청구법인에게 이익금이 발생할 경우 최종 잔여금을 국고에 납입하도록 되어 있는 것은 출자자에게 이익을 배당하는 것과 유사하고, 청구법인은 비영리법인의 대표적인 세법상 혜택인 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인은 비영리내국법인에 해당하지 않는 것으로 보이므로 연결납세방식적용 신청을 거부한 처분은 잘못이 있음
청구법인에게 이익금이 발생할 경우 최종 잔여금을 국고에 납입하도록 되어 있는 것은 출자자에게 이익을 배당하는 것과 유사하고, 청구법인은 비영리법인의 대표적인 세법상 혜택인 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인은 비영리내국법인에 해당하지 않는 것으로 보이므로 연결납세방식적용 신청을 거부한 처분은 잘못이 있음
OOO지방국세청장이OOO 청구법인에게 한 연결납세방식 적용 불승인처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 심판청구서, 청구법인 정관, ‘정부배당금 지급 결의’ 공문, 기획재정부 보도자료, 사업자등록증, 처분청 답변서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은OOO에 따라 정부의 OOO 출자로 설립되어 OOO 등을 영위하는 법인으로, 청구법인의 목적에 관하여 한국철도공사법 제1조 는 “철도 운영의 전문성과 효율성을 높임으로써 철도산업과 국민경제의 발전에 이바지”하기 위한 것으로, 청구법인 정관 제1조는 “철도 운영에 관한 사업의 전문성과 효율성을 높임으로써 철도산업과 국민경제의 발전에 이바지”하기 위한 것으로 각 규정하고 있다. (나) 한국철도공사법 제9조 및 청구법인 정관 제37조는 청구법인이 영위하는 주요 사업을 아래와 같이 규정하고 있다.
1. 철도여객사업, 화물운송사업, 철도와 다른 교통수단의 연계운송사업
2. 철도 장비와 철도용품의 제작ㆍ판매ㆍ정비 및 임대사업
3. 철도 차량의 정비 및 임대사업
4. 철도시설의 유지ㆍ보수 등 국가ㆍ지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업
5. 역세권 및 공사의 자산을 활용한 개발ㆍ운영 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
6. 철도건설법 제2조 제6호 가목의 역 시설 개발 및 운영사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
7. 물류정책기본법에 따른 물류사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
8. 관광진흥법에 따른 관광사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
9. 제1호부터 제8호까지의 사업과 관련한 조사ㆍ연구, 정보화, 기술개발 및 인력 양성에 관한 사업
10. 제1호부터 제9호까지의 사업에 딸린 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 (다) 한국철도공사법 제10조 및 청구법인 정관 제51조는 매 사업연도 결산 결과 청구법인에게 이익금이 발생한 경우 이월결손금 보전, 이익준비금 적립, 사업확장적립금 적립, 국고에 납입의 순으로 그 이익금을 사용하도록 규정하고 있고, 그에 따라 청구법인은 2011년 4월경 지분율에 따라 기획재정부OOO에 OOO원을, 국토해양부OOO에 OOO원을 각 납입하였다. (라) 기획재정부의 OOO 보도자료에는 연결납세제도 적용 제외 법인으로 “비영리법인, 파트너십과세․성실납세 제도․톤세 적용법인”이, 제외 이유로 “일반법인과 과세소득 계산방법이 상이한 점을 감안”이라고 기재되어 있다. (마) 청구법인의 부가가치세법상 사업자등록번호 중 중간번호는 일반적으로 비영리법인의 경우에 사용되는 “-82-”로, 이른바 공(公)기업 중 OOO 등이 위 중간번호를 사용하고 있고, OOO 등은 일반적으로 영리법인의 경우에 사용되는 중간번호인 “-81-”을 사용하고 있다. (바) 청구법인은 그 동안 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없으며, 위 (마)항 기재 법인 중 고유목적사업준비금을 설정한 법인으로는 OOO가 있다.
