쟁점토지 및 쟁점공장에 대한 임차료를 산정함에 있어서 소급하여 감정한 가액을 시가로 인정할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 주식회사 OOO(이하 “청구법인1”이라 한다)은 2002.7.20. 충청남도 OOO에서 개업하여 OOO을 영위하고 있는 법인으로서, 2004년 8월 이후 특수관계자인 청구법인1의 공동대표자 OOO로부터 위 소재지 토지 42,059㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 임차하고, 쟁점토지에 공장용건물 14,968㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 신축한 후, 2004년 5월 이후부터 현재까지 특수관계법인인 OOO주식회사(이하 “청구법인2”라 한다)에게 임대하고 있다.
• 나. 처분청은 2014.1.8.부터 2014.1.24.까지 청구법인1에 대하여 2008∼2012사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인1이 쟁점토지 소유주인 OOO에게 지급한 임차료 OOO원은 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 산정된 적정임차료 OOO원을 초과하여 과다하게 지급된 것으로 보아 그 초과금액을 손금불산입하고 2014.3.17. 및 2014.4.21. 청구법인1에게 아래 <표1>과 같이 2008～2012사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다. 또한, 처분청은 2014.2.4.부터 2014.2.13.까지 청구법인2에 대하여 2008∼2012사업연도에 대한 임차료관련 법인세부분 조사를 실시한 결과, 청구법인2가 청구법인1에게 지급한 쟁점토지 및 쟁점공장 임차료 OOO원을 초과하여 과다하게 지급하였다 하여 그 초과금액 OOO원을 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금불산입하고 2014.3.17. 및 2014.4.21. 청구법인2에게 아래 <표2>와 같이 2008～2012사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인1 및 청구법인2(이하 “청구법인들”이라 한다)는 이에 불복하여 2014.5.15. 심판청구를 제기하였음

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인들 주장 법인세법 제52조에 따라 부당행위계산 부인함에 있어 적정임차료는 당해 토지와 동일하거나 유사한 토지의 임대차사례에 의하여 확인되는 임차료, 즉 시가를 최우선 적용하여야 하고, 그러한 시가를 찾을 수 없는 경우에는 그 다음으로 감정평가액을 적용하여야 하며, 감정평가액도 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호의 규정을 적용하여 산출된 금액을 적용하여야 한다. 그러나, 처분청은 쟁점토지에 대한 임차료 사례가액을 찾을 수 없다 하면서 청구법인들이 제시한 감정평가액을 도외시한 채 쟁점토지의 개별공시지가에 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에서 정하는 정기예금이자율을 적용하여 2008∼2012사업연도까지 5년간의 쟁점토지 임차료로 OOO원을 산정하였는바, 이는 월평균 OOO원에 불과하여 쟁점토지 면적(12,722평) 규모, 시가(감정가액 약 OOO원)에 비하여 턱없이 낮은 금액이며, 감정평가에 의하여 산정한 임차료의 15%에 불과한 가액이다. 청구법인들이 두 곳의 감정평가법인으로부터 받아 제시한 감정평가서는 세무조사과정에서 이루어진 소급감정평가이나, 지가수준, 거래동향, 지가변동률, 인근 토지의 평가전례, 매매사례 등을 고려하여 쟁점토지의 기초가액을 산정하였고, 각종 금리자료, 토지보상평가지침상의 기대이율, 대상물건의 입지조건, 인근 유사용도 토지의 수급상황 등을 고려하여 기대이율을 결정하였고, 유지관리비, 조세공과금, 보험료, 대손준비금, 정상운영자금이자 등을 고려하여 필요경비를 결정하는 등 그 감정평가 내용이 객관적이고 합리성을 가지고 있으므로 이를 반영하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인들은 조사기간 종료시점인 2014.2.4. 쟁점토지 및 쟁점공장에 대한 적정임차료를 2008.7.1. 기준시점으로 소급감정평가한 임차료가 적정시가라고 주장하나, 소급감정가액이 시가로 인정되기 위해서는 당해 감정평가가 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되어야 함에도, 이 건 감정평가한 방법이 쟁점토지와의 비교사례토지 대상의 선정에 있어 비교타당성과 객관성이 결여된 편파적인 선정, 건물가액의 평가는 실제 제3자로부터 평가기준일 1개월 전 신축도급 취득한 가액이 명확히 확인됨에도 이를 부인하고, 소급감정에 의해 2배로 평가하는 등 객관성과 합리성이 결여되었다. 따라서, 이 건은 특수관계자간 자산의 대여시 그 시가가 불분명한 경우로 확인되고, 감정평가액도 인정하기 어려우므로 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제89조에 따라 계산된 적정임차료를 초과하여 특수관계자에게 과다하게 지급한 임차료 상당액을 손금불산입하고 법인세를 과세한 당초의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지 및 쟁점공장에 대한 임차료를 산정함에 있어 소급하여 평가한 감정평가법인의 감정평가액을 시가로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제52조 [부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제87조 [특수관계인의 범위] ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 제88조 [부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조 [시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들이 신고한 쟁점토지 및 쟁점공장 임차료 내역은 아래 <표3>·<표4>와 같이 나타난다.

