액비의 매출실적이 발생하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인은 퇴비 ․액비의 제조․판매 및 가축분뇨의 수거․처리업을 겸영하는 사업자로 보이므로 쟁점시설의 준공 및 운영과 관련된 쟁점매입세액은 공통매입 세액에 해당하고, 청구법인은 2013년 제1기 부가가치세 과세기간까지 과세사업 관련 매출이 없으므로 쟁점매입세액은 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다..