(2) 처분청은, 연결납세방식의 적용은 연결모법인이 영리법인인 경우에 한하는 것인데, 한국철도공사법 및 청구법인 정관 등에서 확인되는 목적에 비추어 청구법인은 민법 제32조 의 ‘기타 영리 아닌 사업’을 목적으로 하는 법인이므로 법인세법상 비영리법인에 해당하고, 또한 청구법인은 철도산업이라는 특정한 공익사업을 위하여 정부의 출자로 설립되어 별도로 주식이나 출자지분에 의한 구성원이 있는 것이 아니고, 이익금을 국고에 납입하는 것은 국가의 일반 재정수입에 편입시키는 것에 불과하여 ‘주주 또는 출자자에게 이익배당’한 것으로 볼 수 없어 결국 청구법인은 법인세법상 비영리법인에 해당하고, 따라서 연결납세방식을 적용할 수 없다는 의견이다.
(3) 이에 대한 청구법인의 주요 주장은 다음과 같다. (가) 청구법인 정관의 목적 등에 공익적 내용이 담겨 있긴 하나, 이는 광범위한 선언적 규정에 불과하고 그것만으로 영리․비영리법인을 구분할 수 없으며, 청구법인은 공익성과 영리성을 함께 가지고 있는 공기업에 해당한다. (나) 사업자등록번호는 부가가치세법상 필요에 의한 형식적인 구분에 불과하므로 이를 이유로 청구법인을 법인세법상 비영리법인으로 단정할 수 없고, 다른 대부분의 공기업들은 실제로 영리법인(“-81-”)으로 사업자등록이 되어 있다. (다) 청구법인은 근거 법령 및 정관에 따라 잔여 이익금을 출자자인 정부에 배당(국고에 납입)을 하도록 되어 있고, 실제로 기획재정부와 국토해양부에 이익금을 배당한 사실도 있다. (라) 기획재정부는 보도자료에서 청구법인과 같은 정부출자기관의 국고 납입에 대하여 ‘배당가능이익’, ‘정부에 대한 배당’, ‘정부배당수입’ 등의 용어를 사용하고 있고, ‘정부배당 업무에 관한 지침’도 존재한다. (마) 근거 법령 또는 정관상 청구법인의 사업은 대부분 수익사업에 해당하고, 아래 <표>와 같이 2013사업연도의 영업수익 또한 대부분 수익사업OOO에서 발생하였다. (바) 청구법인은 수익사업에 대하여 영리내국법인과 같은 방법으로 계산한 법인세를 신고․납부하고 있으며, 고유목적사업준비금 설정 등과 같이 비영리법인이 누리는 세제상 혜택을 받은 사실은 없다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,민법상 비영리법인은 그 수익을 반드시 법인의 고유목적사업에 충당해야 하고 이를 분배해서는 아니되므로 어떠한 형식으로든 출자자 등에게 이익을 분배하는 경우라면 이를 비영리법인의 개념에 포함시킬 수 없다고 판단되고,법인세법제1조 제2호 나목도 명시적으로 이익을 배당할 수 있는 법인을 비영리법인에서 제외하고 있는바, 청구법인은 대부분의 사업을 수익사업으로 영위하고 있고 그에 따라 법인세를 납부하여 왔으며, 청구법인은 정부, 즉 기획재정부와 국토해양부의 OOO 출자로 설립되었고 청구법인에게 이익금이 발생할 경우 이월결손금 보전, 이익준비금 적립, 사업확장적립금 적립의 순으로 이를 사용한 후 최종 잔여금은 국고에 납입하도록 되어 있고 2011년 실제로 이익금의 국고 납입도 이루어졌는바, 이는 주주·사원 또는 출자자에게 이익을 배당한 것과 유사하고 그 근거규정인 한국철도공사법 제10조 및 청구법인 정관 제51조 또한 일반 영리법인의 이익의 배당에 관하여 규정하고 있는 상법 제462조 와 사실상 그 구조 및 내용이 동일한 점, 청구법인이 비영리법인에 해당하지 아니함에 따라 비영리법인에게 주어지는 대표적인 세법상 혜택인 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없고 그 외에 청구법인이 비영리법인으로 모습을 표방하거나 세제상 혜택을 받은 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인은법인세법제76조의8 제1항 및 같은 법 시행령 제120조의12 제1항 제1호의 연결납세방식 적용이 제외되는 ‘비영리내국법인’에 해당하지 않는 것으로 보이므로, 처분청이 청구법인의 연결납세방식 적용을 불승인한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별첨> 관련 법령
(1) 법인세법 제76조의8【연결납세방식의 적용 등】① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.
② ～⑥ (생 략) 제1조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다
2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고·납부하는 방식을 말한다.