(2) 처분청이 쟁점토지 및 쟁점공장 임차료와 관련하여, 임대사례를 조사한 내용은 아래와 같이 나타난다. (가) 청구법인들의 인근 공장 등의 임대사례 유무를 확인하기 위해 국세통합전산망상 인근 공장 등의 임대차 내용을 조회하여 “충청남도 OOO 지역 사업자 임대차 현황표”를 작성하면서 11개 업체를 확인하였으나 대부분 자가사업자이며, 임차사업자는 2013년 개업자만 존재하여 2008년도부터 2012년까지 토지, 건물 임차사업자와 비교 판단 대상은 없는 것으로 확인되었다. (나) 쟁점토지 소재지인 충청남도 OOO 공장용지 매매 등 시세와 관련된 내용에 대하여 OOO 대표로부터 확인한바, 2008년 당시는 수도권 공장용지 등 규제완화(강화) 시점으로 평당 공시지가를 상회하여 거래되고, 그 후 거래가 거의 없어 시세형성이 안되는 실정이어서 공시지가 전후로 거래된 것으로 알고 있으며, 2013년 현재 수도권 공장용지 등 규제완화로 신규 지방전입이 없어 거래가 없는 상태로 매매가를 예상할 수가 없고, OOO에서 외진 곳으로 거래가 거의 없는 것임을 처분청의 조사시 구두로 진술받아 확인하였다.

(3) 청구법인들이 쟁점토지 및 쟁점공장의 시가 및 임차료 산정의 근거로 제시한 2014.1.7. 및 2014.2.4. 작성한 감정평가서 내용과 처분청에서 산정한 적정임대료 및 그 차액 등은 아래 <표5>와 같이 나타난다.

(4) 처분청은 쟁점토지 및 쟁점공장을 소급감정한 감정평가법인의 감정평가서에 대하여 아래와 같은 이유로 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 감정평가된 감정서로 볼 수 없다는 의견이다. (가) 쟁점토지의 비교사례토지로 아래 <표6>과 같이 개별토지의 공시지가 대비 거래(평가)단가 지수가 가장 높은 3.39의(평균지수 1.85, 최소1.23, 최대3.39) 토지를 선정하여 쟁점토지의 공시지가 대비 거래단가 지수를 2.27배로 적용하여 평가한 것은 그 객관성과 공정성이 결여된 왜곡된 선정에 따른 평가이다. (나) 쟁점토지와 비교사례토지의 토지개별요인을 보더라도 2006.9.27. 매매시점과 2008.7.1. 소급평가기준일의 시간상의 차이, 입지조건에 있어서도 쟁점토지의 진출·입은 단선 농로를 통하고, 비교사례토지는 2차선 지방도 바로 옆에 위치하는 등 그 비교사례토지로서의 선정의 타당성이 결여되었다. (다) 청구법인들이 2008.7.1. 기준으로 소급감정한 아래 <표7>의 쟁점공장 중 공장 4동(4,410㎡)은 취득일(사용승인일)이 2008.5.30.로 확인되고, 도급신축 가액이 OOO원으로 평가한 바, 실제 제3자로부터 도급계약에 의해 신축 취득한 가액이 청구법인들의 장부가액 등에서 명확하게 확인되고 평가일과 취득일의 차이가 1개월로 그 가액에 대한 감가상각이나 기타 노후화 등의 가치변동의 시간적 경과가 없음에도 이를 2배가 넘는 가액으로 평가한 것은 그 객관성이나 타당성이 결여된 잘못된 평가로서 쟁점공장에 대한 감정평가의 내용이 합리적이고 객관적으로 평가되지 아니하였다.