7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다.
8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다.
9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말하고, "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다.
10. "연결사업연도"란 연결집단의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다. (2) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제120조의12【연결납세방식의 적용제외 법인 등】① 법 제76조의8 제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
3. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인
4. 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)으로부터 법 제76조의8 제5항에 따른 완전지배를 받는 법인
5. <삭 제>
6. 조세특례제한법 제100조의15 제1항 의 동업기업과세특례를 적용하는 법인
7. 조세특례제한법 제104조의10 제2항 의 과세표준계산특례를 적용하는 법인
② ～⑦ (생 략) 제120조의13(연결납세방식의 적용 신청 등) ① 연결납세방식을 적용받으려는 내국법인과 해당 내국법인의 법 제76조의8 제1항의 완전자법인(이하 이 조에서 "연결대상법인등"이라 한다)은 최초의 연결사업연도 개시일의 전날까지 기획재정부령으로 정하는 연결납세방식 적용 신청서를 해당 내국법인의 납세지 관할세무서장을 경유하여 관할지방국세청장에게 제출하여야 한다.
② (생 략)
③ 제1항의 신청을 받은 관할지방국세청장은 최초의 연결사업연도 개시일부터 2개월이 되는 날까지 승인 여부를 서면으로 통지하여야 하며, 그 날까지 통지하지 아니한 경우에는 승인한 것으로 본다.
(3) 한국철도공사법 제1조【목적】이 법은 한국철도공사를 설립하여 철도 운영의 전문성과 효율성을 높임으로써 철도산업과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제4조【자본금 및 출자】① 공사의 자본금은 22조원으로 하고, 그 전부를 정부가 출자한다.
② 제1항에 따른 자본금의 납입 시기와 방법은 기획재정부장관이 정하는 바에 따른다.
③ 국가는 국유재산법에도 불구하고 철도산업발전 기본법 제22조 제1항 제1호 에 따른 운영자산을 공사에 현물로 출자한다.
④ 제3항에 따라 국가가 공사에 출자를 할 때에는 국유재산의 현물출자에 관한 법률에 따른다. 제9조【사업】 ① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 철도여객사업, 화물운송사업, 철도와 다른 교통수단의 연계운송사업
2. 철도 장비와 철도용품의 제작ㆍ판매ㆍ정비 및 임대사업
3. 철도 차량의 정비 및 임대사업
4. 철도시설의 유지ㆍ보수 등 국가ㆍ지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업
5. 역세권 및 공사의 자산을 활용한 개발ㆍ운영 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
6. 철도건설법 제2조 제6호 가목의 역 시설 개발 및 운영사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
7. 물류정책기본법에 따른 물류사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
8. 관광진흥법에 따른 관광사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
9. 제1호부터 제8호까지의 사업과 관련한 조사ㆍ연구, 정보화, 기술개발 및 인력 양성에 관한 사업
10. 제1호부터 제9호까지의 사업에 딸린 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 제10조【손익금의 처리】① 공사는 매 사업연도 결산 결과 이익금이 생기면 다음 각 호의 순서로 처리하여야 한다.
1. 이월결손금의 보전(補塡)
2. 자본금의 2분의 1이 될 때까지 이익금의 10분의 2 이상을 이익준비금으로 적립
3. 자본금과 같은 액수가 될 때까지 이익금의 10분의 2 이상을 사업확장적립금으로 적립
② 공사는 매 사업연도 결산 결과 손실금이 생기면 제1항 제3호에 따른 사업확장적립금으로 보전하고 그 적립금으로도 부족하면 같은 항 제2호에 따른 이익준비금으로 보전하되, 보전미달액은 다음 사업연도로 이월한다.
③ 제1항 제2호 및 제3호에 따른 이익준비금과 사업확장적립금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자본금으로 전입할 수 있다. (4) 민법 제32조 (비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다 (5) 상법 제462조 (이익의 배당) ① 회사는 대차대조표의 순자산액으로부터 다음의 금액을 공제한 액을 한도로 하여 이익배당을 할 수 있다.
2. 그 결산기까지 적립된 자본준비금과 이익준비금의 합계액
3. 그 결산기에 적립하여야 할 이익준비금의 액
4. 대통령령으로 정하는 미실현이익
결정 내용은 붙임과 같습니다.