(5) 청구법인들은 쟁점토지에 대한 임차료를 산정함에 있어법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정에 의하여 예견될 수 있는 처분청과의 조세마찰을 피하고 특수관계자들간의 공정한 성과평가를 통해 경영합리화를 도모하고자 공정한 임차료를 산정하기 위해 노력을 하였으며, 청구법인들의 노력에 대해 처분청이 의문을 제기하자 조사기간 중인 2014년 2월에 두 개의 감정평가법인으로부터 임차료에 대한 2008.7.1. 기준시점으로 소급감정평가를 의뢰하여 조사기간 시점인 2014.2.7. 제출하였으므로 이를 인정하여야 한다고 주장하면서 임차료조사 내용 및 감정평가서를 제시하고 있다. (가) 청구법인들이 내부 보고한 자료에 의하면, OOO 등의 공장임차료 시세를 조사한 것으로 나타난다. (나) 청구법인들이 의뢰한 2곳의 감정평가법인의 쟁점토지 및 쟁점공장에 대한 임차료 감정평가 내용은 아래 <표8>과 같으며,2곳의 감정평가법인은 쟁점토지의 임차료를 평가함에 있어 쟁점토지와 유사한 토지의 신뢰성 있는 임대차사례의 수집 및 임대차 조건 등의 파악이 어려워 “임대사례비교법”은 적합하지 않은 것으로 보고 감정평가에 관한 규칙 제4조 제5호에서 규정하고 있는 “적산법”[기초가액×기대이율=임대료(사용료)]에 의해 쟁점토지의 임차료를 감정 평가한 것이다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점토지 및 쟁점공장의 임차료 산정시 쟁점토지 및 쟁점공장의 시가를 기준시가(장부가액)가 아닌 소급감정한 감정평가법인의 감정평가액을 인정하여야 한다고 주장하나, 처분청이 쟁점토지에 적용할 매매사례가액을 조사한바 동일·유사 매매사례가액이 없는 것으로 조사되었고, 청구법인들이 제시한 2곳의 감정평가법인의 감정평가서는 청구법인들의 요청에 의하여 2014.2.4. 가격시점(2008.7.1.)을 4년 7개월 이상 소급하여 작성된 점, 쟁점토지 감정평가시 비교대상토지 중 개별토지의 공시지가 대비 거래(평가)단가 지수가 가장 높은 3.39의(평균지수 1.85, 최소1.23, 최대3.39) 토지를 비교사례토지로 선정한 점, 2008.7.1.을 가격시점으로 소급감정한 쟁점공장 중 공장 4동(4,410㎡)은 취득일이 2008.5.30.로 확인되어 평가일과 취득일의 차이가 1개월로 그 가액에 대한 감가상각이나 기타 노후화 등 가치가 변동할만한 시간적 경과가 없음에도 신축비용과 감정평가액 차이가 2배가 넘는 등 쟁점공장의 감정평가액이 장부가액보다 2배 이상 높게 평가된 점, 이러한 가격 차이를 인정하여야 할 특별한 사정이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 감정평가법인이 소급감정한 임차료 감정가액은 쟁점토지 및 쟁점공장의 임차 당시 시가를 적절하게 반영하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지 및 쟁점공장에 대한 매매사례가액 및 감정평가액이 없는 것으로 보아 법인세법 시행령 제89조 제2항의 적용순서에 따라 적정임대료를 산정하여 청구법인들이 지급한 임차료와의 차액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.